英親王阿濟格率軍率軍擊破順軍大營，俘虜順軍大將劉宗敏及數萬順軍士兵家屬，下令皆斬之，然後揮軍直下九江。『
此時阿濟格已經得到多鐸受阻揚州的消息，顧不得再過江追殺李自成殘部，統率大軍直逼九江，攻擊盤踞在九江的左夢庚部。
自從在銅陵被岱山軍擊敗，總兵李國英兵敗被殺之後，左夢庚也曾數次派出軍隊再攻蕪湖，卻屢屢被黃得功擊敗。背後順軍及清軍尾隨而來，前方道路又被黃得功阻擋，二十餘萬大軍盤桓在九江進退維谷。
阿濟格統帥六萬餘滿漢八旗軍順江而下，左夢庚完全不敢抵抗，率軍出降。擁軍二十餘萬，卻不論的是對陣逼死先帝的順軍，還是對陣入侵華夏的滿清，只知道躲避，從來不敢主動迎戰。“勇於虐民，怯於大戰”，這是對左良玉軍最好的評價。
逼降了左夢庚二十餘萬大軍之後，阿濟格攜大軍三十餘萬，水6直下南京，先後佔領了銅陵安慶等沿江城市，兵鋒直逼黃得功的根據地蕪湖。
而蕪湖已是南*京以西最後一道屏障，蕪湖要是被攻下，南京西面將再無障礙。得到數十萬左軍投降，西路清軍逼近蕪湖的消息之後，南*京朝廷處於惶恐之中，弘光帝下旨，晉封黃得功爲靖國公，令他務必守住蕪湖防線。然後又連下十多道聖旨，封任思齊爲肅虜侯、命令守衛揚州的史可法任思齊部回師南*京，封鄭彩、黃蜚、方國安、杜弘域、卜從善等皆爲伯爵，命令帶軍勤王。
五月八日，阿濟格統軍抵達蕪湖，和黃得功大戰。阿濟格先是派左夢庚寫信與黃得功，現身說法引誘黃得功投降，黃得功勃然大怒斬殺左夢庚使者，誓死不降。
在八旗兵督戰之下，左軍諸將盧光祖、張應祥、徐恩盛、郝效忠、金聲桓、常登、徐勇、吳學禮、張應元、徐育賢諸總兵各率本部軍隊向着黃得功部起了瘋狂的攻擊。
八旗兵連同左軍降軍三十餘萬兵壓蕪湖，黃得功軍隊士兵恐慌恐懼，軍心不穩，部下總兵田雄、馬得功決定投降。趁着軍隊與清軍鏖戰之際，叛軍突冷箭，射中黃得功喉部，外有強敵、內生叛亂，黃得功自知無力迴天，拔劍自刎身亡。
黃得功死後，其部下或散或降。阿濟格命令固山額真譚泰率騎兵三千爲前鋒，往南*京殺去。
五月九日，蕪湖失守、靖國公黃得功殉難的消息傳到南*京，弘光朝廷頓時陷入一片驚慌失措之中。蕪湖是扼守長江的西大門，蕪湖既陷，清兵將不日抵達南京城下。
驚慌之下，弘光帝僅同輔馬士英及少數宦官商議之後，連朝廷其他公卿大臣也不告知，更不做任何部署，在十日凌晨逃離南京。
弘光帝本打算從6路逃往杭州避難，誰知途徑溧水縣時，受到當地士兵搶劫，驚慌之下弘光與馬士英失散，在馬士英兒子馬鑾的護衛下往東北逃去，在鎮江上了鄭鴻魁的戰船，順江而下從水路趕赴杭州而去。
失散之後，輔馬士英率領隨行的貴州兵護着弘光的母親鄒太后繼續沿着6路趕往杭州。
再說南*京方面，弘光私自潛逃之後，整個南*京立刻處於一片動亂之中，人心惶惶之下，竟然有百姓涌入獄中，把前些時日“太子案”中自稱崇禎太子的少年請出來登武英殿即位，被忻城伯趙之龍派人鎮壓。
此時的南*京，因爲皇帝和輔出逃，官紳百姓慌亂成一片，以忻城伯趙之龍爲的勳貴們決意投降，好保住自己的財富地位，派人往西去和清兵接洽。
五月十四日午後，清軍先鋒數十騎率先抵達南*京西門石城門外，忻城伯趙之龍、保國公朱國弼拿降表由城牆縋下，往清營洽談投降事宜。
五月十五日，阿濟格率清軍主力抵達南京城外，趙之龍、朱國弼同魏國公徐久爵、隆平侯張拱日、大學士王鐸、蔡奕琛、禮部尚書錢謙益、左都御史張霑等三十餘名高官顯貴大開城門，出迎於郊。
既然南*京方面主動投降，阿濟格便大開殺戮，遂派兵入城搜索，勒令城內所有明軍出城繳械。十七日，阿濟格帶兵入城，即把南京東、北兩區漢民盡數驅逐出城，空下宅院供清兵居住，無數的百姓被從家中趕出，哭嚎着流離失所。
五月十八日，南*京被攻破的消息傳到了揚州，滿城大譁！
淮揚總督衛胤文等人哭嚎着面南而跪，連連以搶地。
“該生的事情終究會生，並不因自己的到來而改變啊！”任思齊喃喃自語道，說着誰也聽不懂的話語。
“陛下，是臣等無能，對不起你呀！”甦醒過來的史可法強撐着跪在牀上，連聲痛哭。
南*京既然陷落，再守揚州已無任何意義，因爲必然會遭到清兵的南北夾擊，從揚州退兵再次提上日程。
可是揚州城內有兵六七萬，百姓八十餘萬，想要安然撤退又談何容易。
按照衛胤文等文官的想法，應該帶領軍隊沿着運河直下長江，會同鄭鴻魁的軍隊逃往杭州，在那裡繼續抵抗滿清大軍，至於揚州城內的百姓，則顧不了那麼多了。
難得的是，史德威、胡尚友等武將也贊同衆文官的看法，在他們看來，這些百姓全都是累贅。
可是任思齊卻決意帶着所有百姓轉移，揚州抵抗多鐸清軍一個月，這一個月來，多達數萬的清軍死於揚州城下，若是拋下百姓而去，那麼等待這八十萬百姓的就只有無情的屠殺。
任思齊的固執引起了很多人的不滿，就連李彥直也勸說任思齊放棄百姓輕裝前進。
隨後經過商議之後，任思齊和衆文官武將達成了協議，由他們先行護送督師史可法沿着運河南下，而任思齊自己則帶着寧波軍及新募的六萬新兵繼續守城。
城中寧波系以外的絕大部分將領都選擇了離開揚州，而總兵劉肇基和炮兵指揮陳於階卻選擇留了下來。
五月十九日，史德威、馬應魁、胡尚友諸將帶着本部人馬七千餘人，護送着重傷未愈的督師史可法及衆文官上了戰船，沿着運河南下而去。