北洋水師成軍以後，，慈禧太后挪用海軍軍費修頤和園，7年未添一炮，李鴻章在甲午戰爭期間，調動不了南洋水師，都是清廷扯李鴻章的後腿很明顯的例子。因此甲午之敗，對李鴻章來說是一次徹底的失敗，但對清廷來說，卻是失之東隅，收之桑榆，至少解除了一個內部隱患。
但在這個時空裡，庚子國變之後的這幾年裡，慈禧、光緒對李鴻章卻是真正的信任了起來，對李鴻章的意見也是言聽計從，一來是李鴻章現在沒有兵權，對朝廷已經沒有了威脅；二來是庚子國變之後慈禧、光緒也都十分清楚，現在的清廷還需要李鴻章來周旋和海外華人，洋人的關係。而現在李鴻章死了，如果清廷再遇到危機事件，還有誰能挺身而出，爲朝廷排憂解難呢？
由其是對慈禧來說，還有另一層感觸，今年是慈禧的70歲壽誕之年，說起來慈禧也己經進入古稀之年了，一個老人聽到了另一個老人死亡的消息，心裡無論如何都不會好受的。
於是慈禧和光緒下令，取消今天的朝會，又責令軍機處，討論對李鴻章的追諡和厚恤。
就在第二天，清廷派李蓮英爲欽差，到李鴻章的府宅傳旨，首先是對李鴻章進行了高度的嘉獎，盛讚李鴻章爲清廷立下的功勞，並賜諡號“文忠”，追贈太傅，加一等肅毅公，賜黃馬褂同葬，賞銀3000兩安葬，派20名待衛護送李鴻章的靈柩回鄉，並改李鴻章的家鄉安徽省廬州府肥東縣爲少荃縣。同時還恩加李鴻章的三子一女，李經方加封三等伯爵，李經述、李經邁二等子爵，連張佩綸也加了一個三等男爵。
應該說清廷對李鴻章的撫卹是相當恩厚的，清廷對功臣的諡號一般都是以“文”字開頭，第二個字纔是對功臣的評價，如曾國藩的諡號是“文正”，左宗棠的諡號是“文襄”，而按照諡法，內外賓服曰正；闢地有德、甲冑有勞曰襄，都曾、左兩人的評價是非常貼切的，而“忠”在諡法上的解釋是：危身奉上曰忠，因此用在李鴻章身上，也是最合適不過了。
但曾、左兩人死後的追加都是候爵，李鴻章卻追加公爵，這顯然是高過曾、左兩人一頭了，而其他的什麼賜黃馬褂同葬，賞銀，派待衛護送靈柩回鄉，改縣名等，也都是極高的榮耀，縱觀清廷2 6 0餘年的歷史，也只有李鴻章一個人享受這樣的殊榮。更何況是派李蓮英李大總管親自傳旨，在大清國能有幾個人能夠勞動李大總管大駕的。
宣讀了聖旨以後，李蓮英又恭恭敬敬給李鴻章上了三柱香，又向李經方、李經述、李經邁說了幾句“節哀順變”之類的安慰話，這才告辭回宮去了。
本來李鴻章在清廷就是位高權重，而朝廷對他又是恩加有甚，因此王公大臣們自然也都不敢怠慢，和李鴻章交情好的自不必說，能夠親自來拜奠的決不會遣派家人，有些文采出衆的人，還寫了輓聯，張之洞還親自給李鴻章寫了一篇祭文，袁世凱也專程從天津趕來，並給李鴻章守了一夜靈，而既使是李鴻章的政敵對頭，也都派遣有頭臉的家人來拜奠，總體看來，李鴻章的葬禮是相當的風光。
7天以後，李經方、李經述、李經邁、以及張佩綸、李經璹扶靈回鄉安葬，幾乎整個京師的官員都來相送，送行的隊伍排出20多公里。李鴻章在北京的住宅改爲他的祠堂。
而等李鴻章的靈柩走了以後，在朝中的一場明爭暗鬥也立刻展開，現在李鴻章是軍機大臣，名副其實的李中堂，而李鴻章死了，就空出了一個軍機的缺額，當然軍機大臣的數量本來是不固定的，多一個少一個都可以，但現在清政己經從庚子國變中恢復過來，而新政也搞了4年，因此慈禧也想對軍機處進行一次大的改組。這一來自然有許多人都生出爭取一下的想法。
就在李鴻章的靈柩離開北京之後的第二天，清廷正式下旨，公佈了新的軍機處名單，軍機領班仍然是慶親王奕劻，其他人是張之洞、瞿鴻禨、醇親王載灃、世續、那桐、鹿傳霖、袁世凱。其中後4人都是第一次進入軍機處，整個軍機處換了一半的人，動靜不可謂不大。而對清廷的政局影響，更是深遠。
現在的清廷政治局面十分複雜，派系衆多，當然這也是慈禧刻意造成的局面，而各政治派系中，勢力最大的是以慶親王和袁世凱爲首的實權派。
