與自身修爲相比，周敦頤生前的學術地位並不爲世人所認同。當時，人們只知其政事精絕、宦業過人，尤有山林之志，胸懷灑脫。但對其理學思想知者甚少，只有南安通判程太中最爲了解其造詣，將程顥、程頤兩個兒子送至門下，後“二程”均成爲著名理學家，爲理學學派的弘揚做出了決定性的貢獻。周敦頤死後，隨着程顥、程頤對他的哲學的繼承和發展，周的名聲也日漸顯揚。南宋時期，朱熹確立了理學學派的學術統治地位，周敦頤的地位被再次提升，許多地方開始爲其建立祠堂，甚至將其推崇到與孔孟相當的地位。《宋史·道學傳》中是這樣誇讚周敦頤的學術貢獻的，“兩漢而下，儒學幾至大壞。千有餘載，至宋中葉，周敦頤出於舂陵，乃得聖賢不傳之學，作《太極圖說》、《通書》，推明陰陽五行之理，明於天而性於人者，瞭若指掌。”時至明萬曆年間，周敦頤與李寬、韓愈、李士真、朱熹、張栻、黃幹同祀石鼓書院七賢祠，世稱“石鼓七賢”。
就學術思想而言，周敦頤繼承了《易傳》的哲學理念，同時雜糅了部分道家和釋家禪宗的思想，提出一個簡單而又系統的宇宙構成論，即：無極而太極，太極一動一靜，產生陰陽萬物；萬物生而變化無窮焉，惟人也得其秀而最靈。又模仿“太極”建立“人極”。“人極”即“誠”，“誠”是純粹至善的“五常之木，百行之源”，是道德的最高境界。只有通過主靜、無慾，才能達到這一境界。這一理論的創立對中國其後七百年的思想發展產生了廣泛而有深遠的影響，其所提出的哲學範疇，如無極、太極、陰陽、五行、動靜、性命、善惡等，成爲後世理學研究的經典課題。
中國古代道家哲學中講，世界的本原在於太極，太極動而生陽，靜而生陰，萬物由陰陽二者共同構成，而陰陽的相互作用共同推動了事物的發展，由量變到質變，由發生到壯大，由壯大到消亡。北宋初年“太極圖”的傳出，以圖入道，闡發了道體玄妙的真諦，圖中陽陰往復，互爲其根；相互間雜，彼此滲透。隨後，周敦頤“太極圖說”的著成，將這一思想用於解釋世界的本源。程顥在此理論的基礎上，提出了“道通天地有形外，思入風雲變態中”的“格物致知”方法，使得《禮記?大學》中的空洞理論具有了可操作性，將儒家的人文理論提升到了哲學高度。飛刀認爲：程頤的“格物致知”方法可以理解爲：世界萬物在靜態時是很難看到其本質的，故而考慮問題、推究事理，應該顧及有形、無形兩個方面，着重於對於事物變化的觀察，才能夠切中要害、體會實質，而動態變化的觀察則應以太極理論爲基礎，以“由陰轉陽”、“由陽轉陰”、“陰中之陽”、“陽中之陰”四者最爲關鍵，是一切觀察入理的最佳切入點。