“張居正的改革措施，徹底暴露了中央集權過度帶來的不良後果。在下層行政單位尚有許多實際問題沒能解決以前，行政效率的增進必然遲緩和有限。強行提高效率，超過了一定限度，只會造成行政系統內部的不安，整個官僚集團會因壓力過高而或分裂、或糾集，實際問題又會演變成道德問題。”
“再觀今日之徵實徵購政策，中央強行要求提高效率，而下層行政單位問題極多，難以實現政令的有效執行。這造成整個中國的行政系統難以適應，中層和基層官僚壓力過高，只能以粗暴的方式欺上瞞下。譬如河南之徵購，官員爲了完成任務，選擇對中央隱瞞災荒事實，而不顧民情大肆征斂。這就帶來一系列嚴重後果，政府威信大失，百姓苦不堪言。繼而延伸爲道德問題，政府高舉抗戰大義，要人民傾其所有奉獻國家，不支持徵購則不愛國。百姓認爲政府橫徵暴斂，沒有爲人民考慮，領袖和官員的私德也遭到懷疑。”
“史學界有一種說法，即‘明朝稅重民窮’。似乎是因爲當時貪官污吏橫行，百姓被攤派的賦稅過重，富者愈富，窮者愈窮，其實這跟事實有多出入。同時期，英國稅收與明朝相當，而人口卻只有明朝的三十分之一，英國怎麼就能繼續發展壯大呢？原因不在賦稅過重，而在於政府和法律的低等。即便國家稅率低，受惠的也並非農民，只能鼓勵地主家中盤剝和官僚額外剝削。”
“道德並非萬能的，政府不能依靠單純的抗戰大義，而要求百姓舍家報國。更要健全法律制度，完善行政體系，遏制貪污腐敗，鼓勵扶持先進經濟，減少對傳統農業的壓榨……”
這些都是陳寅恪寫的評論文章，寫完之後他就燒了，並沒有拿出去發表。
陳寅恪從來不談論政治，但並不代表他不懂政治。學史學到他那個地步，很多事情比官僚看得更清，但也僅此而已，不能改變中國的現狀。
坐而論道誰都會，難的是如何解決問題。
沒法解決！
常凱申當然想完善行政系統，提高基層官員的執行力。但這是不可能辦到的，除非在中國進行一場觸及根本的大改革，而抗戰特殊時期的內外部條件都不允許他這麼做。
所以陳寅恪把文章燒了，發表出來也無益，反而會因此得罪掌權者。
燒完文章，陳寅恪很快又重寫了一篇，單純從治史方法來分析《萬曆十五年》。他首先批評了周赫煊對於某些史料的無視，認爲周赫煊的某些思想稍顯片面，同時又讚揚《萬曆十五年》風格獨特、觀點新穎，爲明史研究開拓了新的形式與方向。
……
陳寅恪的第二篇文章還未發表，吳晗就已經開始對《萬曆十五年》大家吹捧了。
吳晗也是研究明史的專家，他早前雖然屬於自由派，但性格非常激進。早在十多年前，吳晗就給胡適寫信說：“翻開任何國家、任何朝代的歷史來看，找不出這樣一個卑鄙無恥、喪心病狂的政府（南京國民政府）。”
吳晗請求胡適指出一條明路，胡適讓吳晗“科學救國”。
那時吳晗非常尊崇胡適，特地在畢業照背面寫下胡適的名言：“大膽的假設，小心的求證。少說些空話，多讀些好書。”
然而，吳晗到了西南聯大，國黨的腐敗和不顧學者死活的態度，再加上好友在貧寒病痛中去世，讓吳晗的思想徹底轉左。他的行爲做法比聞一多更加激進，不但投身於各種反蔣活動，還寫了一本《由僧鉢到皇權》。
這本書後來改名爲《朱元璋傳》，跟周赫煊的《萬曆十五年》幾乎同時出版，專門用來影射常凱申。
在讀了《萬曆十五年》之後，吳晗感覺找到了知己。雖然他們一個寫朱元璋，一個寫萬曆朝，但都是走的“影射史學”的路子，都是在抨擊常凱申和國民政府。
吳晗連續寫了好幾篇評論文章，把《萬曆十五年》奉爲“中國現代史著不可再有之經典”。
……
遠在貴州的張學良，也在第一時間讀到《萬曆十五年》。
少帥這些年都在研究明史，缺什麼書就寫信找宋美齡索要。到了1945年，張學良甚至聲稱自己成爲了一個明史研究專家，他要求請來幾位明史專家進行當面交流——戴笠對此表示很爲難。
當張學良讀完《萬曆十五年》之後，他沒有往影射常凱申那方面想。而是把自己代入萬曆皇帝，把曾經的得力屬下代入張居正、申時行、海瑞和戚繼光，然後檢討反思自己主政東北和華北時的錯誤。
接着，張學良又對比萬曆朝和二三十年代的中國，反思北洋政府和南京政府的施政問題，並寫了一篇兩萬字的讀書心得，讓看守特務轉交給常凱申。
常凱申順手就把張學良的文章扔了，放在角落裡蒙塵幾十年，直到80年代纔在清理垃圾資料時發現。
……
謝國楨無疑是如今最火的明史專家，他早年追隨梁啓超治學，跟周赫煊勉強算同門師兄弟。他的《晚明史籍考》曾在30年代風行一時，到了抗戰期間再次引起重視，因爲抗戰時期的中國和晚明太像了。
謝國楨此時滯留在淪陷區，《萬曆十五年》出版的時候，他纔剛剛讀到周赫煊討論沈萬三之死那篇文章。
周赫煊關於沈萬三身世遭遇的觀點，出自明史專家顧誠先生。
謝國楨對此持有異議，他認爲《吳江志》的史料可能有誤，並拿出多個歷史資料，認爲沈萬三有可能是朱元璋登基後才死的。當然，沈萬三絕對不可能被朱元璋流放，只是被朱元璋打壓而已。
謝國楨隨即寫了一篇反駁文章，寄了幾個月終於寄到重慶發表。
直到1944年底，謝國楨纔在淪陷區讀到《萬曆十五年》。他對這本書大加讚賞，於抗戰勝利後一口氣寫了三篇分析文章，討論萬曆朝對明朝命運的影響。
……
至於大部分普通讀者，完全把《萬曆十五年》當成純粹的歷史讀物來看。他們對明朝的改革失敗表示惋惜，同時也希望國民政府吸取教訓，呼籲加強法制建設、懲治貪官污吏。
常凱申也非常喜歡《萬曆十五年》，他沒有把自己代入萬曆皇帝和張居正，而是代入了申時行。他覺得自己殫精竭慮發展國家，卻只換來各種背叛和猜疑，同時又被中國糟糕的情況所制約，一身才華本事都無法真正的發揮。
同時常凱申也感嘆，天下沒有完人，就連戚繼光都貪污剋扣、逢迎拍馬、喜好女色，而民國將領又有誰比得上戚繼光呢？用人應該不拘小節，只要能力出衆就可以了，那些真正能打仗的將領還是暫時容忍吧，比如把河南搞得一塌糊塗的湯恩伯。
每個讀者眼中的《萬曆十五年》，都有着不同的解釋。
這本書很紅，不但紅遍中國，就連費正清都帶回去一本，讓人翻譯出來推薦給美國史學界。