此外，正如麥克唐納博士曾經闡述的，在鷂魚體內，除了上述的器官之外，在靠近頭部的地方還長有另外一個器官，雖然我們清楚地知道它本身並不帶電，但是它應該是與電■的發電器真正同源的器官。普遍認爲，不論是在內部構造方面、神經分佈方面，還是對種種試藥的反應狀態方面，這些器官與一般的肌肉之間全部是緊密相似的。還有一點需要我們特殊重視的是，伴隨着放電發生的一定是肌肉的收縮，“看上去電■的發電器官在靜止時充電的情形和肌肉與神經在靜止時充電的情形非常類似，電■的放電可能也只是肌肉和運動神經在運動時放電的一種形式罷了，其實毫無特殊之處”。到目前爲止，我們還沒有除此之外的闡釋；可是由於我們還不是很清楚生存到現在的電魚始祖的習性和構造，而且對這種器官的作用也知之甚少，如果認爲不存在有用的過渡各級來逐漸完善這些器官發展的可能性，這樣的觀點就未免過於大膽了。
最初我們認爲，似乎另外一個更難的問題在這些器官上體現出來，因爲在大約十二個種類的魚體內發現了發電器官，並且有幾個種類的魚還有着相差極遠的親緣關係。假如在同一綱中的一些成員體內發現相同器官，尤其是這些成員的生活習性都大相徑庭的時候，一般我們認定是由於共同祖先的遺傳而導致了這個器官的存在；而由於不使用或者自然選擇的原因，有些成員就會失去這一器官。因此，假如某一遠古祖先遺傳下來了發電器官，我們也許會認爲有特別的親緣關係存在於所有的電魚之間了，但事實上並不是這樣。大部分魚類以前有過發電器官這一論點也不能在地質學上得到完全的證實，而現在失去發電器官的只是這些魚類變異了的後代。
在我們對這一問題進行更深入的觀察時發現，不同魚類的發電器官的生長部位不同，其構造也不盡相同，就像電板的排列法，根據巴西尼的觀點，不一樣的還有發電的過程或方法，所有不一樣中最重要的也就是最後一點了，就是發電器官的神經來源也不一樣。所以，這些魚類雖然具備發電器官，但是不能認爲這種器官是同源的，只是其在機能上是相同的。那麼，我們就沒有了假設它們是由同一祖先承傳下來的理由了，因爲擁有同一個祖先意味着它們在所有方面都是緊密相似的。那麼，有關實質上由幾個親緣距離極遠的物種形成發展起來，但是表面上一樣的器官這一疑難點就被克服了，但是一個次要但仍然重要的難點卻顯現出來，那就是這種器官是通過怎樣的分極步驟形成在不同種羣的魚類中的。
我們目前的知識還很不全面，屬於很不同科的一些昆蟲給了我們一個和發電器官差不多難度的知識點，即在它們體內我們能見到處於身體不同部位的發光器官。但是還有另外一種類似的情況，比如在植物體內有一種很奇特的裝置，對紅門蘭屬和馬利筋屬自然都是一樣的，即花粉塊長在具有黏液腺的柄上。之所以據這兩個屬，是因爲這兩個屬在顯花植物中的關係距離最遠；而且這些部分也不是同源的。長有近似的器官和特殊器官的一切生物，儘管清楚地知道它們在體制系統中相距很遠，而且這些器官的技能和普通外觀相同，但是我們會發現它們之間存在的根本差別。舉例來說，從外表上看，頭足類或烏賊的眼睛與脊椎動物的眼睛極其相似，但是我們不能認爲在系統中相距如此遠的兩個類羣的相像是由於同一祖先的遺傳。雖然米伐特先生曾經提出這種情況是一個特殊難點，但是他的論點的力量沒有被體現出來。任何的視覺器官一定要具有某種晶狀體，而且一定要是有透明組織形成的，這樣纔可以使影像投射到暗室的後方。
漢生有關頭足類的這類器官的報告是很有價值的，我們通過參考得出了這樣一個結論，即烏賊的眼睛與脊椎動物的眼睛除了表面上看起來相像之外，似乎沒有真正相同的地方。在這裡我只說明幾點不一樣的地方，但是不進行詳細的討論。高級烏賊的晶狀體由兩個部分組成，二者在構造和位置方面與脊椎動物的完全不一樣，而是像兩個前後排列的透鏡一樣。視網膜主要部分是完全顛倒的，與脊椎動物的不一樣，而且有一個大型的神經節在其眼膜內。肌肉間的關係也有很大的區別，其他部分也如此。
