距保安鎮十五華里的五屯上下莊有300多戶人家，他們採取抗拒辦法，以砂袋堵砌莊門，灌水凍結，以槍100餘支防守。馬仲英下令攻開，進莊即揮刀亂砍，大部男性慘死，許多婦女被姦污。而隆務寺由於系回民聚居經商之處，他們推代表前來保安，獻上大馬4匹，馬掌2000多副。馬仲英即多方安慰，表示決不相犯。（以上引文及此段據趙燮：馬仲英部洗劫保安鎮目睹記）
1929年2月初，馬仲英部經貴德渡黃河北進，指向西寧附近。時孫連仲已任青海省主席，率部進駐西寧，馬麒被疑尚未解除，處境艱難，派其弟馬麟（勳臣）馳往勸阻。馬麟在拉雞山溝與馬仲英相遇。開始，馬仲英對馬麟還以“阿爸”相稱，繼而變臉，開槍狙擊，馬麟勒馬回奔，匆忙間將腳上鞋子丟失一隻（一說坐騎一條腿被打中），狼狽之極。其實，馬仲英無傷馬麟之意亦甚明，不過作態而已。馬仲英率部推進至魯沙爾（今湟中縣治），直到距西寧5華里的南川享堂溝，消滅了孫連仲部魯崇義旅的1個連，終因西寧系孫部屯集重地，未敢進犯。轉而圍攻湟中塔爾寺，掠其財物。又西行，於15日攻入湟源縣城。孫連仲派旅長安樹德和旅長魯崇義率兩個團尾追，安等唯恐中伏，姍姍而行，當晚宿營於距湟源50華里的鎮海堡，遂使湟源遭劫。
湟源守軍爲馬麒親侄馬步元所率寧海軍混成旅，人數有1000多人。馬步元原爲管帶，1925年曾被馮玉祥調往山西作戰，乘隙逃回，對馮進據西北不滿。馬仲英進入湟源，他的部分騎兵即與馬仲英部會合。時國民軍派任湟源縣長張克德和縣內紳商，邀請馬步元會商城防，馬當衆宣稱武力防守。紳商人衆即組織武裝守城。15日清晨，馬仲英部攻城，馬步元部裡應外合，打開城門，馬仲英部一擁而入，先是亂殺亂砍，繼而**擄掠，最後放火焚燒。精壯男子，幾乎被殺光。西城一個水池旁，僅二三歲嬰兒的屍體即有四五十具。事後有姓可查的，死難者即達2400餘人。財產損失估計約有銀元200萬元。縣長和公安局長藏於懸匾中，才得幸免。馬仲英部屠城後，遠颺大通。國民軍始遲遲進城。馬步元本已逃跑，後因戀其豪華之公館及財物，又折回，並叮囑部屬推卸血腥罪行。國民軍包圍其公館，逼令其交出兇手，馬步元自知難免，以手槍自殺。
馬仲英又由大通經扁都口，進入河西走廊。馬仲英部離開青海後，國民軍又組織幾路清鄉。在清鄉中，有的又對回民進行無辜屠殺。如九十二旅副旅長趙樸任大通清鄉司令，一次捉來三四十個回民，大多已五六十歲，即命令把每人割下一個耳朵，然後悉數斬首。原來回、漢間的仇殺，多是官府如此胡作非爲所釀成。
七、河西殘殺
甘州鎮守使馬璘（玉清）對國民軍一貫表示服從。此次河州、涼州事變發生，他仍堅持平素態度。部下官兵爲響應馬仲英、馬廷勷，屢謀譁變，均以他痛哭勸解而未釀成事實。1928年8月，他奉劉鬱芬電調赴河州，與馬鴻賓一起作宣慰工作。臨行時，部下又謀譁變，馬玉清又涕泣勸導，並補發欠餉，才勉強成行。但馬玉清剛到永昌，所部終於譁變，一部竄向洪水鎮搶掠屠殺，一部擁馬玉清入湟源，投奔馬麒，直到孫連仲率部入青海，他才恢復自由，投向蘭州。當時馬玉清部譁變，甘州空虛。涼州亦僅有孫連仲部一個營（營長施積樞），不能西顧。劉鬱芬派肅州鎮守使裴建準爲甘涼衛戍司令，率部東下甘州防守。裴建準到甘州後，收編了馬玉清一部分新兵，部署尚未就緒，馬仲英即於2月下旬進入河西。馬仲英在洪水鎮收編了馬玉清的叛兵，對裴建準不願啓釁，雙方即互不侵犯，馬仲英部進駐山丹。2月26日到達永昌。
