通過前面的和另外大量的例子，我們就要提出這樣的疑問，要怎麼去弄清楚這種繁雜的逐步分級步驟與通過種種辦法來獲得同樣的目的呢？答案自然就是我們前面已經談到的，相互間有點差別的兩種類型在出現變異的時候，其變異的性質不是完全相同的，就算是爲了相同的普遍目的，在經過自然選擇的作用之後，所獲得的結果也不會是一樣的。我們還應該明白：所有非常發達的生物可能一次比一次更進步，因爲它們全部都經歷過諸多變化，所有經過變異的構造都被傳遞下去，而且不可能很容易地失掉。所以，構成物種的所有構造，都是該物種在不斷適應習性和生活條件的變化中獲得的，不管它的服務目的是什麼，它們全部是衆多遺傳變異的綜合結果。
最後，我們現在看到的存在的與已知的類型和滅絕的與未知的類型相比，前者的數量極其少，然而讓我感到奇怪的是，我很難列舉出一種沒有經過過渡時期而構成的器官，儘管在諸多情況下，就算是要推測經歷何種過渡狀態器官才能達到現今的狀態也是很不容易的。實際情況自然是這樣的，在所有生物裡，爲了某種特殊目的而創造新器官的情況是不常出現或者沒有出現過的——正像自然史所說的那樣，“自然界裡沒有飛躍”，雖然這句格言是久遠的且略顯誇大的。
這句格言差不多被每個有經驗的博物學家的著述所接受；但也可能像米爾恩·愛德華曾經說過的，“自然界”在革新方面是緩慢的，即使在變化方面是巨大的。倘若特創論的結論是正確的，那麼變異如此多，而真正新穎的東西卻如此少該如何解釋呢？既然衆多獨立生物是爲了適應於自然界的某個位置而被分別創造出來的，那麼其所有部分和器官如此普遍地被逐步分級的多個步驟聯繫在一塊兒又要怎麼解釋呢？“自然界”在從這一構造到另一構造時，爲什麼不進行突兀的飛躍呢？但是我們按照自然選擇的學說就可以清楚地解釋爲什麼“自然界”不應當如此；因爲自然選擇的飛躍永遠不會是巨大而突兀的，其發展步伐必定是短暫的、實在的，顯得有些緩慢的，因爲它發揮作用僅僅是通過運用細微的、接連不斷的變異。
看上去較次要的器官受到自然選擇的作用
我偶爾會覺得，在研究較次要的部分的起源或成就的時候極不容易，就像瞭解最完善的和最繁複的器官時的情況一樣，雖然這類困難迥乎不同，因爲自然選擇在發揮其作用時，是通過死亡或者生存，即讓較不適合者滅亡，讓最適合者生存。
首先，我們還不能夠解釋哪種微細變化是重要的或是次要的，因爲我們還不是很瞭解關於生物的一切機構。通過前面一章裡我列舉出的有關細微性狀的幾個事例，我們發現真正會受到自然選擇作用的，是那些和體質的差別有關，或者與決定昆蟲是不是會進攻有關的要素，比如四足獸的皮與毛的色彩，果實上長的茸毛，果肉的色彩。乍一看，大概無法令你相信，長頸鹿那個長得極像人工製造的蠅拂的尾巴，是爲了適合於類似趕走蒼蠅之類的煩瑣之事，它是經過了不斷的、細小的變異，而且每回的變異都是爲了更加適應諸如上述瑣事；我們知道，南美洲的牛與別的動物的生存和分佈完全取決於抵抗昆蟲進攻的能力，因此即使在上述情況之下，在作出肯定回答之前，也要經過一定的思考；因此，要想使某種個體延伸到新牧場，這種個體就要有能避免這類小敵害的重大優勢。事實上，並非是蒼蠅消滅掉了此類大的四足獸（除了一些不多的例子外），而是由於在不斷地被打擾的過程中，四足獸的體力降低了，而且更容易患病，導致它們不能有效地逃脫食肉獸的攻擊，或者不能在饑荒來臨的時候尋找到食物。
