無論如何，在唐朝（618－905）早期，先知的信徒們在中國的人數已經爲數不少。第一批以可觀人數來到這個國家大約是在公元757年，巴格達的伊斯蘭教國王應肅宗皇帝所請，派出大約4000名穆斯林官兵，協助唐朝鎮壓一次造反。事情平定後，這些軍人決定留下，娶了中國妻子，成爲中國的常住居民。在唐朝末期，許多穆斯林從中亞進入中國。這種移民在接下來的宋朝（960－1279）繼續進行，只是規模較小。到了元朝（1271－1368），中國與中亞穆斯林國家交往極爲自由，幾萬名穆斯林在蒙古軍隊中服役，另一些穆斯林在機遇和貿易的吸引下進入中國，龐大的回民人口分佈在中國各處。明朝（1368－1644）照樣接收回民，他們的人口增速很快，特別是在甘肅、山西和雲南。
中國人早就以對各種宗教觀念的包容力而著稱，對回民沒有特別刁難。他們可以參加帝國的科舉考試，而且有不少人獲得官職。在中國認識穆斯林的一千年內，直到1644年爲止，沒有關於中國穆斯林暴動或造反的記載。在唐朝、宋朝、元朝和明朝，沒有出現麻煩的跡象。
在隨着滿人進入中國而發生的戰爭中，穆斯林似乎以不小的熱情支持明朝。這無疑激怒了滿人，而且與後來滿人對穆斯林的態度有很大關聯。摩擦從滿人時期之初就有了，而且帶有血腥味。
1648年甘肅回民第一次起事，回民在蘭州殺死了巡撫和提督。1650年在甘肅東南部的鞏昌府發生了暴動。這些暴動都被嚴厲地鎮壓下去，此後直到1781－1785年，沒有發生大麻煩。西北的回民在80年內相當安定，接着就爆發了1862年至1877年的回民運動。根據左宗棠對其起源的敘述，當時有兩位滿拉（先生）從新疆西部來到甘肅，一位叫馬明心，另一位叫蘇四十三，聲稱他們接收了有關真教的啓示，吸引了一批信徒，於是回民中發生了一些暴力事件。朝廷最後被迫插手，接着與回民的所有派別發生紛爭，一直延續4年之久。但是乾隆爺未能徹底解決問題。儘管他鎮壓了新教派，但是到了嘉慶（1796－1820）治下，又有兩名滿拉復活了已被鎮壓的新教，一個姓穆，一個名叫馬二。到了回民運動的時候，新教已經有了大批追隨者，左宗棠聲稱他們分佈在伊犁至吉林之間，北京也有幾千人。按照左宗棠的說法，舊教派和新教派的區別在於：老教誦經時端坐，合掌向上，置於面孔之前，擡眼向上，由一個人誦讀，送葬不脫鞋；新教誦經則是兩掌向上而不合，大家一起誦讀，頭搖而肩聳，送葬要脫鞋。
回民運動時的新教大首領是馬二之子馬化龍，運動的中心是金積堡，黃河西岸邊的一個回民城市，位於寧夏以南約50英里處。1000多年以來，它一直是一個回民中心。馬化龍不是凡人，他具有支配信徒的神奇力量。新教信仰的一個奇妙特點就是馬化龍能夠赦免罪過。左宗棠又說：
臣於金積各犯解訊時，細心推鞠，有供馬化龍能知未來事者，如遠客來訪，必預知同伴多寡之數；從前官軍攻剿寧、靈，馬化龍父子兄弟悉衆抗拒，預言官軍將退，回民無事之類。有供稱馬化龍時露靈異，療病則愈，求嗣則得之類。有供稱馬化龍於投入新教之人，向其自陳過犯，罰撻皮鞭，代爲懺悔，即可免罪之類。
左宗棠認爲馬化龍是帝國最大的騙子，他的動機完全是爲了圖利，他利用自己對於甘肅回民的強大號召力來聚斂巨財。
我們很難估算1862年回民運動時陝西、甘肅和新疆回民的人口約數。但是可以間接地推算。在這場戰爭中回民遭到的屠殺是駭人聽聞的。左宗棠說，在陝西，10個回民中有9人死於戰爭、疾病與飢餓。［1］有人估算，甘肅的人口從1500萬減到了100萬，而回民的人口減少了2/3。［2］這個估算顯然是有缺陷的，因爲我們可以肯定，回民的人口遠遠超過了漢人，如果所有的漢人都被殺掉了（當然事實並非如此），而死去的回民只有2/3，那麼該省倖存者的比例就會多於1/15。如果甘肅戰前的人口爲1500萬，那麼甘肅回民的死亡率就會跟陝西回民一樣爲9/10，因爲所有的資料都表明，回民運動結束時的人口不會超過100萬。
