李來亨設計的這套新編制，相比於李自成的五營軍制和明清時期的一般軍制，最大的不同就在於輕指揮而重部隊。
明清時期軍隊的一大特點，就是上至督撫、下至遊擊守備，每一級將領都要把最精銳的經制兵或者家丁私兵攥在手中作爲中軍使用。
這種做法的結果就是中軍、親軍兵力強大，而基幹部隊編制則成爲了空架子。在指揮的時候，又會導致各自爲戰、不能如臂指使的情況。
像明軍，在數百人、數千人的戰鬥規模中，往往可以取得相當亮眼的戰績。像是在鬆錦大戰的時候，明軍在小規模戰鬥中往往可以壓倒八旗兵，可是當戰鬥規模擴大到上萬人、數萬人、十數萬人規模的時候，就會一敗塗地。
這一方面是明朝體制中武官升遷的頂峰就是總兵官一級，而總兵官至多能夠指揮萬人級別的戰術兵團。再往上，能夠指揮數萬人、十數萬人規模戰略兵團的就只有督撫文臣，這些督撫文臣欠缺大型戰役的兵團組織能力，手中控制的督標、撫標又不足以徹底壓倒總兵們手中的家丁，結果往往形成各自爲戰的情況，很容易便被清軍擊破。
闖軍本身缺乏高級文人的投效，兵團級指揮官當然全部都是由武將出任。但基於制度慣性，李自成制訂的軍制依舊是強調將領的親軍而忽略基幹部隊，這種做法既是明清軍隊本身封建性的一種反應，也反過來將會強化將領和士兵間的人身依附關係。
軍隊的近代性，不僅反應在軍隊的裝備和技戰術方面，而更多反應在組織和編制方面，但這又是往往被人們所輕忽的問題。
不過輕指揮而重部隊的編制，還需要一整套的配套制度來一起運行，不然李來亨沒有握有一支強大的親軍，豈非成爲光桿司令？
他的做法是由指揮中樞統一掌握招兵、訓練和後勤之責：
後勤不用多說了，白旺的營田使系統、白鳩鶴和張玉衡的支度使系統，已經把財政集中到了帥府；
徵兵問題，則是嚴格禁止各級將領自行招募士兵，而在帥府專門設置招練使（這個職務李來亨是打算安排隨營學堂的保定兵教員李破虜出任），由招練使統一徵兵、統一訓練以後，再把新兵分配、補充到各支部隊中。
谷可成是闖軍元老，又帶來數百骨幹，李來亨不可能讓他屈居於高一功、郭君鎮等人之下。正好李來亨也想要將自帶部曲的高一功、白旺兩部徹底消化掉，所以他便決定白旺繼續擔任都營田使，脫離一線部隊，由高一功和谷可成兩人擔任左右果毅將軍。
高一功自己的部曲路應標、馮養珠兩支兵馬，則從高一功的親軍中抽出，由招練使補齊兵力以後，設置爲前營的第三和第四個步兵標。
李來亨自己信手疾書下一份更爲直觀的編制表，又把帥府的各級屬官也添加進去，總體如下：
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奉天倡義營湖廣節度使/前營制將軍：李來亨
帥府屬官：掌書記方以仁、都營田使白旺、支度使白鳩鶴、支度副使張玉衡、招練使李破虜、懇德記總掌櫃蕭維崧、紅隊管隊嚴薪
湖廣節度副使：高一功
左右果毅將軍：高一功、谷可成
四個步兵標：郭君鎮、苗裡琛、路應標、馮養珠
三個騎兵標：郝搖旗、艾卓、馬寶
一個炮兵標：李世威
一個親兵標：張皮綆
總兵力約二萬人。
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爲了推行由招練使負責的統一徵兵、訓練體制，闖軍的行政骨幹缺口就更大了。李來亨忙得焦頭爛額，一天裡大半時間都泡在隨營學堂，所以他對谷可成帶來的這數百闖軍骨幹，才感到如久旱逢甘霖，一下子緩解了自己的許多困難。
畢竟統一徵兵體制，絕非一聲令下，就能完成改制。它要求闖軍將自己的行政觸手下沉到鄉鎮村墟一級的基層當中，這樣纔能有效汲取地方上的人力資源。
爲了方便推行新的統一徵兵體制，李來亨是將它和營莊制捆綁起來推行的：
第一點，裁撤明朝原來獨立於省府州縣以外的衛所體系，使地方行政系統一元化，讓營田管理系統與地方行政系統逐步融合爲一（當然現階段還存在極大的軍管色彩）。明朝的衛所軍制早已腐朽不堪，成爲了拖累行政效率的一種負面資源，將其徹底裁撤，減少行政管理的層級，既便於推行營莊新法，也便於進行統一的徵兵管理；
