四月底的時候，中華軍的大半部隊這個時候都返回了基隆，除了海軍還有比較繁重的護航任務之外，陸軍士兵們已經放假了，而軍官們則還要做一次戰後的總結報告，寫完之後要上交上來給項玉批閱。
這並不是走形式主義，而是項玉想了解手底下的這些將領們通過這一次的作戰得到了什麼樣的體會，而且他還比較關注低級將領們的感覺，這些人不同於決策者，他們在戰場上和清軍以及當地的百姓們直接接觸，因此具有最直觀的印象和感覺，而收集這些情報並且加以分析，也是一項很重要的工作。
中華軍這一次作戰之中一共調動了一萬三千名陸軍，一萬兩千名海軍，這幾乎是整個臺灣的全部兵力了，而且呂宋島上的海軍部隊除了王佐才這個時候帶着兩艘鐵甲艦組成的艦隊在爪哇海一帶活動之外，馬尼拉城外能夠調動的海軍幾乎全都趕到了臺灣前來參戰。
可以說這一次作戰時傾盡了中華軍目前所有的實力的一次巨大冒險，雖然要冒着一定的風險，但是其收益也是很可觀的。
中華軍這邊一共犧牲了一千一百六十七人，其中陸軍犧牲了四百六十人，海軍這邊犧牲了七百零七人，從數字上來看海軍的損失是比較慘重的，真實的情況也差不多，海軍這邊一共損失了九艘艦艇，重傷了六艘艦艇，輕傷的艦艇多大五十餘艘，受傷的水兵人數也達到了九百多人。正是因爲在長江航道里面中華軍有八艘艦艇被擊沉，因此清軍在之後上報給清廷的奏摺之中將這一次作戰說成是大捷，表示在經過南京城的守軍和各地清軍的配合之下，全軍將士戮力一心奮勇殺敵，最終重創敵軍，擊沉敵軍大型艦船九艘，擊傷數十艘，斃敵無數，敵軍潰敗而逃。南京城安然無恙。
當然了，奏摺裡面寫的漂亮，但是實際上的結果大家都是心知肚明的。
中華軍和清軍一共經歷了數十次的戰鬥，其中比較大的戰鬥有九次。中華軍這邊擊潰和全殲了四個方向來的清軍，一共殲敵兩萬九千餘人，俘虜了一萬四千多人，而且直接和間接的調動了數十萬的清軍，不僅如此。中華軍的海軍先後達到了杭州、江陰。、鎮江和南京，造成清廷整個東南的震動，兩江總督甚至爲了保衛南京城而調動了十三個州府的軍隊到南京城來增強守衛，最後直到中華軍撤兵了，這些增援的軍隊還沒有完全趕到，想想都覺得滑稽。
清廷在江南一帶的軍隊一共有四五十萬之多，損失兩萬人對於他們來說並不算什麼，這個時候募兵有比較簡單，因此這裡的缺口很快就能夠補上來，但是中華軍這個時候的威脅是進一步的擴大了。之前只能說是停留在海上，對清廷沿海海上的船隻和漁民們的威脅比較大，但是清廷施行禁海令之後沿海一帶已經沒有什麼東西可供中華軍劫掠了，因此這樣的威脅還算是可以接受。
就算是在這之後中華軍開始上岸進行小規模的襲擾，但是總的來說對沿岸各州縣的威脅幾乎沒有，這種小規模的騷擾只能起到疲兵的作用，還遠不足以讓清廷感到擔心和恐慌。
但是這個時候中華軍竟然開始深入內地，甚至搶佔了州府縣城，並且還進行了人口和物資的搶奪，這一點讓清廷有種似曾相識的感覺。仔細想想不就是自己當年用於對付明朝的策略嗎？
寧波府被中華軍攻佔的事件引起了清廷的高度警惕，一些有遠見的人士已經感覺到了中華軍這邊的態度轉變，他們不再是侷限於打一槍撈一把就跑的目的，開始逐漸變得更加貪婪。而其目的顯然不只是人口和財產這麼簡單。
爲此清廷決定調遣四川、雲貴、兩江的軍隊向東部署，並且加大水軍的建設力度，在太湖、洞庭湖、鄱陽湖等靠近長江的水泊裡面編練水軍，各地在原來的基礎上大修炮臺，這種單純的防禦設施雖然對於清軍的反攻沒有絲毫的幫助，但是在這個時候能夠起到重要的防禦作用。
除此之外。五萬清軍再一次進入了廣東，部署在潮州、惠州、肇慶一帶，這裡地勢靠海，是中華軍的襲擊目標，儘管尚可喜這個時候擁有十二萬之多的軍隊，但是主要都集中在廣州一帶，在各地的駐軍並不是很多，如果是平時作爲安全防衛任務來說，這樣的兵力自然是足夠了，但是如果要面對像這一次中華軍的這種規模的進攻的話，那自然是難以抵擋。
除了尚可喜的廣東，耿繼茂的福建也沒能倖免，因爲福建面臨的局勢比廣東還要險惡，而且耿繼茂的軍隊實力相比於尚可喜來說要遠遠的不如，因此清軍派遣了八萬軍隊進入福建，分別部署在漳州、泉州、興化、福寧、永春這五個地方，和廣東的情況一樣，爲了避免過度的刺激到耿家父子，所以清軍並沒有進入福州府。
耿繼茂的軍隊原本就只有十萬人左右，這個時候隨着與中華軍的衝突的加劇，他的這些兵力顯得有點捉襟見肘，但是這並不意味着他就歡迎清軍直接將軍隊派到自己的轄區，儘管他這個時候也是大清國的一員，但是畢竟是已經開府自治了，而且福建水師還一直賴在泉州府內不肯撤離，這已經讓他很沒面子了，東南三番之中，唯獨就他一人轄區內還有不屬於自己調度的清軍，自然心裡十分惱火，這個時候清軍打着加強防禦的幌子繼續增兵，耿繼茂的心中自然是大大的不滿了。
其實這個時候除了雲南的吳三桂之外，廣東和福建的兩人都被清廷派駐了軍隊，但是這兩地的安全情況確實不容樂觀，因此兩人的不滿和反對這個時候也是沒有絲毫的作用的，清廷爲了遏制中華軍的發展空間，在這兩地布軍的決心是十分堅定的。。