就在郎廷佐這個時候擔心的祭出了督戰隊，逼趕着士兵向正陽門東面的城牆上去支援的時候，中華軍的艦隊卻並未如他所料的那樣靠近登陸，而是繼續逆流而上，越過了正陽門這邊，朝着通濟門這一帶駛過去，這一帶是緊貼着江面的，所以並沒有什麼緩衝地帶提供給對方進行登陸，所以郎廷佐心裡大大的鬆下了一口氣。
他意識到對方可能真的只是起到一個疑兵的作用，但是動用這麼大的一支海軍來執行這樣的牽制任務，這可是聞所未聞。
不過中華軍的炮擊依然十分兇猛，而且是以步步推進的方式逐步的消滅掉清軍的守軍的，在對方的集火之下，通濟門這裡的清軍和正陽門的守軍一樣，也是抵擋不住，不僅傷亡慘重，而且火炮也被損毀嚴重。
很快，中華軍的艦隊就抵達了原來的丹陽郡城這邊的城牆了，這裡是很靠近城區的，因此中華軍這個時候可以直接炮擊到南京城內了，而這一次中華軍這邊在沒有任何的顧及，也不擔心像是在杭州城那樣引起了火災，因爲這一次清軍是早有準備的，而且南京城是屬於內陸城市，不像是沿海一帶的城市那樣中華軍需要顧及民心的得失，因爲有迫切的需要，但是在這些內陸的地區，中華軍短時間之內還沒有能力能夠染指，因此也不會有那麼多的顧及，相反的，中華軍這邊炮擊南京城雖然會造成一部分的平民的傷亡，但是戰爭之中難免都會有平民死傷，而這個不能保護好自己子民的責任顯然是要歸結到清廷的頭上，而中華軍這邊則會讓世人都知道自己的強大。
中華軍艦隊有一百多艘作戰艦船，在之前的戰鬥之中他們的彈藥儲備已經被消耗了一大部分，這個時候其實已經沒有多少彈藥的存餘了，而艦隊之中的這六七十艘艦船實際上就是承擔的像後世艦隊之中的補給艦一樣的性質，但是在經過杭州之戰、江陰和鎮江三次的戰鬥之後，艦隊補給船上的炮彈也快要消耗殆盡了，這個時候大約只剩下出征時候彈藥儲備的三成左右了。
爲了防備在歸路上遇到的清軍阻撓。艦隊還必須再預留至少一成的炮彈，這樣來看，中華軍這邊的炮擊實際上進行不了多少時間了。
因此，艦隊在擊潰了通濟門南部城牆上的守軍之後。並沒有再行轉移方向，而是對着內城方向開火，將剩餘的炮彈全都傾斜了出去，一時間秦淮河沿岸的煙花之地就遭了秧，遍地都是逃難的百姓和紅塵女子。至於文人騷客這個時候更是數不勝數，就算是沒有被中華軍炮火波及到的地方，這個時候也開始出現恐慌，中華軍的炮擊十分的猛烈，這帶給他們巨大的震懾。
中華軍這個時候主要的目的已經全部達到了，一方面將兩江的清軍拖住了，不讓他們南下支援，另一方面成功的將中華軍的影響力擴大到了清廷的內陸地區，這也讓各地還存着反清心思的漢人心中燃起了一絲的希望。
中華軍將艦上的炮彈打的差不多的時候，李權的撤軍命令也下達了。艦隊開始緩緩的退出秦淮河，駛進長江中去，然後後隊變前隊，開始順流而下，從上游和州趕來的清軍水軍這個時候望着中華軍負責殿後的兩艘巨大的鐵甲艦，也不敢像預定的計劃之中那樣發動火攻了，清軍很擔心這種打鐵船根本就不害怕火攻。
艦隊的撤離十分順利，預想之中的清軍攔截並沒有出現，長江沿岸的清軍也對這支強大的艦隊避之不及，根本就沒有招惹她的心思。因此中華軍的艦隊只用了六個小時就駛出了長江，來到了崇明島這裡稍作停留，艦隊之中有一部分的艦船在之前的炮擊之中受損了，儘管崇明島不能完全維修好。但是可以進行簡單的修理。
而這個時候中華軍的陸軍已經撤到了舟山羣島了，清軍各地的軍隊這個時候已經全部調動了起來，牽一髮動全身，因此中華軍進攻鎮海的這一個舉動幾乎攪動了整個東南方向的所有清軍，而等這些清軍趕到的時候中華軍這邊已經安全撤退了，而等到中華軍離開鎮海之後。餘姚的清軍才姍姍來遲的前來收回了鎮海，還宣稱是自己出兵擊敗了中華軍，從中華軍的手中奪回了鎮海的控制權。
不過這個時候就算是清軍收回了鎮海，也沒有半點價值了，經過中華軍兩次的進攻，鎮海炮臺可謂是被徹底的摧毀了，尤其是在第二次撤兵的時候，中華軍使用大量的火藥幾乎將鎮海炮臺清軍之前修建的支撐、地基等全都炸燬了，清廷想要將它恢復到戰前的水平，則必須再一次投入巨大的人力物力來進行修繕，可是這個時候整個寧波府只怕都找不到足夠的人手出來，不只是在寧波府內，就連附近的台州和紹興府的境內，也被中華軍挖空了不少的地方，這些地區的大量的人口被中華軍轉移走了，清軍面臨着巨大的海上壓力，同時還要想辦法恢復這些地方的生產和建設，別的不說，至少要找到足夠的人來種田，不然連軍隊的糧餉都要依靠別的地方的供給了。
而中華軍這邊雖然是打了勝仗，可以說是超額完成了自己預設的目標了，不過這個時候中華軍這邊也面臨着一個很嚴重的問題，那就是大量的人口都聚集在舟山島上，這裡的基礎設施非常差，連像樣的居住地點都沒有，因此雖然地方很大，但是卻沒有多少的承載力，近七十萬人每天消耗的糧食都多達七千石，如果按噸來計算的話是接近七百噸，這可是一個很龐大的數字，而且考慮到中華軍目前的海上運輸力，這些人還會在這裡滯留最少三個月的時間，雖然最後人數會逐漸的減少，但是在初期的幾個月的時間裡面，定海這邊面臨的巨大的後勤供給壓力，而且還要防備清廷可能會派兵登島來搶回人口，所以西邊海域的防禦任務也非常重。。