反對最主要來自兩個方面。
一方是以軍機大臣鐵良、榮慶等爲主的滿族親貴。取消軍機處，儘管他們可能另外任職，但權力畢竟要大大削弱。
而且，袁世凱還設想，待上議院成立後，王公、貝勒、貝子等不實際干政，讓他們充當議員。這使得這些公、子們憤怒異常。
鐵良堅稱：“立憲非中央集權不可，實行中央集權非剝奪督撫兵權財權、收攬於中央政.府則又不可”，其攻擊矛頭直接對準袁世凱、張之洞等地方督撫大員。滿漢矛盾，隱然可現。
在一次會議上，醇親王載灃竟拔出手槍直抵袁世凱胸前大聲說：“爾如此跋扈，我爲主子除爾奸臣！”經奕劻調解，方纔作罷。
由於傳說內務府也要裁撤，所有太監都要裁去，有次袁世凱下朝時百餘名太監將他團團圍住大聲謾罵，有的甚至揮拳要打，幾成圍毆之勢。
袁世凱招架不住，急忙大呼奕劻過來爲其解圍。經奕劻百般勸解，並保證絕不裁撤太監，這些太監才忿忿而去。
爲避免更大的動盪，清廷不得不宣佈了官制改革中的“五不議”：第一，軍機處之事不議；第二，內務府事不議；第三，八旗事不議；第四，翰林院事不議；第五，太監事不議。
另一個主要的反對力量來自以瞿鴻穖、岑春煊、王文韶、趙炳麟等爲要角的漢族大臣、御史。他們有的一直與袁爭權，有的對袁結黨營私憤怒已久，因此紛紛上折慈禧，堅決反對。有的從中國傳統觀念出發，認爲改官制是“用夷變夏，亂國法而害人心”；認爲這樣內閣權重，如果“用人偶失，必出權臣”，有人甚至明確指出袁世凱的“責任內閣”實際爲少數一二總理大臣專權，也就是袁世凱專權。
有的相反，從西方憲政制度對此進行批判，認爲這次改制完全虛假，指出外國君主立憲國的責任內閣之所以不能專權是因爲有議院監督、限制，中國議院一時恐難成立，所謂“責任內閣”既不對皇上負責又無議院負責，只是統攬了過去皇帝的權力。
人總是這樣，維護自己利益是他們反對的真實原因，但個人利益受損的事是擺不到桌面上的。大家也都知道，上頭最忌諱的是什麼，便把矛頭主要指向了責任內閣。
御史劉汝翼上奏說：總理大臣代替君主負責，是“率天下士大夫，內背朝廷……不可輕設”。
御史張瑞蔭、吏部主事胡思敬上奏：內閣權重，“用人偶失，必出權臣”，君權將被取代，軍機處萬萬不可撤。
御使趙炳麟指出：“立憲精神全在議院，今不籌召集議院，徒將君主大權移諸內閣，此何心哉！”
他與五名御史聯名上奏：堅決反對設置責任內閣，說責任內閣必然導致大臣專權，皇權無存。
內閣中書王寶田、戶部李經野、兵部馬毓楨上奏：痛斥官制改革是“用夷變夏，亂國法而害人心” ，設立責任內閣是“實陰以奪朝廷之權”。
內閣學士文海、御史陸寶忠則直接把矛頭指向了袁世凱，說他亂政，敗壞朝廷綱紀，應飭令其回本部，不能主持官制改革。
這樣，從王公親貴、大小太監到大臣御史，儘管觀點不同，但幾乎全都反對袁世凱的改革官制，不是到慈禧處哭訴鬨鬧就是不斷上折，天天雞飛狗跳。
現在朝廷之中，已經沒有立憲不立憲，馬上立憲和緩行立憲的派系對立，好像所有的派系都聯合起來一致攻擊袁世凱。
就連亦劻和徐世昌都不敢說話了。
載澤雖然是編篆官制改革方案的總負責人，但已經和袁世凱切割，稱這個方案他根本就沒看到。
慈禧或許到現在也沒弄明白立憲是怎麼回事，但責任內閣那麼大的權力她看明白了，搞了半天是搶奪自己的權力。
袁世凱怎麼回事？召見袁世凱，袁世凱還振振有詞：“別無良策，仍不外趕緊認真立憲一法，若仍悠忽因循，則國勢日傾，主權日削……。”
慈禧還沒聽完就怒髮衝冠，把彈劾袁世凱的奏章往袁世凱面前一摔，“這麼多朝中大臣都不如你袁世凱嗎？這大清朝就你袁世凱高明嗎？什麼別無良策，你手裡不是有兵嗎？把這些人都殺了不就一了百了嗎？”
袁世凱嚇得趕緊跪附在地下，老老實實被慈禧臭罵一頓。
膽戰心驚地退出後馬上上奏：官制改革需謹慎行事，自己操之過急。
說自己直隸公事積壓過多，需回去處理。准奏後，倉惶跑回天津。
軍機大臣、政務處大臣瞿鴻穖甚得慈禧信任，也是慈禧指定參與改官制的大臣之一。他與袁世凱、奕劻矛盾極深，在討論官制方案時勉強同意，但又另上一道《複覈官制說帖》反對軍機處與內閣合併。他利用慈禧單獨召見的機會，說責任內閣對太后不利，將大權旁落，而這一點最爲慈禧太后擔心、忌諱。
他的話完全說到了慈禧的心裡，意見也特別得到了慈禧地重視。
最後的結果是慈禧大筆一揮取消責任內閣，保留軍機處，在11月6日頒佈了以瞿鴻穖爲主導的新官制。
準備立憲還是要繼續，官制改革方案雖然也有少部分內容保留了下來，但已經面目全非。
君主立憲，歸根結底是對君王個人的權力進行限制，也可以說是用集體決策取代個人專權。
這無疑是政治體制的偉大革命，因爲集體決策總是要比個人專權好很多，也更可靠。
個人可能有發瘋或利令智昏的時候，但一個決策集體都瘋了的可能性要小很多。
可是天下有幾個君王有這樣的高風亮節，這樣博大的胸懷。
這樣的人不能說沒有，如果一個國家能夠遇到，肯定是國家之幸，萬民之幸。
這可以少流很多很多血，也可以使國家免受很大的破壞。
實行君主立憲，除了君王的開明和人品超羣之外，還有一種可能，就是外力的強迫。不是君王自己願意和不願意，而是不立憲不行，沒有別的選擇。
能指望慈禧有這樣的品德嗎？肯定是癡人說夢。至於後者，顯然也沒到火候。
袁世凱離開京城時，他沒和徐世昌打招呼，可能是怕自己牽連到朋友。
回到天津後袁世凱驚魂未定，想起前幾日徐世昌在他身旁經過時，曾經低聲說了一句：“不要鋒芒畢露。”
回顧一下這一段時間，自己也覺得有些忘乎所以了。這樣不行，這樣會給自己帶來禍端的，袁世凱這樣的對自己說。
想想，是不是應當採取一些補救措施？他馬上想起了一件事，立即上奏，呈請辭去身上的所有兼職。很快朝廷下旨照準。
你上奏，人家照準，這應該沒什麼問題？但袁世凱還是覺得很不舒服。兼職太多他有時候是有些煩，也有力不從心的感覺。
但是，這並不表示，他要辭去所有兼職，有些兼職，比如會辦練兵處大臣這個兼職，他就不想辭去。
再說了，這一次也是一種試探，一種姿態。在一定意義上說，也有鬧情緒的成分，想不到真的就照準了。