*收到巴基斯坦政府的請求後，周總理急招解放軍三總部、國防部、外交部等部委高官進行緊急磋商，討論是否應該出兵印度，支援巴基斯坦。在幾天的討論中，大家憂心忡忡，最大的擔心是：一旦我們出兵攻打印度，在戰爭進行階段，巴基斯坦如果頂不住美蘇的壓力，接受了美蘇的調停，實現停火。這樣，就將由我國單獨承受跟印軍作戰的壓力。在國際上這樣的例子數不勝數。特別是美蘇那時都對中國虎視眈眈，強壓巴基斯坦接受不平等條約的可能性是很大的。
周總理根據大家的意見，讓外交部第一亞洲司要求巴方做出兩點保證：第一，巴基斯坦不會在克什米爾問題上屈從於任何有利於印度的解決方案；第二，巴方也不會屈從於美蘇兩國和聯合國爲達成有利於印度的解決方案而施加的壓力。
在九月中旬，中國駐巴基斯坦大使拿到了這份由巴基斯坦政府出示的保證。
九月十六日，中國全運會召開。在招待會上，*知道周總理正在進行關於對印作戰的討論，就說：“要出兵就應尋找與巴接界最近處出兵爲好！”主席的話一錘定音！
總參立即根據*的指示，迅速制定了一份在中錫邊境對印展開作戰的方案（中錫邊境離東巴基斯坦最近），並迅速調動、集結部隊。
九月十七日，*外交部向印度駐華大使遞交了一份最後通牒式的外交照會，主要內容是：
限你方於三日內拆除在中國錫金邊界中國一側和跨中錫邊界線上的所有侵略工事，並立即停止在中印邊界和中錫邊界的一切入侵活動，保證今後不再越境騷擾，否則，由此而產生的一切嚴重後果，必須由印度政府承擔全部責任。
爲了表示本次照會是聲援巴基斯坦，在照會的最後這樣寫道：
印度政府在美*及其同夥的支持下，一貫對它的周圍鄰國推行沙文主義和擴張主義政策……現在向巴基斯坦發動大規模的武裝進攻……*一貫認爲，克什米爾問題應該像印巴兩國向克什米爾人民保證的那樣，在尊重克什米爾人民的自決權利的基礎上加以解決。這就是中國不介入印巴爭端的含義。但是，不介入絕不等於不問是非，決不等於中國可以同意克什米爾人民的自決權利遭到剝奪，也決不等於中國可以同意印度藉口克什米爾問題侵略巴基斯坦。中國的立場過去是如此，現在仍然如此……只要印度有一天還在壓迫克什米爾人民，中國就一天不會停止支持克什米爾人民要求自決的鬥爭，只要印度有一天還在對巴基斯坦進行肆無忌憚的侵略，中國就一天不會停止支持巴基斯坦反侵略的正義鬥爭。
在總參制定這個計劃的同時，藏南縱隊也收到了基地發過來的配合對印作戰的命令。
李遂早已經開始佈局，他首先將兩支武工隊擴編到各二十人。將第一、二行動大隊混編，將這些部隊秘密派到阿薩姆西部一帶隱蔽。待戰爭打響以後，從印軍側後攻擊，斷敵人的後勤糧草，襲擊敵人的指揮部，配合*作戰。李遂安排巴魯阿對印軍全面展開情報工作。並及時將這些收集到的情報發往九一零八基地。
在這同時，李遂命令第一旅秘密集結在達旺以東十公里的山區裡；命令第三旅秘密向西北方向集結，儘量靠近西里古裡走廊，在戰爭爆發後，從印軍側後發動攻擊；爲支援第三旅作戰，李遂命令第二旅一營秘密從阿迪山潛出，向第三旅靠攏；並在阿迪山做了全面戰爭動員。李遂計劃在中印戰爭擴大後，留下預備役部分守阿迪山，讓第二旅傾巢而出，用少量兵力牽制亨利的第一、四營，集中機動兵力橫掃阿薩姆腹地。將整個阿薩姆的局勢攪亂。讓前線的印軍感到恐慌。
不僅如此，藏南特委還做好了收回藏南和阿薩姆獨立的準備。一旦中印發生大規模的戰爭，藏南特委就會協助解放軍收回藏南；阿薩姆解放軍也發出命令，在阿薩姆腹地的二十多個莊園裡潛伏的部隊做好一切戰鬥準備，聽候命令，伺機舉行大規模的暴動。在阿薩姆縱隊主力的配合下，清掃當地的警察勢力，迅速佔領阿薩姆整個地區（含附近邦）。
