他堅信，馬化龍是甘肅回民的最高首領，只要他能讓這個狡猾的回民知道，他左宗棠根本無意於離開甘肅，而是執意要拿下金積堡，那麼馬化龍就會自動命令回民部隊離開陝西，到甘肅來增援他。蘇佔彪部從固原向預旺堡的迅速推進，被包圍在金積堡不遠處吳忠的左軍所做的頑強抵抗，以及劉端冕爲了恢復金積堡地區到黃河之間交通的進軍，肯定已經使馬化龍意識到，他需要自己的部隊在甘肅，而不是在陝西。不過，他意識到這一點時，已經爲時太晚。
只有這種假設，才能合理地解釋馬化龍爲什麼要在1870年春季命令回民軍迅速地撤出陝西。但是，當他們回到甘肅時，已經失去了凝聚力，對馬化龍派不上大用場了。訓練有素、紀律嚴明的部隊能夠在經歷幾次如此急切而毫無戰果的行動之後，仍然保持一定程度的效率，但鬆散組織起來的部隊是無法辦到的。回民軍沒能調動左宗棠，而是調動了他們自己。可以合理地推測，左宗棠在2月下旬對局勢的評估完全應驗了。他對回民軍的瞭解，比回民軍對自身的瞭解更爲透徹。
在那種局面下，沒有什麼比失去劉松山更令左宗棠痛苦。那是一位身經百戰的將領，從曾國藩最初的湘軍中崛起。他享年不到39歲，但他在戰場上幾乎不斷地馳騁了17個年頭。據說在太平軍進入湖南時，劉松山與河南南陽的一個女孩訂婚了，但他忙於征戰，沒有時間舉辦婚禮。1868年，鎮壓捻軍以後不久，左宗棠給他放假，讓他去河南成親。劉松山只跟新娘一起共度兩週時光，就奉命立刻前往山西指揮作戰，開始向陝北進軍。他並非書生出身，事實上幾乎是個文盲，但他是具有獨特能力的軍事指揮員。他的征戰生涯及於湖南、湖北、安徽、江西、廣東、福建、河南、山西、直隸、陝西與甘肅，他獲得了廣東提督的官銜。左宗棠個人非常喜歡他，他指揮的北路征戰令左宗棠完全滿意。左宗棠在自己的部隊中，對他的倚賴超過任何一位將領。《年譜》作者說，當劉松山去世的噩耗傳來，老戰士們無不落淚。
填補北路軍司令空缺的問題必須立即解決。左宗棠舉薦劉松山的侄兒劉錦棠出任此職。此人與他的叔叔一起經歷過大多數征戰。劉錦棠的級別比不上北路軍中的幾名將領，爲了彌補這個缺陷，左宗棠請求皇帝任命他爲名義上的北京文官。京官能夠壓過各省同級別的官員一頭，而文官在任何地方都能壓過同級別的武官。這個請求得到了批准，劉錦棠成爲金積堡地區左軍的司令官。
這個任命還有另一層考慮。劉松山的部隊是由湖南人組成的，而與他協作的其他將領，指揮着從其他省份派來的部隊。湘軍的一個特性是不聽外省將領的指揮，他們在這方面的感受必須加以考慮。劉錦棠雖然算不上一名嚴格意義上的學者，但他年輕時讀過書。後來的事實表明，他的軍事指揮才幹比他出色的叔叔更勝一籌。左宗棠從軍官中挑選司令官時很少犯錯，也許從未出過紕漏。這是他最大的優點之一。
從3月到4月，劉錦棠完全控制了金積堡的局面，部隊突出了包圍，擴大了戰場。其中一個重要的原因是，金積堡的許多回民部隊那時還在陝西。馬化龍於4月底向劉錦棠請求安撫，他說春耕時節將過，他的部衆必須種莊稼了。左宗棠接到報告，指示說：馬化龍必須首先交出所有的武器和馬匹。馬化龍拒絕了這個條件，於是事情拖延下來。5月初，金運昌領着援兵從陝北來跟劉錦棠會師。劉錦棠如虎添翼，戰局由防禦明顯轉入進攻。馬化龍又玩老把戲，試圖截斷綏德運道。可是左宗棠現在已經完全控制了這條線路，回民軍未能得手。
在6月和7月，劉錦棠步步推進，重新奪取了他叔叔曾在去年奪取後來又被回民軍奪回的許多村堡。在東面，經過激戰，他奪取了馬八條寨、馬七寨和胡家堡。金運昌在北面推進到距離金積堡城牆大約1英里以內的地方。
8月份，左宗棠將雷正綰、黃鼎和徐文秀指揮的3路兵力從南邊調往金積堡，封鎖了通向金積堡的所有道路。他派出一支勁旅前往峽口駐守，這個要隘能保持平涼到金積堡之間的暢通。金積堡周邊一個又一個堅固的村堡被左軍奪佔，在金積堡四面作戰的部隊已經連接起來，形成了對馬化龍堡壘的完整包圍圈。
