在1946年12月的國民大會制憲會議上，胡適與朱經農等204人聯名提出《教育文化應列爲憲法專章》的提案，又與17位自由職業教育界國大代表聯合提出建議書，請政府注意有關教育的重大問題。建議書開篇即指出：“查教育爲立國之本，亦爲施行民主政治之基礎。當今憲法正在制定之時，尤賴教育之普遍推行，以使人民有行憲與行使政權之能力”。建議書主要內容包括：延用專才，增進效率；敵僞產業，撥充經費；縣教育局，提早恢復；獎勵私校，予以補助；教員待遇，迅即提高；被佔校舍，嚴令發還等。
1947年3月14日，胡適在中基會年會上提出中基會與北大的第二次合作議案，具體內容是：北大向中基會借30萬美元，分兩年支付，作爲購買圖書、設備之用。北大每年付息五釐，由教育部擔保，用美金償還。兩年之後，分十五年還本。
3月15日，胡適參加中央研究院評議會談話會，商討中央研究院院士選舉法草案。胡適回北平後參與了中央研究院第一次院士選舉“人文組”名單的推薦工作。
3月22日，胡適飛回北平。剛回北大，教務長鄭華熾就向胡適彙報，此次學期考試，所有考試科目裡半數不及格的學生有125人，先修班不及格的有60人，教務會議經過幾次鄭重考慮，決定按照北大學則的規定，給予退學處分。
此後，胡適接見了好幾批爲此請願的學生，胡適考慮到多年戰亂及不及格學生的實際困難，以及學期中退學可能會導致被退學生因無學校可入而失學等因素，給鄭華熾寫信，建議北大教務會議容許不及格的學生留校察看一學期，使他們有奮發振作以及補救的機會。
胡適對於此事的處理，既體現了他對學生求學機會的珍惜和愛護，也體現了他尊重北大教務會議的民主作風。
這一年五四前夕，胡適應邀出席北大學生“五四籌備會”舉行的紀念活動，作《五四新思潮運動的意義》的演講，隨後根據演講大意寫成《五四的第二十八週年》一文，發表在5月4日出版的《大公報上》。胡適在文中首先對五四運動的經過作了介紹，引用了孫中山對五四運動的評價。文章最後指出：“我們在二十八年後紀念五四，也不能不仔細想想我們今日是否已‘收革命之功’，是否還‘必有賴於思想之變化’”。
胡適執掌北大後，對於北大和整個國家教育的發展都有很多設想和計劃，自己也準備用數年的時間來使北大有所成就，並由此帶動全國高等教育的發展。然而，隨着國內局勢的演變，國民黨政府江河日下，國內矛盾不斷激化，胡適很多時間和精力用在了教育和學術之外的事情。他一方面被迫處理不斷髮生的學.潮，一方面又不得不參與一些政治活動。此外，在此時期蔣介石還幾次想拉胡適參政，胡適不得不想辦法再三推辭。
1947年5月，全國通貨膨脹非常厲害，物價飛漲。大多數公職人員、教職員工吃飯都成了問題，北大也不例外。胡適親身感受到這一問題的嚴重性。北大秘書長給胡適算了一筆帳，胡適1946年8月剛到北平時，每月工資28萬法幣，摺合美金100美元，到了1947年4月，每月工資是100萬法幣，摺合美金只有35美元了，每天只有1美元多一點。胡適說：“這點錢全家吃飯都不夠。”他給美國友人徐公肅、唐世英寫信說“現在我成爲貧士了”。在美國的趙元任夫婦聽說胡適薪水這麼少，專門託人從美國給胡適帶來了200美金，補助他家用。連胡適都這樣，北大的教授就更苦了。
對胡適刺激最大的是，在他主持北大教授會討論北大未來的發展時，向達教授氣憤地說：“我每天愁的是明天吃什麼，哪有心情想北大十年、二十年的發展。這樣下去，我們都要死光了。”由於教育經費短缺，教職員生活不下去，胡適感到在北大很難幹下去，他曾給朱家驊寫信請求辭職，朱堅決挽留，他才又勉強幹下去。
在這樣的形勢下，上海、南京幾個大學和北大、清華大學的學生髮起了反飢餓、反內戰運動，要求增加教育經費，提高教職員待遇，這不能不使胡適處在兩難的境地。一方面知道學生反飢餓運動有深刻的社會、政治原因，不能阻止；另一方面又不能不考慮國民黨政府的立場，必須維護好學校的正常教學秩序。他曾向北平國民黨當局建議，對學生的反飢餓運動不要採取鎮壓的辦法，要和緩處理。他對北大學生則竭力勸說：“我對你們的要求同情，但希望不要耽誤學業。”
