曾紀澤拿下蘇州，並沒有聽程學啓的建議殺掉投降的八王，殺降不仁，他不想敗壞名聲，而且這樣只會做不僅會激怒戈登，還會讓剩下的太平軍寧死不降。蘇州城里根本沒有二十萬之衆，能有戰鬥力的不過三四萬人。曾紀澤利用他們去收復蘇南剩下的失地，截殺李秀成的大軍。
此時的李秀成，自率大軍二十萬西進，抵達巢縣，隨後向無爲發起攻擊，準備打開皖北防線的缺口，然後迅速向西線推進。然而他的前鋒部隊打下江北幾座城池和要塞之後，並沒有保持氣貫長虹的氣勢繼續進攻，反而在皖北停滯不前。因爲曾國藩早就得到情報，四處調兵，三個月內，他已經調集了一萬餘湘軍開到無爲到廬州一線，組織了一道堅固的防線。
李秀成初攻受挫，決定加強攻擊力度。1863年4月24日，李秀成命令太平軍在無爲城外，修築了一百多座營壘，將無爲團團圍住。無爲徹底成了一座孤軍，陷於太平軍的汪洋大海之中。
如果對無爲戰事不作爲，無爲就一定會落入李秀成之手，皖北防線就會被撕開一道口子，到時候太平軍**，湖北將無法收拾。曾國藩決定從江南抽調湘軍，增援無爲。當時江南湘軍主力，只有鮑超、彭玉麟和曾國荃。鮑超被江南的三支游擊隊輪番襲擾，無法脫身，曾國荃的吉字營則忙於圍攻南京。剛好此時曾紀澤已經攻下蘇州，曾國藩讓他率軍支援無爲，還從彭玉麟的水師裡調了精兵五千，和曾紀澤一起北上。
曾紀澤和彭玉麟深知此舉事關重大，率部乘坐軍艦，晝夜不停地趕往無爲，挽救了危在旦夕的無爲。
李秀成見曾紀澤和彭玉麟的大軍趕到，從無爲撤軍，繼續北上打廬江。但是曾紀澤和彭玉麟的水師很快又趕往廬江。
李秀成的部下傷亡不少，卻又沒打下，再換個地兒繼續打舒城，還是打不下來。
李秀成於是下令再換個地，打六安，他下了死命令，必須打下六安！
六安已經是李秀成攻打的第四座城市了，從打無爲算起，太平軍已經打了快兩個月了。這兩個月裡，由於勞而無功，攻而不克，太平軍沒進過一次城，一直是風餐露宿，連個好好睡一覺的地方都沒有。
如今的皖北，與當年陳玉成在此經營時候相比，完全是兩個世界了。經過這麼多年戰火的洗禮，皖北早就殘破不堪，老百姓那根本就沒有多少糧食，李秀成不但籌不到糧，反過來還要用軍糧賑濟災民，加上曾國藩下令在這裡執行堅壁清野的政策，皖北到處都是嗷嗷待哺的饑民，完全是一幅“白骨露於野，千里無雞鳴”的淒涼景象。
二十萬人集中在這個“千里有饑民”的悲慘世界，實在是一件讓人不寒而慄的事情。再不打進六安，補充一下給養，李秀成的大軍就要喝西北風了。
1863年5月12日，李秀成指揮太平軍，兵分三路三面同時猛攻六安。
曾紀澤把劉銘傳的銘字營派到了六安支援，對他說：“六安城大兵單。偌大的六安城，現有一個像樣的戰將都沒有，只有兩名文官，一個是糧臺道員曾廣翼，一個是知州何家聰。全城兵力就兩個營，充其量也就千把號人。你一定要守住六安！“
“少帥放心，守不住六安，我提頭來見！只要我劉劉麻子還有一口氣在，就決不讓一個長毛進城。”劉銘傳將頭上的辮子盤到了脖子上，信心滿滿地說。
“好！軍中無戲言。”曾紀澤給劉銘傳倒了一杯壯行酒，道：“你可不能死，以後你還要打大仗，幹大事！”
這是一場大硬仗，李秀成親自指揮數萬大軍攻城，數千太平軍甚至曾經把六安東門附近的城牆已經炸開了二十丈，換算出來應該有六七十米。這個缺口已經夠大了，足夠一兩百太平軍並排衝殺進去，這麼多人擠也擠進去了。結果讓人十分費解，衝到缺口的太平軍，還是沒能殺進城去，竟然被堵在缺口的劉銘傳的銘字營給打了出來。
“混蛋，幾萬人，每人拆一塊磚也能把六安滅了！”李秀成大爲光火，下令再次進攻。
“我們的部下已經餓暈了，人再多也是白搭。我們撤吧。”李秀成的部下賴文光勸說道。
