?慈禧顧慮湘軍北上清君側，而曾紀澤放過慈禧，任憑肅順集團被幹掉，一方面是出於讓清廷不再閉關鎖國的考慮，還有一個方面的考慮，是想給曾國藩製造“清君側”的機會。曾紀澤始終認爲，湘軍造反的最佳時機是1861年底。所以他一回到安慶，就盡力勸說曾國藩考慮以清君側爲名，派軍北上。
那天深夜，曾國藩還在秉燭辦公，曾紀澤進到父親的書房問安，談起清君側的事。
“打仗需要燒錢！”曾國藩思慮了良久，對曾紀澤說：“其實湘軍如果反清，最大的問題，還是老問題，無法籌集足夠多的餉銀。按照常規，一個湘軍每月需要白銀六兩。也就是說，現在，光五萬嫡系湘軍需要的銀兩就是三十多萬兩。這不是一筆小數目。”
當時爲曾國藩直轄軍隊提供軍餉的省份主要是：曾國藩直接管轄的兩江三省，即江西、安徽、江蘇三省；湘軍的大本營湖廣兩省，即湖南、湖北兩省；東南諸省當中受太平軍襲擾最少的廣東省。
曾紀澤說：“湘軍反清，湖南肯定鼎力支持。”
曾國藩苦笑，湖南設立東征局，專門抽釐供給曾國藩的直轄軍隊，其辦法就是在湖南征收厘金的基礎上再加半釐。這樣，過往湖南的商人就要多交一半的商業稅，利潤空間大爲減少，苦不堪言。商人又將損失轉嫁到老百姓身上，導致湖南物價飛漲。老百姓買不起東西，日子過得很苦。有人假借嶽麓書院山長之名，寫了一篇洋洋灑灑的文章，將東征局說得十分不堪。湖南士大夫紛紛傳誦這篇文章，弄得曾國藩名氣受損，東征局也差點因此停辦。
東征局裡面的那些管事人，都是曾國藩的好朋友，他們不甘心失去湖南厘金這塊最大的“蛋糕”，於是組織起一幫筆桿子，也寫了一篇長文章，逐條批駁那位所謂的嶽麓書院山長對東征局的“誹謗”。但商人、士大夫暗地裡對東征局的抵制，伴隨着東征局從設立到撤銷的整個過程，從來就沒有停止過。
曾國藩說：“說實話，湖南現在爲我們供應了大量軍餉，平均每個月有七八萬兩之多。但由於湖南本身財政情況的惡化，湖南不可能承擔更多的供餉任務。對於兵員日益增加的湘軍來說，依舊把湖南視爲軍餉的主要來源的做法，已經行不通了，必須從其他省設法籌集到更多的軍餉才能夠用。”
曾紀澤問道：“那湖北呢？湖廣熟，天下足，魚米之鄉，也能爲我們提供大量軍餉。”
曾國藩搖搖頭，說自1857年初湘軍將太平軍趕出湖北後，一直到1861年陳玉成突破鄂東北防線殺入湖北的這四年，湖北並沒有遭遇過大的戰禍。擅長行政的湖北巡撫胡林翼開展了湖北新政，湖北的財政情況得到了根本的改善。湖北也因此得以與湖南並列，成爲湘軍的重要根據地之一。然而好景不長。1861年，陳玉成、李秀成兩支大軍先後襲擾湖北，湖北經濟快速發展的勢頭被終結。這時候，湖北省自顧不暇，自然不能供給湘軍更多的軍餉。
曾國藩說，去年胡林翼在武昌病逝，湖廣總督官文迫不及待地總攬了湖北的軍政大權。官文是滿人，從情感上他更貼近八旗、綠營，對於日益強大的湘軍，他一直存在着敵意。雖然他也爲湘軍的發展壯大做過一些事情，但也經常搞點小動作：“官文總攬湖北軍政大權後，一改胡公在世時的政策，不再積極爲湘軍嫡提供軍餉。除此之外，官文這人狡猾。凡是那些在湖北境內作戰的湘軍部隊，他都積極提供糧餉。然而，對於那些在湖北以外區域作戰的湘軍部隊，他則漠不關心，在提供糧餉的時候，總是要打折扣。”
曾國藩說，李續宜的部隊在湖北作戰的時候，官文提供糧餉的積極性是很高的。後來，李續宜被任命爲安徽巡撫，受我節制。李續宜的部隊也到了安徽。這時候，官文明確表示，只願意供給李續宜部六成軍餉，不足的部分由我們設法補足。至於那些與湖北毫無瓜葛的曾國藩嫡系部隊，比如曾國荃的吉字營，官文更加不願意提供糧餉。
曾紀澤說：“靠農民是籌集不了多少糧餉的，要靠商人。”
