幾乎所有人都相信，這份《大明中央改制議》出自荊州的手筆，基本上與鄭鴻逵、鄭夢帆等大商人無關。
《大明中央改制議》首先旗幟鮮明地聲明，大明一切土地、山林、礦藏均歸大明皇帝陛下所有，大明皇帝陛下受命於天，對大明子民進行管理。
爲了協助大明皇帝陛下對帝國進行治理，成立大明內閣，大明內閣設內閣總理一名，閣幕使九名。遇有重大事宜，內閣可召開閣幕擴大會議，成員由大明從二品以上官員組成。
內閣對皇帝陛下負責，權力來源於皇帝陛下的授權。
內閣之下，設中書府、監察院、大理寺、光祿院、樞密院等機構，首腦除了光祿院以外，均由內閣總理任命，在內閣的領導和監督下開展工作，分別執掌大明行政、監察、司法、顧問、軍事等權力。
中書府之下，與前段時間的地方改制相對應，成立主管禮法、職官、稅收、工商、工程管理、教育……等等功能相同的職能部門。
樞密院將大明兵部的權力一分爲二，作戰指揮權歸屬參軍聯席署，其餘權力由樞密院設立的後勤司、軍政司等等部門瓜分。這與楊一仁的奏章並無不同。
……
上述機構設置，基本上與荊州現有的中樞機構差不多，即便有所改動，亦非根本性的改變。最爲關鍵的地方在於，內閣如何產生，如何協助皇帝陛下對帝國進行治理。
這涉及到皇帝陛下的權力大小，任何改制，都無法繞過這個難點。
《大明中央改制議》提出，內閣總理由閣幕擴大會議推舉產生，然後由皇帝陛下任命。
這點最爲關鍵，意味着內閣總理與皇帝沒有多大關係，只是象徵性地保留了任命權。
內閣總理產生以後，監察院、大理寺、樞密院長官由內閣總理任命，自動成爲閣幕使，其餘六名閣幕使亦由內閣總理任命。
……
這套制度，顯然爲林純鴻量身打造，若真付諸實施，整個中央大權將由林純鴻一手把持，直到林純鴻死去，或者不願意繼續擔任內閣總理爲止。
朝堂之上，許多官員見朝廷大勢已去，紛紛通過門生故舊與荊州接觸，希望先行投靠，在新的政權內找到自己的位置。北直隸、山東、山西、河南各地地方官僚，有的暗通款曲，有的公開宣佈支持《大明中央改制議》，甚至有的急不可耐，宣佈實施地方改制，公開請求林純鴻派出官員協助。
軍隊方面，洪承疇麾下軍官、王繼謨麾下軍官、黃得功、孫應元等等保持沉默，不發一言。至於地方守備軍隊，則沒有什麼操守，一些投機將領公開宣佈支持楊一仁的軍隊改制決定。
最爲轟動天下的是，吳三桂、祖大壽一幫遼東武將不知吃錯了什麼藥，不待與林純鴻接觸，公開宣佈關遼兵支持楊一仁的軍隊改制決定，並決定主動進行改編，將關遼兵改編爲三個軍團，成爲遼東野戰軍的一部分。
最後，連內閣首輔周延儒也坐不住了，一連數日不上朝，還秘密派人至天津，試圖與荊州接洽。
京師一片惶恐，人人在思考後路。一些兵痞、官痞、地痞見京師統治秩序逐漸喪失，無不趁勢而起，試圖在混亂中大撈一筆。
京師的治安岌岌可危，搶劫、殺人隨處可見，隨時都會陷入崩潰中。
一旦京師崩潰，荊州軍將藉機進入京師維護秩序，到了那時，朝廷就喪失了任何籌碼，任由林純鴻擺佈。
歲寒知松柏，危難見忠心。
關鍵時刻，陳奇瑜挑起了大梁，以霹靂手段整治京師治安，消除了荊州軍藉機進城的隱患。
鑑於朱由檢失了方寸，幾乎陷入瘋狂的境地，陳奇瑜拼命穩定朱由檢的情緒，詳細分析了當前的局勢，拿出了現實可行的方案。
朱由檢在陳奇瑜的安慰之下，恢復了理智，按照陳奇瑜的方略，下令召回禁衛軍團和靖國軍團，同時利用荊州軍尚未封鎖通州至京師道路的時機，拼命在京師聚斂糧草和軍輜，做好萬全準備。
陳奇瑜非常現實，直接向朱由檢言明，軍事手段不足以依賴，當前唯有將光祿大夫們請到京師，以民意作爲最大的憑仗，阻止林純鴻奪取權力。
朱由檢憤恨、惶恐之下，哪裡能有什麼主意，如同木偶一般，聽從陳奇瑜的建議。
……
