金陵城內本來就人心思變，徐鵬舉一倒戈，石頭城的城防登時癱瘓，隨高拱前來的戚繼光便領新軍佔據各處碼頭，商行建即以徐鵬舉帶來的三千兵將爲前驅，開進南京，城內百姓見沒有開戰，無不暗自慶幸，只是南京的六部官員大多垂頭懊惱，腦子靈活點的早已預備好了後路，次之者也打起了奉承高拱的主意，而一幫下劣之徒卻還在彷徨。
商行建有徐鵬舉作爲嚮導，不費吹灰之力地便佔據城內的重要據點，跟着將皇宮一圍，北南尊卑便成定局。
“我要去參見太上皇，着南京主事以上官員，至陛前聽旨。”聽商行建已經控制南京以後，高拱也下達了他的命令。
南京的大小官員這時早就都聚在了一處，卻是嘉靖聽說徐鵬舉倒戈，大兵入城，仰天嘆息道：“我大明養士百年，億兆官民之中，難道就沒有一兩個忠義之輩麼？”
卻有一個不知何名的小太監，奔了出來大叫：“君辱臣死！天下豈會沒有忠義之輩！”竟然就在階級錢撞頭自殺。
旁邊幾個大臣見到無不錯愕，心想：“這小太監是吃錯藥了，還是讀幾本書壞了腦子了？這都什麼年代了，還講什麼君辱臣死。”
嘉靖卻對屍體痛哭起來，吩咐下去，命人從厚安葬。但屬官領命之後卻想：“這種得罪新主子的事，萬萬做不得。”就只是空口答應，並不打算執行，僅僅將屍體拖到角落裡而已。
“欽差大人到了——”
嘉靖慌忙收拾心情，整理好龍袍歸位於龍座之上，喝令百官分文武立定，便見高拱高趾揚氣走了進來，高學士如今的官位不過四品，這大殿之上，官位比他的高的至少十幾個，可他走到哪裡，哪裡的南京官員就將頭低下，哪怕是六部的尚書侍郎，都察院的都御使、給事中。
倒只有嚴嵩把持得住，他已知道自己十九無幸，因此心中反而坦然了些，看看高拱已走到嘉靖面前，猶然不跪，便叫了一句：“新鄭！你要做賈充，也不必寫在臉上。”
賈充是三國時代魏晉交接的親司馬系大臣，司馬代替曹氏的那場禪讓秀，賈充出力猶多，是儒家評價體系中的“奸臣”。
高拱心中一凜，慌忙收斂了幾分，跪下行三跪九叩之禮。
嘉靖這時已經連南京都失去了，就是這大殿之內，肯再聽他號令的只怕也沒幾個了，但他居然還能守住他作爲皇帝的最後一點面子，穩穩坐在龍椅上，問道：“來的是高拱吧？”
高拱磕頭稱是，嘉靖又說：“好，好，好……”若換在胡馬南侵之前，高拱聽到這幾個“好”字非想破頭皮以猜測嘉靖這樣說話是什麼意思，但現在局勢一變，嘉靖威權盡失，他的那一套在北京行之有效的權謀之術，到了此時此地就完全無法產生作用了，高拱心裡也不把他當回事，只是啓奏道：“太上皇容稟，陛下在北京思父心切，抑鬱將狂，又擔心太上皇不適應南方的水土，因此特命臣來南京接太上皇回京，以盡天倫之樂。”
說着不等嘉靖答覆，便轉過身來宣讀聖旨，卻是要聖旨中提到的二十三名大臣即日隨駕進京，沒提到的仍居原職，然而那二十三名大臣一走，南京的實職官員便被搜刮一空。這道聖旨措辭雖然客氣，可當着嘉靖的面這麼號令羣官，竟是毫無商量餘地，百官聞旨之後也未抗拒，一一接旨。
“軟骨頭，軟骨頭啊！”嘉靖心中哀嘆着，知道自己是無力抗拒的了，口中卻哀聲問高拱：“皇兒的身體可好？這一年來讀書可有進益？太后安否？皇后安否？”
高拱一一作答，道：“陛下正當，讀書日有所進，且舉一反三，超邁羣儒，太后、皇后身體都還康健，只是久不見太上皇，不免憂思，南望今年，一日猶如一秋。”
嘉靖兩行淚水流了下來：“如此說來，倒是我累了大家。罷了罷了，高拱，你去安排吧，什麼時候方便就什麼時候上路。”
嚴嵩叫道：“陛下！”這句呼喚，情感充沛，內中可以暗含千言萬語，但也可以有任何具體意義，嚴嵩叫出來之後便哭倒在地，昏厥過去，旁邊太監慌忙擡他回府，高拱也不管他是真暈還是假暈，只是在旁邊冷冷看着，局勢發展到現在他已不怕嚴嵩使什麼詭計了。
不想宣罷旨意出來，卻撞見了嚴世蕃，高拱最恨這個滿肚子陰謀詭計又作惡多端的嚴公子，冷笑道：“我正要簽押公文去找你，不想你自己倒送上門來了！”
就要讓人將他拿下，嚴世蕃卻不抗拒，只是叫道：“高肅卿！你綁了我無妨，就是現在將我就地正法我也無怨！可是家父如今纏綿病榻，有幾句話要肅卿你說——還請看在一場同僚份上，請肅卿你移步說幾句話，以免家父死不瞑目！”
這次高拱所展現出來的姿態，已讓南京官民看得清清楚楚：北京朝廷沒打算殺老皇帝，不過，作爲老皇帝身邊的第一號人物，嚴嵩卻註定了是凶多吉少。這時候誰跟他沾邊誰倒黴。南京的官民都如此避嫌了，何況高拱？所以他只是笑了笑：“有什麼事，等到北京之後三司會審，到時候總能說上話的。”
“北京……三司會審……”嚴世蕃慘然道：“家父只怕是熬不到那一會的了。”
這時他離高拱已經極近，就又掙扎着湊前，低聲說：“肅卿，你真要做賈充嗎？可惜如今不是魏晉年間了。他李哲也不是司馬氏！”
高拱冷笑道：“不知你在說什麼！”
嚴世蕃又說：“家父懇請肅卿一定要去一趟！家父一生之中，唯有此事是全心全意爲蒼生着想，家父要和肅卿說的，乃是如何……”
他還沒說完，高拱就大笑起來：“分宜全心全意爲國操勞，難得，難得！”這兩個難得出口時，那語氣真是說不出譏諷！嚴世蕃卻不氣餒，繼續道：“姓李的眼下如日中天，但肅卿真認爲這樣好嗎？彼以竊據得天下，這天下焉能長久？天下若不長久，到頭來受苦的仍然是百姓！”
他這兩句話裡沒有半分嚴世蕃的味道，高拱依然冷笑着，對部下說：“帶他下去候審。”
嚴世蕃被人架走了，臨別時還不忘大叫：“肅卿！想想五年後的事吧！那時你只怕要後悔！”