所以，在描繪頭足類與脊椎動物的眼睛時的困難是很大的，因爲要考慮到相同的術語能夠應用的程度。固然，二者的眼睛是接連不斷的、細微的變異的自然選擇的結果這一論點，人人都能隨意地加以否認。可是，倘若承認在一種情形中出現了這個形成過程，那麼就可以清楚地確定這個過程在另一種情形中存在的可能性；假設它們是以這樣的方法產生，那麼我們就能夠預測出這兩個羣的視覺器官在構造上的根本差別。在上面談到的幾種情況下，爲了生物的一切利益，自然選擇總是利用各種有利的變異工作着，於是在不同的生物體裡，出現了機能相同的器官，但是其相同的構造卻不是因爲共同祖先的遺傳，就像同樣的一件發明有時可能被兩個人獨立地得到一樣。
爲了論證本書所得出的論點，弗裡茨·米勒很審慎地進行了大致相同的討論。少數的幾種甲殼動物科物種，長有適合在水外生存的能夠呼吸空氣的器官，米勒特別細心地考察了關係十分相近的兩個科，它們的各物種的所有重要性狀也都非常一致：比如它們的感覺器官、循環系統、複雜的胃裡的叢毛的位置，還有營水呼吸的鰓的構造，就連用於清潔鰓的很小的鉤都完全一致。所以，我們能夠想象得到，對於少部分屬於這兩個科的在陸地生活的物種，呼吸空氣的器官的重要性理應是相同的；那是因爲，既然別的重要器官都非常相同或是緊密類似，爲什麼會把處於同一種目的的這一種器官創造得不一樣呢？
按照我的看法，米勒認爲一定要用從一個相同祖先的遺傳而來這一根據纔可以解釋構造上如此多方面的緊密近似的原因，然而，與大多數的別的甲殼動物一樣的是，米勒研究的這兩個科的大部分物種是水棲習性的，因此假設其共同祖先曾適合於呼吸空氣，自然是沒有什麼可能的。所以，米勒細緻地檢查了呼吸空氣的物種的這種器官後發現，在某些重要方面，比如呼吸孔開閉的方法、位置以及其他的一些附屬構造，各物種的這種器官都是有差異的。在假設屬於不同科的物種能夠逐漸地變得適合於水外生活與呼吸空氣的前提下，我們可以理解那種差別，甚至能夠預測。因爲，依據變異的性質由兩個要素即生物的本性與環境的性質決定的原理，這些不屬於相同科的物種，存在某種程度上的差異，那麼其變異性也就不會全部一樣。這樣，爲了使獲得的機能相同，自然選擇就必須對不同的材料也就是變異上進行改變；那麼獲得的構造幾乎是互不相同的就成爲了一種必然。如果假設是各自創造作用的結果，那一切情況就不能被理解了。好像這樣的討論思路在很大程度上促使米勒同意我在此書中所提出的論點。
已故的克萊巴里得教授也是一位著名的動物學家，曾提出過同樣的看法，且得到相同的結果。他明確說，歸屬不同亞科和科的寄生性蟎，都長着毛鉤。因爲不能夠從一個相同祖先承傳下來，所以這樣的器官一定是各自形成的；在不同的羣裡，形成方式也是不同的，或由前腿變化而來，或由後腿變化而來，或由下顎或脣變化而來，或是由身體後部下端的附肢變化而形成。
這樣一來，在僅僅存在疏遠親緣關係抑或完全沒有親緣關係的生物中，我們可以找到發展不一樣但是外貌緊密相像的器官，其所得到的結果和所發揮的機能是相同的。從另一方面來說，即便在緊密相似的生物中，我們也能夠通過多種多樣的方法獲得同樣的結果，這是一個貫穿於自然界的共同規律。在構造上，鳥兒長着羽毛的翅膀和蝙蝠長膜的翅膀是完全迥異的；蒼蠅的兩個翅、甲蟲的兩個鞘翅與蝴蝶的四個翅，更是有着很大的差別。雙殼類的殼生來就能開閉，然而兩殼鉸合的樣式極其豐富，由貽貝的簡單的韌帶到胡桃蛤的長行錯綜複雜的齒的排列我們就可以看出來。
