《大明科學報》開始發行後，朱由校就開始了在兵器局實驗室的實驗研究。今年京師大學堂的招生考試比之去年更加熱鬧，特別是師範學堂和吏員學堂的學生開始分到各地當起了教師和吏員後，原來心存顧慮的人都明白過來了。大量的學子來到京師考試，一時客棧和食鋪賺得合不攏嘴。
研究院又招收了六百名新生，而朱由校教過一年後，他的講義就成了新生的課本，由其它精通某一方面的教師去上課。當然，也有些學生問得教師啞口無言，特別是醫藥班和農學班的。
於是朱由校就決定每十天去京師大學堂一次，不是講課，而是解惑。
這天是到京師大學堂去的日子，他帶着一定要跟着去京師大學堂玩的朱徽媞，來到了專門爲他準備的一個房間。
一會兒，醫藥班的學生來了，是個大約四十來歲的中年人，一進門他就跪倒在地叩頭。朱由校讓人扶他起來道：“新來的不懂規矩，朕在京師大學堂是不接受跪拜禮的，作揖即可。”
中年人站起來後道：“陛下，禮不可廢。學生吳有性，前些時日聽先生說，水中或者氣中有細菌，學生不明白細菌是什麼樣子的，先生也不知道，只能叫學生來請教陛下。”
朱由校想了想道：“兵器局和玻璃廠合作，要造出一種器械，可以看到水中的小蟲，現在還在實驗階段，可能幾個月後就能成功，所以朕現在也不能讓你看到。但朕以前曾經在一個地方見到過水中的小蟲。而有很多病是因爲很小的細菌引起的，這個沒有問題。”
吳有性不敢不信，又說道：“陛下，各種疾病是如何產生的，學生平日也有思考。但一般的醫圖只是標出各處穴位，身體裡面的情況並不清楚。而陛下的講義中將血管的類型和樣子都分得清清楚楚，學生不知道是從哪本書中看到的。”
朱由校道：“你想知道人的身體裡面是什麼樣子的嗎？”
吳有性點了點頭道：“學生確實想知道。”
朱由校道：“你膽子夠大嗎？敢把人剖開嗎？”
旁邊的朱徽媞睜大眼睛，嚇得啊地一聲大叫。吳有性有些奇怪，這個小太監怎麼敢在君前如此失禮。
朱由校連忙道：“媞媞，你讓王都監帶去外面各處玩一下，我這裡有正事要辦。”
朱徽媞被皇帝哥哥的話嚇壞了，急忙站起來和王承恩一起出去了。朱由校看着吳有性，等他回答。
吳有性猶豫了一會道：“陛下，學生不敢殺生，但死人還是敢剖開的。”
朱由校道：“很好。朕讓你在醫藥班找幾個和你一樣想了解身體內部結構的人，一起去遼南，那裡有建奴可以讓你解剖。你們仔細觀察記錄，然後寫一本人體結構的書出來，如何？”
吳有性學醫幾十年，讀了很多醫書，診治過很多病例。他發現，有些病不是六淫之邪所致，而是四時不正之氣所爲，他一直不明白得病的原理，而在醫藥班，竟然聽到細菌致病之說，覺得正好可以解釋他遇到的這些病例，所以纔有來請教皇帝之事。如今皇帝准許他去解剖人體，自然不會推辭。
他作了一揖道：“學生謝過陛下厚恩，學生一定不會辜負陛下的期望。”
朱由校道：“國內不允許解剖人的屍體，所以朕只能把主意打到建奴身上。蠻夷與我大明人的區別是在精神，肉體並無不同。朕會給你們一個欽差令牌，近衛軍各個部隊都會全力支持你的。”
吳有性接過魏忠賢遞過來的欽差令牌後，跪倒謝過皇帝。朱由校這次沒有阻攔，只是說道：“早點動身，等到顯微鏡研製完善後，朕會派人給你們送過去的。”
第二個進來的學生卻不是農學班的，而是一個十三四歲的少年。他作了一揖道：“陛下，器械班學生方以智申請到兵器局去實習。”
朱由校打量着這個少年：十多歲的少年努力裝出老成的樣子，只作揖顯然是聽了外面的人說的，而面對着皇帝，終究不能鎮定自如，腿微微地抖着。
今年研究院的器械班新生並沒有直接進入兵器局實習，因爲朱由校認爲還是先學一些基礎知識了再去後更好一些，而且已經有了去年的學生，對研究院學生的需要並沒有那麼迫切。
朱由校笑笑道：“你爲什麼要直接去實習？應該學習的功課你都學好了？”
微微顫抖的雙腿漸漸有不支之勢，方以智滿頭大汗地說道：“陛下，學生，學生已經學了課本上的知識，覺得只有和實際相對照，才能真正學到知識。”
朱由校有些奇怪，於是問道：“你在哪裡學的？”
方以智回道：“陛下，學生在家裡由母親和姑姑教了一些西方的學識，在這裡有些東西學生已經學過了。”
朱由校問道：“你是哪裡人？”
方以智道：“陛下，學生是安慶府桐城縣人，家父現任兵部職方司郎中。”
原來如此，朱由校點了點頭道：“兵器局有許多研究方向，有蒸汽機車，有火銃，有大炮，還有其它的一些研究，那你想去哪裡實習？”
方以智想了想說：“火銃大炮，殺人之器，不學也罷，我去學習製造蒸汽機車。”
朱由校大笑道：“小小年紀，倒有些老氣橫秋的樣子，有意思。殺人之器也有其可用之處，象建奴猖獗，如果沒有火銃大炮，如何能夠殺退他們。朕準你去兵器局實習，希望你能幫助兵器局，造出更好更快的蒸汽機車。”
第三批學生更奇怪，竟然是地理科的兩個學生。一個三十多歲，一個二十多歲。兩人作揖後，二十多歲的學生開口道：“陛下，學生張岱想要退學。”
朱由校奇道：“你想退學，爲什麼？別人想進研究院都進不了呢，你竟然想退學？”
張岱道：“學生當時來考，本來想治史的，但是沒有歷史班，想着歷史地理相近，所以報的地理班，但後來才發現，其實學生對地理不感興趣，既然沒有歷史，學生覺得還是回家寫文治史比較合適。”
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