金積堡西北面有第二道城牆，保護着該城的商業區東關。劉錦棠於9月12日攻破了這道城牆，一戰而佔領該區。左軍燒燬了東關，破壞了大約3000個商店和貿易設施。左軍開始在距城牆約800碼處開挖環城壕溝。據說壕溝寬30英尺，深20英尺，向溝內注水，使回民軍無法從城內突圍。壕溝於9月26日挖成，說明左軍的勞動量得到了巧妙的運用。
在其他戰線上，左宗棠完全收拾了局面。渭河流域的部隊已經西進，於6月份佔領了洮河邊的狄道重鎮。左宗棠命令該部鞏固在狄道的地位，不要試圖繼續西進。在中部，他肅清了西達安定和會寧的鄉村。他的戰線大致對應於狄道－安定－會寧－海城－中衛一線。他似乎放棄了跨越陝北的交通線，把兵力集中在平涼至金積堡一線。他在這條路線上駐紮了30個營，以維護道路暢通。凡是能省下來的人，都被派到金積堡，在北線作戰結束時，他在金積堡周邊擁有71個營。這時他的部隊規模已縮小了很多，金積堡前的部隊可能沒有大超2.5萬人。他開始越來越多地使用甘肅清軍，任命湖南將領周開錫爲司令官。這些部隊曾在秦嶺山脈以南的甘肅境內作戰，有些部隊協助攻佔了狄道。甘肅的綠營部隊通常擁有5萬多人，但現在肯定已經大大減少，可能剩下一半。
許多陝甘回民投降接受安撫，給左宗棠帶來了一些麻煩。他必須照顧這些人，又吃不准他們會不會再次起事。他曾試行將他們隔離的做法，由於這個時期在甘肅不難找到荒廢的土地，他在村莊裡安置回民取得了相當大的成功。那裡沒有別人，只有回民和一支小駐軍。他就這個問題所寫的奏摺頗爲有趣。他寫道：
再，辦回之道，與辦發逆、捻逆不同。發逆剃髮，捻逆拋棄馬械，即與平民無殊。故戰勝受撫，給以免死牌票，資遣歸家，如其措置得宜，便可相安無事。其無家可歸及悍鷙不馴者，或暫羈之營中，鈐以軍令，編管既密，久亦相忘。解散之策行，則賊勢孤；安插之地多，則賊羣渙。此辦發逆、捻逆必由之道也。
回則不然。其與漢民積仇既深，婚姻不同，氣類各別，彼此相見，輒起殺機，斷難孚洽。又種族攸分，狀貌亦異，雜一回民於稠衆中，令土人遍識，必能認別，百不一爽。回民中豈絕無稍知順逆、亟思自拔來歸者？然久處賊巢，既苦頭目之侵陵迫脅，甫離巢穴，又畏漢民之報復尋仇。當生死莫卜之時，靡不依違其間，以求苟免。此解散之難也。以陝回人數計之，從前無事時，散處各州縣地方丁口，奚啻數十萬。現計除西安城中土著兩三萬外，餘則盡族西行，陝西別無花門遺種。即合金積、河、狄、西寧、涼州等處現剩陝回計之，丁口亦不過數萬。其死於兵戈、疾疫、飢餓者蓋十之九，實回族千數百年未有之浩劫。區區遺種，既無歸陝之望；就甘地安插，而甘民痛定思痛，又不免他族逼處之虞。此安插之難也。
迭奉諭旨：“不論漢回，只論良莠。”仁育義正之懷，昭然若揭。回民亦具人心，豈獨毫不知感？無如仇釁四結，每苦無處求生，莫知禍之所屆。臣維解散安撫，實辦回不可少之着。因於經歷屯墾之餘，劃出荒絕地畝稍成片段者，以處求撫之陝回。現在平涼大岔溝等處，收撫陝回老弱婦女及務農丁壯約數千人，均給以賑糧、牲畜、籽種，課其耕作，與賑撫各屬災黎，招輯屯墾，一律辦理，以廣皇仁。
回民軍掃蕩陝西一事，給左宗棠招來了來自全國高官的一浪批評。當對金積堡的圍攻進展到1870年秋季時，北京開始認爲左宗棠一事無成。10月上旬，他接到一份上諭：
陝甘回匪滋事以來，朝廷軫念西陲，大伸撻伐，特命左宗棠爲欽差大臣，督兵剿賊，厚集兵力，寬予限期，計每歲撥用餉銀不下八百餘萬兩，該大臣於行軍、籌餉事宜有所陳奏，無不立見施行，倚畀不謂不重。乃自抵甘以後，雖據迭報勝仗，總未能痛掃賊氛，致金積堡一隅之地，至今日久未下，逆首稽誅，軍務安有了期！竭東南數省脂膏，以供西征軍實。似此年復一年，費此巨帑，豈能日久支持？該大臣捫心自問，其何以對朝廷？
左宗棠對這份上諭的回奏頗爲剋制，顯然上諭中的措辭很深地傷害了他的自尊。他以較長的篇幅闡述金積堡的問題，試圖表明那絕非一個無足輕重的地方。他說，自從乾隆時代以來，回民一直在逐步增強金積堡的力量，他們以堅固的防禦封鎖了通往該城的所有通道，金積堡四周村堡林立，溝渠環繞，壁壘森嚴，所以進兵必得緩慢。從靈州到金積堡一線有400多座村堡。金積堡的城牆非常堅固，水面接近地表，挖掘地道是不可能的。除了用手頭上有限的大炮轟擊以外，沒有別的辦法摧垮城牆。回民軍抵抗頑強，火力強大，他的部隊傷亡慘重，許多最優秀的軍官在陣亡之列。捷報確實不少，他特別要說明的是，他沒有報告過未曾實際進行的戰鬥，也沒有報告過未曾實際取得的戰果。皇帝對已經取得的進展大失所望，令他非常慚愧，但他已經盡力，而部隊的作爲，也達到了環境所容許的最大限度。
