南海艦隊提督曾天浩提督的南海艦隊下轄來遠號、黑土號，並有快速帆船九艘及紅單船、福船、沙船五十餘艘，實力是四海艦隊中最弱的一支，其中最大的兩艘戰艦來遠號和黑土號都只是一千多噸的二等戰艦，但正因爲南海艦隊兩艘主力戰艦實力最弱，所以在此前的海軍艦船改造中，兩艘戰艦都進行了木製船體包裹鋼鐵裝甲的改裝，並且在兩艘戰艦上都加裝了蒸汽動力驅動，這勉強讓南海艦隊實力有了一定的提升。
南海艦隊提督曾天浩乃是早年在江西陣亡的太平天國悍將曾天養的兄弟，原本是東殿部署，提督水師，後來天京變亂之後，西王入主天京，曾天浩得到了重用，也是西王重用東殿舊人的一個成功例子?”?。
曾天浩其人性格與他兄長曾天養差別很大，他相對來說比較穩重冷靜，爲人和善，於講武學堂學習海軍的時候就表現出非凡的天賦來，所以後來被委以南海艦隊提督一職。
自從四大艦隊南下各自尋找戰機以來，曾天浩帶着他的艦隊一直遊弋於廈門、澎湖列島、臺灣等附近海域，此刻的臺灣雖然還暫時算作是清廷旗號，但自從福建被太平天國佔據之後，福建巡撫王懿德戰死，新任的福建巡撫滿清宗室大臣慶端一直沒有到任，退守臺灣的福建清軍暫時由福建按察使崇恩和新提拔起來的福建布政使王資雨統帶。
值得一提的是福建按察使崇恩雖然是滿清皇室宗親，但爲人較爲喜好書畫，算是清代中晚期著名的書法家、收藏家、鑑賞家、金石學家、詩人。崇恩於字畫一道上成就頗高。但行軍打仗就是其弱項，早在太平軍攻打福建之時。王懿德就早早命他退守臺灣，並派遣自己的幕僚王資雨協同辦理臺灣事務。
王懿德的幕僚王資雨此前在太平軍撤走廈門起義軍一事上有大功。因此當年就得了清廷一個道臺銜，其後在臺灣他輔佐崇恩，投其所好蒐羅字畫進獻，因此頗得崇恩器重。福建被太平軍佔領之後，闔省文武大部分都或死或降，清廷於是矮子裡面拔高個，聽從崇恩的舉薦，升任王資雨出任福建布政使。因爲福建被佔據，因此福建清軍都聚集在臺灣困守。且海路不通，崇恩也沉迷於字畫之中，臺灣一省其實軍政大事還是王資雨說了算。
臺灣島雖然是中華第一大島，但其民生貿易多仰仗大陸，而大陸被太平軍佔領，因此王資雨早在去年就已經與太平天國暗通曲款，只是去歲太平軍海軍力量要全力應付北上的英法聯軍，因此暫時沒有攻打臺灣的興趣，同時因爲王資雨頗有主動投誠的意思。因此太平軍暫時沒有進攻臺灣的意思，雙方在商貿、民間往來上沒有斷絕聯繫，相反王資雨頗有遠見的和太平軍簽署了一個商貿協定，把寶壓在了太平軍身上。
自從太平軍和英法開戰以來。臺灣清軍也得到了消息，王資雨此人雖然現在還是名義上清廷的官員，改旗易幟的一些條款還沒有談攏。但對於支持太平軍打擊英法海軍，王資雨那是雙手贊成的。因此臺灣清軍控制的澎湖列島、臺灣本島等處各個港口均向太平軍開放。同時王資雨還派出臺灣水師響應太平軍的海上絞殺戰，對過往的英法船隻進行攻擊。
曾天浩有了臺灣王資雨的襄助。迴旋的餘地更大，因此常常能及時避過英法艦隊的搜索，同時兩岸消息往來不絕，也能及時得到英法聯軍艦隊的動向。何伯和西馬艦隊在廈門吃了一個大虧，就是南海艦隊得到臺灣漁船消息後，主動出擊的結果，戰果非常不錯，擊沉了幾艘負傷的英國戰艦。
等到何伯艦隊主力回來之後，曾天浩又主動撤離戰場，令何伯艦隊無處報復，最後只得繼續北上。聽聞英國艦隊繼續北上之後，曾天浩就率領艦隊一直悄悄的尾隨其後，不停的通過岸上消息和海上往來漁船、商船傳來的消息緊緊跟隨其後，準備尋找機會再給何伯艦隊一個教訓，結果一直就跟到了舟山海域。
連日來何伯艦隊攻打定海，曾天浩也派出快速帆船進行偵查，但發現英國艦隊吸取上次教訓，外圍警戒船隻非常警惕，而且警戒的區域非常廣，難以實施突襲，因此曾天浩的艦隊就一直在南面海域等待機會。
這天清晨大霧，曾天浩判斷英國艦隊一定會利用大霧突襲定海，於是也率領艦隊出巡，等到大霧散開之後，他派出快速帆船進行偵查，隨後得到消息，東海艦隊主力正在與何伯艦隊進行主力決戰。
曾天浩聽得消息大吃一驚，他知道何伯艦隊的實力，雖然在沿途幾次戰鬥中損失不小，但仍舊不是東海艦隊能夠匹敵的，於是曾天浩馬上做出前往增援東海艦隊的決定，若是東海艦隊覆滅，那天國的海軍就將全面被動了。於是，當東海艦隊處於劣勢的時候，南海艦隊出現在了戰場之上。