第二點，劃分徵兵軍區，營莊新法的推行已經大大強化了闖軍對湖廣地方的控制力，而且“營莊”本身已經在自然村的基礎上區劃出了比縣級更基層的行政管理區劃，徵兵軍區可以直接沿用營莊的行政區劃；
第三點，統一後勤，提高士兵待遇。士兵的具體生活待遇，李來亨是同方以仁還有闖軍許多老兵老將，一起協商了很長時間才暫時定下一個標準：士兵每月口糧爲米三鬥、生活津貼爲銀一兩，家屬每月口糧米一斗半、生活津貼爲銀五錢，騎兵和炮兵還有另外的專門費用。
徵兵新法和營莊改制同時推行，闖軍在財政和人員方面都面臨着空前的壓力，光是一年的糧餉支出估計就要有十萬石之多。
所以李來亨才急匆匆用“公私合營”，來從黃麻士紳身上再剝一筆錢出來。
“夾袋無人啊，即便谷可成帶來幾百骨幹來幫忙。可是營田使系統、招練使系統，都要吃掉一大堆人。這邊闖軍還要擴軍到二萬人，各級將領又很吃緊，到處都缺少人手，就算把一個人拆成三瓣使用，都嫌不夠啊！”
李來亨心煩氣悶，他讓張皮綆去把方以仁叫來，自己手下可以商討事宜的籌劃之士數量確實過少。
爲了便於帥府的辦公，帥府屬官大都居住在這附近，所以沒一會兒的時間，方以仁便匆匆趕了過來。李來亨叫他入座，先喝了兩口茶，才問道：“樂山，闖軍連連擴軍，糧秣餉銀方面壓力大不大？我們總要量力而行。”
糧秣餉銀這些具體事務主要是由都營田使白旺、支度使白鳩鶴、支度副使張玉衡三人負責，但是方以仁作爲執掌機要的掌書記，對各方面的情況也都瞭然於胸，所以他馬上就能井井有條地爲李來亨分析了前營各部的後勤狀況。
“稟告府主，各部糧餉尚不缺少。現在最大的問題，一是銃炮、盔甲製造之費居高難下，支度使所轄的百工衙和軍器院都很缺少有經驗的工匠，刀槍盔甲還好一點，鳥銃、火炮的製造就特別困難。”
“咱們還是草臺班子，到處都缺人，只能先咬牙應付一陣子。”
李來亨一想到幹部問題就頭痛欲裂，現在闖軍攤子鋪得太大，營田系統、徵兵系統、軍隊系統，哪裡都缺人。相比較營田、徵兵、軍隊的重要性，裝備製造這塊只能往後排一排，所以人力資源的缺口也就最大。
他之前還曾經指示過白鳩鶴，要求軍器院優先把紅夷炮和鳥銃仿製出來，好推行闖軍武器的標準化。沈莊軍曾經從廣東那邊採購來一批自生火銃，也就是燧發槍，李來亨原先還想仿製自生火銃，但技術難度太大，只好先退一步。
可是現在看來，軍器仿製問題重重，最大的問題就是人手不足。
方以仁接着說：“除了軍器問題外，第二點問題就是水利之事。”
“水利之事？”李來亨揮揮手，連連搖頭道，“我自然知道湖廣水網密佈，水利對於農耕的重要性。可現在丁啓睿、左良玉即將回楚，哪裡有多餘的精力去興建水利？樂山，你怎麼這樣分不清楚輕重？這種事情只能先往後放一放呀。”
方以仁苦笑道：“府主有所不知，近年來湖廣一帶本就多有旱澇之災。每到二三月間，長江冰雪消融，水位都會大大升高，眼看春汛在即，我們若不多做準備，恐怕這段時間來對德安府、黃州府的經營，都會被洪水衝成白地。”
啊！
春汛洪水……李來亨心中痛罵自己怎麼會忘了這麼一件事，湖廣還算好，但是黃河啊黃河，河南的桃花汛可比湖廣這邊嚴重多了。
現在汪喬年敗死、左良玉兵敗回楚，河南只剩下開封一座孤城。如果開封督撫，按捺不住，利用桃花汛決堤灌水，闖軍主力很有可能遭受重大損失。
更糟糕的是，如果開封督撫向後世歷史上那樣成功決堤，把河南變成黃泛區，那中原闖軍在河南的經營就將全部成爲泡影，李自成也只能南下湖廣就食。
於公來說，李來亨不可能坐視闖軍因桃花汛遭遇重大損失，使得開封被洪水淹沒；於私來說，如果河南糜爛成黃泛區，闖軍全部到湖廣就食，李來亨也難以供給。
他心中大急，立刻便叫來谷可成，讓他派人返回河南，一定要提醒李自成，萬萬小心開封官紳在狗急跳牆之下，挖開黃河大堤，將河南化爲黃泛區。