荷蘭人大驚失色，這才察覺自己上了敵軍的暗度陳倉之計，但是他們這個時候根本就沒有比的選擇了，只能在敵軍的大部隊趕來之前將西城奪回來，不然等待他們的就是覆滅的命運。
中華軍突入城中的兩千人中間這個時候有五百名士兵護住了城門，他們早已將城門打開，埋伏在城外的兩千軍隊高喊着衝進了城中，他們和之前殺入城中的軍隊一起，以席捲之勢將前來反撲的荷蘭人的攻勢壓了回去，並且將荷蘭人的活動空間壓縮到僅有北城牆及城門下面的一小塊空間，一時間所有的人都知道，荷蘭人已經大勢已去了。
激烈的抵抗並沒有持續很久的時間，因爲荷蘭人在中華軍的三面夾擊這些損失慘重，卡爾凱恩斯知道他們已經無力迴天了，最後只好下達了向中華軍投降的命令。
中華軍拿下了北門之後迅速的派兵逐個的清剿城中殘餘的荷蘭，以及剛剛成軍不久的土著士兵，這些扈從軍在戰場上表現的十分拙劣，儘管表現的比較勇敢，但是卻絲毫沒有章法，只顧着一擁而上，一羣人遭到中華軍的迎頭痛擊，傷亡慘重，很快就被擊潰了。
巴達維亞的規模並沒有馬尼拉那麼大，但是這座城市的活力顯然不是馬尼拉能夠相提並論的，年輕的荷蘭帝國這個時候如日中天，雖然沒有日後日不落帝國那般的榮耀，但是卻是這個時候當之無愧的海上霸主，擁有最強大的造船工業和最多的航海運輸船，因此遍佈世界各地的殖民地上面的貿易的往來也是十分頻繁的。
但是隨着巴達維亞的陷落，荷蘭人的海外貿易將會遭受重創，而中華帝國的商隊從此纔算是真正的走向了世界，參與到了大航海時代的淘金狂潮之中了。
巴達維亞一戰，中華軍的損失比較輕微，只有六十九名士兵陣亡，一百五十多名士兵受傷。其中以炮兵和呂宋軍的傷亡最多，這一戰之中荷蘭人的海上艦隊在三寶壟一帶的海域被中華軍的艦隊擊潰，五艘戰艦被擊沉，兩艘戰艦被俘。剩餘的戰艦則成功的逃脫了，這個時候印尼羣島一帶荷蘭人肯定是不敢再待下去了，因此王佐才估計這些人肯定是向西逃回到印度去了。
除了荷蘭人的海軍有少部分軍隊逃脫之外，其陸軍的命運則要悲慘的多，一共兩千兩百一十七人的軍隊。其中戰死五百一十七人，被俘一千六百六十八人，三十二人失蹤，這些人估計還在城中，應該是躲在了民居里面了，等到之後中華軍的清剿行動展開就能夠將他們解決掉。
這些被俘的士兵中間有很多人都受傷了，其中大部分都是被炮彈炸傷的，人數多達四百多人，傷員之中有很多是重傷員，中華軍這一次出兵雖然物資攜帶了很多。但是醫藥的攜帶數量卻不多，這主要是軍中比較缺乏大夫，而寶貴的藥材王佐才顯然是不想浪費在這些重傷員的身上了，就算是要救，那也是先救中華軍自己的傷員再說。
對於這樣的安排荷蘭人雖然抗議，但是中華軍士兵們根本就不會去理會他們的感受，直接將輕重傷員一區分然後將所有的重傷員全部擡出去“解決”掉了，這對於他們來說未嘗不是一種解脫，在巴達維亞的這種酷熱的天氣裡面，這種開放性的傷口是極容易感染化膿的。等到那個時候或許會更慘一些。
第二天天一亮，中華軍的軍隊已經完全控制住了巴達維亞整個城區，隨即，王佐纔派出了數十支小隊對城中可能藏匿荷蘭士兵以及土著士兵的居民區進行了搜查。而大軍這個時候已經在舉行入城儀式了。
所謂的入城儀式，就是發動羣衆來歡飲中華軍，以此來製造出聲勢和氛圍，以震懾城中的土著人和荷蘭人，而歡迎的人員則是李文思和幾名城中的華商組織起來的，實際上也不是特別難辦。主要是他們手底下的華人工匠和民衆。城中的華人是一大片一大片的定居的，荷蘭人施行的是一種類似於後世的工頭一樣的管理制度，將事情交給華人之中的首領，再由這些首領來組織人手去完成荷蘭人教派的工作和任務，時間一長，這樣的組織便因爲分工種類的不同分成了十幾股，大一點的類似於李文思這樣的，手底下的工人的數量在五千人以上，多一點的甚至超過了萬人的規模。
這些人對於中華軍的態度顯得有點搖擺不定，起初他們是比較抗拒中華軍的，因爲很多人都擔心一個新的勢力的進入，會打破他們現有的一種近似於壟斷一樣的地位，但是隨着局勢的進展，巴達維亞的華人和荷蘭人之間的關係開始出現了裂縫，荷蘭人開始有意識的打壓華人，甚至在局勢不太明朗的時候，荷蘭人一度祭出了屠刀，顯然是想對他們動手了，華商們這才一下子慌了神，於是才着急上火的不停的催促李文思，想要得到中華軍的軍隊的動向的消息，好期盼中華軍能夠及時趕到幫助他們擺脫險境。
不過這個時候在得到了中華軍方面的詳細的政策了之後，這些華商們終於鬆下了一口氣，他們的利益並不會受到損害，而且從此以後也再不用看荷蘭人的臉色了，而且在這一次攻打巴達維亞的過程之中，中華軍所展現出來的強大軍事實力，也讓這些華商們感覺心裡無比震驚，在他們的印象之中，大明朝廷的水師雖然強大，但是全都是依賴着人多船多，打起仗來靠的是人數的優勢，陸軍的那些腐朽的衛所兵，根本就不值一提，指望他們保家衛國還不如各地編練得鄉勇團丁比較靠譜。
而巴達維亞城中普通的華人則想法要簡單的多，他們大多數是從廣東福建一帶不遠千里跨海而來的，來到這裡之後人生地不熟，什麼事情都難辦，之所以要吃這麼多苦頭就是爲了躲避戰禍，還有的則是被荷蘭人欺騙或者直接擄掠過來的，這個時候中華軍表現出來的強大的軍事實力讓他們感到內心很安穩，這是一種民族的自豪感。(。)