隨着遊戲的劇情，關於《傳送門》背後的故事也逐漸的揭露在了玩家的面前。
如同遊戲的類型是益智解謎一樣。
《傳送門》中的一個劇情，同樣也是需要玩家一點點拼湊的。
包括機器人的對話，還有場景中的一些線索。
只有將這些東西串聯起來，才能夠得到一個完整的故事。
而跟夢境記憶中不同的地方，那就是楊晨將後續的一個劇情，跟前面進行了一個聯合。
只不過玩家在這之中還是要通過遊戲中的一些線索，才能夠明白這一切。
在當初遊戲中玩家操縱的主角雪兒，將GLaDOS 的核心扔進焚化爐導致過載爆炸後。
雪莉被炸出了地面，但很快又被機器人給拖回了光圈科技中。
隨後鼠人在休閒中心的低溫冷凍室中找到了雪兒，並派護送機器人將她安置在該低溫室中。
而鼠人決定嘗試通過冷凍控制來挽救她，但哨兵塔樓阻礙了他的前進。
他在牆上找到一塊麪板，很快就意識到GLaDOS的毀壞炸燬了主電網，結果包括雪兒在內的所有冷凍室都掉線了。
鼠人隨後試圖越過炮塔，但被擊中大腿。
鼠人用盡全力將雪兒的冷凍裝置修補到備用網格中，並重新啓動她的生命維持系統，該方法可以正常工作，但會讓雪兒永久睡眠，直到她被喚醒。
同時由於雪兒對GLaDOS的破壞，本應在倉庫待機的惠特利以及許多其他人格核心被激活，開始維護光圈設施，但還是有很多核心出現問題，有的電量低，以及程序不正常。
度過了不知道多長時間，惠特利將雪兒給喚醒，同時將整個冷凍裝置進行移動。
而移動的過程中，惠特利開始擔心整個設施的荒廢、並試圖修復這一切，所以他引導雪兒回到破舊的1代實驗室並拿到傳送槍。
只不過惠特利的就如同競技遊戲裡的豬隊友一樣，詮釋了什麼叫做愚蠢。
在穿過數個實驗室之後，回到一代中GLaDOS主機殘骸處，然而在主角與惠特利試着開啓逃生艙時，意外的重新啓動了GLaDOS的系統。
GLaDOS並未原諒雪兒多年前在一代中曾“謀殺”她的往事，還把雪兒再次帶進無止盡的實驗中，並且開始重建整個荒廢的光圈科技設施。
“我想只有在科學這件事情，我倆才能將彼此間的歧見暫時擱在一邊，你這個怪物。”
於是噩夢降臨，可憐的雪兒被踢入殘破不堪的迷宮繼續測試，不過這次的迷宮大陣中不再只有GLaDOS獨自喋喋不休的電子語音，還多了惠特利這個“愚蠢”的核心機器人。
不過隨着遊戲的一個劇情推進，就如同在之前的劇情裡面，GLaDOS欺騙了雪兒。
這一次GLaDOS則是告訴了玩家惠特利爲什麼會那麼蠢的原因。
原來惠特利是光圈科技科學家們專門用來限制干擾GLaDOS思想，促使她作出錯誤決策的核心，稱愚蠢思想核心。
GLaDOS的嘲諷讓惠特利難以忍受，於是一直讓玩家以爲是幫手，但只是有點蠢的惠特利則同樣是背叛了玩家。
整個遊戲故事貫穿着“謊言”一詞，至始至終。
可真正讓人意外的地方，那就是伴隨着劇情的推進，GLaDOS卻給了玩家不一樣的感覺。
相較於惠特利，還有其他科幻類題材的人工智能AI。
GLaDOS卻給了玩家一種很‘浪漫’的感覺。
GLaDOS惹人生氣，但又惹人憐愛。
從程序上面來說，GLaDOS她完全藐視人類，對自己人工智能的身份充滿了自豪，實驗就是她的追求與使命。
從一開始對雪兒這條漏網之魚的蔑視，再到對方來到了地下室逃脫後感到驚訝與慌張。
再到‘一個實驗品也許會有點利用價值吧？’
到了最後惠特利背叛了雪兒，而這個時候卻是GLaDOS跟雪兒同生共死，甚至還給了雪兒不少的幫助。
“雖然你想殺我，兩次。不過現在這樣的狀況還蠻令人愉悅的。”GLaDOS這樣說道。
在最後的關頭惠特利安排了陷阱，以炸彈將交換核心的按鈕炸燬、將雪兒炸傷。
這千鈞一髮之際，雪兒將傳送門開在天空中的月球表面上，把惠特利一起吸往外太空。
準備跟其同歸於盡，可最後，GLaDOS卻利用機械臂把雪兒拉了回來，而將惠特利流放太空之中。、
並且在雪兒醒來之後，GLaDOS解釋，它只是從卡洛琳的人格資料之中，學到了人性的珍貴，不過馬上就又把這部份的人格資料刪除掉、回到過去充滿敵意的狀態。
不過最終GLaDOS同意讓雪兒離開光圈，理由是實驗證明要殺死雪兒實在太難了。
“我可以長生不老，但是你不能，真是遺憾，不過也幸好如此。”
這一句話充滿了GLaDOS作爲人工智能的優越感，對自己身份的自豪感。
而最後，她還跟雪兒進行了告別。
‘你知道我過去的日子什麼樣嗎？我剛剛測試。沒人謀殺過我。或者把我放進土豆裡。或者把我喂鳥。我的生活是相當美好。’
‘然後你就出現了。你這個危險的啞巴瘋子。所以你知道嗎？’
‘你贏了。’
‘過去，我希望你死。但是現在，我只希望你離開，一段很有趣的經歷，別回來！’
最後伴隨着一首名爲‘Want You Gone’的單曲響起的時候。
花了幾天時間打通關的陳旭忽然感覺有一點失落。
不得不說他還真的有點喜歡上這個名爲GLaDOS的人工智能了。
整個《傳送門》真正出場的角色總共只有三個。
跟《塞爾達傳說：曠野之息》這些遊戲的主角一樣，從頭到尾不會說一句話的雪兒。
標準的傲嬌GLaDOS，以及一個白癡話癆惠特利。
整個故事看起來也非常的簡單。
雪兒被GLaDOS用謊言利用進行試驗，然後雪兒將GLaDOS給第一次幹掉，被臉都沒漏只是從一些線索裡面得知的鼠人所救，再到被惠特利喚醒，然後再度兩次擊敗了GLaDOS，卻遭到了惠特利的背叛。
再擊敗惠特利後，又被GLaDOS所救，化敵爲友離開了光圈科技，回到了地表。
很簡單的故事，但整個遊戲的旅途，卻讓陳旭感覺十分的浪漫。