誅殺魏忠賢只是萬里長征第一步。
崇禎要辭舊迎新，東林黨要報仇雪恨，一場政治清算再所難免。
拔出蘿蔔帶出泥，魏忠賢這個大個蘿蔔底下連鬚子帶泥土足足有一大團。
鬚子是有血緣關係和姻親關係的人。
泥土是政治上的親信和朋友，也就是所謂的“閹黨”。
崇禎首先斬斷了鬚子：
客氏被押赴浣衣局亂棍打死。
客氏之子侯國興及魏忠賢侄子魏良卿被處死。
客氏之兄客光先、之侄客璠等發配充軍。
崔呈秀父事忠賢，是魏忠賢最得力的盟友，因此也被列入第一批重點清除的對象。
魏忠賢死後不久，丁憂在家的崔呈秀被削籍，後崇禎又下令抓捕，崔呈秀自知難逃一死，於是在家中與寵妾蕭靈犀擺了一桌“送終宴”，痛飲之後上吊自殺，上演了一出霸王別姬的好戲。
自殺並不能逃避處分，不久之後，崇禎頒佈了魏忠賢、客氏和崔呈秀的罪名，並將他們開棺戮屍，斬首示衆。
斬斷了鬚子之後，下一步就是清洗那些依附在魏忠賢身上的泥土。具體的做法是“廣泛撒網，重點逮魚”。
天啓七年十二月二十三日，崇禎頒旨，命內閣及部院大臣定閹黨逆案，對閹黨成員進行一次普查，重點是對“五虎”“五彪”等魏忠賢的親信進行處理。
魏忠賢是反對東林起家的，他身邊的“泥土”大都是東林黨的對手，因此崇禎清除魏忠賢周圍的“泥土”的同時，也簡接爲東林黨報了仇，雙方具有共同的利益。
爲了做好清除閹黨的工作，崇禎起用了一批被罷斥的東林黨人，於是雙方聯合起來，對魏忠賢集團進行清洗。
天啓年間制定的《三朝要典》就像是一個緊箍咒罩在東林黨的頭上，東林黨人上臺後，第一件事就是爲自己洗涮罪名，進行翻案。
然而《三朝要典》是天啓欽定的史書，書中還有御製序，想要毀掉就等於否定了先皇的結論，因此也不是一件容易的事。
崇禎元年起，朝臣圍繞着《三朝要典》的存廢展開了激烈的爭論。崇禎最初對銷燬《三朝要典》持審慎態度，隨着越來越多與魏忠賢有關係的人被揭發，崇禎感到有必要進行一次大換血，這樣就與《三朝要典》存在廣泛的矛盾。
崇禎在落實一朝天子一朝臣方面的志向越來越大，他的目標不再是“拔出蘿蔔帶出泥”，而是要將這棵蘿蔔連同他周圍的泥土一同鏟去。
五月，崇禎下令銷燬《三朝要典》，並對相關史書進行了修改，爲“欽定閹黨逆案”掃清障礙。
崇禎元年上半年，“閹黨”人物楊維垣、李恆茂、楊所修、田景新、孫之獬、阮大鋮、徐召吉、張納、李蕃、賈繼春、霍維華等先後去職。
正如自殺不能逃避罪責一樣，去職也不能逃避懲罰。
經過一年多的調查，崇禎二年正月十七日，崇禎正式下令有關部門確定逆案名單。在東林黨人主導下，有關報部門報了三次名單，都被崇禎打了回去，原因是名單人員太少。在打擊閹黨這件事情上，崇禎己經走到了閹黨仇敵的前面。
直到第四份名單呈上，崇禎才感到滿意，三月十九日，崇禎公佈了欽定逆案名單。共七類二百五十八人。
分別是：首逆同謀六人，結交近侍十九人，結交近侍減等十一人，逆孳軍犯三十五人，諂附擁戴軍犯共十五人，結交近侍又次等一百二十八人，祠頌四十四人。前兩類人的處罰是論斬；第三類人遣戍；後四類遭罷黜或賦閒在家。
“閹黨”遭到了毀滅性的打擊，東林黨梅開三度，再次興盛起來。
對於“欽定閹黨逆案”這件事，大多數人持肯定態度，但我認爲這件事情的負面作用也是顯而易見的。
崇禎對東林黨的危害認識不清，他廣泛打擊東林的反對者，爲東林翻案的做法在當時並不能取得廣泛共識，造成人心渙散。
有些理由是站不住腳的，比如溜鬚拍馬爲官場上的常事，也要懲處。再比如說建祠是經過天啓皇帝首肯的，以此爲罪名是不妥當的。
明末學者，抗清志士夏允彝對此曾有評論：“此何等而草草羅入，致被處者屢思翻案，持局者日費提防，糾纏不己。迄南都再建，逆案翻而宗社墟矣。此當局者之咎矣”。
正如夏允彝所說，明朝從此陷入了翻案與提防的內訌中，不能齊心協力共赴時艱，直到明朝滅亡。
南明建立以後，仍舊“糾纏不己”，“日費提防”，不能建立廣泛的抗清統一戰線，最終“閹黨”翻案成功，但此時國家己經成爲一片廢墟，亡國再所難免。
當時國家正值多事之秋，內憂外患不斷，此次政治清算運動，使官員們的注意力都轉移到政治鬥爭上來，人心不穩，影響了治國整軍。
總之，崇禎清算運動打擊面之大，涉及人員之多，歷時之長，涉及人員職務之重，史所罕見，犯了擴大化的錯誤，消極影響十分深遠。
被處理的官員包括外廷和內廷，一大批統治經驗豐富的官員被驅逐，遼東戰場上的主帥王之臣、閻鳴泰等人也被廢棄。
這一方面動搖了帝國統治的根基，造成了內傷，明末的亂相，不能說於此沒有關係。
另一方面，崇禎一朝人才奇缺，後來在對付後金和變民的戰爭中無人可用，崇禎不得不起用沒有經驗的新人，以致經濟、政治、軍事上失誤頻頻。
崇禎多疑的性格和刻薄寡恩的御下之術此時己經暴露出來，在其接下來的統治過程中，仍然不時表現出來。