下一期的報紙上，聖旨部分登載了一篇《勸發明創造諭》，裡面就是朱由校的兵器局講話。當然，經過徐光啓和葉向高兩位的修改，講話已經面目全非，但主旨思想倒是一點沒有變化。而且在編者按裡有一段說明：奉聖諭，於京師及南直隸設立專利院，全國子民的發明創造都可以在專利院裡進行鑑定，而且想要發明創造的只要提出構想，經審查合格後，可以提供創造經費，但需要有相應的抵押。如果沒有或者不願意抵押的，可以在京師研究院來進行研究，由研究院提供所需的一切費用。
專利院的建立正在進行，而朱由校這時候正在進行度量衡的統一事宜。首先，他造出了現代天平，因爲有秤的存在，所以大明人很容易就理解了天平。
造出天平後，朱由校讓兵器局鍛造了一斤重的鋼鐵塊，都是經過天平仔細稱量了的。然後造出了一兩和一錢的鋼鐵塊。
而長度和容積單位也是照此處理，造出了鋼尺，最小的單位是釐，然後是分，寸，尺。造出了一升，一合，一勺，一撮的鋼鐵塊。
朱由校命令給每個布政司送一套鋼鐵塊和鋼尺，以使各地校正衡器。而兵器局則繼續造出一分重和一釐重的鋼鐵塊。以現在的能力到一釐已經是極限了。
而這時，玻璃廠已經將內裝水銀的玻璃管造好了。朱由校讓人將玻璃管放入冰水混合物中，刻下了記號，然後又放入沸水中，又刻下記號。再將中間這一段等分成一百小段，這樣就成了一個攝氏溫度計。
當然，這個溫度計顯然不叫攝氏溫度計，朱由校就叫它溫度計。用這種方法，可以造出五百度的溫度計，當然，現在蒸汽機的蒸汽溫度也沒有達到五百度，所以短時期內應該是夠用了。
統一的度量衡對於經濟和科學研究都有極其重要的作用，朱由校想要讓全國都用統一的度量衡，當然這是一個漸進的過程，沒有個十年八年來推廣，是不大現實的。但朱由校認爲，先在進行科學研究時用統一的度量衡，倒是不難的。
而朱由校讓茅元儀辦了一份新報紙，名字就叫《大明科學報》，這是一份內部報紙，發行範圍很小，主要是京師大學堂研究院和兵器局，第一期學報中，首先介紹了什麼是科學。
科學，指分科而學的意思，指將各種知識通過細化分類研究，形成逐漸完整的知識體系。是關於發現發明創造實踐的學問，是人類探索研究感悟宇宙萬物變化規律的知識體系的總稱。科學是一個建立在可檢驗的解釋和對客觀事物的形式、組織等進行預測的有序的知識的系統。科學還指可合理解釋，並可靠地應用型知識的主體本身。
這個解釋比較拗口，但朱由校實在是想不到如何用文言文來翻譯它，而徐光啓他們的翻譯又會讓一般人根本不明白是什麼意思，所以索性就用大白話來解釋。
也許是受到對科學解釋的影響，科學報通篇都是用的白話文。第一期報紙上，朱由校提出了科學的研究方法應遵循的一般原則有：1、研究程序的公開性；2、收集資料的客觀性；3、觀察與實驗條件的可控性；4、分析方法的系統性；5、所得結論的再現性；6、對未來的預見性。
而至於科學的研究方法，朱由校也專門寫了一篇文章來闡述。他認爲，進行科學研究，第一是要認識到問題的存在。例如，在研究物體的運動時，首先應當注意到物體爲什麼會像它所發生的那樣進行運動，亦即物體爲什麼在某種條件下會運動得越來越快（加速運動），而在另一種條件下則會運行得越來越慢（減速運動）。
第二是要把問題的非本質方面找出來，加以剔除。例如，一個物體的味道對物體的運動是不起任何作用的。
第三是要把你能夠找到的、同這個問題有關的全部數據都收集起來。例如，可以有意地讓一些球從一些斜面上滾下來；這樣做時，既可以用各種大小不同的球，也可以改變球的表面性質或者改變斜面的傾斜度，等等。這種有意設計出來的情況就是實驗。
第四是有了這些收集起來的數據，就可以作出某種初步的概括，以便儘可能簡明地對它們加以說明，亦即用某種簡明扼要的語言或者某種數學關係式來加以概括。這也就是假設或假說。
第五是在有了假說以後，你就可以對你以前未打算進行的實驗的結果作出推測。下一步，你便可以着手進行這些實驗，看看你的假說是否成立。
第六，如果實驗獲得了預期的結果，那麼，你的假說便得到了強有力的事實依據，並可能成爲一種理論，甚至成爲一條“自然定律”。
朱由校總結了一句話：大膽假設，小心求證，這就是科學研究的基本方法。這個世界有太多我們不懂的知識，都可以通過科學的研究方法搞明白。
朱由校明白，自己的智力最多算得上是中等水平，與大明人相比，多的不過是一些見識。所以他要把自己強於這個世代的一點點東西充分地發揮出來，與大明人的聰明才智結合起來，讓大明的科學技術水平有長足的進步。
他呼籲大家，把精力放在研究自然規律上，平日裡司空見慣的一些事，其實是有深刻的道理在其中的。格物致知這事，是聖人教導大家探究真理的重要途徑，只要把這世界上的道理都弄明白了，更好地理解這個世界。等到有一天，點燈不用蠟燭，耕地不用牛馬，就能使大明人過上象三代之治的好日子。
《大明科學報》的目的是讓大家提出奇思妙想，彼此交流自己的研究心得，希望能夠讓大家的想法碰撞而產生新的火花。科學研究是一個長期的過程，但交流非常重要。在首期的報紙上，就登載了伽利略的《水中浮體對話集》的一部分，並且傳教士答應，每次從歐洲來的教士，都會將最新的書籍帶來大明，與大明的研究工作相印證。
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