自從1860年以後，再也沒有人數可觀的移民進入西北，剛好相反，倒是有不少人遷移到中國的其他地區。布魯霍爾是研究中國回民的最細心的學者，他在1910年前後的著作中，估計當時陝西、甘肅和新疆的回民，最小人數爲302.6萬人，最大人數爲640萬人。值得注意的是，這裡的最大估數與其他作者的估數相比是比較保守的。考慮到當時的各種因素，1910年的回民人口是否恢復到了1860年人口的1/3以上，還是非常令人懷疑的。如果把布魯霍爾估數的中間值取爲1910年的可能人口數，那麼據保守的估計，1860年陝西、甘肅和新疆的穆斯林人口應該爲1500萬左右。
太平天國運動以及中英之間的鴉片戰爭，使大家都知道朝廷已經虛弱、無能和，大清王朝正在迅速分崩離析。
1860年，一大股對抗政府的武裝，有人說是太平軍，侵入陝西南部。該省的清軍無法進行有力的抵抗，當局組織一支民兵來驅逐入侵者。在這支民兵中，漢民與回民組編在不同的部隊裡。不久雙方就發生了爭執，互相指責，都說對方在戰鬥中沒有盡責。不論是漢人部隊還是回民部隊，究竟是否打過什麼大仗，是值得懷疑的。入侵者打着太平軍的旗號，在幾個月後就離開了陝南，但和往常一樣，他們引起了動亂。民兵組織仍然是地方自衛的措施。漢人越來越覺得回民曾秘密協助太平軍。雙方已經劍拔弩張，但仍然沒有料到，一件很小的事情會引發衝突。
據說在1862年春季，陝西東部華州的一些回民，沒有得到竹林主人的同意，砍了漢人村莊附近的幾根竹子。回民說，那些竹子用於修築柵欄——共同防禦的工事。知州不敢懲罰砍竹人，卻提議屠殺砍竹現場附近村莊裡的回民。屠殺執行了，結果成爲點燃反抗之火的火花。1862年3月26日，華州地區的所有回民武裝起事，進行了三天三夜不分青紅皁白的屠殺。可用的少量官軍部隊被擊敗了，幾天之內全省都燃起反抗之火。漢人和滿人，一經發現，便被屠殺，不問年齡性別。只有大約2萬名漢人基督徒得以倖免。儘管陝西的回民只佔少數，但漢人都嚇呆了，沒有進行任何抵抗。圍城和圍鎮能夠提供防禦，大多數漢人和滿人逃過了第一波攻擊，但是鄉村裡的屠殺駭人聽聞。
省級當局束手無策，中央政府正在全力對付太平軍、捻軍和雲南的造反者。這場運動波及全省，最得力的地方當局也只能死守圍城而已；他們沒有兵力派往周邊的鄉村。更有甚者，在整個西北，官方的一多半駐軍都是回民。駐軍不忠於朝廷的第一個信號從西安發出，這裡駐紮的一支由回民組成的大部隊離開了城市，去加入他們的同教中人。
在曾國藩手下有過顯著戰績的滿人將領多隆阿，奉調離開曾國藩的部隊，奔赴陝西去執行上諭規定的任務。他雄赳赳地前往陝西，當即大加殺伐，殺死他能抓到的每一個回民，無分老幼，不論男女。但是這支軍隊兵力還不足以完成既定的任務。回民開始集結爲大股部隊，首領們從這些集團中脫穎而出。多隆阿很快就被迫把作戰侷限於西安城外的鄰近區域。
回民運動很快就向西發展到甘肅。到1863年底，全省除了圍城以外，全部落入回民手中。又從甘肅發展到新疆，乾隆於1760年在那裡恢復了中國的主權，100年來，中國在那裡的統治未曾受到嚴重的挑戰。中國政府在這個地區總體上施行仁政，這裡的回民和漢民之間沒有盛行於陝西與甘肅的明顯對立。這個地區的所有駐軍都是回民，同時有滿人和蒙古人官兵散佈各地。中國政府在新疆的總部設在固爾扎。
發生在甘肅的事件很快就動搖了西邊的回民，他們相繼在哈密、巴里坤、烏魯木齊、瑪納斯和吐魯番起事，照樣屠殺漢人、滿人和蒙古人。喀什噶爾和伊犁也開始起事。伊犁河谷的屠殺非常嚴重，因爲這個區域有較多的漢人、滿人和蒙古人居民。乾隆所建的固爾扎新城有大約7.5萬人，遭到徹底摧毀。到1864年底，從潼關到帕米爾的清朝當局被侷限在陝西和甘肅的幾座圍城之內，在整個新疆幾乎只剩下了一些遺蹟。
