鋪天蓋地的熊熊戰火，正在金陵這座天下第一大都市裡燃燒！
昔日裡紙醉金迷、鶯歌燕舞的秦淮河上，漂滿了殘缺不全的屍體；原本應當書聲琅琅的國子監，被沖天的烈火燒成了一片白地，隆隆震動的火炮轟鳴，取代了大報恩寺的悠揚鐘聲。
面對着鮮血淋漓的刀槍和席捲而來的烈火，上百萬後知後覺的南京市民，駭然發現自己竟然一下子身處於戰場，不由得紛紛鬼哭狼嚎，抱頭鼠竄，但依舊成千上萬地死於兵戈和烈火之下。
而越來越多的軍隊，還在不斷開入這座目前全中國最大的城市，將一切的繁華盡數化爲劫灰。
這場戰役的初期，明軍和清軍雙方都各自控制了半個南京城，在城內城外同時大打出手。
從兵力對比上看，崇禎皇帝從大勝關帶過來了五萬兵馬，加上南京城中明朝勳貴發動起來的親信家丁和武裝佃戶，合計有六萬餘人。而皇太極身邊的清軍只有區區五千人，再加上他的同盟軍，也就是東林君子們還能控制的少數殘餘死黨，總共最多不過六千人，在戰場上相當於是以一對十。
但是，崇禎皇帝的明軍雖有六萬之衆，其中卻包含了不少水分。因爲這裡面不僅有魏國公等南京勳貴臨時發動起來的許多烏合之衆——比較能打的精銳家丁家將，畢竟只是少數，還有在蕪湖之戰收容的原南京朝廷兩萬降兵，其戰鬥力和忠誠心都十分堪憂。也就是說，六萬明軍裡面有將近一半都是湊數的。
即使是剩下的三萬多明軍裡面，也並非全都是能上陣的戰兵，而是把苦力雜役什麼的都算了進去。
另一邊，皇太極雖然最初只有六千人，但裡面卻有五千人是打慣了苦戰硬仗的八旗精銳。而且，他的後續部隊還在不斷從東邊的鎮江渡口趕過來增援。除此之外，皇太極還搶在崇禎皇帝派兵進城之前，就提前一步控制了南京皇城，這座矗立在南京市區內的城中之城，從而在一定程度上搶到了戰場的地利。
但儘管如此，明軍的兵力優勢依然很明顯。而且，無論是江南水鄉的水稻田，還是金陵都會的狹窄街巷，都是極度不適合北方騎兵馳騁的地方，甚至連複雜一點的步兵方陣都排不出來，只能像市井流氓一樣亂糟糟地鬥毆。習慣於野戰破敵、鐵騎馳騁的清軍，顯然不怎麼適應這樣低技術含量的戰鬥。
爲了激勵士氣，崇禎皇帝在正陽門上豎起黃羅傘蓋，親自持錘擂鼓，激勵將士奮勇殺敵。主帥盧象升則在南京地區歷史悠久的軍事要塞石頭城遺址上，架起了手頭僅有的幾門重型火炮，猛烈轟擊清軍聚集的街區。而南京城內的市民，雖然對招致這場飛來橫禍的明清兩軍都深感憤懣，但是相對於熟悉的大明官軍而言，還是留着難看髮辮的女真韃子更加討厭一些，因此一旦尋找到機會，便對這些韃子羣起而攻之。
而在極端混亂的巷戰之中，即使是手拿磚塊棍棒的婦女兒童，也有了用武之地。甭管你的功夫再高，丟過來一塊磚頭也能撂倒，看似不起眼的磚塊和棍棒，在小巷裡抽冷子偷襲起來還是蠻有力道的。
於是，隨着大批明軍的陸續入城，還有南京市民的羣起圍攻，皇太極麾下的四千清軍儘管竭力廝殺，但還是被一點點地擠到了南京城外。原本被清軍控制的各處南京城門，也是一座接一座地相繼易主。
