1946年初，新幾內亞東岸共和國，新幾內亞西岸共和國，離島聯合共和國等七個獨立國家聯盟宣佈脫離印尼統一戰線形成以後，印尼政府不予不承認並使雙方已開始有小規模的衝突，特別是在印尼控制的地區。
1947年，衝突開始頻繁起來。原因是又有幾個附近的小羣島宣佈成立獨立的共和國。
1947年底，印尼政府和獨立地區雙方在停戰問題上存在分歧，世界各國政府減少了對印尼的武器供給，這時衝突更加劇烈。
但是，真正作爲印尼政府和獨立島嶼之間的軍事衝突，是從1948年十幾個島嶼勝利獨立以後開始的。
這樣的武裝衝突可分爲三個階段。
第一階段從1948年4月到1949年4月。這個時期衝突的特點是，衝突的地點主要集中在海上，特別表現在對島嶼的爭奪，其手段包括軍事的和政治的
。
就在1948年4月17日，印尼方面宣佈新幾內亞西岸共和國奪取了有爭議的島嶼－－摩鹿加羣島。
5月初，印尼政府軍和新幾內亞聯合國家的聯合軍隊在這裡交了火。之前聯合軍試圖把整個羣島置於它們的行政管轄之下。
印尼方面炮轟了該島上的新建小型海軍基地，還試圖進行一次登陸襲擊，但未成功。
之後，印尼軍隊成功地佔領了旁邊的布魯島。該島位於以西，離海岸大約155公里。
6月，雙方就此事進行了會晤，聯合軍方面宣稱對布魯島享有主權。
但幾天後，聯合軍海軍便進攻了位於布魯島以南，一直屬於印尼的安伯勞島。聯合軍的增援部隊隨後在空軍的掩護下對布魯島再次發動進攻。
第三天，聯合軍完全佔領了該島。
島嶼的主權問題是雙方談判的焦點，由於聯合軍堅持佔領已經佔領的島嶼而導致談判破裂。
在以後的幾個月裡，雙方圍繞這個問題進行過多次談判和磋商，聯合軍此時得到中華軍源源不斷的戰爭物資的支援。
1949年4月，雙方同意在這年6月份再次舉行高級會議，在這之前，先舉行一個技術性的預備會議。
在預備會議上，雙方承認按實際控制區劃定的邊界和行政地圖。但聯合軍方面閉口不承認單方面聲明，以及對其聲明的解釋。相反，認爲這種解釋是毫無意義的。
談判中，印尼政府要求聯合軍首先撤離長期佔據的島嶼地區和佔領的海上交通線，以便爲高級會談創造良好的氣氛。
而聯合軍的態度是，任何撤軍只能在通過談判解決衝突和互惠的邊界調整之後。
印尼方面對此堅決反對。特別使印尼領導人氣憤的是，聯合軍在停戰後仍然佔據着戰時所有的地區。
關於海上的邊界爭論更大
。印尼方面作了一些讓步，放棄了領土以南島嶼的主權要求，而堅持把實際控制區看作劃分近海島嶼和領海的邊界。
聯合軍方面堅決反對。他們主張必須對實際控制區作有利於聯合軍方面的修正，至少使中華軍的的船隻更容易地進出這一海域，而且應該擴大島嶼的領海，使之超過30海里。
此外，聯合軍方面也反對印尼方面關於放棄對領土以南島嶼的主權要求而換取領土補償的要求。
在印尼人看來，聯合軍完全背叛了他們以前所有的承諾，而且不能容忍聯合軍在佔領若干島嶼領土的情況下進行談判。
於是，印尼政府談判代表宣佈中止談判，預備談判的中止也導致了高級會談的流產。
1949年中，雙方談判的破裂標誌着衝突進入了第二個階段。這個階段的主要特點是軍事衝突，直到大規模的戰爭，停火和談判始終未能實現。
談判破裂之後，軍事衝突就頻繁起來，特別是在印尼軍隊尚佔領的地區。
1950年初，聯合軍增加到二十個國家，幾乎佔領一個島就誕生一個國家並增加對這些地區的軍事壓力，獨立國家派巡邏隊以顯示剛宣佈成立的國家軍事力量在這些地方的存在。
一旦遭到印尼軍隊的襲擊，他們便開槍還擊。在聯合軍看來，印尼方面沒有談判的誠意。
雖然聯合軍堅持重開談判，但他們拒不撤軍，而且還調集軍隊，增加對邊境地區的軍事壓力。
1950年2月，自由南太平洋電臺報道，新幾內亞西案共和國粉碎了一次未遂政變，並指控政變是由雅加達政府煽動的。
不久，聯合軍就調動重兵以布魯島爲基地準備向印尼的蘇拉威西島發起進攻，這一行動似乎要顯示：如果印尼道歉，聯合軍也有權利使用武力襲擊印尼的領土，這很快就引起了大規模戰爭。
印尼政府調集了數萬人的部隊，增援蘇拉威西島，進行反擊，並深入聯合軍實際控制的領土。
這時，聯合軍向雅加達政府發了一封信，建議舉行高級會談，但談判主張未變
。
雅加達方面立即作了答覆，建議立即停止軍事接觸，各自後撤半到10公里，造成一個非軍事區。
印尼方面還堅持雙方脫離接觸，限定一個冷靜的和平時期，以便進行談判。
但聯合軍方面沒有理睬印尼方面的建議，於是雙方的外交努力再次告吹。
這時，雙方都積極準備軍事對抗，印尼的行政當局已決定，如果聯合軍進行新的入侵，印尼將予以反擊進攻。
與此同時，聯合軍領導人，已改名奔柴那－戴的戴笠也決定要給雅加達一個教訓。
於是，聯合軍總司令強勇上將在蘇拉威西島控制的邊界地區進行視察之後，便於8月初對印尼領土展開了一系列的軍事進攻，聯合軍最精銳的機械化部隊三個旅向縱深發動了攻勢。
由於雨季，同時又遭到印尼軍隊的抵抗，攻勢受阻。9月初，聯合軍再次向發動進攻。
這一系列進攻立即導致印尼方面的反擊。9月末，印尼軍也向聯合軍多處發動進攻，雙方交戰縱深達到57公里。
到了這年底，戰爭進一步升級。聯合軍試圖擴大對肯達理地區的控制，增調兩個機械化旅增援，打算一舉消滅印尼在島嶼東部的有生力量，同時準備摧毀印尼島嶼東部的政權機構，代之以聯合軍支持的地方政權，同雅加達政權對抗。
聯合軍的大舉進攻，使印尼軍隊損失慘重。但印尼軍隊仍頑強抵抗。他們重新組織武裝力量，採取游擊戰進行反攻。
12月25日，印尼軍隊宣佈對聯合軍的全面戰爭。
12月31日，印尼政府宣佈有外交關係的國家調停，要求聯合軍無條件地撤出全部軍隊，就邊界問題進行談判。
聯合軍毫不理會繼續戰鬥，這個階段的重要特點是雙方軍事行動的規模空前擴大。
常常是接近十萬人的兵力進行較量，聯合軍的軍事行動都是以推翻雅加達政府在當地的統治爲目標。