就在大明官軍在九州島取得大勝之時，在大明境內，一場圍繞着傳統儒學與心學的大討論，正在整個士人階層中轟轟烈烈地開展起來。
從朱慈烺夏末離京，到現在深秋已至，在長達近兩個多月的時間裡，包括不少中高級官員、名士大儒在內的各色人等粉墨登場，紛紛或公開，或私下表明瞭自己的觀點和立場，一時之間，向來冷清的皇明週報署衙，成了京城最熱鬧的所在，主編朱舜水以及副主編吳偉業、採編錢穆也成爲天下士人所矚目的焦點。
這場大爭論、大討論的起因，就是在朱慈烺離京之後不久，皇明週報上刊登的一篇署名文章引發的。
這篇題名爲《實踐是檢驗真理的唯一標準》文章，是在朱由檢的授意下，由朱舜水和吳偉業、錢穆三人撰稿並反覆修改數次後，刊登在當期皇明週報上的，署名爲吳求真，取得是務必追求真理的意思。
雖然作者的署名是筆名，但文章發表後不久，隨着對其中內容的爭論越來越激烈，朱舜水等三人是幕後始作俑者的消息還是不脛而走。
同時因爲本期話題引發熱議的緣故，也使得這一期報紙脫銷，最後不得不加印八萬份纔算完事。
不管是現在的大明，還是後世的中國，有些事情經手人太多，是根本保不住密的。
朱由檢早就預想這篇文章會引發爭議，所以特意囑咐朱舜水等人刊發文章時要用化名，但終究是架不住報社裡人多嘴雜，最終這個消息還是被傳的人盡皆知。
沒過幾天，不少京畿地區的名士大儒便找上門來，口口聲聲要與三人辯經，以此來駁斥文章中的某些觀點。
隨着報紙經各種渠道行銷各地，大明各地無數文士讀過文章後，紛紛或騎馬、或乘船、或坐着馬車向北京進發，誓要與朱舜水等人分辨明白不可。
沒過多久，京城裡名士雲集，各大酒樓客棧紛紛爆滿，等到後來各地文人雅士越聚越多，京城裡現有客棧已經無法滿足如此多的人居住，不少京城百姓便將屋舍騰出一間或幾間出租出去，自家人擠到一起安歇，因此倒也賺了一小筆外財。
這篇文章之所以引發如此大的風波，其開宗明義的主題便是否定千百年來儒學的權威地位，表達了任何事情只有通過無數次親身實踐，才能得出最正確結論的含義。
文章寫道，什麼是真理？真理就是客觀事實，是人們對於客觀事物及其規律的正確反映，客觀事實就是經得起反覆推敲，真理具有客觀性、永恆性和不變性。
然而怎樣才能對事實進行不斷推敲呢？
如何證明事實的客觀性呢？
怎樣才能證明先賢的論斷是真理呢？
答案是毋庸置疑的。
實踐是檢驗真理唯一標準！
顧名思義，它指的是，真理不在於發現或創造是就是真理，而是在於不斷的用實踐去證明和檢驗它的合理性，如果先賢們的某一觀點和結論，可以不用實踐就認定爲真理的話，那這個觀點和結論，就極有可能帶有明顯的主觀傾向，所以不能將其定性爲真理，不應該將其奉爲皋臬。
文章舉例說道，神農氏嘗百草方知各種藥材之屬性，在這個過程當中，其本人數次誤食若干毒性強烈之物，數次險些喪命，而正是因爲其不惜身，纔有了後世名醫利用百草的各種藥物屬性治病救人之事。
甘草補脾益氣、祛痰止咳；黃芪補氣固表、排毒利尿；大黃具有瀉火解毒功效的同時，但因其性味寒涼，體弱陽虛者服之，則會導致患者身體虛弱更甚。
神農氏並非生而知之者，天下藥草無數，其並非看一眼便知其功效如何，適用於何種病症，其嘗百草之行爲，正是以身踐行，正合文章主題。
真理之所以永恆於世，正是經歷過無數次反覆而廣泛的檢驗後才得以生存延續，所以，當今之世，盲目崇拜先賢、權威是不可取的。
文章的結尾總結道：對於任何事物，都應該勇於實踐、大膽嘗試，腳踏實地、實事求是的做好事情，長此以往，真理不辯自明，只要真理越來越多，並未廣大民衆所認同和接受，整個社會纔會不斷取得進步和發展。
朱由檢授意報社刊發這篇文章的目的，就是爲了打破千百年來，已經變味的所謂儒家文明，對國人思想的束縛，讓更多人跳出許多墨守成規的條條框框，勇敢的去創造和實踐，使得發散性思維方式在日積月累後，成爲社會的主流。
朱由檢越來越覺得，儒家文化發展到今天，更多是用來玩人的，它已經失去了學術的真正價值，變成了一種被當權者操縱的權術，這是對生產力發展的極度制約，必須要從根本上加以改變可以，否則，人亡政息的悲劇會不斷地在這片國土上演。
在得到報社遭到無數傳統文人圍堵，朱舜水等人每天都要話費大量精力用於和所謂的大儒進行辯論的情況後，朱由檢果斷下旨，派遣一小隊錦衣衛入駐報社，對所有登門造訪的文人進行詳細登記，不經允許，閒雜人等不得隨意進出報社。
考慮到朱舜水等人有些勢單力孤，朱由檢還特意命人，從江南一帶蒐羅了不少知名的陽明心學傳人前來北京，然他們加入到與傳統儒學辯論的過程之中，減輕吳偉業等人的壓力。
知行合一是陽明心學的要點，這一點與朱由檢想要提倡的理論與實踐相結合有着最大的共通之處，也是他發起這場論戰最大的底氣所在。
這場論戰註定曠日持久，但最後的結果只有他有權利蓋棺論定。