儘管皇太極不顧自己身爲皇帝之尊，捨生忘死地在南京街巷間帶隊搏殺，就連胯下的戰馬都被打翻了兩匹，腦袋和背後更是先後捱了兩個花盆、一塊磚頭和一記悶棍，外加小半鍋煮沸的開水，最終被打得頭破血流、昏迷過去，但這種身先士卒的英勇表現，依然無法挽回清軍及其東林黨同盟者的頹勢。在一天一夜的混戰之後，明軍先是用火炮轟開了洪武門，攻入皇城，奪回了皇宮這個關鍵據點。然後又繼續壓縮殘餘清軍的活動空間，一度將皇太極圍困在神策門附近。當清軍形勢最危急的時候，皇太極本人昏迷不醒，身邊只有不到一百個衛士，左右侍從都已經給他剃了光頭，換上僧衣，準備設法護送他化妝成和尚潛逃了。
然而，由於崇禎皇帝的水師力量相對單薄，無法切斷長江航路，導致之前已經集結在江北揚州的清軍，始終在源源不斷地渡江來援。而皇太極爲了奪取江南也是發了狠，一口氣押上了大清帝國的幾乎全部賭本。除了留下多爾袞三兄弟的正白、鑲白兩旗兵馬，負責留守徐州和魯南的後方大本營之外，其餘六個旗的滿洲大兵，還有剩餘的漢軍旗、蒙軍旗等等，以及還肯聽話的各路漢地降兵，統統都被他拉到了江南這邊來！
就這樣，由於明軍沒能在短時間內殲滅皇太極的清軍先頭部隊，隨着一支又一支清軍從鎮江相繼趕到，南京的戰場形勢又漸漸地再一次開始了逆轉。一度形成的神策門包圍圈，又被後援清軍衝開，而皇太極也轉危爲安。再接下來，從玄武湖、幕府山、到鐘山的明孝陵，都成了兩軍激烈拉鋸的戰場。
隨着速決戰的妄想破產，毫無章法的混亂戰鬥持續了一天又一天，一座又一座精美的寺廟或宅邸被燒成白地，明軍雖然依舊佔着上風，但始終無法取得全勝，甚至一直不能控制住整座南京城。
由於南京皇宮距離雙方反覆爭奪的戰場前線太近，而且已經在戰火中變得殘破不堪，崇禎帝只得在鐘山的明孝陵設立了御營，一邊祈禱朱元璋的在天之靈保佑自己，一邊繼續指揮這場漫長而艱苦的戰鬥。而皇太極則在幕府山腳下的燕子磯立下大營，對着八旗將士指天發誓，這一次不拿下南京就決不罷休！
需要注意的是，皇太極的清軍雖然是外來的客軍，但在江南這片地方也不是沒有支持者——就像尋死的人，如果一次自殺失敗，通常就沒有勇氣立即開始第二次自殺一樣。原本已經對局勢灰心絕望的東林黨人，看到清軍大舉南下，來找他們算賬的崇禎皇帝似乎未必能坐得上金鑾殿，於是又紛紛心思浮動起來。
其中，此次“借師助剿”的兩個主謀，首輔周延儒和他的學生張溥，一個在南京戰場爲清軍指點地理、籌集糧秣，一個在鎮江渡口督促水師船隻，從江北的揚州轉運清軍兵馬。而其他一些還沒有跑遠的東林君子，也紛紛站了出來，雖然南京朝廷下屬的正規軍已經全垮了，但這些人憑着他們在地方上的影響力，還是很快組織起了一票烏合之衆，前來南京戰場上幫助“大清友邦”，順便到南京城裡搶點兒東西。
不過，東林黨固然是江南的地頭蛇，但如今的崇禎皇帝，同樣也不算是外來戶。
在發現這些滿口道德文章的東林君子，居然再一次刷新了他們的下限，以至於不惜投靠韃子，也要跟自己這個正統天子作對到底之後，這位穿越版的崇禎皇帝陛下頓時暴跳如雷，於是一邊向湖廣和江西的後方催討援兵，一邊立刻召來已經投靠他的南京勳貴，還有倒戈歸順的地方官員，要他們發動鄉民，討伐東林逆黨，所獲財富女子儘可以自取之。結果，就很快導致了戰爭規模和戰爭範圍的急劇擴大化。
