實際上這一仗也幾乎將中華軍的家底給打空了，光是作戰過程中所消耗掉的數萬桶的火油就幾乎將基隆的火油的庫存全部耗盡，而戰爭之中出現的士兵傷亡撫卹以及彈藥的消耗等也幾乎將之前從薩摩藩那裡獲得的戰爭賠款消耗殆盡，不過好在之前從馬尼拉的西班牙人那裡還繳獲了一筆不小的財富，所以這個時候中華帝國這邊只是將物資消耗的七七八八，但是手裡面還有一筆資金。
戰後中華軍並沒有停下里調整，項玉明白和清朝這樣一個坐擁巨大人力物力財力的對手作戰，中華軍這邊一定要不能有任何的懈怠，清軍可以屢戰屢敗，他們能夠承擔下來這個損失，但是中華帝國國小家貧，不能有任何的失誤，而這個時候清軍新敗，主力艦隊已經全軍覆滅，中華軍這個時候就要乘勝追擊，將清軍在東南沿海一帶的海上勢力徹底的清剿一空，包括福建廣東以及浙江一帶的清軍殘存的水師戰船，包括沿海一帶的海島等資源，中華軍這個時候要全部接管過來，徹底的封堵住清軍的沿海活動範圍，項玉決不允許清軍在短時間之內再冒出來一個強大的海軍。
這個時候清軍實際上已經沒有什麼像樣的海軍力量了，不過廣東的尚可喜這個時候倒是還有一支海軍，這個是他用來和南洋一帶的洋人做“生意”的護航艦隊，南洋一帶山高皇帝遠，海盜勢力十分活躍，儘管尚可喜的商隊擁有強大的背景，但是在這裡一樣很難討好，海盜們只管搶，纔不管搶的是皇帝的貢品還是大臣的傢俬。
尚可喜這個人這個時候已經五十有八，接近六十歲的年紀了，他出生於關外，早年曾在毛文龍麾下從軍，後來與崇禎六年投靠滿清。被皇太極稱爲“天助兵”，尚可喜一生之中征戰無數，跟隨清軍從南到北立下了汗馬功勞，順治年間和吳三桂等人一起被封爲親王。尚可喜是平南王，而吳三桂則是平西王。
尚可喜當年跟隨耿繼茂一起攻打廣州城的時候就選中了這個好地方，廣州的市舶司一年的收入光是關稅就有一百多萬兩白銀，這讓尚可喜大爲驚訝，也由此產生了佔爲己有的想法。後來廣州城中明軍殘兵和城中百姓反清之爭十分離開，兩人圍成近一年的時間逐漸將耐心消耗光了，這纔有了後來的屠城事件。
廣州經歷了那一戰之後元氣大傷，商業地位嚴重下降，在加上整個南方的戰火遍佈，大大影響到了洋商和中國之間的貿易，於是尚可喜雖然佔據了廣州，但是並沒有因此富起來，相對於吳三桂等人他的優勢也不明顯。
但是廣東擁有一個得天獨厚的優勢，那就是距離南洋比其他地方都要近。所以尚可喜變動起了和洋人做生意的念頭，他將廣東的生絲、瓷器、茶葉、香料等集中起來，用船隊運到馬尼拉或者巴達維亞，甚至還跑果阿到廣州的這條航線，這些東西在廣東省內就有大量的出產，尚可喜收購的價格也不高，但是一旦運到洋人的地盤，獲利往往就會翻上幾番，而中國的船隊在走出去的同時也吸引了外國商船的迴流，廣州城的稅收也就慢慢的增加起來了。
尚可喜的船隊去的時候往往裝滿了大量的貨物。但是他們不需要從洋人那裡進口什麼，但是有一種東西是尚可喜這個時候所稀缺的，那就是洋槍洋炮，無論是英國人的還是荷蘭人的。就算是質量比較次的西班牙人的東西他都大量採購，尚可喜麾下擁有十餘萬軍隊，軍隊數量在南方僅次於吳三桂的平西王軍，但是不同於吳三桂單純的陸軍，尚可喜麾下還有一支規模不小的水師。
中華軍早在出征馬尼拉的時候就曾經和尚可喜的商隊打過交道，自然就對這一支海上的力量留心了。後來中華軍的主要精力都被福建的施琅的威脅所牽制，也就沒有在關注這一支海軍了，不過這個時候想要徹底的肅清東南沿海的清軍的海上勢力，這一支海軍絕對不能留下來。
尚可喜的船隊規模在兩百艘船隻左右，但是其中有一半以上的都是正兒八經的商船，無論是建造的樣式還是結構強度上面來說都不適合改裝成戰船，這主要是他從民間收購的，而民間的商船在建造的過程之中往往就爲了省那麼一些原材料費，所以選取了比較普通的木材，而這種木材打造的甲板是不能承受幾千斤甚至是上萬斤的火炮的重量的。
尚可喜後來的戰船則完全選用了上好的木材，因此艦船的質量不錯，船隊清一色的都是廣船，戰船的數量在八十餘艘左右，其中大部分都是兩百到三百噸的船隻，這個噸位用於航海貿易已經是綽綽有餘了，但是對於剛剛經歷了臺南海戰的中華軍海軍來說，這個對手簡直是太瘦了。
尚可喜的商隊在廣州城，但是水軍的主要兵力卻不在廣州，而是在瓊州府。
這個時候的廣東省實際上還包括了後來的廣西的一部分，也包括了整個海南島，海南島在這時被稱爲瓊州府，首府是瓊州，這裡修建有一處水軍碼頭，是原來明軍水師遺留下來的，尚可喜在廣州開府之後瓊州府自然也歸於他的名下。
尚可喜將原來明軍的水軍基地進行了一番擴建，原來的水軍大寨比較小，明軍在海南島上的水軍人數並不是很多，最多的時候只擁有不到三十艘戰船人數也不超過兩千人，這對於瓊州府的防衛是足夠的，但是對於尚可喜的水師來說，這個水寨顯然就不夠了。
尚可喜水軍的大將是樑標，此人原來是明朝的廣東水師主將，在順治八年清軍破城之前投降了尚可喜，於是被尚可喜留用。
樑標此人是明軍的典型，畏敵如虎，畏戰避戰，不是一個能打之人，這些尚可喜也都知道，但是隨着鄭成功敗走臺灣，加上鄭家軍隊四分五裂，連水軍大將劉國軒都投降了清廷，其海防的壓力大大減輕，加上尚可喜的部將之中也確實沒人能夠擅於水戰，所以還是接續留用了陳標。。