天津的平復直接影響到了對南京的戰事。清軍四路大軍幾乎從東西南北將整個南京城包圍的水泄不通。可是由於南京城地勢兇險，城池堅固，任聶士成怎麼攻打，仍然一無所獲。加上新軍消耗太大，補給路途遙遠，仗是打起來爽了，可是彈藥消耗的差不多了。楊秀清縮在城裡就是不出來，聶士成也拿他沒辦法。
揚州剛一打下來，聶士成便命令將士們停止了對南京的進攻，屁巔屁巔地跑去揚州城見李鴻章去了，不爲別的，就爲跟蘇州新軍借點彈藥用用。聶士成所率領的新軍是直接聽命於咸豐的，彈藥補給都由朝廷負責，按理說李鴻章是不對聶士成部負責的，因此聶士成只得厚着臉皮去向他借了。
聶士成這些日子過得挺窩心的，自己手裡只有兩萬新軍，他又只是個帶兵在外的將領沒權力私自擴軍，要讓他把手裡寶貝，往死裡衝，他自然心疼，所以無法，他只得將部隊放在後陣，火力掩護那些與他聯合攻南京的地方團練部隊。一句就是送死你去，掩護我來。幾仗下來，傷亡倒是沒什麼，幾個彈藥就沒幾顆了。
李鴻章雖然破了揚州城，收降了陳玉誠與李秀兩員太平軍悍將心裡正美，但是攻揚州他的部隊傷亡很大，彈藥也沒少往揚州城裡砸。聶士成來借彈藥，他也沒有啊！只得兩手一灘，表示抱歉。而且他比聶士成還慘，聶士成還有朝廷在後面給他撐腰，根本不用擔心軍餉軍資問題，可是李鴻章現在名義上是朝廷的軍隊，可是還算是地方團練，軍資全靠地方鄉紳捐款，雖然有咸豐一道旨意將地方財政歸於總督，但這幾年到處打仗，一時半會兒也沒有多少餘下。
“唉，沒想到李督也是泥菩薩，末將還以爲各位蘇軍兄弟大功告成，可以勻點給末將呢。”見李鴻章一臉無奈，聶士成只得聳拉着臉，一臉失望之色。本來想着揚州城一破，南京必定全城不穩，到時一個總攻，南京城必定手到擒來。哪想得到自己興沖沖大老遠從南京跑過來，卻是這樣答案。失望，實在失望。只得等着朝廷從水路將彈藥補給運來之後，再作打算了。
聶士成敬個軍禮，打算告辭，他是一軍主帥老是吊在這揚州城也不好說。萬一戰線出個什麼問題讓楊秀清給跑了，他百死難辭其疚。
李鴻章見聶士成一臉的失望之色，忙拉住他道：“將軍莫急，這南京不比揚州。早先南京被圍之時，洪賊就大量屯集了糧草物資，以爲堅守之用。南京又素來易守難攻，城牆高厚。將軍不若對南京圍而不攻，待江西韋昌輝授首，到時朝廷大軍雲集，量那楊秀清也掀不起多少風浪來了，到時南京一破，將軍還不首攻？”
聶士成摸着日漸成熟的臉，沉思着嗯了一聲，若有所思地道：“李督說的是，那末將就回去準備了，等着朝廷大軍到來。哈哈。。。”想通了這一點，聶士成心頭也亮了起來。雖然急着爭這最大的功勞，可眼下看來，真是急不得。而且也看出來李鴻章真的不是有意敷衍自己，怕自己得到頭功。
聶士成滿意地告辭，高高興興地回到軍營組織包圍去了。此時江西卻是風去聚匯，揚州告破的消息瞬傳開，頓時激了清軍的熱情。湘追擊石達開去了之後，進攻江西的重擔但由湖北胡林翼擔當了下來。
胡林翼在曾國藩的帶動之下也開始興辦新軍。只是他只是一個湖北巡撫，能力有限，只組織起了一支兩萬人的新軍，曾國藩南下之後，胡林翼率領新舊鄂軍共五萬餘人連同包圍九江許久的原河南捻軍降將張宗禹重兵將九江也團團圍住，日夜攻打。
韋昌輝雖有野心，卻是志大才疏之人。一聽清軍重軍而來，連忙收縮兵力困守九江，原本想與扼守揚州的陳玉誠與李秀成聯繫，共退清軍，但是屢次派出人馬突圍而去，都以失敗告終。
張宗禹自捻失敗之後，被咸豐看重丟進講武堂一年有餘，如今已是一師之長。手上掌着兩萬餘新軍。見識了新軍的強大之後，張宗禹再無與朝廷作對的心思了。只一心想着快點結束戰爭，還老百姓一個太平天下，好讓皇上的新政得以更好和實行，也算爲自己當初的一時衝動贖回一點罪孽。
張宗禹破城心急，胡林翼比他更急，鄂軍與天軍可謂是苦大仇深，天軍在湖北可是縱橫無敵，幾進幾齣，打得鄂軍早沒了骨氣了。如今經曾國藩與胡林翼翻整頓有了點樣子，就想着找天軍報仇。如今這樣好的形勢豈能錯過，兩下里一拍既合，日夜攻打。
