太平軍曾經有過一次著名的北伐。大約在他們朝着北京郊外挺進的同時，一支綠林武裝在他們的影響下揭竿而起。這支武裝叫做“捻軍”。從1853年起，他們的人數與日俱增，他們的搶掠令官府十分難堪。他們一般活動於黃河沿岸，這個地域包括河南、安徽北部、山東、直隸南部。在整個太平天國時期，他們不斷地襲擊這些省份。由於某種很難說清的原因，他們從來未與太平天國共舉大業。造成這種情況的一個原因，也許在於捻軍都是華北人。由於多數北方人對南方人從傳統上懷有敵意，所以他們受到了影響。太平軍幾乎全部來自長江以南。曾國藩一直擔心捻軍加入太平天國。在英法聯軍於1860年從北京撤出以後，他曾建議朝廷委派著名的蒙古將領僧格林沁親王對付捻軍。僧格林沁跟捻軍打了4年多，作戰區域爲豫南、皖北、魯西和直隸南部。他在鎮壓捻軍的作戰中沒有取得顯著的進展，於1865年5月在山東曹州附近遭到捻軍伏擊，並被他們殺死。
捻軍的與衆不同之處在於他們根本就沒打算另立政權，並非專門針對朝廷，也沒有試圖在任何一個地方鞏固自己的勢力。他們一律騎馬，手持刀矛，幾乎沒有裝備火器。這樣一來，他們就無力攻取圍城圍鎮。但他們能夠堵塞交通，破壞環境，使鄉下人無法忍受。由於騎馬，他們的機動性很強。當官軍追剿他們時，他們的機動優勢足以拖垮官軍。在他們將被包圍時，他們會化整爲零，然後在遠處集結。他們的首領很多，其中最著名的一位是張宗禹。
太平軍丟失南京之後，許多部隊散佈在長江以北，投奔捻軍。從這時起，捻軍使用的火器明顯增加。他們很少吃肉，或者完全素食，靠吃核桃大小的麪疙瘩維持生命。他們隨身攜帶麪疙瘩，食用前用水或肉湯煮熟。他們從不洗澡，替代辦法是弄出一身大汗，然後用粗質毛巾擦乾。
僧格林沁死後，朝廷命令曾國藩負責剿捻。曾國藩不大願意挑這副擔子，但他只得於1865年6月離開南京，率領9000名湖南士卒和2.2萬名安徽士卒前往山東。他的部隊共有3.1萬人。他被任命爲直隸、安徽、山東3省所有部隊的最高統帥。［1］在一年半的時間裡，他致力於鎮壓捻軍，把往日跟太平軍作戰的許多老部下召來協助自己。他也沒有取得顯著的進展，並於1867年初獲得批准，返回南京，把戰場指揮權交給了李鴻章。
李鴻章得到了一顆剿捻欽差大臣的官印。這樣一來，他發佈的命令，在他的職權範圍之內，就跟皇帝本人發號施令一樣。他不僅是欽差大臣，還被任命爲湖廣總督，不過由其弟在武昌的總督署代行他的權責。
那一年年初，捻軍在鄂北吃了敗仗，北進河南。不過，他們很快又向西運動，奔向處於回民運動中的陝西。朝廷大爲震驚，惟恐他們與回民軍攜起手來。
當左宗棠從福州起程去上任陝甘總督時，他在江西南昌接到一份上諭，命令他加快行程，因爲捻軍就要進入陝西了。他於1867年1月31日抵達漢口，跟隨他從福建而來的部隊晚到1個月。左宗棠意識到，他必須首先鎮壓了捻軍，才能夠開始處理回民問題。不過，他似乎認爲捻軍蹦躂不了多久，特別是因爲朝廷啓用了帝國的所有大人物來對付他們。他在漢口埋頭準備針對回民軍的陝甘作戰行動。他知道自己面臨的任務是長期的，需要幾年時間才能完成。在過去幾年裡他已有足夠的經驗，體會到戰前準備的重要性。他在漢口待了將近兩個月，儘可能地集結裝備，安排接收和供給。
