在此後的一段時間裡，胡適頻繁地參加教會的活動，幾乎讀完了整部聖經。他一度把基督信仰當成一種精神寄託，又打算汲取養分，打造一種新的道德，用來改造中國文化。
然而，在1912年12月11日的日記中，胡適寫道：“吾不信洗禮及聖餐之類......”在這裡，胡適表現出與很多知識分子相似的態度，贊同基督教的思想，但對基督教的禮儀持保留態度。
這一年的聖誕節前夜，胡適去教堂觀彌撒禮，他在日記中第一次大筆墨顯露出對基督教的反感情緒：“坐定審視，堂上有塑像甚多，中列十字架，上刻耶穌裸體釘死之像。像後有四像，似系四使徒也。兩廳各有像，右爲耶穌之母。其左側之像有髭，不知爲何人，疑是耶穌之父也。此等偶像，與吾國神像何異？雖有識之士，初不以偶像禱禮之，然蚩蚩之氓，則固有尊敬頂禮迷信爲具體之神明矣。
“教中男女來者，將入坐，先屈一膝(如吾國請安之禮)行禮，然後人坐，座前有木板，人皆長跽其上，良久然後起坐。有兒童數十人，結隊高歌頌神之歌。壇上牧師合十行禮，儼如佛教僧徒，跪拜起立，沓沓可厭。其所用經文及頌禱之詞，都不可解，久之，始辨爲拉丁文也。吾敢言座中男女十人中無二三能解其詞義者。此與佛教中之經況何異乎？(佛經中梵文名詞都直譯其音，即如 “南無阿彌陀佛”，今有幾人能言其意耶？”
洗禮和聖餐是基督信仰的兩大聖禮。耶穌說：“信而受洗的，必然得救。”洗禮是一個人成爲基督徒的重要宣告，願意同耶穌同死同埋葬同復活。如果一個人沒有這樣的心志，不會成爲一個基督徒。
聖餐是耶穌基督所設立的。耶穌基督爲了救贖人類，寧可破碎流血，讓門徒藉着聖餐來記念其，等候其的再來。一個人不願意領聖餐，便是不相信耶穌基督爲自己流血捨命。
在此後日記中，胡適頻頻流露出對基督信仰的質疑。
他不相信禱告，不管是天旱時求上帝降雨，還是人得病時求上帝醫治，他統統的不信，歸入迷信之列。
他不相信靈魂不朽，不相信人死後有審判。有一個衛理公會的牧師曾和他提起末日的審判，他譏諷說：“其言荒謬迷惑，大似我國村嫗說地獄事。”
胡適雖然曾經口裡承認，心裡相信，按照福音派的標準，算是基督徒。但胡適卻在日後，說那是自己的迷途，真正的之返，反而是離開基督教。
胡適回憶說，自己被誤導信主，是參加了一次旨在召喚中國留學生成爲基督徒的夏令營會。這個營會，大量的運用了他深深恨惡的感情把戲和套路，先開始破冰遊戲，打開大家的心扉，讓大家不設防，然後繼續用感情牌來“捉”信徒。自己越細想，越覺得受到了屈辱，被騙了。他後來冷靜了，覺悟了，看透了耶教會用“感情的”手段俘虜青年人，“深恨其玩這種‘把戲’，“故起一種反動”。對耶教會起了反感之心，當然就不會再上當，不再信洋迷信，不想當耶教徒了。
胡適這裡所說，應該是那次耶教刻意安排的那個美國教徒梅西(Mercer)爲中國留學生所做的現身演講，述說他一生的經歷。
很多的基督教會，特別用心聯絡信徒之間的感情。刻意安排每個信徒，至少參加一個小團契，小組長負責跟進了解每個成員的生活狀態，維繫成員對小團契的感情。如果信徒不來聚會，小組長要上報，大家一起爲其禱告，然後安排人去探訪，直到感情牌把這個人再帶到教會中來，重新沐浴主的恩典。
不能否認，感情牌是基督教發展和籠絡信徒的重要手段，但從胡適的經歷能看到，感情牌也有不靈的時候。對於胡適這樣一個劃時代的學者，一個開創中國人書面語言習慣的偉人，自然有着自己寬廣深邃的心胸，怎麼能夠被小兒科的情感遊戲控制？
有人說，從胡適身上發生的事情，基督徒宣傳福音的時候，切忌的是，可以始於感情，但一定要終於真理，而非繼續靠感情作爲信徒來教會的原因。始於感情牌的，也會終於感情。作爲教會，應該明白，感情牌，是一個小技巧，而非一個大手段，如果信徒來教會是因爲捨不得和離不開，或者不得不屈從於一種感情，那麼，這個信徒將在理念上紮根不穩，容易在教會人事變動後離開教會。
問題在於，基督教能“終於真理”嗎？
