經過祖孫兩人的深入探討後，初步達成的協議如下：
首先是對本次征伐建州的文臣和武將們進行封賞。
像杜鬆這樣的總兵，是沒法在實際官職上再升了，只能加五軍都督府的都督頭銜，然後再加太子少保這樣的榮譽頭銜。其他的副將、參將等，基本都官升一級。
而殉國的柴國柱、張承蔭等，自然是追晉一級併發給較爲優厚的撫卹。
有新的軍官晉升，就有老的軍官退出。在這一年，大同總兵麻貴、四川總兵劉綎，都因爲年齡原因致仕了。
在他們的接任人方面，原遼陽副總兵李如柏升任大同總兵。原橫海衛指揮使麻承詔接任四川總兵。原寬甸衛指揮使蕭伯芝出任遼陽副總兵。而作爲太孫殿下耗費心血最多的兩支衛所軍，新的兩位指揮使都是太孫欽點：出任寬甸衛指揮使的是劉綎的義子劉招孫，新的橫海衛指揮使則是曹文詔。
本次征伐遼東的兩位文臣，楊鎬掛兵部尚書銜，出任薊遼總督。而熊廷弼則是被調到了雲南做巡撫——陳時濟可比不上孫承宗，他一個人是罩不住木邦、孟養玉礦產業的。而且此時的暹羅已經開始發力了，大明必須提前在南方做好準備。
出於這個原因，寬甸衛全體戰兵更是直接轉換軍籍到了雲南：西南和東北的氣候可完全不同，這些遼東漢子得提前去適應。
軍官和文臣的封賞相對比較簡單：官位的提升就能讓很多人心滿意足。但是對於普通士兵的賞賜，便是連朱由棟這樣的土豪也感到肉痛。
大明以前的規矩：軍功只算首級，作爲普通一兵，你在戰場上拿到首級後有兩個選擇，其一，升軍官（得有空職位）。其二，得賞銀。按照明代中後期的價格，一般是一個首級五十兩。
這個制度在當時其實有一定的合理性。
因爲長期拖欠軍餉，導致各級軍官爲了保持戰鬥力，不得不把有限的資源拿來保證家丁。所以明朝各軍鎮往往是號稱有多少萬戰兵，但真正能打的家丁也就是號稱數量的幾十分之一甚至百分之一。所以一場戰鬥下來，能有幾百個首級都是難得的大捷。一個腦袋五十兩，一次大捷也就是支付個幾千萬把兩，這麼算起來並不是太貴。
而這一次，大明官軍們一共拿到了近兩萬個建州女真的首級……
雖說朱由棟在本次出戰前就已經說好，戰時不準割首級，戰後統一評定。但無論如何，最終大家收攏的是兩萬個腦袋。所以這一塊，朱由棟直接出了一百萬兩銀子。
再加上他給萬曆的兩百萬兩，然後加上這幾個月給全軍換裝啥的。一仗就開掉了他三百二十萬兩銀子。饒是朱由棟再怎麼土豪，也真的有些痛了。
“哎，得趕緊的推行幣制改革、軍功計算改革以至於全國的財稅制度改革，否則光靠我做生意掙錢，根本打不起幾場仗啊！曹三喜，咱們經過這麼一折騰，兜裡還有多少銀子啊？”
“殿下，目前我們可以拿出來用的存銀，還有三百萬兩上下。”
“嗯，吾記得，你以前跟吾說過，大明海貿成立後，特別是福寧鎮加大緝私力度後，我們南華宮每年至少有三百萬的盈餘？”
“是的，不過屬下說句冒犯的話，以殿下這麼豪爽的風格，說不得哪天屬下這裡就要入不敷出了。”
“啊~哈哈哈~~”朱由棟不好意思的摳了摳自己的腦袋：“曹掌櫃啊，且寬心，短期兩三年內，我們應該沒有大項支出了。我們得爲以後的幣制改革準備儲備金嘛。這個事情吾是記得的。”
“哎，屬下對殿下的德行，嗯，但願如此吧。”
聽出自己的財神爺對自己仍然不滿，朱由棟也只好低下頭來繼續討饒，兩人正半是戲謔半是認真的討論着經濟支出呢，袁可立匆匆的走了過來。
“殿下，剛剛禮部傳來消息，說是大宗伯在家中暴斃了。”
“……嗯。”沉吟了一會後，朱由棟長嘆了一口氣：“我們做事，還是要有底線。所謂禍不及妻兒，爲了防止有些官員胡亂拍吾的馬屁，咱們得做點姿態出來。”
“是，在下明白了。稍後就親自去郭府以殿下的名義弔唁。”說完這句話後，袁可立又道：“殿下，大宗伯的位置空出來了，這人選？”
“袁先生這會兒想出仕否？”
“在下暫時沒有這樣的想法，而且就是要出仕，在下也不想去禮部。”
“那就算了，溫先生纔剛剛升爲侍郎，若是這又讓他去接禮部尚書的位置，諸多與此事無關的官員，可能對我們的觀感會變得很差。總之，此事我們不參與了。”
“是，在下明白了。殿下在此時仍能自我剋制，在下佩服。”
“哪裡，還需要袁先生時時提點。”
“殿下。”袁可立又起了一個話題：“方纔魏公公派人來過了，說是李恩在慈慶宮抓人，鬧得宮裡雞飛狗跳。魏公公這會親自去慈慶宮阻攔了。”
“胡鬧！來人啊，快快備轎，算了，吾自己跑着去吧。”
興華宮雖然在宮城外，但到底距離也不是很遠，朱由棟跑了大概二十分鐘，也就迅速的趕到了。然後他就看見老魏在那裡氣勢洶洶的指着李恩的鼻子痛罵。