在庚子國變以後，袁世凱就在努力的拉隴自己和慶親王的關係，因爲這時清廷由親王擔任軍機領班己成爲慣列，而慶親王的資歷最老，並且又得慈禧的信任，因此袁世凱認爲在未來相當長一段時間內，都會是由慶親王擔任軍機領班，而袁世凱要鞏固自己的權勢，自然要和慶親王交好。而慶親王又一向貪財，於是袁世凱投其所好，大筆大筆的銀子奉上，兩人的關係也迅速升溫，最終結成同盟。
其實慶親王雖然一向給人以貪財平庸的印像，但也絕不是無能之輩，否則也不可能在清後期的政壇上經歷數十年不倒，並一步一步熬成軍機領班。慶親王當然知道，軍機領班這個位置是衆矢之的，畢竟大清的親王還有不少，不知有多少雙眼睛盯着自己，因此想要在這個位置上坐得長，坐得穩，除了繼續討好慈禧之外，還必須在朝中有得力的夥伴支持。而袁世凱就是一個合適的人選，加上袁世凱也會來事，送銀子毫不吝嗇，於是兩人一拍即和。慶親王掌控軍機大權，而袁世凱掌握着清廷最強的軍隊——北洋新軍，兩人一內一外，一文一武，結成了清廷最強的政治同盟。
而對兩人的結盟，李鴻章也起到了一定的促成作用，雖然李鴻章並未加入兩人的同盟，但和兩人的私交都不錯，而且李鴻章認爲這兩個人都是務實的人，現在的清廷最缺的就是這樣務實的人，慶親王的才能確實差了點，但卻懂得不胡亂指揮，把事情交給會做的人，這就相當不錯了。因此李鴻章在明裡暗裡，對他們都給予一定的支持，當然慶親王和袁世凱也懂得投桃報李，對李鴻章的建議也都竭力支持，李鴻章能幾次阻止滿族權貴的激進提議，也有他們的一份力量在其中。
這次改組軍機，袁世凱得以進入軍機，使着慶袁組合的實力大增，也進一步鞏固了兩人的地位，當然慈禧之所以這樣安排，也是看中了這兩個人能做事，而且又務實，畢竟現在的清廷是需要能做事的人。而且李鴻章病逝，對兩人也是一個打擊，把袁世凱調入軍機，也能更好的控制他，因此慶袁組合的實力並沒有表面增加得那麼多，老佛爺的手腕，又豈是等閒可比的。
第二大勢力就是滿族權貴派，主要的人員有肅親王善耆、良弼﹑溥偉﹑鐵良、榮慶、蔭昌等人，這一幫人的主導思想是要恢復清朝中前期的滿族主導地位，將權力從漢臣手中奪過來，因此行動、計劃都十分激進，數次要求清廷和華東政府決裂，就是這一派主導的。
雖然同爲滿族權貴，但慶親王和他們互相都看不順眼，慶親王的才能雖然平庸，但也明白漢臣崛起的大勢不可逆，這夥人的想法根本不可能實現，只有和漢臣合作，才能確保清廷維持下去；而這批滿族權貴則認爲慶親王完全是老糊塗了，只顧貪財好利，不惜和漢臣勾結，連祖宗留下來的江山都不顧了，因此這一派在朝中幾乎是處處和慶親王、袁世凱、李鴻章等人對着幹，勢如水火。不過這也是慈禧樂見的。
而這次軍機改組，滿族權貴派派受的打擊最大，兩名骨幹鐵良、榮慶都被罷出軍機，雖然鐵良改任兵部尚書、榮慶改任禮部尚書，都還保留了一部權力，但和軍機大臣是不可同日而語的。
其實慈禧也十分清楚，滿族己沒有多少人材，大清要維持下去，必須要倚重漢臣才行，滿族權貴那種極端的行爲根本不可取，真要把漢臣的權力都奪過來，轉交給滿族權貴，清廷恐怕連一年都撐不下去。而慈禧允許滿族權貴存在的作用只是爲了牽制實權派，但近段時間，滿族權貴派幾次要求清廷出兵東北，甚致還迎合一些洋人的建議，讓慈禧相當的惱火。
對於參與遼東的戰爭，這一點慈禧的態度到是和李鴻章相同，清廷最好是座山觀虎鬥，千萬別去趟這灘渾水，而洋人的建議，慈禧也從來都是不敢信的，因此這次滿族權貴派做的顯然有些過頭了，有必要敲打他們一下，於是將鐵良、榮慶移出軍機，但也不能把滿族權貴派一棍子打死，畢竟大清的江山還是滿人當家，另外在必要的時候，這一派還是有用的，所以讓鐵良擔任兵部尚書、榮慶擔任禮部尚書。
當然滿族權貴派暫時是元氣大傷了，而且在軍機處裡也沒有人，自然就無法牽制實權派，不過老佛爺又豈是好相與的，對此早早的就做了準備，扶植起兩股新的政治勢力，以備不測之用，同時對滿族權貴派也是一個警告，意思是別以爲老佛爺就一定要用你們，沒有你們老佛爺照樣玩得轉。