鄂軍打累了武衛軍上，鄂軍退下來休息，武衛軍打累了，鄂軍接着上，反正就是不讓韋昌輝休息。反正衝峰陷陣的人大有人在，新軍只要在後面打炮開槍，戰事膠着之時也用不上他們，怕誤傷了自己人，等人退下來的時候，再打上幾炮開上幾槍。
韋昌輝被兩支清軍弄得哭喪不已，九江被圍了。城就快斷糧了，南京城裡有糧，可他九江沒糧啊。雖然他沒陳玉誠與李秀成那麼好心，還要想着城裡的百姓，可是十幾萬人吃，就是座糧山也快吃沒了。
他也想過要逃走，可是往哪逃啊。不說逃不逃得出去，逃出去了上哪？再回南京？南就還不一樣被圍了個水泄不通！回廣西老家？先過了石達開那一關再說吧。他本來就跟石達開不和，再又是參與了天京事變的人，雖說他明面上與楊秀清劃清了界線，可誰信啊。也就他手下的十萬部下相信。
也學陳玉誠與李秀成一樣乾脆投降？他倒是想過，可是他沒把握手下們都會跟着自己投降啊。要是打部下惹急了，一刀把自己捅了，還投什麼降？韋昌輝在底砥裡上一路下一路來回地踱着，軍情情報是一趟又一趟送來。他也沒心思看了，還不就是那點破事，他們來問自己，自己去問誰去。第一次他感到當一個上位者是多麼的難了。
陳玉誠與李秀成投降五天之後，九江守不住了。城門被新軍大炮轟開了幾次，要不是天軍拼死用裝着沙土的麻袋及時堵上，九江早就被攻克了。揚州城破，清軍像是吃了興奮濟一樣，悍不畏死，一波又一波，一波下去，第二波緊接就衝了上來。時不時的還有幾發新軍的炮彈降臨城頭。
好此五天，任是鐵打的人也受不了了。漸漸的清軍開始佔據了城頭一席之地，並漸漸擴大。城牆上，刀來槍往，一片熱火朝天的喊殺之聲不絕於耳。當四門都被清軍攻破了之後，意志消沉的天軍開始出現放下武器投降的。
有了第一個就有第二個，一傳十，十傳百。一片片的天軍放下了武器，看着高喊着的清軍從身邊衝過去。韋昌輝手下心腹大將林紹章第一個率領部下投降。在他看來，天軍完了，困守孤城，又無糧草，還能打什麼與其活活被困死，不如投降做個飽死鬼來得值。
隨着大批天軍的投降，清軍一路勢如破竹，很快便將韋昌輝的府砥包圍。事到哪今韋昌輝再蠢也知道事不可爲了。也再無投降的可能了，再殺死了自己幾十個心愛的寵妾之後，韋昌輝悍然揮刀自盡，結束了其在太平天國搖擺了六年的一生。
九江一戰而破，清軍滿城歡呼，安定民心，分發糧食救濟餓了多日的城內百姓。按受投降的天軍。韋昌輝被胡林翼割下人頭，將其用石灰醃了，快馬送到京城報捷。張宗禹與胡林翼匆匆打掃了戰場，胡林翼留下三千人馬安定九江的秩序，便接受張宗禹的建議，率軍急赴南京與聶士成匯合。
九江一破，整個太平天國除回到廣西恢復打游擊的石達開之外，只餘下了南京這最後一座堡壘。所有人都知道紛鬧了六年之久的太平天國之亂，將要畢其功與一役了。四方皆動。閔浙英桂率五萬剛剛組建起來的新軍與李鴻章的蘇軍，劉銘傳的淮軍彙集與南京城外。
南京城外一時大軍齊集，營帳連天，戰旗飄飄。楊秀清得知韋昌輝死了，陳玉誠與李秀成降了。放眼天下就只餘他楊秀清一支太平軍還在死守着一座孤城，頓時心慌起來，着心腹時時巡防於城頭，防止有心懷不軌的將領與城外清軍私通。一面收集城中糧草物資屯積備戰。
一時之間南京這座江南繁華無比的大都市人心惶惶，百姓哭聲日夜不息。楊秀清將城中糧食都搶了來，又不許百姓出城逃走，日夜都派兵將巡防城內，發現有私下逃走的百姓一律處死。
幾日之間殺人盈百，被殺百姓的屍體甚至都沒有人掩埋，爆露野外。而楊秀清自己則每日在天王府中與愛妃美妾醉生夢死，全然不知道南京城裡怎麼樣一副人間地獄的情形。
清軍每日只是在城外佈陣挖溝，一副根本沒心思攻打南京的樣子。卻每日都將寫有勸降，或勸百姓逃走的紙條射入城中。言及官兵馬上就要破城了，勸老百姓趕快離開。
百姓惶惶不安，每日都有有偷偷越城牆而去，就連士兵也有悄悄溜走的。楊秀清知道了大驚失色，連忙命心腹接管城防，凡有越城而逃着，一律格殺無論。如此一舉更讓楊秀失卻民心，軍心更是不穩。楊秀清殺天王洪秀本就沒有多少支持者，全靠武力支撐着。如今天國覆滅在即，誰不想給自己留條後路。許多天軍將領密秘商議，私下裡遣人與清軍談叛。楊秀清，軍心民心幾乎盡失，卻不自知仍自在天王府花天酒地，幻想天下一統的美夢。