整個12月份，對金積堡的炮轟據說還在繼續，不過火力不可能很大。左宗棠有幾門克虜伯大炮，可是彈藥供應有限，而此時的炮兵似乎也不大專業。儘管如此，他對這些大炮在奪取該城中的作用寄予厚望。爲了預防甘肅其他地區的回民軍來增援馬化龍，劉錦棠和金積堡前的其他將領另挖了一圈壕溝，把他們的陣地團團圍住。壕溝寬30英尺，深20英尺，引水注滿。劉錦棠終於在靠近東牆的地方修築起一座炮臺，高度可以俯瞰金積堡的外牆。他於1871年1月1日把克虜伯炮架到了炮臺上。從這個位置他能把猛烈的火力傾瀉到回民軍頭上，終於摧毀了他們的防線。
金積堡內已有幾千人餓死，人們靠吃人肉爲生。1月6日，馬化龍只帶一名隨從來到劉錦棠大營對面的寬溝旁，求見劉錦棠。他被領到這位漢人將領跟前，匍匐在地，請求把金積堡的抵抗都算在他一個人頭上，讓他的手下得到赦免。劉錦棠召來所有將領，召開軍事會議。幾名將領主張立即處死馬化龍。不過，他們最後通過決議，應該先將此事報告左宗棠。馬化龍被拘押在劉松山的大營內，由重兵看守，但其他待遇從優。
與此同時，左軍停止了對馬化龍降軍的攻擊。劉錦棠進入金積堡，滿目淒涼景象。壯丁只剩下大約1000人。居民都放棄住宅住進了掩體，許多人餓得走不動了。男人被看押起來，婦女兒童被送到濠外，給予食物。金積堡這個堡壘，頑強抵抗左宗棠長達1年半之久，並且由此而大大有損他的威望，現在走到了相當悲慘的結局。［5］
這裡沒有像甘肅戰役稍後階段那樣發生屠殺。左宗棠無疑急於結束戰爭。他一直認爲馬化龍是回民領袖，他現在肯定期望全甘肅的回民投降。他命令劉錦棠讓馬化龍寫信給各位回民領袖勸降。馬化龍寫了幾封信，但效果並不顯著。總共有大約1.9萬名陝西回民被送往平涼地區，來自甘肅其他地區的8000名回民被遷移到平涼，1.2萬名金積堡回民被遷移到固原地區。回民交出了4門大鐵炮，4門大銅炮，28門小炮，20門輕臼炮，293杆擡槍，180支外國來複槍，1030支短槍，以及2418件刀矛。劉錦棠對廢墟進行初步搜查，找到200多支外國來複槍，進一步搜查，又找到1000多支。一下子搜出這麼多外國造的武器，令左軍懷疑某個國家在秘密地支助回民軍。不過，《年譜》沒有指出懷疑的國家是哪一個。
馬化龍被嚴密審訊了好幾天，要他交代外國武器的問題。但他拒絕說明從何處得來。也許這些武器是若干年來在通過蒙古進行的貿易活動中積累起來的，並不具有特定的政治意義。如果按照利希霍芬的說法，回民軍從左軍手中奪取了大量外國武器，那麼此事就很容易得到解釋。不過，如果是他們奪取的武器，左軍應該不難識別。也許左軍認出來了，但在官方報告中最好對此隻字不提。1871年3月2日，馬化龍及其12名家屬被處以磔刑，大約80名級別較低的回民軍首領被處以斬首。
整個甘肅東部現在都處於左軍控制之下。左宗棠的戰線幾乎縮小了一半，但甘肅還遠未平定。在寧夏－金積堡地區必須留軍駐守，但作戰部隊的主力可以調往別處了。攻克金積堡動用了71個營，部隊損失慘重。《年譜》作者沒有報告減員總數，但在談到長沙人在湘軍中所起的作用時，他列舉了23名營官和哨長的名字，他們都是在金積堡前陣亡的軍人。長沙府所屬的各個縣份，只爲甘肅北部的湘軍提供了部分兵員，而這個地區的左軍還有並非湖南人的部隊。這個證據，加上北路軍司令官劉松山陣亡的事實，足以表明這是一場死傷累累的血戰。
註釋：
［1］《利希霍芬信札》（Richithofen’sLetters），第105頁。
［2］《年譜》，第5卷，第4頁。
［3］《年譜》，第5卷，第8－9頁。
［4］《年譜》，第5卷，第23（a）頁。
［5］《年譜》，第5卷，第42（a）頁。