呂公望就任浙江都督後發表通電：
“雲南、貴州、廣東、廣西各都督、總司令、參謀長暨上海各報館鑑：袁氏世凱背誓食言，殃民禍國，諸公仗義，簡甲興師，攘除奸兇，肅清羣慝，義聲所播，天日爲昭。浙省雖僻在偏隅，誓同護國。獨立既倡，萬衆一心。屈前都督危局支持，心力交瘁，元功弗宰，讓德弗居，軍民同聲，攀援無術。乃責公望承茲鉅艱，自愧菲材，艱勝重任。只以四方多壘，元悉未除，敢惜一身，以誤大局。
“茲於五月六日正式就任。區區之志，誓在搜討義旅，爲國馳驅，期與諸公東西策應，雖歷危險，在所弗辭。事屬同仇，義無反顧。翻雲覆雨，竊所痛心，停戰遷延，尤非所望。諸公首義，必宏遠謨，幸錫南針，共圖北首。枕戈待命，臨電神馳。浙江都督呂公望。魚。印。”
屈映光連軍政.府的都督的名頭都不敢要，他領導的浙江獨立應該也是假獨立。只是被袁世凱這一摻和，浙江的假獨立反倒成了真獨立，實可謂是弄巧成拙。
岑春煊早在四月初旬就已由上海到了香.港，他和袁世凱是一對老冤家，我們知道，在“丁午政潮”的那次惡鬥中，岑春煊是袁世凱的手下敗將。他是反袁的，一直是反袁的，民國後他也還是反袁的，而且加入了國民黨。
二次革命時，曾有傳說，國民黨要擁他爲總統以對付袁，他是真動了心，也滿懷期待。只可惜二次革命失敗得太快，這一次他總算趕上了直接參加倒袁的活動。
兩廣和西南都是他最有人脈的地區，正可以有所作爲，他於是四月十九日由香.港啓程前往肇慶。
岑春煊抵達肇慶後，即由兩廣軍方聯名通電推戴他爲護國軍都司令。五月一日兩廣護國都司令部成立。岑春煊爲都司令，梁啓超爲都參謀，李根源爲副都參謀。
李根源（1879—1965），字雪生，又字養溪、印泉。
清光緒五年（1879年）六月六日，李根源生於雲南騰越。光緒二十九年（1903年），考入昆明高等學堂。光緒三十年（1904年）十一月，入日本振武學堂與士官學校。宣統元年（1909年）九月，任雲南講武堂監督兼步兵科教官，旋升總辦。民國六年（1917年）二月，任陝西省長。民國十一年（1922年）十一月，任北洋政.府農商總長。
民國十二年（1923年），因反對曹錕賄選總統，辭去其國會代表職，隱居吳中。民國二十九年（1940年）春，返回昆明就任雲貴監察使職。一九六五年七月五日，李根源病逝於北京，享年八十六歲。
李根源是辛亥元老，中國近代史上的著名人物，曾參與領導雲南起義，參加“二次革命”、反袁世凱稱帝活動和“護法”鬥爭等革命運動，在修建英雄冢，倡導建設“騰衝國殤墓園”，在昆明“重九起義”、雲南軍都督府建立等作出過重大貢獻。
新中國成立後的一九五零年六月，李根源應中.央.人.民.政.府的邀請，列席政.協全.國委員會第一屆全體會議。後被選爲中國人民政.治.協.商會議全國委員會委員和全國政.協文史資料研究委員會副主任。
一九五九年，李根源將在抗戰期間從蘇州寓所疏散到小王山所收藏的全部古籍、書畫、文物以及故意沉在小王山關廟前小池塘中的唐墓誌九十三方，無保留地捐給蘇州市文物管理會。
兩廣都司令部成立後，岑春煊、陸榮廷、梁啓超等就打算把護國討袁的重心由滇、黔移到兩廣，計劃籌組一箇中.央機構。
五月八日，梁啓超一手籌劃的護國軍中.央機構軍務.院宣告成立，以代行北.京.國.務.院的職權，軍.務.院的組織規則如下：
第一條：軍.務.院直隸大總統，統籌全國軍機，施行戰時及善後一切政務。
第二條：大總統不能親臨軍.務院所在地時，一切軍政、民政、對內、對外事宜，以軍.務院名義行之。
第三條：軍務院置撫軍，無定員。以撫軍議決或同意行其職權。撫軍以各省都督或護理都督、全省以上聯合軍都司令、都參謀及各獨立地方成軍有二師以上之軍總司令任之。凡新取得前項資格者，同時取得撫軍資格。
第四條：軍.務院由撫軍互選撫軍長、副長各一人。撫軍長執行撫軍議決及同意之事項。撫軍得贊襄撫軍長協理一切。撫軍長有事故時，副長攝行職權。撫軍長、副長俱有事故時，得公推撫軍代攝行職權。
