1946年10月10日，北大在四院國會街大禮堂舉行了開學典禮，北大師生2000多人出席。胡適穿長袍馬褂主持會議，並作開學講話，闡述了他的辦學方針和宏偉抱負。他在講話中，首先回顧了北大48年的歷史，緬懷了蔡元培校長的辦學方針和業績，表示要繼承蔡元培制訂的“思想自由、兼容幷包”的辦學方針，努力把北大辦成一個在學術上、研究上、思想上有貢獻的一流大學，使它成爲全國最高的學術研究機關。爲了實現這一目標，他要求每個學生都要做一個獨立研究、獨立思想的人。
他說：“自由是不受外面勢力的限制和壓迫的，這一向是北大的精神，我們要發揚這一精神，但學校不能給你們獨立，獨立是你們自己的事……我是一個沒有黨派的人，我希望學校裡沒有黨派活動，即使有，也如同各種不同的宗教思想一樣，不要干擾學校……黨派不要在北大活動，不要毀了北大，毀了這一個再過多少年都不容易重建的學術機關。”
很明顯他是既反對國民黨當局在校內設立區黨部，干預北大校政，也反對其他政黨像在西南聯大那樣搞學生運動。
講話的最後，他言道：“我送給大家兩句話。一句是‘善未易明，理未易察‘，一句是‘兼聽則明，偏信則愚’。
胡適當校長非常民主開明，“他的辦公室，採公開政策，教授隨時可以進去，不必有預約。凡是進去的人，工友照例倒一杯茶，送上熱手巾，然後隨便談天”。
他常對人說，蔡元培任北大校長期間，修建了紅樓。蔣夢麟任北大校長期間，修建了圖書館。他在任期間也要爲北大修建一座值得紀念的建築——一座禮堂。後來胡適正式提出此議，並與建築學家樑思成商談，積極爲此事籌措經費。可惜由於局勢動盪，這個想法未能實現。
當了校長之後，仍念念不忘《水經注》各種版本的收集，因爲他自己的宣傳、加上朋友的幫助，不久，他便在在北平收集到20種《水經注》本子。此外，還抽空到藏書家傅增湘處借閱《水經注》。
他到南京參加會議會或出差。總要到中央圖書館、江蘇省立國學圖書館查閱《水經注》。在收集和翻閱了很多《水經注》之後，開始對各本進行校對比勘。到1947年2月18日，寫出了《水經注〉本子簡目》，其收集、過目的《水經注》本子已經有60種之多。
當然，這爲後話。
開學不久，五四運動的學生領袖之一的許德珩教授，便幾次在課堂上大聲疾呼：“我是蔡元培的學生，堅決保衛北大思想自由、兼容幷包的方針；我是五四運動的參加者，我繼續高舉民主、科學的大旗，反對蔣介石國民黨的獨裁、內戰。”
法學院院長周炳琳和政治系主任錢端升等也多次發聲，鼓勵師生高舉“五四”民主、科學大旗，堅持北大的光榮傳統，捍衛自由民主。
爲了迴應師生們的要求，胡適重申，在他任內，允許校內的講課、選課自由，師生在校內有言論、結社、出版的自由，學校不予干涉。
這個許諾得到了實現。教授有講課自由，學生有選課自由、旁聽的自由，課堂對外開放，允許校外人士旁聽。許德珩教授開馬克思主義社會學，樊弘教授開《資本論》，吳恩裕教授開《共產黨宣言》。北大校園裡頓時呈現出當年新文化運動、五四運動的情景。
學生進步社團紛紛建立，僅在沙灘文、理、法學院就建立了30多個，會員有近千人。學生自治會由學生競選產生，自行決定一切活動，北大當局不予干涉，社團、自治會可自由出版壁報刊物。校園在很大程度上成了自由讀書，自由討論各種學術、政治觀點的場所，呈現出追求民主、探討真理的欣欣向榮景象。
胡適就任北大校長三個多月時，發生了極爲棘手的事情。
1946年12月24日，北大先修班女生沈崇被美國大兵侮辱，引起國人的憤怒。12月30日，全北平大中學校1萬多學生舉行了罷課、遊行，高喊“嚴懲美軍兇手”，“駐華美軍滾出中國去”。之後，全國各大城市紛紛聲援。
當時胡適在南京參加國民大會，由於沒有意識到問題的嚴重性，直到12月30日纔回到北平。
