戰船的形態一時間無法改變，因此明軍特意加強了戰船上的火炮佈置，意圖加強戰船的戰力。
明軍水軍一般都是由鄭成功親自率領指揮，只不過這個時候由於鄭成功疾病纏身，無法出征，因此派遣手下大將劉國軒統兵前去迎戰，劉國軒這個人素有謀略，但是爲人比較奸詐，鄭成功欣賞他的膽識和才智，加上自己的文治武功都比較出衆，因此能夠放心的將他馴服，但是未來由鄭經接管了明軍的大權之後一切就都不好說了，他劉國軒還能像這樣安穩嗎？
鄭成功爲此特意在軍中拉起了另一派，這就是馮信，馮信是陸軍大將，劉國軒是水軍大將，兩者互相依存又互相制約，在眼下的局勢之中明軍沒了水軍將失去保護傘，成爲清軍眼中的一塊肥肉，幾乎無返立足，但是如果失去了陸軍，明軍的水軍再強也無法找到根基，就像是浮萍一樣漂泊無依，最後還是難逃覆滅。
劉國軒和馮信兩人的互相攻訐使得鄭成功能夠牢牢的控制住手中的這支軍隊，但是他已經發現了自己長子鄭經似乎跟馮信走的有些近，這可不是一個好勢頭，劉國軒這時候畢竟還是水軍中不可或缺的大將，如果將來鄭經的手下沒了劉國軒的位置，那劉國軒他會怎麼幹？
這些都是埋在明軍中間的隱患，但是眼下最要緊的還是擊敗荷蘭人再來處理這些事情。
明軍出海之後在大海灣一帶沿着九段鯤佈置了一條防線，防止荷蘭人從這裡進攻，荷蘭人這個時候不知道是否知道臺灣城已經被明軍攻破的消息，如果不知道的話按理來說首要的目標就是前來增援城中的守軍的，所以劉國軒吧重點放在了臺灣城附近，他在二鯤身島的東側和一鯤身的東側都埋伏下一支水軍，自己率領剩餘的水軍從北尾線島和一鯤身之間的大港出海，然後派出了許多快船前探去打探荷蘭人的動向，又跟臺灣城裡面的明軍協商，將城中原來荷蘭人的旗幟全部豎起來了，以造成臺灣城還在荷蘭人手中的假象。
劉國軒的目的很簡單，就是誘騙荷蘭人的戰船靠近海岸，這樣一來荷蘭人船身速度的優勢將會被很大削減，加上明軍之前就佈下的暗樁，荷蘭人的戰船很有可能會擱淺，這樣一來就給了明軍羣起圍攻的的機會，明軍戰船數量衆多的優勢就能得到最大發揮。
劉國軒另外的計策就是以自己爲誘餌，與荷蘭人交戰，然後佯裝不敵，從大港撤到大海灣去，只要荷蘭人跟進來，從一鯤身和二鯤身的伏兵就可以從兩翼包抄，切斷荷蘭軍隊的退路，再進行圍殲。
明軍在臺灣東南沿海一帶一直等候了四五天，始終不見荷蘭人的船隊的影子，劉國軒不由得心裡打鼓，莫非荷蘭人提前知道了自己的部署，繞到別的地方攻上了島吧？
他越想越擔心，連忙派人到島中去查看軍情，看看荷蘭人是否真的從別的地方進攻了。得到的結果又讓他疑惑不已，島上各處並未受到荷蘭人的攻擊，各地的明軍也沒有見到過荷蘭人，劉國軒還會不放心，又派人前去澎湖聯絡當地的明軍查看荷蘭人是否經過了臺灣海峽。
不久之後派去打探消息的士兵回來稟報說荷蘭人並未通過海峽，劉國軒這個時候已經意識到了不對勁，荷蘭人難不成是跟清軍搭上了線，聯合到了一起了？如果那樣的話荷蘭人當真不着急進攻臺灣島，那金門可就危險了，他連忙將自己的猜想向上彙報給了鄭成功。
