盧象升搞定中原之時，洪承疇在西北被搞得四腳朝天。
陝西境內的民軍主要有李自成、蠍子塊、過天星、滿天星、混天星等幾支，每支大約有三萬人左右，人數遠比進入中原的民軍少。
但是離開了曹文詔和艾萬年，洪承疇就是飯桶一個。從崇禎八年底到九年初，官軍被民軍牽着鼻子來了個環陝馬術大賽，雖然也偶有殺傷，但是官軍也損兵折將，沒賺到什麼便宜，寧夏還發生了兵變，導致巡撫王楫被殺，面對到處流竄的民軍，洪承疇確實很“成愁”。
更爲嚴重的是，在這場貓抓老鼠的遊戲中，有一隻老鼠逐漸修煉成精，難以制服。這隻老鼠就是闖將李自成，在長期的游擊戰中，他磨練出了高超的生存本領和軍事技能，若干年後，他將上演一場老鼠吃貓的好戲。
不過現在還不是闖將李自成的表演時間，現在的主角是闖王高迎祥。
闖王原本想到中原“海闊天空”一下，沒想到被盧閻王緊追不捨，捱了一頓臭揍之後狼狽地逃入鄖陽山中，在中原混不下去，高迎祥只得重回陝西發展，不久他就拉起隊伍經興安回到陝南山區。
高迎祥進入陝西以後，盧象升部官軍齊集河南西部，堵住了高迎祥東出中原的路子，形成關門打狗之勢，消滅高迎祥的任務就落到了陝西官軍的頭上，具體來說是落到了陝西新任巡撫孫傳庭的頭上。
孫傳庭是山西代縣人，萬曆四十七年（公元1619年）進士，歷任永城知縣、商丘知縣、吏部驗封司主事、稽勳司郎中等職，魏忠賢當道期間，孫傳庭辭職回家，直到崇禎八年才復出，擔任吏部封驗司郎中、順天府丞。
復出後的孫傳庭對當前的剿匪局勢十分關心，常指點江山，激揚文字，頗有澄清天下之志，被廷臣認爲是一個不可多得的“邊才”。崇禎九年三月，朝廷罷免了懦弱無能的甘學闊，起用孫傳庭接任陝西巡撫。
崇禎對孫傳庭寄予厚望，臨行前親自召見了他，一番寒暄之後，孫傳庭提出了兵餉不足的困難，請求皇上支持。
崇禎表示錢沒有，政策倒是有一條。這個政策就是孫傳庭可以採用多種形式，自行籌措經費，用以招兵買馬，朝廷不加干涉。
經驗證明，給政策往往比給錢更有用。政策是來錢的渠道，有了渠道，何愁沒錢？當然，好政策也要有人去落實才行。
孫傳庭到陝西以後，自力更生，艱苦奮鬥，按照“以秦兵衛秦地，以秦地養秦兵”的理念，實行屯田，發展經濟。經過治理，年收稅銀14．5萬兩，米麥1．35萬石，孫傳庭以此招募訓練了一隻勁旅。
崇禎對此十分讚賞，下旨褒獎，並號召全國巡撫學習孫傳庭好榜樣，解決兵與餉兩大難題。
在搞好經濟建設的同時，孫傳庭在軍事上也取得了驕人的戰績。上任不久，他就令副將羅尚文率明軍進擊商洛地的民軍，誅殺了整齊王，解決了前任巡撫甘學闊長期解決不了的問題。
高迎祥進入陝南後，洪承疇與孫傳庭進行了工作分工，洪承疇重點對付陝北一帶的李自成等部，孫傳庭則重點對付高迎祥。
高迎祥部退入陝南山區之後，在荒山野嶺無處覓食，人飢馬乏。爲擺脫困境，他決定走小路進攻西安，給官軍來一個突然襲擊。孫傳庭對此早有預料，在闖王必經之路周至縣黑水峪設置伏兵，準備以逸擊勞。
崇禎九年七月中旬，高迎祥部果然出現在周至黑水峪，進入了孫傳庭的包圍圈，雙方展開了四天的激戰，此時天降大雨，高迎祥部己經連續多日斷糧，人馬處於半飢餓狀態，在大戰中漸漸招架不住，官軍的包圍圈越來越小。
關鍵時刻，高迎祥部下乾公雞張二、一斗谷黃龍叛變。混亂中，叛徒將高迎祥的部卒和坐騎拉走，高迎祥被官軍包圍無法脫身，只好脫下盔甲藏到草叢裡，官軍搜山將其活捉。
崇禎得知高迎祥被俘的消息興奮不己，命令將高迎祥押往北京舉行獻俘儀式，儀式之後高迎祥被凌遲處死。
俘殺高迎祥之後，孫傳庭又乘勝在渭南和咸陽北原打了兩個大勝仗，一時聲譽雀起，威名甚至蓋過了總督洪承疇。
高迎祥的敗亡對民軍起到了震攝的作用，兩位著名的首領張妙手（張文耀）、蠍子塊（拓養坤）嚮明朝投降。不久蠍子塊復叛，被孫傳庭安插的奸細武大定殺死。
高迎祥是民軍中實力最強的，蠍子塊則是民軍中人數最多的，這兩人都死於孫傳庭之手，這對民軍是一個沉重的打擊。
崇禎九年上半年，國內鎮壓民變的戰爭取得了很大的成效，東南戰場上盧象升把民軍趕入深山，西北戰場上孫傳庭擒殺高迎降，把民軍打入冬眠期，形勢一片大好。