永昌城內駐有裴建準步兵1營，配合民團防守。營長徐勉，系循化人，馬仲英以同鄉之誼，商妥借路城外，略求糧草供應，並不攻城。不料民團團長楊介臣少年好事，見馬仲英部旅長馬彥海坐於城壕，坦然無備，即隱身城頭，以手槍擊之，馬彥海中彈殞命，激怒馬應彪，立即督隊攻城，不半日即破垣而進，徐勉等巷戰力屈，與楊介臣同時被俘。馬仲英磔殺楊介臣，勸徐勉投降，徐不屈，亦被磔殺。並令屠城，男子被殺2299人，婦女被污者甚多。戰後人稱永昌城爲寡婦城。馬仲英稽留一日，即經寧遠堡走民勤。民勤南鄉馬蓮泉鹽池有緝私隊40人，裝備齊全，隊長蘇聯升聞警，將全隊集中固守一墩。馬仲英部到來，索要供給和槍支，蘇不答應，憑高射擊，擊斃馬部20餘人。馬仲英大怒，命其弟馬仲傑攀登距墩稍近的白楊樹上發槍射擊，彈無虛發，守墩者紛紛墜地。馬仲英揮衆搶登，將墩奪下，蘇聯升等皆死，槍支物品，均爲馬部所得。
民勤縣剛接任的縣長雷尚志聞聽馬仲英將來，慌令將3個城門關閉，強迫全城青壯年上城守禦。但城中僅有警察三四十人，破槍二三十支，且北門已被沙漠堵塞，沙漠與城牆一樣高，此無異以卵擊石。但劉鬱芬有令：凡土匪攻城，3天內城被陷者，縣長處死刑。故只好孤注一擲。3月11日下午，馬仲英派馬維俊爲代表，率兩個隨員馳至民勤城南門外交涉，要求開城，讓馬部進城休息，雷答以請在城外休息，給以供應糧草。不料一警察開槍打死馬維俊一個隨員，馬維俊即率另一隨員逃走。次日中午，馬仲英率大隊人馬圍城，城上無抵抗力，馬部一擁而上，在城頭砍死雷尚志，隨即進行屠殺。茲引民勤人郭致英的一段記述：“這夥殺人放火的土匪，先逐街逐巷槍打刀劈地追殺參加守城的百姓，接着又挨家挨戶翻地挖牆搜殺男性中青年。許多老人和少年，也因救護親人被殺害。……縣北街完全小學的幾十名學生，在老師帶領下離校，不幸在燈山樓旁遇匪，全部被亂刀砍死。已繳槍投降的二十名自衛隊員，被集體屠殺在縣衙門兩旁。在大關廟內，匪徒們從神像後供桌下搜出四十多名百姓，被帶到院內跪成一排，由兩名匪徒揮刀砍殺，殺一陣刀刃鈍了停下磨，磨利了繼續殺……直到全部斬盡殺絕。正在東嶽廟、白衣寺叩頭祈求的老弱婦幼，被匪徒衝進揮刀亂砍，屍體堆滿了神佛地。幾個六七歲的小孩，被腰斬爲兩段。……又放火點燃了大什字口的商店多處。……烈火中透出陣陣燒烤屍體的臭味。……還瘋狂地掠奪財物，四街的富裕人家，大小店鋪皆被洗劫一空。……把婦女糟蹋得不像樣子，有的婦女被強姦致死，狀極悽慘。馬仲英部在民勤城內駐的十七天內，幾乎天天時時燒殺奸掠。當時民勤城內共有九千多人，慘遭殺害的就有四千六百多人。”（原載《民勤文史資料選輯一》）
劉鬱芬得知馬仲英佔據民勤，急令駐天水的第三十師吉鴻昌部馳至民勤追剿。吉部以急行軍於3月30日到達香家灣，馬仲英沿紅河佈置抵抗，雙方隔河炮戰，馬仲英稍事抵抗即後退。3月31日，吉部進至十里墩，次日晨，馬仲英撤出民勤城，向東北阿拉善旗方向逃走。吉師劉兆祥旅奉命追擊，在紅柳墩雙方展開白刃戰，互有殺傷。劉旋捉回馬仲英騎探3人，交百姓處死。百姓將3人綁在城南大橋上，挖眼割鼻，抽腸搗肚，以暴易暴，其狀至慘。民勤縣仍委前已卸任的縣長王同錫爲縣長，辦兵站，救難民，埋死人。城內大街小巷，到處是屍體，文廟中最多，且都是老弱婦孺，他們本擬躲進廟中託神靈保佑，不意遭此毒手。
八、兩攻銀川
馬仲英部民勤屠城後，東入騰格裡沙漠，4月17日到達阿拉善旗政府所在地定遠營，與寧夏省城銀川隔一條賀蘭山，僅有百里之遙。