何伯和西馬在各自的坐船上都注意到了又有太平軍海軍艦隊加入戰場，雖然此前何伯和西馬很想引誘出太平軍海軍艦隊主力進行決戰，但此刻的變化大大出乎兩人的預料。雖然太平軍中大型戰艦不多，但那些小型的紅單船、福船、沙船等等數量卻非常多，而且這些太平軍的小型戰船並不像清軍戰船那樣畏敵避戰，他們非常的不怕死，而且操作船隻非常嫺熟，船上火炮打得也準，何伯發現他們的作戰方式和習慣很想此前的海盜。而且這些討厭的小型船隻多了也會蟻多咬死象的，福船和沙船還好，每艘船上雖多幾門炮，但紅單船上可是有十多門炮的，這些炮的威力也不小。一個不留神說不定還真會吃個大虧。
西馬見狀，馬上命令旗手打旗語告訴何伯。他建議全軍繼續北上迅速殲滅當前敵人的有生力量之後迅速撤離，但何伯收到消息後卻猶豫了。此前何伯艦隊北上的主要目的就是殲滅太平軍海軍主力。取得遠東完全的制海權，但太平軍海軍此前一直採取避戰遊擊的戰法，讓何伯有力無處使。而此刻出現了兩支太平軍海軍艦隊主力，要是能夠一戰而殲滅這兩支太平軍艦隊主力是多麼誘人的事啊。雖然何伯也清楚蟻多咬死象的道理，但他抱着賭一把的心態和英國人傳統的冒險精神，還是決定試一試，嘗試着殲滅這兩支太平軍艦隊。
於是，何伯否決了西馬的建議，他打出旗號。命令英國艦隊一分爲二，分出十餘艘戰艦南下迎擊曾天浩的南海艦隊，其餘戰艦繼續和通寶和尚的主力決戰。西馬見狀雖然急得跳腳，但此時戰鬥正處於白熱化，也來不及爭辯，再猶豫浪費時間只會令艦隊無所適從，於是他還是聽從何伯的命令，親自帶領分出來的艦隊南下迎擊。
英國艦隊一分兵，東海艦隊這邊的壓力驟然減輕。通寶和尚也是海戰老手，他迅速抓住這個機會，命令東海艦隊剩下的戰艦迅速調整方略，幾艘甚至十幾艘紅單船、福船、沙船集中起來圍攻一艘英國戰艦。開始了他的蟻多咬象戰術。
在人類海戰史上，其實並不缺乏小型船隻和大型戰艦決戰的戰例，後世英勇的解放軍海軍就曾今在八六海戰中打出過這種以小打大、以弱勝強的著名戰例。雖然此時的英國海軍相當精銳並非臺海國黨那種怯弱的海軍，但此時太平軍勝在船多。
隨着雙方的惡戰持續展開。英國艦隊開始覺得吃力，雖然他們的一艘戰艦能夠擊沉太平軍的多艘戰船。但自己也要付出相當大的代價，一些噸位較大的戰艦還好，只是嚴重損毀，而一些噸位小的則被徹底擊沉。
何伯看到這個情景心疼不已，英軍在遠東的戰艦沉一艘就少一艘，而且英軍雖然造艦是全球第一，但造價也是不菲的，太平軍用那種劣質的紅單船、福船、沙船幾艘換一艘英國戰艦，明顯就是英國人吃大虧。
南下迎敵的西馬分艦隊也好不到那裡去，南海艦隊本身有五十多艘紅單船、福船和沙船等小型戰船，這次出征前，曾天浩又根據和王資雨的商貿協定租用了臺灣清軍水師二十多艘戰船一同出戰，也是船隻較多。西馬的十三艘戰船也遇到了何伯相同的麻煩，交戰一個小時後，西馬不得不命令剩下的十艘英國戰艦迅速靠攏，圍成一團，防備再被小型戰船分割包圍而擊沉。
何伯這邊也不約而同的採取了同樣的方式，他剩下的八艘戰艦靠攏之後，相互保護各自的側翼和菊花，也讓太平軍的小型戰船失去了穿插和迂迴的空間。
看到這種情景之後，曾天浩和通寶和尚不約而同的命令自己的戰船迅速脫離戰鬥，分頭往南北兩個方向撤離了。英軍艦隊靠攏之後，難以第一時間展開追擊，而且海面上還飄着不少英軍水兵，於是何伯和西馬都下令停止追擊，救助海上的落水者。
值得一提的是英國海軍的人道主義精神，對於落水的太平軍海軍水兵，他們也進行了救助，只不過這些太平軍水兵就成了俘虜。
舟山海戰就這樣以太平軍主動撤出戰鬥而結束，太平軍固然沒有能夠擊敗英國艦隊，而英國艦隊也沒能徹底殲滅太平軍海軍。英軍艦隊損失十一艘戰艦，而太平軍損失的戰船更多，特別是東海艦隊損失了三十艘戰船，南海艦隊也損失十多艘戰船，但似乎是太平軍更加划算。
至此何伯艦隊從離開香港時的三十六艘大小戰艦，此刻只剩下十八艘了，而且還有幾艘身負重傷，至於戰果非常令人失望，他們沒能佔領任何一個沿海港口，也沒能殲滅太平軍海軍，最後何伯和西馬商議之後，只能帶着兩百多名從海上救起的太平軍海軍俘虜和滿船的英軍傷兵返回香港去休整了……