鄭成功這時候也意識到了形勢有點不對勁，只不過他還沒有想到清軍會和荷蘭人勾結到一起去，如果這個猜想是真的話，那麼金門島這個時候肯定是相當危險，不久前才傳來了廈門城失陷的消息就令明軍內部震動不已，如果金門島再有什麼事情發生的話不僅是對明軍士氣的巨大打擊，更會使得明軍水面實力急劇減少，到那個時候將要不得不面對和清軍的曠日苦戰，鄭成功不敢耽擱，一面下令劉國軒馬上率軍前去金門支援鄭經，一面調遣明軍沿海岸線部署，防止荷蘭人可能的調虎離山式的偷襲。
項玉這時候正帶着部隊在萬年縣開墾荒地，由於明軍在當地漢人和土人中間開始徵兵，項玉的部隊這個時候也已經重新招募到了五百名士兵，這些人中大部分是島上的漢人，他們從軍的熱情很高，因爲知道要靠明軍來保衛自己在島上的正當權益，避免重新陷入荷蘭人的殖民和被島上的原居民欺負的時代，漢人士兵訓練比較認真，雖然僅僅過去了一個多星期，他們已經能夠使用火繩槍了，由此也可見火器的操作相比於複雜的弩箭和弓箭手來說要簡單的多，一名弩手或者弓手要經過漫長的訓練才能達到實戰的要求，而一名新兵只需要教會他使用火器，在戰場上排成陣型放槍就能達到他的威力，雖然還不能和精銳和成熟的老兵相比，但是也可以參見戰鬥了。
剩餘一百多名新兵都是島上的土人，絕大部分都是高山族人，他們從小在山林間長大，擅長搏擊和箭術，對於火器反而十分抗拒，並不願意使用明軍配發的火繩槍，起初的時候只要明軍一開槍，他們都能嚇得跪倒在地，口中呼喊着奇怪的語言，項玉十分奇怪，派人詢問之後才得知原來他們將槍聲當成了神祗的怒吼，嚇得他們不敢侵犯，項玉苦勸無效，只好不給他們配備火槍，按照明軍的標準發給他們每人一把複合角弓，這些弓比他們之前使用的長弓要精良許多，土人士兵十分歡喜，項玉苦笑不已，他費盡心機從各處明軍那裡換來的這些火槍他們不要，反而爲了一把弓就樂成這樣，不過這些土人的箭術確實十分不凡，他們不喜歡射固定的靶子，反而喜歡瞄準那些飛禽走獸，拿到新弓之後每次訓練完畢之後便竄入山林間去打獵，倒是打回來不少野味給明軍伙食增色不少。
就在這個時候鄭成功的命令到達了，項玉的軍令是讓他到天興縣以西的海邊駐守，項玉在臺灣城的戰鬥結束之後受到了鄭成功的嘉獎，允許他在天興縣西邊開墾出一千畝荒地當做他的軍田，所以這個時候其實調遣他去天興縣西邊的海域駐守也是比較合理的，畢竟這一帶地區項玉的部隊靠的最近。
不過由於將近一個半月沒有戰事，項玉這個時候也不知道到底發生了什麼事，眼見就要有戰事了，他自己卻還不知道將要面對的是什麼敵人，是對岸的清軍？還是南洋的荷蘭人的援軍？
項玉接到命令之後便立即集合部隊，向着如今安平一帶的地區前進，這一代有一條比較大的河流，當地人稱它爲二流溪，河水比較湍急，項玉駐軍的地方正對着二流溪的出海口，二流溪在這裡顯得比較寬，項玉目測差不多又三百多米寬，由於島上餘量豐沛，所以河水流速甚急，這裡是河水和海水混合交匯的地方，土地比較肥沃，漁業也比較發達，海邊建有一個小漁村，在河水一邊開墾有一片水田，項玉率軍抵達之後首先便是要選好駐軍的地方，這一代地勢很平坦，漁村後面有一大片茂密的森林，項玉覺得將軍營紮在漁村的左邊，這樣方便取水和觀察沿着河流兩岸的情勢。
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