左宗棠特別需要大炮。他在來到漢口之前就已經着手安排供給了。他早已派人打前站，當他抵達漢口時，許多事情已經安排妥帖。根據他的指令，漢陽的鐵工廠已經生產出若干大炮、炮架、臼炮和炮彈。我們無法確定他什麼時候獲得了首個克虜伯炮隊，但很可能他在漢口時就已下令置辦了。他對外國的大炮非常欣賞，知道它們在中國是無與倫比的武器，但他堅信中國人能夠造出比當時的中國造武器更爲適用的裝備。他僱用了幾名外國機械師當助手。梅斯尼（Mesny）說，他在漢口有一家工廠，其中接了左宗棠的許多訂貨。他爲發射12磅炮彈的大炮製造了若干炮架，還製造了一些散彈、炮彈和臼炮。他還說，左宗棠對他非常滿意，要帶他一同去甘肅。［2］左宗棠給他提供了一個職位，只是由於英國領事反對，他纔沒能成行。
左宗棠從他還是一名窮學生的歲月裡就對西北深感興趣。他閱讀過所有能夠找到的描述甘肅和新疆的書籍。他詳細地研究過中國在中亞進行的戰爭，特別是康熙和乾隆在準格爾與喀什噶爾的戰爭。據《年譜》作者說，長城末端以外的西部土地，對於童年時代的左宗棠就具有格外的魅力。他從不放過任何機會加深對那裡的瞭解，當他遇到曾在西部服務的人，不論是官員還是流放者，他都會提出有關那個地方的許多問題，例如道路、水流、山脈等等。如果得到了什麼新的信息，他會立刻用筆記下。他蒐集的有關西北省份和中國中亞地區的信息，對他而言可謂無價之寶。
他在漢口給皇帝寫了一份奏章，概述他對局勢的初步估計，報告他爲平定西北將要採取的措施。該奏章的部分內容如下：
……竊維臣由閩啓行，時念舊部分駐兩省，得力將領除蒙恩簡放實缺外，均已奏委署理要缺鎮將，若檄調隨徵，則閩浙頓覺空虛，殊爲可慮。雖各員告請西征，概未敢許。其所攜以同行者，僅三千餘人。奏請劉典幫辦軍務，亦僅令選募舊部三千人。初意南人用之西北，本非所宜，只可多挑營官、哨長之才，入秦後，再將陝甘現存各營兵勇分別汰留，而勻撥膽技稍優弁勇充當親兵護哨，編列成營，以倡勇敢之氣。庶臣部行糧可資節省，而陝甘飢軍亦可漸有位置，兩得之道也。
又，臣軍頻年轉戰東南山澤之鄉，無須多用馬隊，每次上口採買，爲數本屬無多。當由閩拔隊之時，以嶺嶠艱阻，水陸數易，所有戰馬驅以隨行，必形疲乏，故遂留之閩中。原擬抵鄂後派弁上口採購；至鞍（革佔）一切，又須在陝西制買。故前此預先陳明抵鄂、抵西安後，均不能無少耽延也。昨抵黃州，接見守令，始知捻逆大入鄂疆，漢、黃、德一帶均形震動。復奉寄諭：竄陝捻逆又已擾及南山。傳聞賊蹤蔓延甚廣，萬騎縱橫，鄂、陝官軍均不得手。臣於二十六日相度營地，暫於漢口鎮北橋口地方安扎六營。二十八日入駐新營，一面飛催劉典迅速選募成軍，來鄂會隊。並增調各營，於原擬六千人外再加募六千，合成一萬二千人，均限一月到鄂。惟馬匹無從購覓，託官文代爲搜索，亦僅得馬二百八十餘匹而已。諭旨敕臣由鄂入秦，先剿陝逆。此時臣軍步隊僅止三千餘，馬隊尚未習練，雙輪、獨輪車式尚未動工製造。所擬以制賊者步隊、馬隊、車營，而皆無以應手，倉卒就戎，必貽後悔，臣不敢不慎也。