此時的胡適已經在美國生活了一段時間，初來乍到的迷茫已經被正常的學生生活所取代，對他來說，宗教的安慰功效已經有所減弱。在最初的甜蜜期後，對教義的理性反思逐漸佔據上風。
對於胡適對基督教的信仰轉變過程，不難發現，胡適的基督教信仰分爲兩個層面。一爲情感撫慰與社會教化功效層面，在這一層面上，胡適信仰基督教。 二爲教義層面，也就是宗教哲學層面，胡適則對基督教持有批判態度。若以這兩個層面來看，胡適的基督教思想從來就沒有轉變過，只是由於所處的環境變化，使得在美國的最初一段時間內第一層面蓋住了第二層面而已。
只是隨着深入研讀《聖經》，以及在美的生活學習逐漸走上正軌後，第二層面的理性反思才逐漸起主導作用。
但自始至終，胡適對於基督教第一層面的社會教化功效都是予以肯定的，正如《胡適口述自傳》中所寫：“我一直欣賞聖經裡所啓發的知識。” 他甚至將自己的一個兒子送進了“教友會”的學校。但在宗教或哲學層面，胡適又確定地說：“直至今日我仍然是個未經感化的異端。”
胡適遍讀《聖經》，卻最終與基督無緣，其原因可以是多方面的。但從根本上來說應歸結爲兩方面，一方面是源自西方的其他文化或理論對他的影響，另一方面可稱之爲中國傳統文化對他的影響，來自這兩方面的共同作用下，胡適最終選擇與基督教分道揚鑣。
關於西方理論對他的影響，就不得不提及實驗主義、存疑主義與近代一系列自然科學的發展。胡適無法成爲基督徒是因爲他是杜威的學生，他無法接受教會的洗禮是因爲在他的時代，他已經接受了自然科學的洗禮。這些自然科學中，影響胡適至深的便是與“上帝創造宇宙”完全對立的進化論。胡適的名字就是最好的證明，“適”字便出自當時最爲流行的達爾文的《進化論》中“適者生存”的理論，而杜威的實驗主義更是影響胡適宗教思想的關鍵所在，他總結到實驗主義的科學方法便是“大膽的假設，小心的求證”，對於沒有充分證據的事絕不可信。
基督教最爲強大的精神動力便是用上帝這個外在的價值源頭來鞭策和引導人間。信仰上帝使惡人悔改，顯示出基督教強大的道德教化功能。西方各個領域都有着這種基督教精神的滲透。而在胡適所在那個年代，他對於西方文明的仰慕與崇拜是顯而易見的，他一心想要做的便是用西方文明的長處來再造中國文明，而西方文明處處有着基督教精神的滲透，所以他對基督教的現實功能是認同的。
但基督教這種外在超越的宗教，有着一個根本的問題，那便是上帝的存在是一個假設，是無法被徹底證實的。這亦是基督教爲何如此強調“信”與“不信”的原因。信便是一切，不信一切頓時毫無意義。特別是對秉持懷疑精神和無神論的胡適來說，實證是如此的重要，以至於他無法相信沒有充分證據的東西。
正如胡適對勸他皈依基督教的人所說：“你必須平心靜氣的明瞭，世上自有一種人確不能信任一切沒有充分證據的東西。他們的不能不懷疑，正如某些人的不能不信仰一樣。”
胡適從小就受來自父親程朱理學的影響，無神論思想在他的心裡深深紮根。他曾經在教會受到感動，但他的理性主義漸漸湮沒了生命的感動。
胡適雖然沒有成爲一名基督徒，但基督教義在他的思考中留下了深深的烙印，比如說他的寬容思想。胡適曾經說：“寬容比自由更重要”。
雖然不是基督徒，但在後來中國非基運動中，他還是勇敢地站出來，爲教會說話。他始終對基督教各派共同的信仰《聖經》表示最大敬意，始終和教中人士保持友好往來。歸國後還擔任了基督教學校的校董，經常接受教徒的邀請參加各種活動。
直到晚年，胡適還送聖經給別人，在信裡告訴友人他曾經讀《聖經》的感動，只是一直堅持“我自認是一個無神主義者”。
他常常說：“我自己是一個不信神的人，但我感謝這個社會能容忍我不信神，所以我一生自律，我也應該容忍世間一切誠心信神的人，應該恭敬一切誠心相信宗教的人。我是報答社會對我容忍的一點點微意。”
也許唯一的例外，是他在《容忍與自由》裡引用基督教的“不寬容”作“反面教材”。