韋昌輝把石達開留天京的一家老小全部殺光，在城內集結了一萬多人控制了天京城。
憤怒的石達開到安慶調兵，起兵四萬討伐韋昌輝，他上奏天王洪秀全，一定要“韋昌輝之頭”，並宣稱“如不得其頭，即班師回朝攻滅天京”。
韋昌輝聽到天京城內的一些不利流言，知曉洪秀全把這場天京城內的大屠殺責任都推到了自己身上，他大怒，去天王府見洪秀全，洪秀全卻閉門不見他。
“既然天王不仁，就別怪我不義。”見城外的很多太平軍也支持翼王石達開，天京形勢分外緊張，韋昌輝還不願意承認自己的失敗，負隅頑抗，他不相信石達開有能力攻下固若金湯的天京城。
那天黃昏，韋昌輝在天京城上巡查，望到天京城外的報恩寺古塔，這高高的塔樓在夕陽中格外刺眼。
韋昌輝深恐翼王石達開憑藉報恩寺古塔以作攻城炮壘，這樣的話城樓便在火炮的射程之內，於是他立即下令毀之。
於是，一隊上百人的太平軍將士手捧韋昌輝的將令，出天京城南聚寶門，直奔長幹橋南，進入在戰火中早已殘破不堪的大報恩寺，將運來的炸藥與易燃物品裝入仍巍然矗立着的那著名的琉璃塔內。
大報恩寺的住持聽說太平軍要毀古塔，下跪求放過這佛家寶物，但是被領頭的軍官一腳踢開。
旋即，只聽轟然一聲巨響，整個琉璃塔都陷入濃煙烈火之中，這座被視爲中古建築奇蹟的輝煌建築迅速倒塌，從此化成了一片瓦礫廢墟。
太平軍又像強盜一樣縱火燒塔，那場熊熊的大火，在天京城南聚寶門外燃燒了幾日幾夜。
第二天，韋昌輝在街頭巡視，發現天京城裡軍民中流傳起“寶塔拆、自相殺”的民謠，他大怒，下令把傳謠的人抓起來嚴刑拷問，結果讓他大吃一驚：這些傳謠的人，竟然都是天王的人。
“混蛋！我還真是小看了裝瘋賣傻的洪秀全！”韋昌輝有一種徹底被洪秀全玩弄的感覺，他陷入了一種絕望的憤怒之中，一個更瘋狂的計劃在他的腦海中浮現：血洗天王府！
而在天王府的寢宮，那一晚燈火輝煌，洪秀全三年來唯一一次不讓女人陪睡。
這一晚，洪秀全覺得需要思考的問題很多，眼下最爲重要的，是他要在北王韋昌輝和翼王石達開之間選一個。這個選擇很重要，一旦選錯，他將會有性命之憂。
作爲天國的最高領袖，洪秀全絕對不是一個無能的人，只是他不願意過問世俗的朝政，以至於所有王都低看了他的權謀，包括東王楊秀清！
天國最高的權力，誰敢覬覦，洪秀全是決不會心慈手軟的。洪秀全從來不喝酒，就是爲了讓自己時刻保持清醒，確保刀把子拿在自己的手裡！
那晚，洪秀全想了很多，他起身，想起自己三年前進入南京城的樣子，當時他身着黃龍袍，腳蹬黃龍履，坐在金碧輝煌的轎輦上，由六十四個轎伕肩扛着，從紫金山下破開的太平門進入南京城中，城中百姓被勒令拜倒在道路的兩旁迎接。轎車輦上，手扎的五隻白鶴迎風飄擺。三十二位女官手持黃羅傘，身跨高頭馬，簇擁左右，那是多麼威風。
但實際上，這風光的進城背後，背後也有權力鬥爭的暗流涌動。
洪秀全想起臨進城的頭天晚上，他召衆“王”集中議事。進城是大事，東王楊秀清、北王韋昌輝、翼王石達開等都到場了，喜慶的酒宴還沒有結束，負責前衛的秦日綱從身邊小卒那兒獲悉：聚寶門的甕城裡全部被安排了東王的親兵，如果東王想取而代之，那是最好下手的地方。
秦日綱私下告訴了洪秀全這個秘密。但他的話剛出口，就被洪秀全一個耳光扇過去，打得嘴裡當場掉下兩顆血牙！這讓秦日綱丈二和尚摸不着頭腦。許久，洪秀全才嘆道：“進城原圖諸王都能快活享受榮華和女人，何人有此念頭？那金田揭竿又何必？”
說罷，洪秀全揮揮手，讓秦日綱下去，並囑：“不得再言。”
最終，東王楊秀清權衡再三，沒有讓人動手，他認爲洪秀全好色，壽不會太長，自然過渡更爲妥當。
實際上，楊秀清也沒機會動手，進城頭天晚上，洪秀全舉行入城前夜的酒宴，宴後早早入營帳了，但燕王秦日綱、北王韋昌輝等王突然過來圍住東王楊秀清一直喝到三更，那場危機就那樣過去了。
如果說東王楊秀清有謀反企圖，其實早就可以實施了，但他一直沒有，洪秀全入城後的手段，起了很大作用。
比如入城後的第一場朝議，東王主持，然後呈天王洪秀全決定。平時，大家都是諸王分坐兩邊，中間是洪秀全一人坐，但那天的天王府大殿上，第一次朝議卻並列排放着兩把椅子。洪秀全到了自己座位上，沒有立刻落座，而是對楊秀清伸出手，兩手張開相邀：“東王勞苦功高，應該與我平起共坐！”