種子的傳播方式也因爲其形狀和構造的不同而有所不同，有的是因長得細微；有的是塑變成體積比較輕的氣球狀被膜；有的是靠吸引鳥類吃掉它們來傳播，因爲它們可以將本身隱藏於果肉裡面，這些果肉由各種不同的部分構成、富含養料，並且具有鮮豔的色澤；有的長着各種各樣的錨狀物和鉤或是鋸齒狀的芒，可以附着在走獸的毛皮上；有的微風吹過就可以飛揚，因爲它們長着構造巧妙和形狀各異的毛和翅。用極其繁多的方法得到同樣的結果的論點是我們特別應該注意的，所以我另舉一例加以說明。有的作者的自然觀是不可以相信的，因爲他們認爲，生物由多種方法形成，就像店裡的玩具，只是爲了花樣。有些植物的受精作用需要一些外力才能夠完成，例如雌雄同株而花粉不能夠自然地撒落到柱頭上的植物，再比如雌雄異株的植物。這樣完成的受精中，我們可以想象得到的最簡易的方法是：花粉粒的體積輕且形狀較爲鬆散，有機會在被風吹的時候撒落在柱頭上。在衆多植物中還有一種大不一樣但幾乎同樣簡易的辦法，那就是讓昆蟲從花葯將花粉攜帶至柱頭上面，因爲在那裡對稱花可以分泌出少許的花蜜，這樣就能吸引昆蟲來採蜜。
由這樣簡易的方面入手，我們可以發現，爲了同樣的目的，大量的裝置導致了花的不同部分的改變，而且是以實質相同的方式發揮作用。它們雄蕊和雌蕊的變化可以多種多樣，有時會由於彈性或刺激而進行奇妙的適應活動，有時候形成類似陷阱狀的裝置，這樣這種形狀的花托就能夠貯藏花蜜。就連克魯格博士最近描繪過的盔蘭屬那樣特殊適應的例子，也可以由此種構造解釋。這類蘭科植物的脣瓣上面長有兩個角狀體，分泌出幾乎純粹的水滴，接連不斷地滴落在由其下脣的一部分向內凹陷形成的一個大水桶內；當這個水桶處於半滿狀態的時候，一邊的出口就會把水溢出。水桶的上面正好是凹陷成一個腔室的脣瓣底部，出入口位於兩側；而且有奇妙的肉質棱在腔室裡面。如果不是親眼所見，即使再聰明的人也不會知道那裡發生了什麼情況，而且永遠也想象不到這些部分有什麼作用。
但克魯格博士發現，一羣羣的大個土蜂拜訪這種蘭科植物巨大的花朵的目的並非是吸食花蜜，而是咬吃腔室內的肉質棱；然而它們爭相咬吃的時候，經常因爲相互碰撞而掉進水桶裡，翅膀被浸溼，因而不能夠再飛起來，所以只能順着那個由出水口或者溢出來的水沖刷成的小溝爬出來。克魯格博士發現，經過不情願的洗澡後，接連不斷的土蜂就這樣爬了出去。那小溝的上面蓋着雌雄合蕊的柱體，而且又窄又小，所以土蜂爬出去時很費勁，而且它的背要先擦着膠黏的柱頭，而後還要擦着花粉塊的黏腺。因此，當土蜂從剛剛開放的花的那條小路爬過時，背上面就會粘上花粉塊帶走。我收到克魯格博士寄來的一朵浸在酒精裡的花和一隻蜂，蜂的背上還粘着花粉塊，它是在還未最後爬離出去的時候死的。蜂帶着花粉飛到另一朵花上去，抑或再飛回到同一朵花上面，而且又在與同伴的擁擠中掉進水桶中，而後從那條小路爬離出去，此時，背上的花粉塊最先接觸到膠黏的柱頭，而且粘附在柱頭上，那朵花的受精過程便完成了。到此，花的各個組成部分的最大用處我們已經知道了，爲了防止蜂飛走，迫使它們由出口處爬出來，而且使它們與長在適當地方上的膠黏的花粉塊與膠黏的柱頭擦着，便形成了分泌水的角狀體和半滿水桶。
另一種花的構造也是同樣奇特巧妙的，這種蘭科植物叫做須蕊柱，親緣關係也比較密切，但是目的是一樣的，同訪問盔脣花的花一樣，蜂也是爲了咬吃脣瓣纔來的；在它們咬吃脣瓣的時候，免不了要接觸到我稱之爲觸角的突出物，那是一條長長的、細尖的、存在感覺的物體。蜂接觸到觸角的時候，觸角就會立即傳出某種感覺振動到一種皮膜上，促使皮膜開裂，並釋放出能將花粉塊像箭似的彈射出去的一種力量，這種力量恰恰可以讓膠黏的一頭粘貼在蜂背上面。這種雌雄異株的蘭科植物雄株的花粉塊就被攜至雌株的花上，雌株的柱頭是黏的，而且其黏性完全可以裂斷彈性絲，這樣就可以留下花粉，其受精作用也就完成了。