“這也難呀。現在最多的鹽商，也提供不了多少錢。”曾國藩說，在鹽釐方面，由於淮鹽水路運輸的通道被九洑洲的長毛阻斷，而陸路運輸的通道又被苗沛霖阻斷，淮鹽很難運往引地。另外，由於淮鹽外運的通道長期被阻斷，原本是淮鹽引地的湖北、湖南、江西等地的老百姓已經習慣了吃川鹽、粵鹽等，此時即便有人冒着生命危險將少量淮鹽運到上述地方，也很難銷售出去。
湖北、湖南、江西等地的督撫也抵制淮鹽輸入，因爲他們都從川鹽入楚、粵鹽入楚中嚐到了甜頭，向私鹽販子抽取的鹽釐已經成了各省財政的支柱。一旦恢復淮鹽引地，就損害了自己的利益。長此以往，商人也就不再運輸，鹽釐收入也就沒了。
還有，洋人倒是可以把大量淮鹽運來賣，九洑洲的長毛不敢惹他們，然而這些黃頭髮、藍眼睛帶着堅船利炮的私鹽販子不可能向我們交稅，這方面的鹽釐收入幾乎沒有。因爲不用交稅，這些洋人可以將鹽以極低的價格拋售，倒也不愁沒人買。那些冒着生命危險走正規程序的中國商人可享受不到這麼好的待遇。他們要交稅，價格就壓不下來，而鹽的品質又低於川鹽、粵鹽，買的人很少。總而言之，安徽省在這段時期內，鹽釐收入是很少的。
“我們想從安徽入手解決糧餉問題，也是不現實的。”曾國藩說。
曾紀澤道：“那江西怎麼樣，江西的厘金、漕折銀一半歸湘軍支配，充作軍餉。”
曾國藩道：爲了節約軍餉，江西本省不養軍隊。如果遭遇太平軍攻擊，由湘軍負責驅逐。然而，隨着戰爭規模的日益擴大，我們的嫡系部隊越來越多，軍餉需求也日益增大，不得不突破當初的約定，向本屬於江西巡撫支配的那一部分稅收伸手。
江西巡撫毓科、江西布政使張集馨警告曾國藩說，江西每年都入不敷出，如果不提前想辦法，就會耽誤軍需。他要求曾國藩裁撤部分湘軍，以減少軍餉的供給。他還在私下裡指責曾國藩，說他不顧百姓承受能力，一味橫徵暴斂，是個十足的僞君子、假道學。
張集馨的上述言論使曾國藩意識到，必須通過朝廷罷免毓科、張集馨兩人，換上自己的人，後方才能穩固。清廷答應了曾國藩的請求，罷免了毓科、張集馨，並任命曾國藩的親信沈葆楨爲江西巡撫，李桓爲江西布政使。
曾國藩以爲，換上了自己的人，江西的事就會好辦起來。然而，就是沈葆楨、李桓這兩左宗棠卻很友好。當時，左宗棠率軍進入浙江，阻擋了太平軍進入江西的通道，是江西的一道天然屏障。左宗棠還多次率軍進入江西剿殺太平軍。曾國藩用着江西的餉銀卻不爲江西辦事，左宗棠不用江西的餉銀卻經常爲江西打仗，這種局面使得沈葆楨終於邁出了背叛曾國藩而與左宗棠聯合的第一步。
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左宗棠和曾國藩的關係，在宿松經過一段“蜜月期”後，又逐漸惡化，他們性格不合。在基本上脫離曾國藩的直接指揮，主持浙江軍事之後，左宗棠越來越不把曾國藩放在眼裡。曾國藩給他寫的信，他經常不回。
就在曾國藩爲了各種事情和沈葆楨吵得不可開交的時候，左宗棠卻和沈葆楨迅速地聯合在了一起。曾國藩和沈葆楨之間的矛盾，主要因爲沈葆楨不斷地截留本該運往曾國藩大營的厘金。當時，在江西境內的勇丁有三萬人之多，需要不少餉銀才能養活，在這種情況下，沈葆楨不得不冒着被曾國藩彈劾的危險，剋扣湘軍的軍餉。所以，江西也給不了多少錢。
曾紀澤問道：“那廣東呢？廣東沒有遭受長毛的大規模襲擾。隨着粵鹽不斷地向湖南、江西輸出，廣東的經濟在這個亂世當中，大力發展工商，是有錢的省份。”
“爲父也是這麼想的。”曾國藩一直想從廣東籌餉，因爲他覺得正是湘軍在湖南、江西等地的征戰，才使得太平軍沒有進入廣東，廣東的安寧才得以保住，廣東理應爲湘軍提供軍餉。1862年初，一個叫朱潮的御史上奏提出，由曾國藩主管東南軍事，四川、廣東等省負責供給糧餉。曾國藩立馬上奏，請求朝廷派人前往廣東征收厘金，專門供給湘軍。
