印尼各方在井裡汶附近的林芽椰蒂的會議上達成了一項協定。
林芽椰蒂協定於1946年11月15日草簽，其條文中包括下列各條：
（1）荷蘭承認印度尼西亞共和國在爪哇、馬都拉和蘇門答臘的事實上的政權，這些島上由荷蘭或其他盟國部隊佔領的地區將逐步移交給共和國，移交過程將於1949年1月1日前完成。
（2）荷蘭與共和國政府將合作建立一個以聯邦爲基礎的獨立自主的民主國家，稱爲－－印度尼西亞合衆國，它將在1949年1月1日前建立
。
（3）印度尼西亞合衆國將由三個邦組成，即共和國、婆羅洲和大東，這無損於各邦有權經過民主程序決定不進入聯邦而和印度尼西亞合衆國及荷蘭建立一種特殊的關係，也無損於各邦有權決定對其在印度尼西亞合衆國中的地位作出不同的安排。
（4）荷蘭與共和國同意合作建立荷蘭—印度尼西亞聯邦，由王國（包括荷蘭、蘇利南和庫拉索）和印度尼西亞合衆國組成，這個荷蘭－印度尼西亞聯邦將在1949年1月1日前建立。
（5）荷蘭－印度尼西亞聯邦將有自己的機構處理有關共同利益的事務，諸如外交、國防和某些經濟和文化方面的事務。
（6）印度尼西亞合衆國憲法將由代表各成員邦的立憲會議制訂。
（7）共和國同意承認所有的非印度尼西亞人有權恢復他們的權利，並有權要求對他們的財物給予賠償。
（8）因本協定產生的任何爭端，將由以中立國爲主席的聯合委員會仲裁解決。如雙方對選定主席意見不能一致，則由國際法庭庭長選定之。
這樣，共和國得到了事實上的承認，由於在協定中提到國際法庭庭長可能介入，就加強了這種承認，共和國因而被接受爲國際大家庭的一個成員。
關於蘇門答臘問題，共和國也達到了它的目的。
此外，印度尼西亞在聯邦裡將與王國是一個平等的同伴，而不是在王國裡作荷蘭的同伴。
另一方面，荷蘭達到了使共和國接受其聯邦的原則，共和國結果降低到幾個自治邦之一的地位，並保持印度尼西亞和荷蘭的聯繫。
1946年11月30日，林芽椰蒂協定草簽後兩星期，最後一批英國軍隊離開了巴達維亞，盟軍統帥部的職責停止了。
在作戰的那一段時間裡，英軍遭受嚴重傷亡，英軍人數最多時達九萬二千人，其中有五百六十三人被殺，一千四百四十一人受傷，三百十五人失蹤。
林芽椰蒂協定原則的明細實施辦法尚待擬訂，而雙方的摩擦幾乎馬上出現了
。
共和派人士認爲，這種措施與用合作辦法發展政府機構的措施相違背，荷蘭人於12月18日在巴釐的巴塘召開會議，討論了新大東國的機構，這使共和派人士感到憎惡。
會議任命了一位國家主席，組成了內閣，併爲召集預備議會作好準備。
在這個會議上，大東的名稱被放棄，而用東印度尼西亞代替。
一些代表提出了新幾內亞島的地位問題，範穆克答道，荷蘭政府無意把這塊領土從印度尼西亞合衆國或東印度尼西亞國中排除出去，但到目前爲止，還不可能搞清居民們的看法。
這樣，到1946年底，印度尼西亞戰後歷史的第一階段結束了。
英國軍隊已撤走了，荷蘭人和印度尼西亞人留下了，現在形成對峙局面。他們之間在原則上達成了一項協定，剩下的任務就是在實踐中加以貫徹了。
伊裡安島，也叫新幾內亞島，印尼舊名的西伊裡安是新幾內亞島（伊裡安島）東經141°以西的部分，它包括附近的實珍羣島、亞彭島、衛古島、米蘇爾島等，面積42.2萬平方公里，主要是巴布亞人。
首府是查亞普拉。
內地雪山山脈橫貫，赤道附近有4座冰峰，查亞峰海拔5030米，爲全島最高峰。
山區氣候良好，爲重要農耕地。
南部爲廣大沼澤平原，雨林茂密。
北部爲低山和平原。
沿海有珊瑚礁和沙嘴，多天然港灣。
西部鳥頭半島爲全島經濟開發較多的地區，油田及主要港口集中於此。
全境百分之七十五面積爲熱帶森林，地下有石油、鐵、錫、銅、鎳、金、銀、煤等礦。
南部海岸附近的科克瑙可以開採銅礦
。
農林水產品有椰幹、藤條、木材、鱷魚皮和海蔘。
工業有食品與木材加工、船舶修造等。
一個月光皎潔的晚上，一艘萬噸巨輪停在了曼諾瓦里簡陋的港外。
頓時，幾百條小船涌向巨輪，緊張的搬運開始了。
巨輪放下幾艘海上馱馬，船上的裝甲板在月光下閃着幽幽的藍光。
姚水明在岸上見到了戴笠：“雨農兄，辛苦了。”
“可以都是爲這個民族做事談不到辛苦。”
“這是這次的清單，你要求的武器和補給差不多夠了，以後每個月會有一趟，簡單說說情況吧。”
“原來黑字的人員帶來帶過來三百多人，軍統以前的情報人員有兩千多人。泰國，老撾，緬甸還有我們的基地，加一起留了不到兩千人，越南單獨有五百多人未來會轉到這裡，這些人都是鷹鷂負責，你認識的。”
“現在華人轉移了多少人？”
“接近一百萬，以後還會更多。不過，都沒什麼戰鬥力，起碼要訓練半年。”
“你看，一萬支突擊步槍，一萬支自動手槍，一百挺重機槍，五百挺輕機槍，一百支火箭筒，二百門迫擊炮，充足的彈藥，可以至少武裝五萬人，荷蘭人不是讓華人成立自衛隊嗎？”
“下一批電池，罐頭要多來一點，這的天氣很糟糕。”
“沒問題，電臺，電池，罐頭，大米。另外，還要有重機槍和機關炮攻擊車，吉普車和卡車。另外，請在隱蔽的地方抓緊建機場，先到一個攻擊機中隊和雷達導航設備。”
“直升機也要來，這地方它很實用。”
“可以，多用途直升機來一箇中隊。船卸的差不多了，我要去澳洲裝小麥。記住，每個月有一趟，要的品種我們電臺聯繫。還有，葉叔讓我代他向你致敬。”