戰爭在陝西緩慢進行，清軍不時從圍城中發起一些突擊。對運動的鎮壓沒有取得任何進展，多隆阿於1866年被回民俘獲斬首。
1864年，朝廷派楊嶽斌到蘭州出任陝甘總督。此人曾在曾國藩的水師中大戰於長江而揚名立萬，與太平軍作戰勇氣非凡。他不是書生，起家行武，卻登上了總督高位。然而他顯然眼光有限，屬於只能當僚屬的那一類人。作爲長江上的一名司令官，協同陸軍作戰，他是無與倫比的。作爲甘肅的總督，僅僅隸屬於遠在北京的天子，無人爲他出謀劃策，他就找不到北了。不久他就被免去了職務。寧夏滿人駐軍的司令官穆圖善將軍被任命爲總督。
按照安德魯斯的說法，穆圖善是一位智勇雙全的軍人，［3］但左宗棠認爲他既無智又無勇。
左宗棠認爲他軟弱無能，甘願被回民首領所愚弄。穆圖善的確致力於保住蘭州，他對回民進行安撫，也許是爲了不讓他們全部集合到某一個首領之下。然而，一座又一座大圍城落到了回民手中，最後只有北部的甘州、省會蘭州和東部的平涼堅守下來。局勢已經糜爛不堪，據說甘肅西部西寧的陷落，居然3年未向北京報告。［4］很明顯，只要穆圖善哪怕有一點點鎮壓回民運動的表現，他都不會受到降職處罰。1866年秋天，左宗棠被任命爲陝甘總督，而穆圖善被降爲甘肅巡撫。
從左宗棠被任命爲陝甘總督之時起，直到他抵達西安爲止，經過了兩年多的時間。其中有一年半他在與捻軍作戰。不過，在他從潼關渡過黃河親自上陣打捻軍的時候，他指令劉典代他負責指揮陝西的征戰。後來他把劉典推到了陝西巡撫的位置上。左宗棠在山西、河南與直隸追逐捻軍的時候，劉典也沒有閒着。他肅清了陝南和東起潼關西至甘肅邊界的渭河流域，保障了西安以東的道路通暢。陝北仍然被造反軍佔領，沿陝甘邊界他們兵力甚衆。
甘肅的局勢很難充分評估。除了平涼城、蘭州城和甘州城，全省都在造反軍手中。蘭州及其東部偶爾也能交通，而順黃河而下直至包頭的路線仍然暢通，儘管河道幾乎就在甘肅最強大的回民堡壘金積堡的城牆下面通過。
甘肅的回民勢力有4大中心。西北的金積堡是新教的中心，而新教的領袖是馬化龍。第2大中心是蘭州西南邊的河州。河州回民多數是舊教信徒，服從馬佔鰲的指揮。第3大中心是蘭州以西的西寧，這個地區的主導人物是馬尕三。第4大中心是甘肅西北部的肅州，那裡的領導人是馬文祿。西寧和肅州的回民多數傾向於新教。不過，在整個回民運動中，4大中心沒有顯著的協同。甘肅的兩個主要領導人是馬化龍和馬佔鰲，但是他們並不十分投機。各個集團之間的相互援助是間歇性的，而且成效不大。
馬化龍是回民運動最傑出的領袖，但他的地位不容易看懂。很明顯，他鼓勵、支助、推動運動長達約7年之久，但在朝廷看來他是個友好人士，站在帝國大業的這一邊。穆圖善在寧夏時顯然跟他混得很熟，對他充分信任。可以肯定，這就是那麼多年來蘭州以下的黃河河道保持暢通的原因。馬化龍如此扮演兩面派的目的究竟是什麼？這是這場回民運動留下的一個最大的謎團。
新疆的局勢跟甘肅大致相同。主要的中心是哈密、烏魯木齊和瑪納斯，但三者之間沒有任何合作，而且都對甘肅發生的事件麻木不仁。在伊犁河谷，回民內部的紛爭十分激烈，以至於俄國人抓住機會干預，佔領了整個河谷。一浪又一浪的運動從陝西擴展到帕米爾。雖然局勢提供了許多機會，但只有塔里木盆地出現了一個政治實體。阿古柏建立了喀什噶爾王國。
註釋：
［1］《年譜》，第5卷，第33頁。
［2］安德魯斯：《中國西北的回教勢力》，第155頁。
［3］安德魯斯：《中國西北的回教勢力》，第81－83頁。
［4］普列捷瓦爾斯基：《蒙古》，第2卷，第124頁。