東王楊秀清詫異，但諸王無人表態，他處於尷尬之境了。倒是翼王石達開說話了：“天下兩王共朝之事，從未見過。”
洪秀全大度地說：“朕爲天子，東王爲上帝派之使臣，與朕可同坐而語。”
諸王見天王這麼說，便也沒人再說話。聰明的楊秀清不但沒去坐，也根本不想去坐。那把椅子很快撤掉了。
洪秀全自己真的不想看到諸王兄弟之間的權力鬥爭，權力是毒藥，能毒死別人，也能毒死自己。定都南京後，洪秀全滿腦子確實只想當一個享樂的昏君。所以他用一萬人造了供他享受的豪華宮殿。外爲太陽城，內爲金龍城。自金龍殿到最後面的三層樓，共九進，表示九重天庭之意。牆壁用泥金彩畫，地面鋪大理石，門窗用綢緞裱糊，棟樑俱塗赤盎，柱子飾上彩色的鳥、獸、山水風景的圖案。裡外雕琢精巧，金碧輝煌。大門上的對聯是洪秀全自己所撰：“予一人乃神乃仙乃文乃武，衆諸侯自西自東自南自北。”
所以洪秀全才多妻縱慾，廣置嬪妃。到南京以後，蒙得恩爲他選美，每逢他生日，就送上美女六人。不只在南京選，還從江蘇其他佔領區選拔美女送到天京備選。在洪秀全看來，衆多妻妾以供盡情縱慾，是他做天王應有的一項重要享受。那麼多的妻妾，只做他盡情發泄的馴服工具。所以，她們沒有級稱，不用名字，而只是數字化地依次編個號碼，比如第三十妻、第八十一妻。這可能是中外史無前例的創舉。
江寧是江南的重鎮。早早就被洪秀全內定爲皇都，那是他在年輕時到過的最令他神往的城市。但沒有人知道，令他神往的正是他在夫子廟前那條河邊的豔遇，他深深地記住了江南女子的水性與肌膚！這事兒，洪秀全對無話不說的馮雲山提過，並且說，造反成功不成功都得到江寧去坐一坐，再嚐嚐那味道。馮雲山堅決反對定都江寧，但出於什麼原因，馮雲山直到死沒有說。
洪秀全是想自己給諸王做個榜樣，兄弟們一起住豪宅，睡美女，這樣多好！這不就是權力的本質和意義嗎？不然，權力有什麼意思？可惜楊秀清不懂洪秀全的這片苦心，韋昌輝也不懂，石達開也不懂。
“夢寐以求的富貴就在眼前了，兄弟卻相殘了，那當初何必一起拼了命造反呢？”想到這，洪秀全對月長嘆。
權衡利弊，洪秀全覺得，借韋昌輝殺石達開的計策落空，自己得清理門戶了，表現一下自己的“正義的姿態”。
經過長期的背後運作，洪秀全覺得自己在天京擁有了不少的支持者，韋昌輝的名聲臭了，他得到了衆多的同情和憐憫。他感覺，是到了自己以“有道”伐“無道”的時候了，洪秀全把天京所有的惡都算到韋昌輝的頭上，韋昌輝便成妖了，成了人人唾棄而欲殺之的“北妖”！
夏曆十月初五，洪秀全親自帶兵三千，借城外翼王部屬的聲勢，向亂黨韋昌輝的部下發起進攻，宣佈選擇支持翼王石達開，討伐逆賊。
這一下，倒是燕王秦日綱尷尬了，他是忠於天王洪秀全的，但血洗東王府和翼王府，在城內胡亂屠殺，他都有份。
眼看洪秀全的大部隊就要殺到了，怎麼辦？秦日綱覺得自己的部下只能出城了，他抽劍朝天一指：“本帥今日奉詔出城，誰敢抗拒，格殺不論！朝前方衝啊！”說時遲，那時快，秦日綱一勒馬，馬仰天長嘶，他帶人朝城門奔去，就這麼跑了。
而韋昌輝沒有辦法，他只好硬着頭皮造反了，率兵殺向天王府。正午時分，隊伍到了天王府前，韋昌輝原本猜測，天王府前一定已經亂成一團。他的隊伍到了那兒，突然發現路上沒有一個人，整個街上清清爽爽連片樹葉都沒有！
“不好，天王早有準備！”韋昌輝感覺到，自己再一次低看了洪秀全，下令撤兵。
但爲時已晚，洪秀全率三千人殺出，韋昌輝根本無力抵抗，到了最後，死命追隨他的人員只有200餘人。
洪秀全穿着龍袍，威嚴下令：“北王部屬，格殺勿論！”
很快，北王的所有隨從也全部被殺死，韋昌輝被活捉。
韋昌輝被活捉後，洪秀全歷數韋昌輝的十大罪，並說：“你知錯了嗎？”
韋昌輝哈哈大笑，回答洪秀全：“我這一輩子做得最錯的事，犯的最大錯誤，就是小看了你！”
“沒有朕，諸王也什麼都不是！所以你們都死了，朕也不會死，這就是天命！”天王洪秀全笑了，咬着發黃的牙齒，下令將韋昌輝五馬分屍，並割下他的首級送到翼王石達開的軍中，以接翼王石達開回京。翼王的父親韋元玠及全家老小也全部被天王洪秀全殺了。
爲了一泄天國所有軍民的憤怒，天王洪秀全再次下令:“將韋昌輝的屍體剁成肉塊，每塊兩寸見方。懸掛在天京城內格柵示衆，上面標明:“北奸肉，只准看，不準取！”