“不行，繼續殺！六安都打不下來，還談什麼進攻湖北？”兩天以後，李秀成又嘗試着發動了一次猛攻，結果還是沒能打下來。
劉銘傳率部躲在六安城內，吃飽穿暖，以逸待勞，越殺越勇。而李秀成的太平軍只能在野外露宿，此時正是青黃不接的時候，別說搞什麼燒烤，就連稀飯也成了奢侈品。
已經夠倒黴的太平軍，偏偏又遇到了件更倒黴的事情。天有不測風雲，就在太平軍圍攻六安期間，老天爺也來搗亂，連日下起了大雨，太平軍一夜之間添了不少病號，發燒一大片，流感開始發作了！
這時候的流感是可怕的疾病，一倒就是一個營，成千上萬的部下一夜之間就不省人事，
李秀成開始意識到問題的嚴重性。
曾國藩下令大軍在皖北嚴防死守，只守不攻，湘軍援軍也在源源不斷地向皖北集結。這時，李秀成決定撤軍東返，他不想讓手下將士繼續挑戰野外生存的極限。
1863年5月19日，李秀成從六安撤退，避開清防線，從北面的壽州繞道而行，於6月2日來到天長縣境。
這一路上太平軍不得不繼續接受殘酷的野外生存考驗，偌大的皖北到處是一片荒涼，太平軍只好挖野菜、剝樹皮來充飢，這些還不夠一支龐大的軍隊消耗，有不少將士都餓死在了東返的路上。
一路上太平軍餓死和病死的達數萬人，將近一半的失去戰鬥力，進北攻南宣告破產。
回到天長的李秀成，並沒有迅速採取下一步行動，他想讓部隊休整一段時間。
這時，曾紀澤給曾國荃寫了一封信，讓他趕緊攻打天京。曾紀澤在信中斷言，只要曾國荃一打天京，洪逆（洪秀全）就一定會緊張無比，下旨將李秀成調回天京，到時候湘水師正好半路劫殺他。
曾國荃早就想打了，曾國藩也覺得攻下南京的機會終於來了！
1863年6月13日，蟄伏已久的曾國荃，向雨花臺發動強攻，一舉攻佔雨花臺石城和聚寶門（中華門）外的九座石壘。
不出曾紀澤所料，洪秀全果然被嚇壞了，趕緊擬好詔書，連夜派人送到天長，命令李秀成火速救駕。
李秀成在天長已經待了十二天，他只所以按兵不動當然有他的苦衷，這支部隊的確需要好好喘口氣才行。從2月底到6月初的三個多月時間裡，李秀成拖着一支龐大的兵團，從和州、含山、巢縣出發，途經無爲、廬江、舒城，再到六安、壽州、天長，在皖北兜了一大圈，轉戰千里，頻繁攻城，飢寒交迫，死傷慘重，已經元氣大傷，再也沒有力氣再走下去了。
除了部隊疲乏行軍困難，迷惘也是李秀成滯留天長的一個原因。他早就料到“進北攻南”一定會是一個悲劇。退一萬步說，就算打得順利，也不可能解得了天京之圍。
洪秀全在再版圍魏救趙方案的時候，忽略了李秀成即便順利打到湖北，誰來打敗天京城外的湘軍王牌軍——曾國荃的吉字營？
李秀成不得不面對現實。他需要面對洪秀全的責罵，或者召喚。收到洪秀全的救駕詔書後，李秀成不得不由“進北”變成“攻南”。
李秀成離開天長，率疲乏之師南下趕到江浦，從九洑州渡江來到天京。帶到江北的二三十萬部隊，跟隨李秀成回到天京的只有一萬五千人，其餘隨同北征的將士大都悲慘地死在了過江的途中。
這些勇敢的天國戰士們，沒有死在安徽漫長的征戰途中，反倒在自家門口死於湘軍的截殺之中。
湘軍的截殺是早有預謀的，精心組織這場屠殺的，是曾紀澤！
曾國藩也從前線巡視中產生了大反攻的想法，與曾紀澤的想法不謀而合。
爲了瞭解前線軍情，協調皖北、皖南和天京戰場的作戰步調，調整作戰計劃，曾國藩親自到火線去搞了一次實地調研。
曾國藩的這次前線巡查，持續了整整四十天，從大本營安慶出發，一路向東，先後視察了池州、蕪湖、無爲、雨花臺、九洑洲等地，然後折向西行繼續視察沿岸戰場，直到4月27日纔回到安慶。