刀鬆海跟林加加、李遂商量後，擬將藏南特委劃分爲兩個部分；第一部分仍然叫藏南特委，擬由留在藏南的特委委員爲主組成，林加加爲特委書記；成立藏南自治區籌備委員會，由林加加兼任籌委會主任。第二部分，由阿迪山和南部的特委委員爲主組成，成立共產黨阿薩姆共和國中央委員會和軍事委員會，擬由刀鬆海任共產黨阿薩姆共和國中央委員會主席；擬報請中央批准，由李遂擔任阿薩姆共和國軍事委員會主席兼任共和國解放軍總司令。共和國的行政機構也在緊鑼密鼓地秘密籌備之中。
九月十九日，中國軍隊在中印邊境西段把入侵都木契列地區的印軍打退；在東段，中國軍隊逼近里拉、卓拉、東巨拉和乃堆拉四個山口，迫使印軍放棄或平毀在這幾個地區中國境內修建的五十六個軍事工事。九月二十一日，中國軍隊全面控制了這些工事。做出了一副咄咄逼人的架勢，並且，在邊境地區，全軍做好了戰鬥準備。
由於聯合國要在九月二十二日召開印巴會議，中國外交部在二十日將最後通牒的期限延長三日。在中國軍隊大兵壓境之下，美蘇兩國都擔心中國會在兩面夾擊印度的戰爭中輕易獲勝，並撈取大量好處。美蘇在聯合國大會召開前，向印度施加壓力。逼迫印度同意停戰，並撤出攻擊拉合爾的軍隊，接受聯合國決議！印度當時面臨兩線軍事壓力，也騎虎難下，正好聯合國給予了一個梯子，便發表聲明，接受聯合國決議。這樣，一場可能引起世界大戰的戰爭嘎然而止！
雖然停戰後，印軍撤出了大部分攻佔的巴基斯坦領土，但這次聯合國決議的內容還是對巴基斯坦不利。巴基斯坦在中國武器遲遲到不了位；中國軍隊在印度政府滿足了其最後通牒的條件後，也沒有進一步的動作；中巴軍事同盟條約幾乎成了一紙空文。爲此，巴基斯坦政府感到很孤立，不得不接受了聯合國決議。但這場戰爭後，在巴基斯坦國內的政壇上引起了一些震動。在過去，巴基斯坦將*當成一個強大的依靠，但在第二次印巴戰爭的過程來看，雖然*給予了道義上的支持並且願意將現役的坦克、飛機提供給巴方，但巴基斯坦政府還是看到了緊跟*的侷限性：一，由於中國交通及運力不足，直到戰爭結束後一個月，*支援的坦克才運到新疆和田，離巴基斯坦尚較遠。要是指望中國的武器跟印度作戰，巴基斯坦已經被戰敗。二，由於中國在國際上很孤立，特別是在聯大沒有席位，在國際上幾乎沒什麼發言權。無法對相關的國家產生影響。此戰結束後，巴基斯坦政府開始改變“親中疏美”的既定政策，改爲在中、美、蘇三個大國之間遊弋平衡。在次年，巴基斯坦政府接受蘇聯的調停，在塔什干跟印度簽訂了停戰協議。在戰後，巴國政府官員也由原來一水的親中派把持，改爲部分鐵桿親中派讓位於*派。因此，在一九七一年第三次印巴戰爭中，中國幾乎被邊緣化，從而也導致東巴基斯坦被印軍攻佔，印軍協助東巴軍事指揮官齊亞·拉赫曼從巴基斯坦獨立出來，成立了孟加拉國。一九七二年後，中國恢復了聯大的席位，巴基斯坦對*的政策纔開始有根本的轉變。
藏南縱隊因爲應變及時、準確，並向總參提供了大量的印軍情報，受到了總參的表彰。
在印度發表接受聯合國停戰的聲明後，李遂也撤回了第二旅一營。整個藏南縱隊也鬆下了一口氣。同時，也爲錯過了來自國內的強大的兵力支持以及不能收回藏南、阿薩姆獨立感到萬分遺憾！
在解放軍得到了軍火以後，亨利自知無力對解放軍發動大規模攻擊，只能死守待變。在隨後的日子裡，機動警察部隊無所作爲。由於印軍在阿薩姆北部繼續維持秩序（協防），亨利將四個主力營佈置在南部，相對增加了兵力，也讓李遂如鯁在喉，無力去攻打警察部隊。這樣，兩軍就僵持在各個戰線上。但雙方都沒有停止動作，都將眼光瞄向了小規模的作戰和間諜的滲透之中。
布爾的第一行動大隊裡的三十名戰士全是槍手，算得上是專業槍手，但大家幾乎都不會武功。而坦蓋爾的第二行動大隊全是武林高手，並且都有一手暗器的高超手藝。儘管這些戰士對武器的適應能力很強，經過短期訓練也達到了相當的水平，但槍法其跟第一行動大隊的戰士們比較，還差得很遠。李遂爲了優化組合，從第一大隊調十名戰士到第二大隊，從第二大隊抽四名戰士到第一大隊，這樣，兩個大隊取長補短，各自發揮優勢。在阿薩姆腹地潛伏了下來，伺機而動。