不論是移民安置還是軍隊整編，都是非常的繁瑣麻煩。好在民政由沈廷揚等一幫文官負責，軍政則有李彥直等一干幕府衆人協助，任思齊只需要總體掌控即可。而崇明的一應制度都是從岱山制度複製照搬過來，根本沒有多少創新之處，所以很快一切都步入了正規。
整個六月，崇明島二十多萬軍民處於埋頭展模式，而外面的形勢越來越惡化了起來。
六月十日，來自杭州的使者抵達了崇明島，帶來了弘光帝的聖旨。
越國公，左都督，太子太保，這是弘光帝加封任思齊的新的爵位官職，然後讓任思齊帶領屬下軍隊趕赴杭州勤王。
應付了使者之後，任思齊聚集衆人議事，出乎意料的是幾乎所有人都反對增援杭州。劉肇基茅十八等將領反對可以理解，畢竟岱山軍剛剛從揚州撤離，遭受了巨大的損失，雖然補充到了總數達五萬人，在崇明的軍隊也有四萬多，可是士兵新募，還未訓練，根本就沒有戰鬥力。而且據江北哨探來報，一支人數達三萬多的清軍抵達了崇明對面的南通，有攻打崇明的企圖。外有強敵，內部不穩，哪裡能抽調出兵力增援杭州啊！將領們反對應召很正常，可是這次就連沈廷揚劉萬春等文官也反對，按照沈廷揚的說法，即使岱山軍抵達了杭州，也根本守不住，以弘光的尿性，說不定等不到援軍到達他就逃走了。
從這件事可以看出，崇明島上幾乎所有的文武都對朝廷徹底失望。任思齊自己也知道，以岱山軍現在的勢力，根本做不到力挽狂瀾，既然這樣，還是呆在崇明悶頭展吧。
......
多鐸率領大軍渡過長江之後，很快在南京與阿濟格會合。然後按照攝政王多爾袞的命令，阿濟格的西路軍負責攻略江西湖廣等地，而江浙一帶則由多鐸負責。
攻佔了南京之後，阿濟格及所部軍隊雖然沒有屠城，卻也搶了個盆滿鉢滿。意得志滿之下，阿濟格率軍撤離了南京，逆着長江西去，最後駐紮在九江。
阿濟格率軍離開之後，多鐸立刻下令，分出屬下一半的八旗兵給貝勒博洛，命令博洛攻向杭州，務必抓住逃到杭州的弘光帝，徹底消滅大明。
弘光政權在江南的軍事力量本來就很薄弱，南都覆亡之後，江南各府縣更是風聲鶴吹、人無固志，紛紛望風歸降。博洛所部沿大運河前行，水6並進，於五月三十日進入常州。六月初三日，清軍前鋒到達無錫。一路上，清軍幾乎未遇到任何抵抗。直到蘇州附近，纔有小規模的戰鬥生。
多鐸入南京後，曾命降清的南明鴻護寺少卿黃家鼒爲安撫使，前往蘇州等地“索取降順冊”。五月二十五日，黃家鼒一夥人抵達蘇州城外的虎丘，當夜，明蘇州知府陳師泰棄城逃走。次日，黃家蠢等被迎入蘇州城，官民們獻上冊籍，前來拜見。
二十九日，明監軍副使楊文聰率五百黔兵由鎮江逃至蘇州。楊文聰以前來拜見謝賞爲名，進入城中，將黃家蠢等二十餘人一同執殺。六月初四日，博洛所部清軍騎兵萬餘人經無錫向蘇州奔襲，楊文聰自知不敵，匆忙率部逃走。清軍前鋒“人各二馬”，，是一支度很快的騎兵部隊，他們佔領蘇州後繼續向東追擊楊文聰。六月初八日，清軍主力騎兵離開蘇州，向杭州進，蘇州郊外農田慘遭清軍蹂踐。次日，博洛率軍經吳江進入浙江嘉興。六月十二日，清軍兵臨杭州城下。
弘光帝是五月二十六日乘坐鄭鴻魁戰船到達的杭州，而在三日之前，馬士英護送着鄒太后沿着6路抵達了杭州。
由於南京朝廷一幫文武全體投降了滿清，弘光到達揚州之後重建了朝廷。還是以馬士英爲內閣輔，以浙江巡撫張秉貞爲兵部尚書，以嘉湖道吳克孝接任浙江巡撫。封定海總兵王之仁爲武寧伯，調任蘇州總兵，封浙江總兵方國安爲鎮東侯，令其兵分守千秋嶺、獨鬆關、泗安鎮等處。又命令御馬監太監李國翰、司禮監太監高起潛扼守平望。並四處下詔，詔令江浙一帶的軍隊勤王。在蘇鬆常州浙東各地，還有數萬地方鎮守軍隊。
然而，除了方國安、王之仁等部還聽調遣以外，其他的各地的軍隊卻都拒不奉詔，而是爭先搶後的南京的多鐸納書投降。多鐸派出的四處征伐的大軍還未到，蘇州常州無錫松江各府縣已經先後投降，整個南直隸各府不復大明治下。
對於投降的府縣，多鐸仍舊任命降官擔任原職，很多明朝官員搖身一變，從大明的知府知縣變成了大清的，其他一切均未改變，於是投降的官員越來越多。除了崇明島外，整個南直隸的全部官員均都投降，也包括江陰嘉定等地。
弘光帝已經被清軍嚇破了膽，派陳洪範爲使者，試圖與清軍議和。誰知陳洪範卻直接投降了滿清，把杭州的底細盡數告知博洛，並且向博洛獻出攻陷杭州之策。
回到杭州之後，陳洪範先是說服了兵部尚書張秉貞，繼而和張秉貞一起勸說負責宮廷安全的馬士英的兒子馬鑾。
誰都知道大明大勢已去，再抵抗下去只能兵敗被殺，若是投降大清的話，貝勒博洛許諾，會封馬鑾爲杭州知府。在陳洪範的勸說下，馬鑾果斷的答應了投降。
六月十二日，清兵進軍塘西，直逼杭州城下。弘光帝再也坐不住了，重施舊計，試圖逃到鄭鴻魁的船上，再逃向福州。
馬鑾護衛着弘光出城，卻沒有往海邊而去，而是直奔清軍大營。弘光知道大事不好，哀求馬鑾不果，下了馬車再不肯前行。馬鑾命令屬下拖起弘光，可是懾於皇帝威嚴，他屬下的士兵均不敢對弘光無禮。沒辦法，馬鑾和陳洪範二人一人擡着弘光的頭部一人擡着弘光的雙腿，硬生生的把弘光從馬車上拖開。然後又馬鑾揹負着弘光前往清營。
弘光哀求不果，狠狠的咬在馬鑾後頸上，直咬下一塊肉來，鮮血從馬鑾脖子上不斷流下，溼透了整個後背。
弘光被俘，方國安自知大勢已去，率領屬下軍隊退過了錢塘江。馬士英雖然是個奸臣，卻比兒子有骨氣的多，也跟着退到了江東。
六月十四日，清軍不費灰之力佔領了杭州。博洛趁勢派出使者招降浙東各府和避居在這一地區的明藩王。
避居在江浙一帶的明朝藩王有潞王朱長淓，居蕭山的周王，居會籍的惠王，住在錢塘的崇王，以及居住在臨海的魯王。
除了魯王以路遠，辭疾不至以外，其他各王都趕到了杭州，然後被博洛協同弘光一起送到了南京，後來隨着多鐸的撤軍被押送回北京。
杭州陷落，弘光被俘，標誌着南明朝廷徹底被滅，整個中華大地徹底淪陷。