由於信息傳遞以及交通的極度不便利，決定返航之後，單是從荷蘭、法國、英國、葡萄牙、普魯士、威尼斯等諸多國家收攏人員便花去了數月時間，在一切準備就緒之後，船隊從里斯本拔錨起航，踏上了回國的漫長航程。
在這接近五年的時間中，使團成員以及那些孩童、護衛、僕從等等，因爲各種各樣的原因，已經先後有數十人歿於異國他鄉，這其中水土不服導致的急症突發是最主要原因。
現在的歐洲並沒有誕生後世的那種西醫醫術，在沒有抗生素的時代，急症突發就只能聽天由命。
中醫藥對於慢性疾病的治療是比較有效的，可面對急症也是束手無策。
隨隊的太醫院太醫胡方文雖然醫術高超，但也只能眼睜睜看着發病之人在自己眼前慢慢離世，作爲一名懸壺濟世的醫者，胡方文等人面對如此場景，內心的痛苦和自責旁人無從知曉。
罹難人員的屍骨就地火化後被裝入陶罐帶回大明，後續的撫卹事宜自有朝廷處置。
有了來時的經驗，船隊返航途中經過好望角時特意往西繞了個大圈子，避開了常年風暴肆虐的危險區域，雖說又多耗費了月餘的時間，但安全性卻有了更充分地保障。
“我適才問過胡太醫了，他說，在用藥施針之後，笛先生現下已無大礙，不過最好在陸地上休養一段時日，不然的話會留下後患，對其壽命會十分不利。
密之，適才船長說了，前行不遠就是馬尼拉，咱們可否在馬尼拉港停駐一段時間，讓笛先生歇息數日？
長時間呆在海上，常人的確是難以招架得住，更何況是病患。
雖說與其他船隻無法交通，但我琢磨着，病疾者應不在少數，這眼看就快到家了，死於半道之上，實在是太過可惜！”
鄭芝鳳把胡方文的話轉述一遍後建議道。
“也好！
抵達馬尼拉港之後，各船發病之人先行上岸尋地休養，其他人等輪番上岸修整，親軍護衛要時刻保持警覺，以防西班牙人做出不利之舉動！
一旦事有不諧，船隊立刻起航！
再就是，鳴山還要暫且忍耐，畢竟我等身負使命，小不忍則失大謀，一切待回國後再說！”
方以智稍微思忖之後做出了決定，但在最後還是特意囑咐了鄭芝鳳幾句。
由於時間差和信息交流異常不順的緣故，方以智他們並不知道，現在的馬尼拉港已經易手。
他們只是從荷蘭政府那裡獲悉，大明很可能對呂宋的西班牙人採取軍事行動，而西班牙政府正在討論派發大兵遠征大明。
因爲西班牙使團在大明自取其辱的原因，兩國之間的關係已經降到了冰點，雙方之間的戰爭似乎已經無法避免。
在前往歐洲的途中，船隊曾在馬尼拉靠泊，以便補充淡水和食物，當時西班牙人對他們的態度就十分傲慢和惡劣，索要的補給費用也是遠高於其他船隻，這還是在鄭芝鳳報出名號後的結果。
鄭芝鳳當時一氣之下便要乘船返航，準備回福建帶着鄭家船隊過來教訓一下這羣紅夷，在方以智的竭力阻止下這才忍了下來，但從此他對西班牙人便惡感陡生，揚言等將來回返後，定要教西班牙人好看。
有朱由檢的吩咐在前，又有馬尼拉吃虧在後，所以使團幾乎行遍歐洲各個國家，但卻從未到訪過西班牙。
“成！
我鄭鳴山也非無腦莽夫，些許羞辱算不得什麼！
到時候新賬舊賬一起跟他算就是了！
若是官軍真要攻取馬尼拉，那我鄭家責無旁貸，必出精銳助陣！”
經過數年的遊歷，鄭芝鳳成熟穩重了很多，對於很多事情也都有了全新的認識，爲人處世變得更加圓滑和有耐性，遇事也是逐漸從大局處着眼，舉止間也更加符合朝廷官員的形象。
俗話說，看山跑死馬。
早就若隱若現的海岸線看似近在眼前，但船隊仍既是在海上漂浮了數日後，方纔貼近了印度洋北岸，又沿着北岸航行三天，這才於當日午時抵達了寬闊的馬尼拉灣。
隨後，一艘搭載着通事與使團官員的船隻率先向岸邊靠攏，準備與港口的西班牙人進行交涉，好讓船隊全部停泊靠岸，其他船隻則是在離岸邊不遠的地方原地下錨，等待首艦交涉的結果。
大約過了一個時辰左右的時間，一艘小船向船隊駛來，正扶着船舷四下觀望的方以智和鄭芝鳳相互對視一眼後，都從對方的眼神中看出了一絲驚異和狂喜。
因爲來船的桅杆上，一面正方形的黃色龍旗迎風招展，船頭站立着數人，隨着距離的拉近，這些人身上的穿着也是越來越清晰。
黑色的甲冑，鍋盔型的斗笠上飄着紅色的簪纓。
這是大明官軍特有的裝束，雖然甲冑顏色不是大紅色，但式樣卻是別無二致。
“哪位是方侍郎、鄭少卿？
本將乃大明北海艦隊提督張文耀是也！
聽聞方侍郎、鄭少卿出訪歸來，特此前來迎接二位！”
原來，就在使團人員登岸後，正在馬尼拉港附近轉悠的張文耀得知消息趕了過來，正愁着整日沒事可幹的張文耀在聽到使團官員的簡略解說後，興致上來地他立刻吩咐備船出港，親自迎接遠道回返的方以智和鄭芝鳳。
“老張，那些西班牙俘虜都看押在何處？
不知其中有無管轄港口的紅夷？”
登上陸地的鄭芝鳳與張文耀在船上很快便熟絡起來，兩人都是喜歡說話胡扯之人，很快便在話題中找到了共同點：婦人，共同的興趣和愛好讓彼此之間的關係迅速拉近，還沒等船隊靠岸，兩人就開始稱兄道弟，就如同多年不見的故交一般。
“俘虜倒是抓獲不少，因臨來之前，聖上特意下旨，不得苛虐西班牙俘虜，故此某倒是未曾難爲他們，現下都關在馬尼拉城中，一日兩頓飯管着。
老鄭你問這作何？
莫非是惦記那些紅夷婦人？
你此次不是帶回來幾名美婦嗎？
話說，啥時候讓老張我見識一番？
這西班牙婦人可沒幾個出挑的，不知老鄭你的眼光如何，帶回來的可是絕色？”
張文耀衝着鄭芝鳳擠眉弄眼的說道。
“成！
沒問題！
稍後便讓老張你開開眼！
不過，你得先幫我個忙！
賞賜前往歐洲時，西班牙稅官曾羞辱與我，某一輩子也不曾被人如此對待，何況那廝還是個西人！
這數年來，某這心裡一直憋着一口惡氣！
某要去尋着那廝，好生整治他一番！
只望那廝還活着！
某非讓他知道，惡了我皇明之人，是個何等結果！”