“行啊，長進了啊，李公公，招呼都不打一聲就上慈慶宮鬧事？知道這裡住的是誰嗎？小爺的父親！母親！小爺的弟弟妹妹！你是膽兒肥了還是怎麼的？小爺你也敢惹？”
“嘿嘿嘿，魏公公，哪有的事。咱家再怎麼大膽，也不敢惹小爺生氣啊。這不是慈慶宮的掌事王安剛剛在東廠招了麼。說是慈慶宮有幾個選侍和不少內侍都參與進了離間千歲爺和小爺父子感情的事情裡。所以，咱家也只是想來把這些人給提到東廠去問詢而已。”
看着魏忠賢在那裡把堂堂司禮監掌印太監當孫子訓，頗有歷史本位面上九千歲風采的樣子，朱由棟的眉頭皺的更緊了：這一次自己在戰場上大勝，在政爭上大勝，看來手下的人都有些膨脹了：先是袁可立想要幫溫體仁抓禮部尚書的位置，然後是裝孫子裝了這麼久的魏忠賢露出了本性！
行百里者半九十呢，自己以後當了皇帝都可能被人幹掉，更何況現在還是個太孫？
“魏忠賢！”
“啊？哎喲，小爺您總算過來了，您快看看吧……”
“跪下！”
“啊？”
“孤！讓你給李公公跪下！”
滿臉不解的老魏跪下後，朱由棟親自給李恩作揖：“恩公，吾的下人不懂規矩，以下犯上，得罪了。恩公請放心，此事吾一定給你一個交待。”
“小爺言重了，奴婢是什麼人。怎麼敢要小爺的交待？魏公公也是一時心急，不當事，呵呵，不當事的。”
看着臉色明顯舒緩了的李恩，朱由棟也是鬆了一口氣。然後他抵近李恩，輕聲的說道：“這個事情，到王安爲止，不要再鬧了。”
“是，小爺，奴婢明白了。”
……
1612年4月10日朱由棟回京，並於當日組織閱兵式獻於御前，一時燕京百萬軍民，皆爲爲國死戰之勇士落淚。併爲大明諸軍鎮之軍容而震撼。
4月20日，禮部尚書郭正域暴斃於家中。次日，慈慶宮掌事王安不慎落入水井中亡故。
之後不久，皇帝下旨，斥責前段時間上書要求皇太孫好好唸書的衆臣，更有都察院兩名都御史率領部分言官繼續對其彈劾。故而被斥責的衆臣如楊漣、左光斗等不得不上書請辭。至此，東林黨在朝堂中的力量近乎被掃蕩一空。
五月初一，皇太孫朱由棟再次離京南下。在臨行之前，朱由棟給自己的每一個手下都親筆提了七個字：行百里者半九十！
......
朱由棟是瀟灑的拍拍屁股走了，但是給北京城留下了一地雞毛。
這裡面最慘的就是慈慶宮的朱常洛了。
從郭正域自盡，王安被抓走開始。朱常洛直接閉門謝客，在慈慶宮裡誰也不見，日常最喜歡和選侍們爲愛鼓掌的活動也完全終止了，茶飯什麼的也用的極少。
這樣的狀態持續了半個多月，連萬曆也看不過去了：到底還是自己的兒子啊。
然後萬曆便將朱常洛叫到了自己身邊。
父子二人屏退左右後，萬曆道：“怎麼，還沒想通透？”
“哎......父皇，兒臣，兒臣真是......”
“哎。”看着精神萎靡，才三十來歲就兩鬢斑白的朱常洛，萬曆長嘆了一口氣道：“朕以前對你關心、教導太少。所以有些事情，朕都已經轉換過來了心態，而你卻沒有。”
“父皇？”
“自古以來，這皇帝和儲君的關係，是極難相處的。在這裡面，最難的，是儲君。朕十歲即位，感覺還不明顯。但張先生和母后當年給朕的……哎，總之，這儲君呢，你說不做事吧，皇帝會認爲你沒用，將來不能承擔國家重任。你做事吧，皇帝又覺得你野心大，迫不及待的想上位......如棟兒這樣折騰的太孫，按照常理，好像是該稍微抑制一下。所以，你們以爲朕會想着暫時削弱棟兒的權柄，然後就做了一些不好的事情。
但是，你們沒有想到的是，這種情況，只會出現在那些能夠獨掌大權，極爲強勢的帝王身上。比如說，唐太宗，本朝太祖、成祖什麼的。而朕，可不是那樣的帝王啊。
本朝自仁宗以降，這皇帝慢慢的再也無法獨掌權柄。很多時候，朕被文臣們欺負得只有一個人在宮內生悶氣。朕這個皇帝，受到的限制太多了......朕自問自己的手腕還算不錯都是這個樣子了，要是你以後繼位，那可怎麼應付得了那些臣子？
所以，棟兒抓權，尤其是抓軍權，其實朕是樂見其成的。這是爲了我朱家的千秋萬代着想。朕從未大權獨攬過，自然也沒有想要把一切都收攏掌控的想法。你們啊，完全用錯了心思。”
看着仍然沉默不語的朱常洛，萬曆暗暗搖了搖頭：“且放寬心吧，你要記住，棟兒現在羽翼已成，強行的壓制他，若是讓他真的狠下心來反擊，說不得國家就要大亂。這孩子我是看明白了，就是屬犟驢的。你得順勢引導，千萬不要強按着他低頭......他終究還是講孝道，講親情的。所以，以後只要你對他的種種行事安靜的旁觀，朕萬年之後，你這個皇帝只會比朕前面四十年做得輕鬆、開心很多！”