荷蘭人短暫的停留了一段時間之後便急着趕回去搬救兵了，他們一路南下在南中國海遇到了北上的荷蘭人援軍，荷蘭人匯合之後便馬不停蹄的向北疾馳，比施琅和赫本預設的時間早了一個月抵達了廣東和福建一帶的海域，雙方約定好了進攻時間，爲了麻痹臺灣的明軍，荷蘭人還特地向東行駛了一段時間，給明軍造成了荷蘭人是奔着臺灣而來的，其實這個時候清軍已經將臺灣城被攻破的消息告訴了荷蘭人，既然臺灣城已經失守了，那麼這個時候再去臺灣就顯得不那麼明智了，明軍肯定會嚴陣以待，荷蘭人不一定有機會擊敗明軍搶回臺灣島，既然如此幹嘛不將水攪渾，打亂明軍的部署，調動明軍的水軍出擊，然後聯合清軍擊敗明軍再行收復臺灣呢？
荷蘭人的突然出現並且帶着一隻不容小覷的艦隊，這令金門島上的明軍大爲震動，這個時候即使加上澎湖方向來的水軍，明軍海面上的力量仍然顯得捉襟見肘，鄭經甚至已經做好了棄軍出逃的準備，甚至命人將自己的財產和陳氏都送上船去，準備逃跑。
雖然最後經陳永華髮現並且力勸之下，鄭經最終沒能逃跑成功，但是他的這番舉動卻沒能隱瞞成功，消息很快便傳遍了整個明軍，明軍將士一片譁然，自己的主將竟然要拋下大軍自己逃跑，士兵們議論紛紛，士氣也受了很大的影響。
這個時候明軍面對的局勢十分不妙，清軍的陸上大軍已經休整完畢，正要跨海登陸，海上的明軍要被一分爲二，同時被清軍和荷蘭人牽扯，加上明軍的軍心不定，這一仗還沒有開打就已經沒有什麼懸念了。
清軍在七月六號這天向金門島的北邊發起猛烈的進攻，海山遮天蔽日全都是清軍和明軍的戰船，海戰場面極爲慘烈，雙方皆死戰不退，將一顆顆炮彈傾瀉到對方陣型中去，雙方皆死傷慘重，大型福船的抗沉性比較一般，沒有西方人船隻上面的水密艙，加上體積龐大剛一開戰雙方前面的幾艘戰船幾乎同時傷痕累累，木製戰船在進入火器時代之後在海戰中更加容易着火，清明兩軍的戰船還在不斷的靠近，雙方都是排成一個雁陣，前面的戰船這個時候都受損嚴重，冒出濃濃的黑煙，船上一片混亂，四處都是哭天搶地的士兵，有的正在奮力滅火，有的已經棄船跳海，火勢漸漸失控，一處火線點燃了裸露在甲板上的火藥桶，發出了巨大的爆炸爆炸聲，將數十名士兵掀飛起來。
雙方大軍像是沒有看見同袍的慘狀一般，不顧一切的向前、向前，直到雙方都到了炮擊的距離上，又同時怒吼着將炮火向對方拋去。
明軍集中了主要的兵力在北面的海域，主要是因爲荷蘭人的船隻數量要比清軍少得多，而且荷蘭人船上的陸軍數量比較少，即使登陸了也不會對明軍造成非常大的衝擊，明軍的戰力傾斜使得荷蘭人的進攻開展的異常順利，荷蘭人迅速擊敗了南部明軍的水軍，然後並沒有派軍隊登陸，而是立刻北上從後方對明軍的水軍造成夾擊。
明軍的雁陣背後是最脆弱的地方，即使這個時候已經得到島上傳來的警告，黃庭也已經無法及時調整隊形迎戰荷蘭人，他只有不顧一切的向清軍進攻，意圖在荷蘭人抵達戰場之前能夠從正面擊潰清軍。
但是施琅顯然不會給他這個機會，清軍水軍的陣型極厚，雖然水軍的素質還比不上明軍，在搖晃的水面上炮擊的命中率顯然要比明軍低，但是明軍也沒有辦法在短時間之內擊潰清軍。
兩軍這時候已經撞到了一起去了，由於雙方的陣型都是十分巨大，加上戰船數量龐大，福船的轉向和調整方向的能力又比較差，雙方就像是中世紀的騎兵一樣兇猛的衝進對方的陣型中去，明軍戰船前面有一個鐵製的虎頭，專門用來接舷戰時候撞船用的，無獨有偶，清軍戰船前面也有一個龍頭也是用來撞擊的。
雙方這時皆瞄準目標筆直向前，狠狠的撞擊在對方或者被對方撞擊在自己身上，船身上面木屑紛飛，明軍士兵們搬出一個巨大木箱一般的東西，這種武器叫做萬人敵，是一種近距離使用的利器，重約四十公斤，爆炸威力十分巨大，明軍戰船上面安有石砲可以用來投擲這種武器。
清軍則由士兵們搬出了幾具迅雷銃，這種武器最多有十八根槍管，能夠連續不停的發射子彈，外表看上去像是一把巨大的傘一樣。
雙方士兵已經開始接舷跳幫，明軍將萬人敵向清軍的戰船上面投過去，清軍瞄準明軍士兵打響了迅雷銃，只聽見“轟”的一聲巨響，清軍的好幾條戰船都被明軍投擲的萬人敵炸的分崩離析，同時明軍甲板上的士兵也被清軍迅雷銃上面發射的子彈大量殺傷。
慘重的傷亡並沒有阻止雙方士兵的廝殺，不到一個時辰，雙方靠在一起的戰船都擠滿了混戰廝殺的兩軍士兵，不時有人被稍遠處的敵方火槍擊倒，更多的士兵是被對方的橫刀砍到在甲板上，兩軍後續的軍隊都源源不斷的從後面的戰船上面趕到接舷的地方廝殺，靠在一起的戰船上面很快就屍橫遍野、血流成河，雙方都殺紅了眼，一個明軍的士兵被清軍的長槍刺倒在地，緊跟在後面的明軍還不等清軍士兵抽出他的槍尖便衝上去一刀砍下了他的頭顱，濺起一條飛血。
這個時候已經完全沒有什麼戰術可言了，慘烈的傷亡像是一臺絞肉機一樣不斷地吞噬着雙方士兵的姓名，兩邊都不顧一切的往戰場上投入更多的士兵，戰局漸漸已經變得不像是海戰了，更像是陸地上的廝殺，不斷有受傷或者失足的士兵落水，這個時候根本沒有人會去營救這些落水的士兵，兩邊豆漿所有的注意力和資源投入到這場戰鬥中去，戰鬥變成了一場毅力的較量，比的就是誰能夠撐到最後，明軍已經出現了一絲勝利的曙光了，清軍士兵畢竟是訓練時間比較短暫，船上的士兵中原先的漁民佔了多數，清軍最開始的勢頭沒有持續多久，這些士兵便被戰場上慘烈的情勢嚇得不敢前進，只有原先的清軍經歷過戰場的慘烈洗禮，這個時候還能夠苦苦支撐，但是在傷亡越來越重的情況下施琅手中可以調動的兵力也變得捉襟見肘起來。清軍敗象已現，黃庭心中大喜，終於要勝利了麼？明軍終於要取得這場戰鬥的勝利嗎？
就在這個時候，明軍的後隊傳來一陣淒厲的號角，這時荷蘭人趕來了的警報，金門海戰的轉折點出現了。