在某些情況之下，有些器官在某段時間內緩慢地完善化了以後，可能在現今的用處已經很少了，在目前來說是比較次要的器官，但是對古代的祖先而言也許是極其重要的，在現在生存着的物種體內，仍然以差不多同樣的狀態存在着；但是自然選擇也會阻止它們在構造上的任何事實上的有害偏離。我們知道尾巴對大部分水棲動物來說，是一種至關重要的運動器官，我們可以運用上述理論去解釋它在大部分陸棲動物（能夠證明它們的起源是水棲的是從肺或是發生了變異的鰾）身上的一般存在和許多功用。如果在一種水棲動物身上形成了一條充分發展的尾巴，它的功用可能多種多樣，比如用作蠅拂，用作持握器官，或者如狗尾巴那樣地用來轉彎，儘管尾巴對轉彎的幫助作用不太大，因爲山兔能夠更快地轉彎，但是它近於沒有尾巴。
其次，我們很容易錯誤地認爲某些形狀是經過自然選擇形成的，這樣就很容易錯誤地判斷它的重要性。我們不能忽略的一點是：相關作用、補償作用、一部分逼迫另一部分等複雜的成長法則所引發的結果，是恢復早已丟失的性狀的趨向所造成的結果；所謂自發變異是好像和外部環境很少發生聯繫的變異所導致的結果；是改變了的生活條件的一定影響所造成的結果；還有性選擇所造成的結果，儘管這些性狀的改變對另一性來說沒有絲毫作用，但是經過這一選擇，它們能夠或多或少地將這一性傳播給另外一性，並且經常得到它的有用性狀。對於一個物種來說，儘管如此間接得到的構造在早先並沒有顯現更多的益處，但是在新得到的習性中和新的生活環境下，卻會被它的變異了的後代更好地加以利用。
假如我們不知道還有好多種雜色的和黑色的啄木鳥的存在，而僅僅認爲有綠色的啄木鳥的存在，那我們必定會認爲綠色是爲了讓這種頻頻來往於樹木之間的鳥能夠在敵人面前隱藏好自己，是一種美好的適應，所以就會覺得這是自然選擇的結果，這種性狀是十分必要的，雖然實際上可能主要是經過性選擇的結果。
有一種生長在馬來羣島上的藤棕櫚，它的枝尖叢生着構造精妙的鉤，這類裝置，對於這植物是非常有用的，可以用來攀附高聳的樹木；但是從非洲和南美洲長刺物種的分佈情況來看，我們可以在大量非攀緣性的樹上看到很相像的鉤，可以認定這些鉤原來的作用是預防抵禦草食獸的，可能藤棕櫚的刺的形成起先也是爲了此目的，但是刺的作用被改進和利用了，因爲那植物經過進一步的變異發展成攀緣植物了。一般認爲，爲了直接適應沉溺於物，禿鷲頭上的腦皮是**的，但是也有另外一種可能，就是物質的直接作用導致了上述結果；我們如此的推斷不適用於雄火雞，雖然它是吃清潔乾淨的食物的，但是它的頭皮也是**的。我們曾經解釋年幼哺乳動物的顱骨上的縫隙，是爲了對產出提供更大的幫助，的確，這可能是生產所必須的，因爲它可以使生產變得容易；然而，剛從裂開縫隙的蛋殼裡爬出來的年幼的鳥和爬蟲，它們的頭骨也有縫隙，因此我們推測，是因爲生長法則導致這種構造的出現，只不過是高級動物將其應用在生產上而已。
還有一些有關個體差別或每個細微變化的原因是我們絲毫不知道的；只要我們想一想不同地方家養動物種類之間的差別，特別是在文明較低的國家裡，那兒有計劃的選擇被利用得很少，我們馬上就會明白上述論點。在一定程度上，各地未開化人所飼養的動物受自然選擇作用更多，在不同的氣候條件下，稍有不同體質的個體更易在生存鬥爭中獲得成功。有的時候，就算是顏色亦是自然選擇作用的結果，例如牛對蒼蠅的進攻的感受性，就是與身體膚色相關，就像對有的植物的毒性的感受性。有的觀察者認爲角與毛有關係，而且潮溼氣候可能影響毛的生長。
