陳奇瑜在鳳陽巡撫兼漕運總督的任上已近兩年，期間除卻正常職司以外，還多了項督管流賊戰俘疏浚運河淤塞河段的任務。
經過近兩年高強度的勞作，當初的五萬戰俘因病或者意外先後已經有五千餘人死亡，死掉的這些人都被草草掩埋，連個墓碑也沒有。
戰俘們共清淤三百餘里河段，大部分集中在運河淮安段，使得原本淤塞嚴重的這段河道變得通暢無比，幾百料的大船也能暢行無阻，不再用人工拉縴。
從河中清出的淤泥作爲肥料，全都被運到運河兩岸的田地中肥田。
這些田地是朝廷從河南遷移過來的災民們新開墾出來的。來自南陽府和汝陽府諸多州縣的上百萬災民，在當地官吏的組織管理下，用了近兩年的時間，便在運河兩岸的荒地中開出了十多萬頃連片的新田。
朱由檢曾下旨，遷移過來的災民按人頭每人給與十畝口分田，這些田地是免租賦的；除卻口分田之外，每家另外新墾田地皆按十二繳納租賦，此舉使得災民們的開荒的熱情高漲。
爲了讓災民們渡過荒年，陳奇瑜奉旨每隔三十里修建一處大型糧倉，截留百萬石漕糧儲存起來，然後將每人每日所需糧米、食鹽、乾菜發放到災民手中，以保證他們有足夠的體力能支撐每天的勞作。
幸運的是北地連年的大旱尚未波及到江南一帶，浙江、湖廣、南直隸的糧食產量未收到大的影響，漕糧徵收還算順利，這些大型糧倉並未空置，災民們的口糧供應有了保證。
陳奇瑜現在大部分精力都用在了安置新遷災民、協調他們與當地官府百姓產生的矛盾上面，更多的擔負起了鳳陽巡撫的民事職責。他將河道清淤和漕運職事，分別交給了衙門中的工部主事和戶部兼兌官來操辦；自己則帶着兩名本家兄弟以及一衆親隨，往來巡視災民屯墾的有關事宜，以便安定災民之心，防止因百姓之間的衝突而引發的民亂事件。
陳奇瑜對漕運職事根本不感興趣。他知道漕運衙門離開他也會照常運轉，而且也不會有什麼惹眼的功勞。而今上更看重的是災民安置是否妥當，只要在這件事上做出一番政績，那很容易能吸引到皇帝的關注和欣賞。
過百萬的災民遷移是個浩大而繁重的工程。雖然朱由檢也自內帑撥出鉅款用於災民的安置費用，但具體到每一件事情上就需要耗費大量的人力物力以及規劃和組織，包括勘察地形、合理修建住所、根據荒地安排多少人爲一村落等等繁雜瑣碎的工作。
此次遷移災民雖然衆多，但安置的算是比較合理，並未出現大的疏漏，這主要得益於與災民隨遷而來的河南地方官吏的協助，而朝廷派出的巡察御史以及大量錦衣衛的監督也是功不可沒。
沒錯，不光河南幾個府州縣的災民遠遷，那些地方官吏們也大都跟隨前來。
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受災當地除了少數士紳大戶和一些尚能自足的的自耕農以外，其餘沒有着落的百姓幾乎全部被搬遷至運河淮安段。南陽等地除了主官以及少數官吏留守以外，剩餘的則作爲組織者帶領災民來到了朝廷指定的地點。有了這些熟悉民情的官吏協助，這次大規模、分批次移民才得以比較順利的完成。
當然了，牽扯到如此多人口的移動，期間發生的種種事端也是紛繁複雜的，陳奇瑜在奏本中也只是簡略一提。