方今所患者，捻軍、回逆耳。以地形論，中原爲重，關隴爲輕；以平賊論，剿捻宜急，剿回宜緩；以用兵次第論，欲靖西陲，必先清腹地，然後客軍無後顧之憂，餉道免中梗之患。謹即一面就地採買口馬，練習馬隊，先造獨輪炮車，暫應急需。俟所調各營取齊，由襄樊出荊紫關徑商州以赴陝西，即古由武關入秦之道，沿途遇賊即擊。比抵陝西，則製造雙輪炮車，兼僱買車輪，俟採買口馬到陝，增練馬隊，並習車營。一面開設屯田總局，相度秦、隴緊接要隘有水草可田可牧者開設屯田；一面汰遣陝甘各營，去疲冗，省軍食，爲久遠之規。其願留屯田者，編入冊籍，指地屯牧；不願留者，資遣散回各本籍，禁其逗留爲患。然後軍制明而內訌可以免，屯事起而軍食可漸裕也。
甘省回多於漢。蘭州雖是省會，形勢孑然孤立，非駐重兵不能守。駐重兵，則由東分剿各路之兵又以分見單，不克挾全力與俱，一氣掃蕩。將來臣軍入甘，應先分兩大枝，由東路廓清各路，分別剿撫，俟大局戡定，然後入駐省城，方合機局。是故進兵陝西，必先清關外之賊；進兵甘肅，必先清陝西之賊；駐兵蘭州，必先清各路之賊。然後餉道常通，師行無梗，得以壹意進剿，可免牽掣之虞。亦猶之江、皖佈置周妥，然後入浙；浙江肅清，然後入閩；閩疆肅清，然後入粵。已復之地，不令再被賊擾。當進戰時，即預收善後之效。民志克定，兵力常盈。事前計之雖似遲延，事後觀之翻爲妥速。
自古邊塞戰事，屯田最要，臣已屢陳其利矣。漢宣帝時，先（零）羌反，趙充國銳以自任，其所上屯田三疏，皆主持久之義。宣帝屢詔誚責，充國持議如初，卒收底定成效。可知兵事利鈍，受其事者固當身任其責，至於進止久速，則非熟審彼己長短之形，飢飽勞逸之勢，隨機立斷不能。此蓋未可以臆度而遙決者也。
臣頻年轉戰東南，於西北兵事未曾經歷；所部均南方健卒，於捻、回伎倆並無聞見。若不慎之幾先，加以迫促，誠恐所事無成，時局亦難設想。明臣孫傅庭催促出關，卒以致敗，可爲前鑑也。伏懇皇上假臣便宜，寬其歲月，責臣以西陲討賊之效，不效則治臣之罪，以明軍令。臣惟勉竭駑鈍，次第規畫，以要其成。剿捻、剿回均惟事機所在，若兵力未集，馬隊未練，屯務未舉，車營未成，則無所藉手以報君父。臣雖身任咎責，無補時艱。此則耿耿愚忱，有不能不預爲披瀝者。……
左宗棠在漢口時，家人從長沙趕來看他。《年譜》說，他與妻子的最後訣別是非常悽惻的。妻子竭力裝作很快活，左宗棠百感交集，情不自已。二哥也來看他。左宗棠對二哥牽腸掛肚，因爲二哥年老體衰，情緒低落。左宗棠分外殷勤，在兄弟二人最後一次共進晚餐時，他吟誦了二哥幾首詩作，開懷暢飲。隨從們對大帥的行爲大感吃驚，顯然他們從未見過總督大人如此放縱——沉湎於詩酒。左宗棠此後與妻子和二哥再無重逢之日，在他征戰甘肅的日子裡，這兩位親人告別了人世。［3］