“不過如果我們造反，廣東、四川絕對不可能爲湘軍提供軍餉。說實話，我們現在軍餉不足，別說造反，自顧不暇。好多軍營已經拖欠了幾個月的軍餉了。”曾國藩嘆了一口氣道，“清君側暫時不提了，邊走邊往前看吧。時勢造英雄，反清需要天時地利人和，現在條件還不成熟。”
“好吧，那就再等等。條件不具備，我來創造條件！”曾紀澤想起了上海，上海開阜較早，商業發達，是當時中國對外開放的門戶，每年關稅厘金收入在五百萬兩白銀以上，相當於中國歲入的十分之一。歷史上曾國藩之所以派李鴻章組建淮軍東下，就是想通過李鴻章控制上海的財政大權的便利，用以解決湘軍日益嚴重的軍餉匱乏問題。曾紀澤想，既然自己來了，就用不着李鴻章去上海了，他可以取代李鴻章。頂多，他帶李鴻章去上海，不過，繼續讓李鴻章當幕僚。
當時，出走的李鴻章又回到了曾國藩的身邊。
早在太平軍佔領徽州之後，李秀成又帶兵直逼祁門，曾國藩才意識到李鴻章當初反對進駐祁門是正確的。幸虧李秀成最終沒有進攻祁門，曾國藩才得以活命。於是他迅速帶領自己的湘軍撤離了祁門，到了東流。而李鴻章的另一同門郭嵩燾聽說李鴻章離開曾府之後，也給李鴻章寫信，要求他重新回到曾國藩府上，因爲在當今之時，僅靠李鴻章一個人的力量是很難成功的。
李鴻章本來就很後悔自己“棄師而去”，現在看來，重回曾府將是他唯一的選擇。加上胡林翼也做了曾國藩的工作，曾國藩便給李鴻章寫信，表達了他迫切希望李鴻章回來的願望。李鴻章環顧左右，也確實只有曾國藩才能“賴以立功名”，於是，他在1861年7月重新回到曾國藩的大營，二人又開始了密切的合作。
從此以後，李鴻章在曾國藩手下踏踏實實地做事，盡心盡職。不久李鴻章隨同曾國藩自東流進駐安慶，共同商量進軍金陵和進攻太平軍的計劃。1861年底，李秀成的幾十萬大軍攻克杭州，威逼上海，上海人心惶惶。
當時，江蘇、浙江的大部分地區仍在太平軍的控制之下，湘軍想要進攻金陵，就必須要有足夠的兵力分別進駐江蘇、浙江，但是湘軍的力量顯然不足。因此攻克安慶，拿下安徽後，曾國藩想要編練淮勇，來補充湘軍力量。
而太平軍在“保衛安慶”的戰役中失利之後，李秀成採取了西線防禦、東線進攻的戰略，將東線的清軍擊潰，從而對上海造成了威脅。
上海情勢複雜，各種勢力都在這裡聚集。面對太平軍的凌厲攻勢，上海官紳惶惶不可終日。他們想盡各種辦法想要維護自己的利益，甚至不惜藉助英法軍隊來爲自己“剿匪”。於是他們派出代表——錢鼎銘等一行人，請求曾國藩派兵救援上海。錢鼎銘一見曾國藩就痛哭流涕，這讓曾國藩相當頭痛。同時錢鼎銘還提出上海的豪紳願意每月籌集軍餉60萬兩給湘軍，這個誘人條件打動了曾國藩，湘軍當時什麼都不缺，正缺軍餉。
在選派將領進入上海的問題上，曾國藩費勁心思。他首先想讓自己的弟弟曾國荃去上海，可是曾國荃一心想要攻克長毛的大本營天京，對上海根本不感興趣。接着曾國藩又邀請湘軍老將陳士傑，可是陳士傑也以老母年高需要照顧爲由拒絕了曾國藩。
曾紀澤這時主動請命，曾國藩心裡很高興。他也覺得兒子該獨當一面了。於是曾國藩讓曾紀澤以自己的名義去招人，爲了保障曾紀澤的安全，他還將湘軍裡面的淮勇張遇春的春字營、程學啓統領的開字營以及自己統領的親兵營都交給曾紀澤負責。
曾紀澤提出李鴻章是安徽人，讓李鴻章給他當幕僚，方便招兵買馬。
曾國藩也覺得必須派一個能幹的人幫曾紀澤對付朝廷，李鴻章最合適不過了。
於是，半個月後，曾紀澤帶着李鴻章，還有其他人到了安徽合肥去招兵買馬。(。)