5月19日，北平行轅主任李宗仁召集平津兩地院校校長及教授開茶話會，胡適在會上發言，他說，中國的現狀，不但青年人不滿，中年人也不滿。認爲凡是在政治不能令人滿意的時候，提倡政治改革的責任，一定落在青年肩頭。胡適主張，應該給予青年人合理的自由。但胡適在當天接受記者採訪時，仍然堅持一貫的主張，認爲罷課不能解決政治問題，實際上是最愚笨而最不易收效的武器，因爲罷課的結果，受損失的是學生自己。
1947年5月20日，寧（南京）、滬（上海）、蘇（蘇州）、杭（杭州）16個專科以上學校的5000餘名學生到南京中央大學會合後，衝破國民黨憲警的阻攔，舉行“挽救教育危機聯合大遊行”。在珠江路口，遊行隊伍遭到憲警的水龍噴射和棍棒、皮鞭的毆打，19人受重傷，90餘人受輕傷，20餘人被逮捕。這便是五二〇血案。
同日，北平各大、中學校的7000餘名學生從北京大學出發，進行持續五個多小時的聲勢浩大的示威遊行。天津的大、中學生也進行了反飢餓、反內戰遊行。這一運動迅速席捲武漢、重慶、廣州、長沙、昆明、福州、南昌、桂林、濟南、開封、瀋陽等60多個大中城市。社會各界以及上層愛國民主人士，也以各種形式支持和援助學生運動。在社會輿論的壓力下，國民黨政府不得不釋放全體被捕學生。
繼“五二〇”遊行之後，學生又接着罷課幾天，延續到了5月23日。
胡適苦口婆心地對學生說：“反飢餓、反內戰是你們對現實不滿的反映，但長期罷課解決不了這個問題。繼續罷課會發生更大問題，希望同學早日復課。”
當時有一部分激進的同學，通過華北學聯向全國各大學號召在6月2日發動更大規模的全國罷課、罷教、罷工、罷市運動。國民黨政府非常震驚，通令全國各地嚴加防範，武力鎮壓。面對這一形勢，胡適非常焦慮，怕在這一天發生流血事件。
他向北大學生自治會建議：“你們在6月2日那一天千萬不要出去遊行。”這一天，北平的專科以上院校大門都佈滿了軍警，北大校門口堆起了沙包、鐵絲網，架設起機關槍，裝甲車在校園四周行駛，如臨大敵。這一天，華北學聯和北大自治會決定不上街遊行，改在校內民主廣場舉行紀念民主烈士聞一多等人的追悼會，請胡適、周炳琳、錢端升、楊西夢等教授到會講話。
胡適出席並作講話，他的講話中有這樣一段話：“政治腐敗，而又沒有人出來進行改革的時候，這一改革的責任就落在學生身上了，中外歷史皆是如此。這次你們發起的反飢餓、反內戰，就是在這樣的情況下產生的，你們很有理智，很有秩序，能收能放，今天你們決定不遊行，就是很理智的行動。”
他的講話獲得了同學們的熱烈掌聲。第二天北大就正常復課了，北平也沒有發生大的流血事件。
1948年8月，國民黨北平當局受上峰指令，要在全市大專學校逮捕所謂鬧事學生。
8月19日清晨，北平11所專科以上院校都受到軍警的包圍，報紙上二次公佈了名單，要上了名單的學生到特刑庭報到，不去者一律由軍警進校捕人。
上了名單的324名學生，都是各校學生運動的骨幹，其中北大最多，有93人。
北大學生自治會當即決定，把上了名單的同學迅速秘密送離北大。
19、20、21日這三天，北平有10所大專院校，國民黨軍警都進校進行了搜查逮捕，清華大學、燕京大學也不例外，唯獨北大還沒有軍警進校捕學生。
北大學生自治會開會進行研究，認爲這是因爲胡適知名度高，北平當局一時不敢貿然行事。自治會當即決定，立即組織同學向胡適請願，請他出面交涉，阻擋軍警進校捕人，保衛北大尊嚴。
8月21日下午，200個同學組成了請願隊，從沙灘出發，打着小旗，高呼口號“反對軍警進北大捕人”、“擁護胡校長保護北大尊嚴”，然後進了胡適住宅的院子裡。
當時胡適很驚惶，臉都變色了，不知同學們要對他幹什麼。他連忙走出房子，請自治會代表進屋談話。當聽到自治會代表向他提出的要求後，情緒慢慢穩定下來。
他說：“我可以接受你們的要求，但有一個條件，凡上了名單的同學都要離開北大。”
請願隊離開胡適住所不久，北大訓導處貼出了一個佈告，要求上了名單的學生一律離開北大。
8月22日上午，訓導長賀麟到三院、西齋、紅樓、灰樓的學生宿舍查看了一番。
8月23日，胡適給北平警備司令部陳繼承寫了一封信，告訴他：“北平特刑庭要傳訊的北大學生，經賀麟訓導長查看，全校遍覓不見一人。”
24日上午11時，北大各個校門的軍警就都撤走了，同學們紛紛涌向民主廣場，高興地互相握手，高唱《團結就是力量》和《光明贊》慶祝勝利。
這次胡適出面，成功阻擋了軍警進校捕人，保護了北大的尊嚴，也在一定程度上保護了進步學生。對於胡適這樣的當局任命的校長，能做到這樣並非易事。