中華軍在剿滅了萬丹伊斯蘭王國之後，隨後有滅亡了馬打藍國等其他幾個小國，至此，爪窪島上的所有勢力都已經被中華軍清理一空，而這裡的華人的數量和呂宋相比還有一定的差距，但是當地的土著人的數量非常多。∈↗，
而印尼羣島又是物產豐富的地方，蘊含着豐富的石油和各種礦產，並且還有十分豐富的橡膠資源。
而印尼羣島上面的原住民之中，建立了國家的地方特別多，因此相對於呂宋島上的土著人來說，這裡的局勢跟家複雜一些，而中華軍對待他們的態度也迥然不同，不再像之前對待呂宋島上的土著人那樣溫和，而是採取了一種十分果決的策略，那就是施行人口消滅。
這個策略是項玉早就制定好了的，只不過他也沒有想到中華軍能夠在這麼早的時間就拿下這些島嶼，但是一些提前制定的方針還是沒有動搖，印尼羣島上的人口數量衆多，面積也比呂宋島要大得多，因此中華軍很難在當地維持大範圍的駐軍，而沒有大量的軍隊，島上的原始森林山川水泊就會給這些土著人提供庇護的場所，而等到他們緩過勁來，將會對中華軍在各地的城市以及遍佈各地的礦產工地產生很大的威脅，因此必須在這個時候中華軍大軍駐紮並且有能力解決的時候處理掉。
在爪哇島的局勢安定下來了之後，中華軍兵分兩路，分別從巴達維亞出發，向東和向西同時出發。主要是擊潰當地的土著部落。並且將人口擄掠到巴達維亞來。這些人將被送去修建萬丹到巴達維亞之間的道路，這兩個城市是中華軍在爪哇島的重要支點，但是陸地上的交通條件十分的惡劣，到處都是原始森林和窮山惡水，而爲了維護西爪哇島的穩定，在陸地上修建一條道路是十分有必要的。
這兩地之間的跨度將近一百二十公里，其實也不是特別遠，但是沿途的叢林密佈環境惡劣。還有十分嚴重的危險生物，包括犀牛、蛇以及蚊蠅的襲擾，中華軍預計這條路要修通，最少要投入三十五萬人，修建至少一年的時間，才能將這一代的叢林和山澗劈開，將兩地之間的交通打通。
而這個人口數字是十分的龐大的，而且人力成本極高，古時候服徭役死人是非常常見的事情，因此這樣的工作自然就落到了這些島上的土著人的手中了。
中華軍的行動十分順利。應該說島上的土著人根本就沒有什麼像樣的抵抗能力，也有幾個規模比較大的部落。但是他們的裝備比較落後，因此在中華軍的打擊之下很快就敗下陣來，淪爲了中華軍的俘虜。
很快，從島上各個方向運過來的俘虜源源不斷的被送往雅加達，中華軍在佔領了巴達維亞之後便將它的名字重新換了回來，雅加達這個名字聽起來比巴達維亞這個歐洲名字好聽多了。
這些俘虜有男有女，但是清一色的都是青壯年的勞動力，也有十五六歲的半大小子，年老體弱和衰老的土著人是見不到的，這些人都被中華軍給處理掉了，這一政策讓軍隊中很多人都感到不適，尤其是殺死那些只有幾歲甚至是幾個月大的小孩的時候，很多士兵都感覺有些於心不忍，但是下面的軍官已經得到了嚴令，要嚴格的執行上面的命令，因此這些士兵雖然於心不忍，但是最後還是將這項任務完成了。
具體的進剿行動持續了三個多月的時間，爪哇島上的人口數量並沒有一個完整的統計，不過根據中華軍的估計應該在四百萬人左右，而據非公開的資料顯示，中華軍在這三個月的時間裡面一共殺死了超過兩百萬人，其中包括一百多萬的老人和兒童，這一數字是後世根據中華帝國解密的一些資料推測出來的，具體的傷亡人數誰也不知道。
因此這一項滅絕人口的行動被拿來和歐洲人販賣黑奴，以及屠殺北美地區的印第安人一起，被列爲世界上三大人口屠殺事件，受到了很多人的譴責。
即使是這樣，這個時候聚集在雅加達的土著人的總數已經達到了一百多萬，這還不算之前已經被派分出去開始修建雅萬之路的十幾萬人。
這麼多人聚集在雅加達，給城中的守軍很大的壓力，他們將這些土著人分散到城外的數十個大營中去，以免他們聚在一起產生意外，畢竟上百萬的人而且都是年輕力壯的勞動力，一旦產生什麼差池那簡直就是要了老命。
雅加達這個時候也面臨一個問題，那就是糧食的供應的問題，雖然中華軍在清剿這些土著人的過程之中也繳獲了大量的糧食，但是城外這一百多萬張嘴，一天消耗掉的糧食就達到驚人的四五千石，換算成噸來計算的話將近兩百五十噸，而雅加達並不是一個規模很大的城市，這個時候城中的存糧只有不到十萬石，就算是加上之前中華軍從萬丹和這些部落中繳獲的糧食，也不足三十萬石，這樣一來，城中的糧食很快就會耗盡。
土著人這個時候還是施行的最低配給制，一人一天也就給一斤大米的配給，而王佐才這個時候考慮到糧食的短缺情況，於是狠心將這個數字大砍了一番，直接將每人每天一斤米，砍成了只剩半斤米，這樣一來僅僅只能維持這些人不被餓死，想要吃飽肚子顯然是不可能的。
這樣做雖然能夠將糧食的供應時間延長一些，但是這樣做也沒什麼實際的意義，因爲這些俘虜們每天如果只吃這麼少的糧食的話，他們根本就沒有力氣去勞作，每天還會白白的消耗掉這半斤米。
爲此中華軍這邊決定一邊想呂宋方面發出求援信，要求他們調配一批糧食過來，然後又加快分配這些人去參與勞作，而首先要解決的就是爪哇島上的林多地少的尷尬境地，荷蘭人之前開墾的土地數量不多，僅僅只夠維持雅加達的基本糧食供應，而且他們還能夠走海陸從印度調配糧食過來，要知道這個時候的印度還沒有像後世那樣多的人口，但是其地理條件相當優越，爲其提供了大片的肥沃的土地用以種植糧食，因此一直都是重要的糧食產區。(。)