畢懋康道：“陛下，臣是這樣想的，不如在研究院裡專門設一科，名曰雜科，這樣不管什麼樣的人才都可以放在雜科裡，然後根據他們的特長，找到相應的教師或者是讓他們自行研究，這樣會不會好一些？”
朱由校拍手道：“這個辦法好，只是聽畢卿所言，應該不是一時性起，而是早就有考慮此事，爲何不與朕商議呢？難道朕就這麼可怕，讓你們有話不敢說。”
畢懋康擺手道：“陛下，臣只是有些初步的想法，還未能考慮清楚，自然不敢貿然進言。陛下於研究院裡，一直都平易近人，臣怎麼會因爲怕而不敢說呢。”
朱由校道：“那就好，畢卿能有話就說，這一直是朕欣賞的一種品質。我們搞研究的，還是不要和他們那些人一樣彎彎繞繞的好。那就加上文史和雜科兩門，在報紙上發一個招考通知，就在一個多月以後開考。”
大明週報在研究院新增文史和雜科的消息後面寫了一個編者按，指出在五月十八將在京師大學堂進行這兩科的招生考試。並且註明，只要任何與文字有關的技藝，包括雜劇，詩詞曲，小說，都將會包括在文史科中。而其他並不在已經有的六科和文史內的，都可以歸爲雜科。並且舉例子說，一個人口技說得好，也可以入文史科，一個人跳繩跳得好，也可以入雜科。但前提是，你做什麼的不重要，重要的是你在這一個方面必須是做得很出色的才行。
這時，孫承宗終於回到了京師。朱由校要雲臺接見了他。行禮過後，孫承宗便開始彙報自己這兩年來的情況。
大部分都已經在以前的奏摺中說過，但孫承宗最後說出的一件事，引起了朱由校的重視。
孫承宗道：“有兩個葡萄牙人找到了臣，提出想和大明聯合起來，攻打西班牙人和荷蘭人。”
朱由校問道：“這西班牙人和葡萄牙人到底是個什麼關係呀，他們原來不是挺好的嗎？爲什麼現在葡萄牙人竟然想聯合我們攻打西班牙人？”
孫承宗回道：“臣詢問了一下，我大明所稱的佛郎機人，其實包括了葡萄牙人和西班牙人，甚至連荷蘭人也在內。但他們內部是有區別的。澳門的就是葡萄牙人，而呂宋島上的是西班牙人，巴達維亞的是荷蘭人。而葡萄牙人現在和西班牙人是一國。因爲這個原因，臣有些擔心葡萄牙人是不是有詐。”
徐光啓道：“陛下，臣與傳教士曾經討論過這個問題。傳教士所來之地，他們稱之爲歐羅巴，分成了很多個小國家，並沒有象大明如此的大國。他們各國之間的王室有一些親緣關係。葡萄牙人本來有自己的國王，但是四十多年前，他們的國王死後，是由西班牙國王繼承葡萄牙王位的。這樣葡萄牙就成了西班牙的一部分。”
朱由校問道：“那葡萄牙人聯合我們攻擊西班牙人是什麼意思？”
徐光啓道：“臣聽傳教士說，其實葡萄牙人並不想讓西班牙國王任葡萄牙國王的，當時西班牙人用武力攻佔了葡萄牙的京城，而且教會也支持西班牙國王，所以葡萄牙人不得不讓西班牙國王兼任葡萄牙國王。這樣一來，有些葡萄牙人深恨西班牙人也是有可能的。”
朱由校問道：“那兩個葡萄牙人現在在哪裡？”
孫承宗道：“臣以爲他們不過大言而已，所以隨便敷衍了兩句，不過臣記下了他們的名字和地址。”
朱由校道：“閣老這個處理方法好，將資料交給黃兵部，他正好要去搞這種事，亞洲是亞洲人的亞洲，這個人我們都要把他們趕出去。現在日本已經沒有必要保留大量的海軍了，以臺灣爲基地，朕準備將水軍全部變成海軍，水軍這個名字不用了。”
在收編顏思齊時，已經用到了海軍都督這個職銜。但依然保留有水軍，現在等於將原來的水軍和海軍合併在一起了，象張千方原來是水軍都督，現在也成了海軍了。
黃克纘道：“陛下，以臺灣爲海軍基地，但象顏思齊等人的家眷可否安置在廈門？”
朱由校笑道：“黃兵部的意思朕明白。不過朕一直以爲，忠心這個東西與我們本身的力量是密切相關的，我們力量強，他們自然就會忠心。再說，朕相信，做爲一箇中國人，應該是絕大多數中國人的引以爲榮的一件事。所以朕的看法是，首先要相信他們，其次也要保留反制的手段，但扣留家眷這樣的就算了吧。”
黃克纘羞愧道：“陛下有大海之量，臣等望塵莫及。臣這就儘快與孫閣老完成交接，前往南邊了。”
朱由校道：“我大明以南一直到呂宋，所有的海域都叫南中國海。所有的島嶼，沿海的陸地，都應該是中國之地。命兵部尚書黃克纘爲南中國海經略，一切軍政民政都由其負責。”
黃克纘跪倒在地道：“臣定不負陛下厚望，用我中華文明來教化蠻夷，讓我大明揚威海外。”
朱由校點了點頭道：“孫閣老先與黃經略交接一下，朕還有重任要交託給你。”
兩天後，朱由校叫來了孫承宗。行禮過後，朱由校說道：“前時孫師弟子袁崇煥之事，想來您已經知道了。”
孫承宗道：“都是臣教導無方，使其不知朝廷法度，其人既有取死之道，那也是他的命。”
朱由校道：“其實說起來孫師可能不相信，朕一開始是對袁崇煥寄予厚望的，可惜他自己不爭氣，朕也沒有辦法。”
孫承宗道：“老臣明白，以一知縣而直接進入職方司，已經是難得的厚恩，後來又派他前去十三人救援義民，只能怪他自己辜負聖恩。”
這事說了就到了正事。朱由校問道：“現今建奴已不足爲懼，而北方邊地之事，卻不知孫師有些什麼看法。”
孫承宗沉吟半晌道：“建奴若全滅，則蒙古人坐大，此事倒是有些麻煩。”
各種求，謝謝支持！