南京的孫傳庭知道這消息後，頓時大怒，在內閣會議上痛罵了一頓左良玉。不過他並沒有驚慌失措，因爲對這事早有佈置。他馬上以朝廷的名義起草了份討伐檄，並在通報曹越後，調留守江一線的三個近衛師，沿江西進，準備討伐左良玉。
衛戍南京的兩個近衛師並沒有動作，依然駐囤南京。
隨後，大明朝廷向天下廣發勤王詔令，要附近的鎮軍不得與左良玉苟合，並將左良玉所領的湖北軍視作敵人。詔令中同時勸誡湖北軍的將士，不要做出大逆不道的事，如果他們不追隨左良玉叛亂，迷途知返，朝廷不會責他們的罪。但要是繼續和左良玉一條道走到黑，那定嚴懲不怠。
曹越在收到消息後冷笑一聲，馬上就傳令已經待命許久的紅娘子部，依計劃向湖北進軍，準備消滅左良玉部，同時傳令留守南京江北的幾個近衛師，狠狠打擊左良玉部，在最短的時間內平定叛亂，決不能讓左良玉的叛亂禍及更多地方。
曹越同時傳密信給南京的孫傳庭，要他密切注意朝堂上衆官員的動向，防止朝中官員暗中支持左良玉。他再令錦衣衛的常延齡、曹超等人，嚴密監視南京城內的一舉一動，避免有人趁機作亂。他再給錢謙益、呂大器、方以智等人密令，要他們發◆◆◆◆，≦.≮.ne≧t動東林黨、復社成員，羣起聲討左良玉的叛亂。
雖然說以前的周皇后現在的周太后及小皇帝朱慈炯的身份南京官員基本沒有懷疑，但左良玉打出了“清君側”的旗號，說朱慈炯是假冒的，周太后是被曹越所迫，那就必須要做出應對，掌握天下言論，避免不明真相的軍是被左良玉蠱惑，南京城內的言論必須要控制。東林黨和復社的作用也要發揮出來。還有，周太后及那些有幸逃出北京的皇室成員，還有朱媺娖這些最能證明朱慈炯身份的人也要站出來表態。儘量孤立左良玉。
《大明近衛軍報》也要用更多的版面報道這件事，將左良玉那些見不得人的事都報道出來，並隱指其得到建奴的支持纔有膽量造反。
“大明王師與建奴正在聊城血戰，逆賊左良玉竟然趁機作亂，與建奴苟合，甘願與吳三桂、唐通等人同流合污，妄圖將大明江山獻與外虜，幾萬萬大明軍民定不會答應。所有有血性的大明軍民。拿起你們手中的武器，以最大的決心、飽滿的信心與一切反明反力做鬥爭!”近衛軍報大大的紅字檄將軍方的態度完全表明，許多人正是看到了軍報的檄，被裡面的內容鼓動，加入大明近衛軍的行列。
在曹越率軍北伐後，大明近衛軍的募兵工作一直在進行，規模還在不斷擴大。短短一個半月之內，就募集了近十萬新兵。這些新兵，都是精心挑選出來。只方面都不錯的青壯年。他們也在第一、第十兩個近衛師所派出一部將士的帶領下，開始了新兵的訓練。三個月的新兵訓練後，他們將被編到新組建的近衛師或者前面那些近衛師中。
爲了戰爭的需要，曹越的計劃是募集三十到五十個近衛師。將大明的軍力擴展到近百萬人。百萬人的軍隊是不可能一下子就擴編完成的，必須一部部來。最初十個近衛師的編制是第一批次的募兵成果，第十一到第二十近衛師的編制，曹越準備在北伐結束後組建完成。
北伐的過程中。募兵計劃並沒停止，這一方面是爲了應付戰爭的需要，萬一前方戰事不利。或者損耗很多，那兵員可以源源不斷地補充。另一方面，萬一戰爭很快就暫停，那募集後開始訓練的這麼新兵，與其他老兵混編後，很快就可以成軍，不至於延緩軍制改革的步伐。
左良玉起兵反叛後，繼續擴大募兵規模朝中肯定不會有人反對。
多爾袞也很快就收到了左良玉起兵作亂的消息。
鼓動左良玉造反的計劃實現了，多爾袞也終於鬆了口氣。
戰爭依然進展不順利，這段時間多爾袞採取各種辦法，對明軍陣地發動攻擊，但收效甚微。天也下雨過，但多爾袞失望地發現，大雨並沒給明軍造成很大的麻煩，明軍的火槍和火炮依然能在大雨中使用，這讓他非常不解。不過他也明白，明軍肯定改進了火炮和火槍的製造工藝，在雨天時候能方便射擊。明軍的彈藥好像消耗並不多，連續十幾天的攻擊下來，他們的火炮和火槍射擊依然非常密集，這讓多爾袞憂心忡忡。
大清軍隊已經付出了至少五萬人的代價，雖然他們在攻擊時候曾取得了一些戰果，但戰果都是非常小，據估計明軍的損失最多不過幾千人。這些戰果並不是主陣地上收穫的，而是多爾袞派出偏師，偷襲大明的運輸車隊而得。
運河上的戰船，他們沒有攻擊得手，倒是通過陸路運輸的車隊被他們幾次攻擊得手，繳獲和毀壞了明軍的一些彈藥和糧草。不過從總體數量上來看，明軍的這些損失，基本可以忽略不計，幾千石的糧草、幾千斤的彈藥，並不會對明軍造成什麼麻煩。
大清的精騎，想盡辦法都沒辦法突破明軍以火炮、火槍和火藥組成的防線，多爾袞的自信心嚴重地下降。他不得不下令暫緩大規模的攻擊，只派小股人馬對明軍襲擾，同時派出人馬，向山東、北直隸、山東一帶百姓徵糧。這次徵糧，也不再打着滿漢友好的旗幟，而是公然搶掠了。這是沒辦法的辦法，大清軍隊的口糧將要用盡，再不想辦法籌集糧食，將士們都沒東西充飢了。
局勢讓多爾袞非常頭疼，他清楚，想取得戰爭的勝利，沒有意外驚喜出現是不可能得到的，除非停止征伐流寇，將全部人馬召回來對付明軍，但這又不是他期望的。左良玉叛亂，讓多爾袞覺得，意外終於來到，他馬上嚴令各部，準備發動對明軍的再度攻擊。
多爾袞認爲，曹越收到左良玉部叛亂的消息後，肯定會退兵。畢竟左良玉部有幾十萬人，明軍留守南京的兵馬不過數萬，曹越不可能兩線作戰。
明軍退出主陣地，通過陸路和水路往南京撤退，火槍和火炮的威力肯定不能完全發揮，大清軍隊可以趁此機會，給明軍以狠狠的打擊，說不定能一戰扭轉局勢，反敗爲勝，徹底解決殘明。
在多爾袞的命令下，原本與明軍對峙的建奴，準備在明軍退兵的時候，傾全力尾隨攻擊。(。)