林大猛接管水師後，收編了原福州水師、泉州水師的二萬官兵，沐英又補充了一萬老兵進去，新編的水師對外統一稱福州水師。林大猛接管水師後，接到的第一個指令是，沐英要求他帶着水師，到泉州消滅泉州水師餘部，協助湯和將軍進攻泉州，林大猛領命而去。
沐英同時給應天城的朱元璋寫了一封戰報，用快馬送去。
內容是：其一、介紹福州的戰事經過；
其二、建議重新組建福州水師和泉州水師，將巢湖水師的部分官兵，編入新組建的兩個水師中，起到控制的作用，實際上江南江北統一後，巢湖水師的用處就不大了；
其三、建議組建閩東四府，與閩西四府相對應，這樣福建八府的格局基本形成了；
其四、對福建降將賴政、林大猛、黃緹敏、施永明與鄧思苟等，請求大膽使用，並將陳友定父子，及謝英輔、陳宗青、黃永泰、完者帖木兒、曲引、那虹那曲等戰俘，不日將解押到應天城，請義父定奪；
其五、福建全省拿下後，建議湯和將軍趁機進入粵省，一舉平定東南一帶。
朱元璋的回覆，很快就到了，對福建戰局在這麼短的時間內，就達到了控制全局的目的，很是欣慰，對湯和、沐英等大加讚賞，對有功將領由沐英、湯和報上來，論功行賞。
同意組建福州水師和泉州水師，並令繆永安爲水師統帥，節制福州水師和泉州水師、巢湖水師，林大猛爲福州水師統領，俞通海爲泉州水師統領，張德勝爲巢湖水師統領。並將巢湖水師分一半，併入福州水師和泉州水師中。
令賴政爲福州將軍、黃緹敏爲福州知府、施永明爲寧德將軍、鄧思苟爲龍巖將軍。陳友定等重要的被俘頭目，全部押解到應天城，聽候處理。
同意增設閩東四府，福州府、興化府、泉州府、漳州府。這樣，與閩西四府合起來，爲閩地八府。地方吏員由沐英在當地斟酌安排，主要官員，由即將成立的大明朝吏部派出。
朱元璋最後告訴沐英，福建戰事結束，沐英迅速組建各府治、縣衙，確保地方的穩定後，迅速回應天城，接受新的職位安排，至於是什麼職位，函件中並沒明說，只是告訴沐英將自己所部，分別安排在沿海一帶駐紮。
沐英派人給姑蘇城的陸宇庭大哥，寫了一封書信，讓他帶着陸家的漕運船隊到福州來一趟，同時也通知了姑蘇城的另三大家、丹徒城的三位族長，和定遠城陳家陳老先生，讓他們到福州來一趟。
顧德強和潘成龍拿下了興化城後，再拿下德化、永春兩城，留下五千人駐守興化城，再分別派出三千人駐守德化、永春兩城，身邊就只剩下了不到二萬人，再去攻擊泉州周邊的安溪、南安，就顯得兵力不足了。
陳實派人送來了沐英的指令，另二人在興化、德化、永春一帶固守，等待大軍到來，然後配合大軍拿下泉州。
林忠豪帶着四萬五千大軍包圍了龍巖城，經過一整天的激戰，拿下了龍巖城，俘虜敵軍八千餘人，林忠豪沒有安排軍隊駐守龍巖城，而是將八千士兵俘虜打散後，重新編入了大軍中，是原來的四萬餘人，擴編至五萬餘人。
然後，由陳琪率一萬五千人取漳平城；張雨桐率一萬五千人取華安城：劉德勝率一萬五千人取永安城。而林忠豪卻率八千人向南靖城方向警戒，阻擊援軍。
陳琪率軍隊攻下了漳平城後，直接攻向長泰城，解決漳州南面之敵；張雨桐率軍隊攻下華安城後，再轉攻向南靖城；劉德勝率軍隊取永安城後，再轉向平和城；林忠豪率八千人也來到了泉州城外的九龍江畔。
各部分別清剿了漳州周邊的幾個小城後，按照約定將漳州城團團的圍困了。
漳州守將何碧青，城內守軍共二萬餘人，早在龍巖城破時，何碧青就得到了消息，無奈自己攏共才二萬餘人，心有餘而力不逮，只能固守漳州城，現如今冰凌城下了，反而不着急了，因爲抵抗也是個死，不抵抗反而還有條活路，所以，他將部下召集在一起，商量投降。