低地種類與高山種類之間存在差別，由於多山的地區使用後腿機會較多，可能受影響更多的是後腿，但是骨盤的形狀也可能因此受到影響；這樣，其影響可能涉及前肢和頭部，這是根據同源變異法則得出的結論。此外，由於壓力作用，子宮中小牛有的部分的形狀可能受到骨盤的形狀的影響。我們完全可以推想，高的地區的動物的胸部有增大趨勢，因爲在那裡需要用力地呼吸；並且在此產生效果的還有相關作用。對整個體制的影響更大的可能是不經常運動和大量的食物，可以確定地說，這是豬的種類產生巨大變化的一個至關重要的原因，關於這點在馮那修西亞斯近來的優秀論文裡曾經闡述過。然而我們無法對關於變異的未知原因和一些已知原因的相對重要性進行思考，因爲我們知道的確實太少；我只是想要表明這樣的論點，假使我們不能將物種間形狀差別的緣由說得非常清楚，那麼能不能懂得實際物種之間細微的類似差別的真正緣由，就沒必要太放在心上了，即使若干家養品種被普遍認爲是從一個或者幾個親種經歷特殊的世代而出現的。
功利說在多大程度上具有真實性：美是如何獲得的
近來，關於功利說認爲的構造每一細微方面的出現都是爲其所有者的利益服務的觀點，有的博物學者不接受，據前面的論點，我再簡略地談一談這種反對意見。他們已經研討過的看法是，爲了只增加樣式，或是讓人或“造物主”看着好看而喜愛（在科學討論範圍之外的是“造物主”），許多的構造被創制出來。如果這些觀點是正確的，我的主張就徹底不能成立。我也認爲，目前有不少構造對於它的所有者來說，確實沒有直接功用，而且可能對其祖先也不曾有過什麼用處，但這並不能使我們相信它們完全是爲了美或樣式而產生的，前面列舉出的種種導致變異的原因，還有確實改變了的外部條件的某些作用，不論能不能從中得到好處，全部都是可以獲得效果的，甚至是不小的效果。
雖然每個生物目前的不少構造和生活習性之間確實沒有非常緊密和直接的聯繫，但是每個生物對於它在大自然中的位置的確是非常適合的；然而更要緊的一條理由就是，所有生物的體制的主要組成部分都是由傳承而獲得的。我們完全可以將一些構造歸於遺傳，比如高地鵝與軍艦鳥的蹼腳，雖然我們不認爲它們有什麼特殊的用途；再比如在猴子的臂裡、馬的前腿裡、蝙蝠的翅膀裡、海豹的鰭腳裡存在類似的骨的構造，即使我們不認爲對於這些動物來說這種構造存在哪些特殊的用途。不過對於高地鵝與軍艦鳥的祖先來說，蹼腳一定是有作用的，就像對於現有的大部分水鳥蹼腳是有作用的一樣。因此我們不妨認爲，爲了適合於走或抓握，豹的祖先的腳其實是長着五個趾的，而沒有鰭腳；我們仍能進一步大膽推斷，爲了功利的目的，哺乳綱的個別古代魚形祖先鰭內的大部分骨頭減少以後，可能會形成猴子、馬及蝙蝠的四肢內的一些骨頭。可是對於特殊的變化，如所謂的自發變異、成長的繁複法則以及外部條件的一定程度的作用等，我們還無法裁決到底應該如何評價其原因；不過在這些要緊的例子之外，我們尚可推論說，對於其所有者來說，不論是現在還是過去，所有生物的構造都有着某些直接抑或間接的用途。
有的人認爲，我的一切學說都能夠被爲了讓人喜愛就將生物創造得漂亮這一看法推翻，我首先要指出的是，美的感受與被欣賞物的任何真實性質沒有關係，而且審美的觀念也不是不可以改變的或與生俱來的，很明顯它是由心理的性質決定的。比如，我們發現，對女子的評美標準不同種族的男人之間有着迥異的差別。假使爲了讓人鑑賞才創制出全部的美的東西，那麼我們要確實地說明，人類登上舞臺之後，地面必定比人類出現之前更美。產生於始新世的漂亮的圓錐形與螺旋形的貝殼和產生於第二紀的有精美刻紋的鸚鵡螺化石，難道它們是爲了在多年之後人們能夠在室內欣賞它們而出現的嗎？矽藻的細微矽殼是最好看的，幾乎沒有什麼能夠比得上；它們被創造出來難道只是爲了在高倍顯微鏡下觀察和鑑賞嗎？之所以覺得矽藻和別的不少東西很美麗，全然是生長得對稱。大自然最漂亮的產物——花，它們易於被昆蟲發現，因爲它們在和綠葉相映襯時，看上去很美，很引人注目。