——江南的東林黨在這些年固然已經是搞得無父無君、目無朝綱，甚至像同時期的波蘭農莊主們一樣崇尚地主階級自由化。但崇禎皇帝代表的大明朝廷二百年正統權威，畢竟不是那麼容易磨滅的。而江南地方上的勢力，也還沒有到東林黨一手遮天的程度——說到底，東林黨並不是現代那種結構嚴密、如臂指使的革命政黨，而只是一個類似地主縉紳政治俱樂部的鬆散組織，進黨離黨都是司空見慣之事。偏偏任何一個地方的縉紳大戶，都不可能是鐵板一塊，所以東林黨在地方上有多少支持者，就同樣有多少死對頭。
更重要的是，學過動物學的朋友們都知道，哪怕是最原始的草履蟲，都有趨利避害的生物本能，更何況是思維能力豐富的人類呢？眼下東林黨擁立的永和僞帝，已經逃竄無蹤，如果再不撥亂反正，回到崇禎陛下的陣營裡來，還能怎麼選擇呢？難道要去給這些渾身臭烘烘的女真韃虜當奴才嗎？
結果，在這兩大政治力量的撕扯之下，先是南京周邊，然後是整個江南，都爆發了地主團練之間的大規模羣毆。許多地主大戶舉着各自的旗號，用刀槍清算起了彼此之前的新仇舊怨。再加上之前民間的各種搶米騷亂也還沒平息，各路武林大俠們組織起來的亂黨還在跳騰，此外又有聞香教的分支勢力，也跟着渡江的清軍，一齊進入江南民間，挑起各種騷亂……明軍、清軍、邪教、地主、水匪、山賊、饑民，各色各樣五花八門的勢力一齊登場，把這片素稱寧靜富饒的江南水鄉，給徹底打成了一鍋粥。
到了崇禎六年十一月十九日的時候，已經僵持了多日的明清兩軍，終於在南京戰場上形成了總對決的態勢。其中，清軍歷經多次增援和連日損耗之後，還剩大約三萬人，盤踞在長江之畔的幕府山一帶，同時控制着南京城北部，神策門附近的一小片市區。而明軍的總兵力則達到了九萬人，盤踞明孝陵所在的鐘山立寨佈陣，同時控制着南京城區的絕大部分，但不僅騎兵匱乏，而且長江上的水師也不佔優勢。
至此，一場決定南方未來命運的大會戰，即將在幕府山和鐘山之間，玄武湖東岸的狹窄平原上打響，雙方這次都是拿出了傾國之軍作爲賭注，究竟是崇禎皇帝坐上南京的金鑾殿，將四分五裂的大明帝國重新捏合起來，還是八旗鐵騎征服江南，讓曇花一現的大清帝國死灰復燃，都要在這場決戰中得出結果。
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然而，就在這個明清大決戰一觸即發的時候，本已在南京這邊久戰疲憊，只是憑着一股精神在咬牙硬撐的崇禎皇帝，卻又從一名風塵僕僕的使者口中，得知了自家後院失火的糟糕消息。
“……什麼？湖廣有變？武昌、襄陽陷落？！溫體仁首輔帶着皇后和太子逃過來了？！！”
——就在崇禎皇帝跟皇太極鏖戰南京的時候，在中原蟄伏已久的流寇卻趁機展開了大行動，直搗他的後方：李自成從河南殺入襄陽，橫掃漢水上游；張獻忠從淮西翻越大別山攻入漢陽，隨即又渡江攻佔了武昌。留守武昌的溫體仁首輔根本無力抵抗，只得護衛着皇室成員登上船隻，倉促朝着下游方向逃亡。
更要命的是，沒等崇禎皇帝下令封鎖消息，這個噩耗就已經在軍中傳播開來了……