門致中以國民軍第二集團軍第七軍軍長，被任命爲寧夏省政府委員兼主席。但寧夏城防空虛，僅有1個手槍營和第七軍留守官兵300多人（大部分徒手）。且門致中以爲馬仲英主力已被擊潰，不相信尚有兩萬之衆的報告，準備不積極，援軍行動遲緩。馬仲英大隊人馬通過蘇峪口，直入寧朔縣（時該縣設於新城，距銀川10華里）。新城僅有二三十支槍，未作抵抗，縣長崔魯坡被俘獲。時清朝將軍常連駐在新城，韓進祿將其誤認爲長庚，以禮相待（因長庚有恩於韓的先輩）。次日攻下銀川城，門致中率護衛數人從南門逃跑，秘書長趙雪田縱火。馬仲英住在城內馬福祥大公館“將軍第”。其部下入城後大肆搜殺，“凡穿軍衣、制服或穿灰色衣服以及留分頭的人，尤其操直魯豫等省口音者，一旦遇上，絕難倖免”。時馬福祥在南京任國府委員，有管家在看家，管家以阿拉伯語向馬仲英問好，乘機進言，希望制止殺人。馬仲英“即令白師爺拿出幾板白洋布，扯成一尺見方的小白旗，中間寫‘保護’兩個大字，一邊寫上‘西北邊防聯軍總司令’的官銜，蓋上一顆鮮紅大印，分插於各街道”，果然搜殺頓減。馬仲英還貼安民佈告，宣佈門致中十大罪狀，宣稱爲救民於水火之中，反對國民軍，並非反對國民黨。給黨部所在地插上一面較大“保護”白旗。還將寧朔黨部委員馬三級（鹽池人、伊斯蘭教徒，留日學生）請來，給以大洋200元。
馬仲英撤離民勤後，吉鴻昌部並未尾追，繞道蘭州，北過中衛，向寧夏追擊，到達廣武。門致中的馮安邦旅也同時趕到。時接馮玉祥電令，限3日內，在不糜爛地方的前提下，收復寧夏。而馬仲英爲先發制人，令其副司令馬謙指揮，猛撲大壩。5月6日，雙方交戰，開始門、吉配合不當，吉部牛團被殲滅，團長孟憲德陣亡，大壩爲馬部佔領。馬仲英部損失亦重，旅長普照明、團長馬有德陣亡，“扎毛眼”旅長重傷致死。門致中主張退守中衛，吉鴻昌重新配屬兵力，以所部三十師爲正面主力，左右兩側由門致中的馮安邦、吳鵬舉兩個旅分擔，發動反擊，鏖戰5個小時，吉鴻昌赤膊提大刀上陣，部隊人人奮勇，馬部不支，節節後退。吉鴻昌爲免地方糜爛，親率快速部隊猛追，90華里的距離，僅用5小時，即逼近寧夏南門。馬仲英臨撤退之前，向商會會長要20桶煤油、一擔棉花，準備放火。商會會長叩頭哀求，馬仲英一拍桌子說：“我馬仲英兒子娃是哩。好！我不放火了。但是大公館的火我要放哩，因爲公館后里有馬福祥存的彈藥，我要點燒呢，不能叫門致中拿上再來打我。”遂將馬福祥的“將軍第”放火燒燬。
馬仲英退出銀川城，北駐黃渠橋。吉鴻昌率部入城，門致中也趕到。馮玉祥升吉鴻昌爲三十軍軍長。旋以門致中“另有任用”，由吉鴻昌代理寧夏省政府主席。吉除了重新編制部隊、部署防務，還召開全省回漢代表大會，消除民族間的隔閡。
馬仲英在黃渠橋，收編了楊自福（楊老二）部，所屬原有五個旅，加上馬廷賢的韓進祿、馬從良兩個旅，共有八個旅，步、騎合計六七千人。時馬廷勷的參謀長馬培清銜蔣介石的北平行轅主任何成濬之命，來到黃渠橋，協助馬仲英反國民軍。其時，馬仲英及其部屬正欲二次攻銀川。馬培清後來回憶當時情況寫道：
我們一行到黃渠橋，馬仲英興高采烈地來迎我們。馬仲英已長大成人，大非我十年前所見之“索非有”（馬仲英經名）矣。他一派矯健粗豪之氣，見面就高聲說“呼達！這一下好了，我們有了後靠了，再去打寧夏吧！”他的左右，全是二十上下的年輕小夥子，如鷹似隼，顧盼自雄，有一種說不出來的剽悍勁兒。我過了多年的軍隊生活，還從沒見過這樣一羣雄赳赳的硬漢子。他們把打仗視同兒戲，馬仲英一說再去打寧夏，就立刻激動起來，齊聲叫好。好像攻取寧夏易如反掌。