陳奇瑜接到朱由檢徵詢意見的諭旨後，立刻意識到這是他重回京城權利中心的一次良機。皇帝既然能在這種軍國大事上有諮與他，這充分說明皇帝很看重他的能力。這本來是朝中重臣纔會得享的榮耀，只要自己在條陳中提出與衆不同的精彩見解和主張，說不定自己也有機會參與戰事，只要有足夠的軍功，那誰也阻擋不了自己回京的步伐。
陳奇瑜在奏本中先把自己這兩年如何安置災民之事做了大致的描述，然後才涉及到了明年的戰事。
不得不說陳奇瑜的戰略眼光確實超卓。在奏本中，他別出心裁的提出了跨海作戰的方略，這在當時普遍不重視登陸戰的大明實屬罕見。
陳奇瑜建議朝廷今年調兵至登萊一線，在明年大軍出關與建虜主力正面對決時，由靖海伯調集船隻將登萊官軍運送至遼東登陸，趁建虜兵力集中於錦州沿線、遼東一帶兵力薄弱之際，登陸官軍直接奔襲赫圖阿拉，徹底摧毀建虜祖陵，將歷代奴酋之屍骨挫骨揚灰，使奴酋士氣大沮，然後撤回登陸地點折返大明。
陳奇瑜這招既狠辣又歹毒。真要是大戰一起，在這個非常講究氣運之說的年代，聽到自家祖墳給刨了、老窩給端了、左翼也有明軍身影的野豬皮的子孫們肯定會方寸大亂，官軍取勝的機會大增。
赫圖阿拉建有後世被稱爲清永陵的滿清祖陵，始建於萬曆年間，現在還叫興京陵，裡面埋葬着野豬皮的六世祖孟特穆、曾祖福滿、祖父覺昌安、父親塔克世以及伯父、叔父等人，是被皇太極等人詡爲“天子之氣”的所在，也是建州的精神支柱。雖然皇太極登基後將都城遷至盛京，但仍在赫圖阿拉留下了數千精銳拱衛祖陵。
陳奇瑜向朱由檢建議，登陸遼東的官軍須得選派悍不畏死之將官士卒，人數當在五千上下。戰前許其重賞以激其志，陣亡者厚恤其家人，將官則允以高位以酬其勞，所謂重賞之下必有勇夫，五千人應該不難挑選，比如在陝西歸降的流賊張文耀部以及劉國能部。
陳奇瑜毫不掩飾對流賊降將們的輕視和敵視態度，他之所以建議朱由檢從這兩部選人，明擺着有借刀殺人的意味。
在他的眼中，這些降將軍卒均不可信。當初他們之所以投降朝廷，也是在迫不得已的情形下采取的投機行爲，其真實用心值得懷疑。
並且張文耀與劉國能部自歸降以來一直寸功未建，兩部一萬餘人空耗朝廷糧餉，既是身爲官軍，就應當爲國效力。明年大明精銳官軍幾乎要全部出關作戰，這兩個不穩定因素留在內地着實讓人放心不下，不如擇其勇悍遣往遼東，如其獲勝而歸，那就是意外之喜；若其覆亡於敵境，那亦是爲國犧牲，此爲兩全之策也。
朱由檢對陳奇瑜思慮如此周詳深表讚賞，此實爲老成謀國之言。雖然他提到這種極端事例幾乎不可能發生，但防患於未然總歸不是壞事。
陳奇瑜提出的渡海作戰策略大體可行，具體作戰方案還需兵部相關人員詳細商討後才能制訂好。等兵部拿出方案後，朱由檢就會下旨，從張文耀、劉國能部選派精兵前往登萊駐防。鄭芝龍則要調派船隻北上，探查登陸點和接應點，運載官軍往來於登萊、遼東之間進行操演，以使將官士卒提前適應環境，不至於因不習水性而喪失戰鬥力。
一提到登陸遼東，朱由檢首先想到的便是毛文龍經營過的皮島。明年出關之戰打響後，登萊軍就應立即奪取皮島，然後由熟悉地形的遼東漢人作爲嚮導，從鎮江堡一路沿着鴨綠江西岸北上，直驅赫圖阿拉。歷史已經證明，建虜在這一帶兵力極爲薄弱，這與雙方都不重視水師、未曾想到會有軍隊跨海登陸有直接的關係。
尤其自大明東江鎮覆滅、皇太極派兵征服朝鮮後，建虜已將遼東視爲了大後方，其全部精力都放在了遼西一帶，這就給官軍奔襲提供了絕佳的機會。