這次視察，曾國藩的收穫很大。他的第一個收穫，就是找到了自信。在視察途中，曾國藩每到一地，除了慰問將士們外，還仔細觀察了敵我雙方陣地和防禦工事，通過對比他發現一個重要的情況。
曾國藩寫信對曾紀澤說，“長毛以前的防禦工事，堅深無比，營壘砌得又高又大，就像一座城池；壕溝挖得又深又寬，趕得上護城河的規模；可是現在就草率簡單了許多。這說明太平軍的戰鬥素質和士氣，在走下坡路。而湘軍的防禦工事跟以前相比，卻有了很大的進步，這說明湘軍的戰鬥力在提升，士氣在上漲。”
曾國藩強調說，湘軍現在“和衷共濟，呼應靈通”。相反，長毛那邊呢？也不知那個“洪逆”是怎麼想的，竟然一口氣封了九十多個王，搞得手下那些將領們都在爭功奪權，往往見死不救，他有信心贏得這場戰爭，反攻的機會到來了。
曾紀澤給曾國藩回信，勸他改變“聽天由命”和“截堵皖北”的作戰方案，着手佈置一套全新的截殺方案：讓李秀成有去無回！
曾紀澤建議曾國藩在李秀成回來的路上佈下重兵，對這支疲勞的老虎痛下殺手！
曾國藩表示同意，開始排兵佈陣，並讓曾紀澤全權指揮安徽的湘軍。
李秀成的後路是皖北巢縣、含山、和州三城。爲了避免走上一條不歸路，李秀成在這裡安排了留守部隊。只要打下這三座城市，曾國藩的截擊計劃就成功了一半。1863年5月中旬，曾紀澤全集皖北湘軍，一面在六安與李秀成鏖戰，一面攻佔巢縣、含山、和州三城。
湘軍和淮軍的戰鬥力，沒有讓曾紀澤失望。5月下旬，就在李秀成從六安退兵途中，湘軍先後攻佔東關和銅城閘，佔領了這兩個巢縣門戶要地，就爲後續進攻開了個好頭。隨後湘軍又搶在李秀成過江之前攻佔了巢縣、含山、和州，切斷了太平軍的歸路。
爲了進一步吸引李秀成回師天京，放棄東進攻打揚州的計劃，曾國藩指示曾國荃配合曾紀澤，猛攻天京。
洪秀全慌了神，命令李秀成率部過江增援。
曾國藩敏銳地察覺到，打擊李秀成兵團的時候到了，經過皖北三個月的折騰，李秀成精銳損失慘重，將士疲憊，士氣低落，正是趁火打劫的絕佳時機！
1863年6月20日，李秀成率部開始渡江，渡江地點選在江浦。這座城池還掌握在太平軍手裡，也成爲太平軍南渡的基地。
太平軍南渡的路線是從兩浦出發，通過江心九洑洲，然後進入天京。要想大規模截殺李秀成兵團，就必須儘快拿下江浦和浦口，曾紀澤下令淮軍對兩浦發起猛烈攻擊。駐守兩浦的太平軍，被來勢洶洶的湘軍嚇得不戰而退，加入南渡部隊搶着過江。
渡江戰役已經進行了五天，但是進展非常緩慢，曾紀澤和彭玉麟下令湘軍水師堵截，缺乏強大水師掩護的太平軍，渡河速度極慢；而渡江的這幾天，長江上游突然連降大雨，江水陡漲，更加重了太平軍渡江的難度。
前面是滔滔江水，後面是強大追兵，太平軍渡江部隊徹底陷入慌亂。慌亂中的渡江部隊，完全進入失控狀態，不但沒有組織防守反擊，反而爭先恐後，只恨爹孃少生了兩條腿。
十幾萬人的太平軍此時已經完全成爲待宰的羔羊，在擁擠和混亂中，數以萬計的太平軍被活活淹死在江中。曾紀澤下令大軍全力截殺李秀成的部隊。
正在渡河的部隊，在湘軍和淮軍的截殺下，一部分被湘軍水師圍困在江邊，進退不得。一半被湘軍殺死，還有一半不甘心死於湘軍之手，投江自盡，最後李秀成只帶了一萬多人狼狽逃回天京城裡。
還有幾萬太平軍，撤到了江心九洑洲島，暫時保住了性命。九洑洲是太平天國在江北僅存的一處要塞，也是天京重要的水路糧道，天京城內軍民的口糧，有一半以上是從這裡運進城裡去的。雨花臺被曾國荃攻佔後，九洑洲變成了向天京城內運送糧食的唯一主道，天京的糧食只能從這裡運進城去。
曾國藩當然不會放過如此重要的戰略要地，劫殺李秀成的大軍後，曾國藩明確指示曾紀澤和彭玉麟率部儘快拿下九洑洲，與曾國荃部一起合圍天京！(。)