沒想到在座的幾名部下，一致贊同投降，原因很簡單，現如今朱元璋統一了大江南北，連元朝皇帝都趕走了，朝廷都不在了，還賣個毛的命，誰來管你啊。大家都有家眷，還是保命要緊，何況朱元璋的新朝馬上建立，沒準還能有個一席之地呢。
林忠豪的火炮、重弩、火銃剛一擺開，還沒等下達攻城令，城內就掛起了白布投降了，搞得陳琪、張雨桐、劉德勝三將很是失望，搞啥子毛喲，好歹打一場再投降嘛。
林忠豪將手中的八千士兵，與何碧青的兩萬士兵一勾兌，編成了兩衛，何碧青帶一衛，何碧青的副將鄭佳鵬帶一衛。留下陳琪帶着一萬五千人守漳州，自己帶着張雨桐、劉德勝、何碧青、鄭佳鵬，四衛六萬人馬直奔泉州而去。
經過廈門城時，順帶着收並了廈門的一萬兵馬，原來廈門守軍黃世偉將軍，是鄭佳鵬的表親兄弟，鄭佳鵬站在城外一吆喝，黃世偉立刻就降了。
林忠豪讓黃世偉繼續鎮守廈門城，他手下的一萬士兵也沒有動窩，繼續在廈門城，待福建戰事接受，同意接受軍部的調遣。林忠豪帶着六萬人繼續朝泉州方向而去。
湯和將軍率五萬大軍到了永清城，與王順、潘成龍、顧德強匯合了，湯和說：“小子們，小沐子讓你們聽從我的指揮，一起拿下泉州城，有意見沒？”
王順等人都知道湯和與朱元璋的交情，連沐英都喊他叔，其餘的人也都跟着喊湯叔了。湯和樂的嘴都合不上了，這麼多的小夥子圍着他、恭維他，很受用的樣子，他大手一揮：“走，向泉州進軍！”
湯和讓潘成龍攻下安溪城後，再直插清源山東邊的洛陽江邊；顧德強拿下南安城後，再直插到泉州南邊的鯉城；唐三明去取惠安城後，到達洛陽江邊與潘成龍匯合；自己卻率大軍直達泉州北面的清源山。
這時，林忠豪的六萬大軍已經拿下了晉江城、石獅城後，留下張雨桐鎮守石獅、晉江兩城，自己率四萬五千人來到了泉州城東的晉江邊。
泉州城南面是大海，東面是洛陽江、北邊是清源山、西邊是晉江。城內守軍三萬餘人，守城大將是陳世冠，自打陳宗海帶領一萬精兵、百來艘戰艦離開泉州後，陳世冠就很仔細的觀察，泉州周邊的軍情動態，小心翼翼的固守着泉州。
海上還有支一萬人的泉州水師，水師將領是鄭武，這支水師常年在海上游弋，陳宗海帶走了大批的水師戰艦離開泉州後，鄭武就率領這支五十多艘戰艦的編隊，停在了泉州灣，隨時準備策應泉州城的防務。
泉州北面是湯和將軍的三萬人；東面是潘成龍的一萬五千人和唐三明的一萬人，其中五千人留守在惠安城；西邊是顧德強的一萬人，其中五千人留守鯉城；林忠豪的剩餘四萬人渡過晉江後，直接到了泉州南門的海邊。
林大猛率領二萬水師，分乘二百艘戰艦，在泉州灣外的馬頭島附近一字擺開，封鎖了泉州灣，將泉州水師堵在了泉州灣裡。
其它三面都開始了攻城，在海邊的林忠豪也下達了攻擊令，劉德勝、何碧青的兩衛人馬開始了攻城，鄭佳鵬帶着一衛人馬在海邊岩石後警戒。
泉州城一開打，泉州水師就坐不住了，水師統領鄭武命令水師五十多艘戰艦起錨，向泉州南岸靠近。
林大猛接到泉州水師向泉州南移動的稟報後，便命令水師快速的向泉州水師壓過去，於是，二百多艘戰艦紛紛起錨，平行的向泉州而去。
到了泉州南岸，鄭武便命令戰艦上的士兵，開始登陸，準備向林忠豪的背後發起攻擊。一萬水師官兵開始放下小船，然後一批批的士兵向岸上劃去。
忽然，一名參將稟報：“鄭大人，快看海上！”正在觀看泉州城攻城戰的鄭武，聞言回頭一看，遠處的海平面上，密密麻麻的戰艦平行的向泉州方向而來。
鄭武說：“是陳宗海大人率隊回援泉州了！”他從沒懷疑這是明軍的艦隊，因爲朱元璋只有一支巢湖水師，而巢湖水師只是內陸戰艦，內陸船隻是平底船，到海上來很容易傾覆，更不談作戰了，根本就不及海船的優勢。
鄭武一邊命令士兵們繼續登陸，一邊大聲喊道：“陳大人帶着艦隊主力回來了，泉州有救了！”正在登陸的士兵們一聽，精神更足了，划着小艇，拼命的向岸邊劃去。