崇禎十五年正月二十，吳三桂、祖大壽宣佈對關遼兵進行改制。此舉遭到了朝廷及林純鴻雙方面的斥責，令兩人立即停止小動作，不得隨意變動軍隊編制。
兩人的企圖，林純鴻及陳奇瑜一目瞭然，即打着改制的旗號，徹底將關遼兵變成他們的私兵。無論是林純鴻，還是朝廷，皆不能容忍兩人的倒行逆施。
嚴厲斥責吳、祖兩人後，林純鴻決定在天津成立天津武備學堂，爲北方即將到來的軍隊改制培訓軍官。
林純鴻還宣佈，今後，宜都、天津武備學堂不再從社會上公開招募學員。所有有志於成爲軍官的士兵，在服役滿三年後，均可報考武備學堂，通過選拔後，進入武備學堂學習。學習期滿，通過考覈後，方可成爲正式的軍官。
以後，武備學堂將成爲軍官的唯一來源。
此舉，一下子斬斷了吳三桂、祖大壽建立私兵的可能。鑑於關遼兵糧草、軍輜都不能自給，吳三桂、祖大壽不得不停止了小動作。
崇禎十五年二月初十，朝廷宣佈，召集所有光祿大夫進京，共商國是。
黃宗羲、顧炎武、堵胤錫等一幫舉人進士接到召集令後，毫不猶豫地進京，一個不落。而鄭鴻逵、鄭彩、鄭夢帆、洪齊雲等光祿大夫則向林純鴻請示，得到林純鴻的同意後，也紛紛放下手頭的生意，來到了京師。
陳奇瑜、李紹翼馬上與黃宗羲、顧炎武、堵胤錫等有功名等光祿大夫接觸，聲淚俱下，擺明了朝廷面臨的嚴峻形勢，聲稱唯有光祿大夫方能延續大明，阻止林純鴻憑藉武力作威作福。
黃宗羲等人贊同陳奇瑜的判斷，他們議來議去，認爲當前中央已經無法阻止林純鴻獨攬大權，與其使用蠻力對抗，還不如同意進行中央改制，從制度上着眼，限制林純鴻的權力。
陳奇瑜、黃宗羲等人目光如炬，首先將內閣總理如何產生，列爲了焦點。他們認爲，內閣總理產生，可有幾條方案，一是由皇帝陛下直接任命；二是由閣幕擴大會議推舉；三是由光祿院推舉。
皇帝陛下任命顯然不可行，畢竟，從萬曆年間開始，內閣輔臣由閣推產生，皇帝接受閣推的事實而已。現在，再退回一步，當然不可行。
由閣幕擴大會議推舉產生，雖然比閣推更具有廣泛性，但是，如果內閣總理一旦上臺，從二品以上官員幾乎都由內閣總理任命，那麼，只要內閣總理願意，他就可以一直當下去，直到死爲止。
這顯然是隱患，應該拼命反對。
如果內閣總理由光祿大夫推舉產生，這個問題顯然可以避免。畢竟，光祿大夫不得擔任官職，與內閣總理任命的官員絕無關係。
而且，黃宗羲、顧炎武等人還認爲，內閣總理應該以五年一個任期，期滿後，由光祿院再進行推舉。
這是焦點問題，陳奇瑜、黃宗羲等人使出渾身解數，試圖讓皇帝、林純鴻都同意他們的方案。
當朱由檢見到這個提議後，一下子拋棄了所有幻想，變得萬念俱灰。
朱由檢現在終於明白了，光祿院壓根就沒有任何擁護皇帝陛下的意思，他們所做的一切，只是代表士大夫階層向林純鴻討要權力罷了。
至於皇帝，只是他們拿出來向林純鴻討價要價的本錢而已！
殘酷的現實，讓朱由檢徹底失去了活下去的願望。當晚，朱由檢在宮中試圖上吊自殺，被敏銳的曹化淳阻止。
曹化淳勸告朱由檢，禁衛軍團、靖國軍團大部分軍官來源於京營，足以信任。禁衛軍團業已抵達京師外圍，靖國軍團不日就要抵達京師，何不等兩個軍團部署到位後，讓林純鴻知曉魚死網破的慘重代價呢？
朱由檢覺得曹化淳說得有理，恢復了少許信心，對陳奇瑜、黃宗羲提出的方案不置可否。
陳奇瑜、黃宗羲等人並不知道朱由檢心思的變化，開始集中精力去說服林純鴻。
黃宗羲非常委婉地向林純鴻提出，如果按照閣幕擴大會議推舉產生內閣總理的方案，林純鴻在世時，並無多大不妥，一旦他年老或者歸天，這個體制如何防止平庸的內閣總理掌權一輩子？如此一來，最終禍害的只是黎民百姓，甚至還會將整個華夏文明帶入萬劫不復的境地。
黃宗羲還向林純鴻承諾，一旦林純鴻認可內閣總理由光祿院推舉，他和顧炎武、堵胤錫一道，說服所有光祿大夫推舉他成爲內閣總理。
林純鴻斷然拒絕了黃宗羲的建議。