第五條：軍務院置政務委員會，由撫軍互選一人領委員長。設各種委員，無定員，分掌外交、財政、軍政、法制各項政務。
第六條：軍務院置各省代表會，由各省都督各派二員列席，以備諮詢。
第七條：軍務院置秘書，無定員，承撫軍長、副長、政務委員之命，掌管機要事宜。
第八條：軍務院遇有關於對內、對外特別重要事宜時，由撫軍之合議或同意得特任專使處理之。
第九條：軍務院所屬各種委員會、各省代表會組織細則，以院代定之。
第十條：軍務院自國.務.院依法成立時撤廢之。
原來擬議中的撫軍長是岑春煊，其後決定推唐繼堯。因爲雲南唐繼堯是護國首義之人，又是實力派，由唐繼堯爲撫軍長更合適些。這樣，岑春煊便出任副撫軍長。
軍務院設於肇慶，唐繼堯遠在昆明，便由岑春煊以副撫軍長代理撫軍長。並推劉顯世、陸榮廷、龍濟光、梁啓超、蔡鍔、李烈鈞、陳炳焜爲撫軍。
撫軍資格規定爲獨立各省都督及軍長以上的實力派，梁啓超則是特殊的例外，是實力派以外的人。因爲是倒袁的首創者，又是護國精神領袖蔡鍔的老師，所以他很自然地成爲軍務院中的政.務委員會委.員.長。
軍務.院直隸大總統，這裡所謂的大總統當然不是袁世凱。大總統不能施行職務時，由軍務院代行，軍務院置各省代表會，由各省都督派代表二人列席。以唐紹儀爲外交代表，王寵惠和溫宗堯爲副代表。
唐繼堯遙任撫軍長後，通電中外，略謂：“迫於時艱，勉膺重任，謹掬血誠，誓以公心效忠國事，一俟大難削平，即當退避賢路。”
蔡鍔是反對設立軍務院的，當五月初旬兩廣籌組軍.務院時徵求滇、黔意見，蔡即覆電認爲目前只須迫袁退位，而由段祺瑞出面主持。“不宜組.織政.府，致招爭權奪利之嫌，而啓南北分裂之漸”。
蔡鍔的想法和當年朱元璋“緩稱王”的思想是相通的。是想明白的告訴世人，他們大家挺身而出反對袁氏稱帝，是爲了捍衛共和，爲了護國，而不是爲爭權奪利。
軍務.院成立後，發表第一號宣言：
“中華民國大總統領海陸軍大元帥一職，依法應由副總統黎公繼任，已由本軍政.府宣言在案。但黎公今方陷賊圍，未克躬親職務。查《大總統選舉法》第五條第二項雲：大總統因故不能執行職務時，以副總統代理之。副總統同時缺位，由國,務.院攝行其職。今大總統身體蒙難，副總統職尚虛懸，國.務.院又非俟大總統任命，經國會同意後，不能組織。
“而軍事正亟，既當求統一之方，至國運方新，尤宜作通籌之計。今由繼堯等往復電商，特暫設一軍.務院，直隸大總統，指揮全國軍事，籌辦善後。軍務院置撫軍若干人，用合議制裁決庶政。其對外交涉，對內命令，皆由本院名義行之。俟國.務.院成立時，本院即當裁撤。除將軍務.院組織條例別行公佈外，特此佈告中外，鹹使聞知。”
軍.務.院各首領就任宣言：
“北京黎大總統，雲南、貴州、南寧、廣州、杭州都督府，瀘州護國軍第一軍總司令部、南寧護國軍第二軍總司令部及護國軍各地前敵總司令，各省將軍、巡按使、巡閱使、鎮守使，各師旅長，各道尹縣知事，暨兩廣各團體、各報館公鑑：
“護國軍軍政.府宣言如下：本軍政.府設置軍務.院，權理軍國重事，業經宣言，並將組織條例公佈在案。今於五月八日組織軍務.院成立，遵照條例，以繼堯、顯世、榮廷、濟光、春煊、啓超、鍔、烈鈞、炳焜等任軍務院撫軍，並往復通電，互選繼堯爲撫軍長，春煊爲撫軍副長，啓超領政務委員長，暫定廣東爲軍務院所在地。
“繼堯因雲南地方職守未能遠離，依條例第四條第二項由春煊攝行撫軍長職權。繼堯等菲德庸才，迫於時艱，勉肩生任，謹掬血誠，誓以公心效忠國事。一俟大難削平，即當退避賢路，皇天后土，實鑑斯言。爲此佈告中外，鹹使聞知。再，浙江都督呂公望，遵依條例應任撫軍，因交通阻梗，電商未復，除專電敦請加入外，合併聲明。雲南都督唐繼堯、貴州都督劉顯世、廣西都督陸榮廷、廣東都督龍濟光，兩廣護國軍都司令岑春煊、兩廣護國軍都參謀梁啓超、護國軍第一軍總司令蔡鍔、護國軍第二軍總司令李烈鈞、廣西護國都督陳炳焜。青。印。”
護國軍軍務院的成立，表示護國倒袁有了統一的領導和協調機構。