北平記者問胡適對美軍強姦女生的看法，胡適表示，自己和北大的教授、學生一樣，非常憤慨。學生的集會遊行抗議都無不可，但是罷課還是有欠妥當。記者又問，學生提出美軍退出中國，胡校長同意嗎?胡適回答，此次不幸事件爲一法律問題，而美軍退出中國則爲政治問題，不能混爲一談。胡適回北平後，一方面盡力安撫學生，勸說他們不要上街遊行，一方面安排聘請趙鳳階、燕樹棠等人作爲沈崇的法律顧問，進行援助。胡適在接受記者採訪時稱，我相信會有公正的判決。
1947年1月美軍軍事法庭審判此案時，胡適不顧教育部長朱家驊的勸阻，出席審判會。當軍事法庭在強有力的證詞證據面前不得不宣判皮爾遜犯了“強姦罪”時，胡適同在場的人握手祝賀。後來，美國海軍部取消皮爾遜的強姦罪，胡適表示很失望。
由於歷史原因，當時北大學生生活分爲兩種情況：原在西南聯大復員到北大的同學，繼續享受“貸金”（稱貸金，貸而不還，實際上是發的伙食費），這一部分同學的食堂吃的較好，主食吃大米、白麪。原在北平讀書，由臨時大學分配到北大的同學，生活清苦，沒有“貸金”待遇，交不起昂貴的伙食費，大多在貧寒食堂吃飯，天天吃窩窩頭。
有些別有用心的人，藉機散佈誹言，分裂同學，製造“黃白矛盾”。對此，原西南聯大的同學推出胡邦定爲代表，主動團結原臨時大學的同學，共同組成代表團，在1946年10月中旬向胡適請願。陳述原臨大的同學生活清苦，要求北大對同學同等待遇，凡是北大同學都享受“貸金”。
胡適靜聽了代表的陳述，對代表們說：“你們說的意見我都聽明白了。這件事不能由我一個作主，要同北大有關的負責人一起商量。涉及經費問題，還要和教育部溝通，取得他們的同意。你們先等一等，有了決定我就通知你們。”
不到一個月，11月中旬，學校通知：凡北大同學都可申請“貸金”。問題得到圓滿解決。這不僅解決了同學的困難，更增強了這兩部分同學的團結。
1947年初，國民黨改組政府，蔣介石有意讓胡適出任國民政府委員考試院院長，先後讓傅斯年、王世傑勸說胡適。
胡適在給傅斯年的信中說，自己如果出來當官，“結果是毀了我三十年養成的獨立地位，而完全不能有所作爲。結果是連我們說公平話的地位也取消了”，那樣就“成了政府的尾巴”。
他在給王世傑的回信中也說，自己堅辭不就的“理由無他，仍是要請政府爲國家留一兩個獨立說話的人，在要緊關頭究竟有點用處。我絕不是愛惜羽毛的人，前次做外交官，此次出席國大，都可證明。但我不願意放棄我獨來獨往的自由”。
胡適還表示不願在此時放棄北大，他說：“我願意做五年或十年的北大校長，使學校有點成效，然後放手。此時放手，實無以對北大同仁，亦對不住自己。總而言之，我請求蔣先生容許我留在此地爲國家做點有用的事情。”
1947年3月6日，胡適飛到上海，參加協和醫學院董事會，並忙中偷閒，借閱了商務印書館藏楊守敬、熊會貞的《水經注疏》。
3月13日，胡適又到達南京。當天晚上，蔣介石請胡適吃飯，胡適說明自己不想當官的理由，希望蔣介石不要逼他加入政府。
蔣介石最後說，國家不到萬不得已的時候，我決不會勉強你。胡適聽了，很高興，總算鬆了口氣，出來之後對傅斯年說：“放學了！”
實際上蔣介石並未完全放棄，此事到此並未結束。當時北大的教授也不希望胡適離開北大從政，或者以北大校長兼任國府委員。
湯用彤、饒毓泰、鄭天挺聯名致電教育部部長朱家驊，認爲“北大方始復員，適之先生萬不能中途離校”。如果兼任國府委員，“不惟妨礙北大前途，又與大學組織法不合”。三位教授還強調了胡適留任北大校長對於穩定大局的作用：“今日大局不安，教育界往往爲不安之主因，適之先生在北大，對整個教育界之安定力量異常重大。”
最後經朱家驊、王世傑、傅斯年等人說情，蔣介石才作罷。4月18日，蔣介石在給胡適的電報中說：“不克延致，殊爲耿耿。若有兩全之道，則必借重以慰羣望也。”