於是，先向駐平羅的蘇雨生部商洽，約定互不侵犯，取得通道，決定再攻銀川，具體部署是：以馬培清爲總指揮，韓進祿部攻東城，楊自福部攻北城，馬仲英親率主力攻城西北，以馬謙、馬從良部爲預備隊。出發前還舉行宗教儀式：
全體官兵集聚在黃渠橋的兩個禮拜寺中念“討白”（伊斯蘭教徒臨死時祈求歸於真主的禱詞）。……齊聲高呼，聲聞於天，悲壯激烈，觸目驚心。與此同時，他們又把自己所有的衣物用品，盡數歸於禮拜寺中，室內室外，堆集如山，表示此身已無衣物，一心一意只爲宗教、爲民族而死。
5月28日戰爭開始。上午10點，寧夏城陷入一片火海之中。馬仲英一到西北城，就架起雲梯撲城，一連多次，都被國民軍打了下來。國民軍爲解除撲城威脅，一部從西門衝出，與馬部展開肉搏，被馬部趕回去。如此反覆三次。國民軍都是訓練有素的官兵，馬仲英所率爲其衝鋒陷陣的精銳，堪稱棋逢對手，各不相讓，一時人頭滾落，血肉橫飛，目擊者稱之爲“最瘋狂的戰鬥”。與此同時，馬培清下令各路加緊進攻，楊自福部兩次攻入北關，都被國民軍擊退。國民軍鄭大章部騎兵乘勢攻佔北塔，馬培清親率隨從數十人上陣爭奪。後國民軍第4次從西門衝出，雙方正激戰間，國民軍馮安邦部自新城掩至，兩下夾擊，馬仲英不支，只好撤退，損失很大，傷亡600餘人，他賴以衝鋒陷陣的奮勇隊300餘人幾無一生還，毛毛師長（即馬儀）戰死，“二司令”馬仲傑也帶了傷。國民軍傷亡也大，事後在陣亡將士紀念碑上列名的，就在700人以上。
馬仲英當日退到李剛堡，次日回到黃渠橋，謀後退之路，與閻錫山聯繫，閻答以“可駐寧夏境內，不得進入綏遠”。此時，馬廷勷已到北平，9月，蔣介石任馬廷勷爲討逆軍第十五路總指揮，在北平豐盛衚衕設立總指揮部。任馬廷賢爲第一縱隊司令，馬仲英爲第二縱隊司令。馬仲英以自己屈居“二馬”之後，對此任命不滿。旋將部隊從黃渠橋撤至後套，駐在磴口縣屬大灘、三盛公一帶。
馬仲英經包頭到北平。馬廷勷總指揮部政治處主任定喜臣以馬廷勷平庸無能，久懷輕視之心。此時一見馬仲英年輕有爲，乃乘機拉攏挑撥，使馬仲英與馬廷勷日漸疏遠，終至互不見面。在馬廷勷催造人馬槍支統計表時，定喜臣給馬仲英出主意，馬仲英部編列兩個步兵師、兩個騎兵師並一個炮兵團，馬廷賢部也編列三個師，實際馬仲英僅有3000多人，馬廷賢還不到3000人，無法上報。正擬重新編造時，忽奉蔣介石命令，討逆軍第十五路總指揮部撤銷，馬廷勷調爲總司令部上將參議。但馬仲英等如何安排，沒有下文。馬仲英進退兩難，即派馬福堂（馬鴻賓部團長，時在北平）爲代表，前往徐州，與蔣介石的第十一軍軍長馬鴻逵聯絡，另謀出路。後經馬福祥出面向蔣介石活動，同意將馬仲英部調往徐州，歸馬鴻逵收編。馬鴻逵派馬如龍等來到北平，與馬仲英接洽。馬仲英即回到後套，向部屬傳達此一決定，部屬尚無異言。年底，馬仲英率部由大灘出發，前往包頭，準備搭火車南下徐州。行抵頭道橋時，部隊突然變卦，轉身回走，馬仲英制止不住，只有100多人隨他到了包頭。路經大同時，又被閻錫山部騎兵司令趙承綬扣留1個月，經馬福祥交涉，才放出來，到了北平。一個曾經統率數萬大兵攻城略地、叱吒風雲的“尕司令”，此時遂成光桿。
此後，馬仲英部被吉鴻昌改編爲3個騎兵旅，馬謙爲第一旅旅長，駐中衛縣；韓進祿爲第二旅旅長，駐靈武縣；馬爲良爲第三旅旅長，駐金積縣。不久，蔣、馮、閻中原大戰爆發，馮部劉鬱芬、孫連仲、吉鴻昌等率部離開甘、寧、青東下，寧夏只有蘇雨生和馬謙部隊。