登州的局勢迅速安定下來。四衛兵變本就是冒險之舉，各衛的軍戶士卒原本就沒有什麼主見，主要是朝廷拖欠糧餉多時，軍心本就渙散，被四衛軍官一鼓動，這才準備鋌而走險。
但還未來得及發動，四衛軍官已然是被殺了大半，指揮使、指揮同知、指揮僉事更是一個也沒活下來，躊躇之間，登州都司的兵馬已經兵臨城下，雖然人數不多，但盔甲兵仗卻是誰也沒有見過的精良，更是運來大批的糧草軍餉，聽其將領言道，新到任的副總兵大人就要整頓軍務，分發土地給一衆軍戶，士卒們本就是爲了一口飽飯，一筆餉銀養家餬口的，此時自然是萬分願意。”“
登州四衛，原本應有兵馬兩萬餘人，但上報都司衙門和兵部的軍冊早已是和實際人數相差的太遠。經過了數天的清點，四衛的實際兵力加起來還不到九千人，刨去老弱病殘，只剩下五千人。但其背後的家眷卻達萬人，情勢不容樂觀。
從中都帶來的資財，朱平安已經拿出一部分作爲安撫登州兵馬之用，接下來，便要將原本被一衆軍官侵佔的大量土地發還給軍戶，山東這兩年也是接連大旱，今夏更是滴雨未下，眼見着收成還是無法保證，少不得又要朱平安花費銀子購買糧食以敷使用。但這樣的確不是長久之計，便是有座金山也遲早會被掏空的。
湖廣的戰事依舊不溫不火，張獻忠利用地利與官軍周旋。楊嗣昌統領十萬大軍四面圍堵，雖然打贏了幾次打仗，卻是始終未能傷及張獻忠、羅汝才的主力分毫。
北直隸、河南、山陝也是大旱，楊嗣昌十萬官軍的人吃馬喂主要依靠漕糧和這些地域的供給，但物資運輸卻是越發的艱難。情急之下，楊嗣昌做出了一記昏招，上疏朝廷，要求再次增加加捐助餉。奏章傳到內閣，周延儒不動聲色的將皮球踢給了崇禎皇帝和司禮監。眼看着滿清又在關外蠢蠢欲動，意圖攻擊寧遠、錦州一線。崇禎皇帝只好咬着牙答應了楊嗣昌的請求。一時間。民怨沸騰，京畿、河南、山陝一片動盪。
孫傳庭倒是接納了朱平安的意見，沒有再堅持入京面聖，而是將家眷一股腦的送進了京城。自己則帶着百餘名親隨到了陝西。積極聯絡當地豪強。開始編連民軍團練，聲勢不大，卻做得有聲有色。憑着朝廷勉強擠出來的二十萬兩銀子，愣是組建了一支萬人的兵馬，以戰代練，開始四處征剿小股的流寇。聽朱平安的建議，李自成有很大可能已經秘密潛回山陝，孫傳庭也開始派兵私下尋找，但因爲兵力太少，因此一時還沒有得到什麼有價值的消息。
相比之下，山東的局面還算穩定。爲將士請功的奏摺以及彈劾登州四衛一衆軍官貪贓枉法、掀起士卒譁變的表章，特跟隨着錦衣衛押解林德遠的人馬送入了京師。但朱平安不會等待京師的消息，直接便命令岳錦峰、仇澤、李定國帶領精心挑選的一干手下前去上任，趁熱打鐵，將四衛的局勢穩定下來。接下來便是編連士卒、重組新軍，老弱病殘一律納入輔兵行列。
包括都司衙門也開始大刀闊斧的整飭，蓬萊城防需要加固，尤其是添置火炮，打造火銃，更是要提到議事日程上來。其二便是三個新部門的設立。如今大明朝廷還是天下的正統，朱平安也沒有傻到要改變軍制、衙門內部的結構的地步，那樣純粹是再找麻煩，等於是將口實送到了御史言官的手中。新增設的三個機構只能是先作爲臨時部門來設立，但其權限，不可謂不大。
第一便是督查室。朱平安考慮的很周全，現在還是大明，還用後世的那一套來實現對整個衙門的監督絕對是不適合的。所以，也只能以後世的經驗來逐步適應大明的國情，一步一步來摸索着前進。督查室便是其中最重要的一個部門。
朱平安的手下，雖然目前來說還處於一種相對清廉、純潔的狀態，但畢竟處於整個大明社會中，難保不會受到什麼不良習氣的沾染，這便需要有一個機構來對其進行監督控制，於是督查室應運而生。
督查室不隸屬於任何部門，也只對朱平安一人負責。人員有督查室主任挑選，然後報朱平安批准，然後纔可招募進入該部門。朱平安的設想是，未來督查室將作爲一個對內的情報部門存在，而監督檢查的職責將交轉移給真正的紀律監察部門，實現權力的相互制衡。但現在還不到時機，只能作爲一個雛形來逐步發展。
督查室的第一任主官，朱平安任命了郭追來擔任。從嚴格意義上來說，郭追不屬於朱平安麾下的中都系統人馬，倒是和李定國一樣都屬於新加入的派系，雖然和王承恩有着緊密的聯繫，但事實已經表明，王承恩和朱平安本身也是一而二、二而一的關係，所以，作爲一個剛剛加入的外來者，郭追倒是很適合做這項工作。
第二個部門便是研究所。主官是孫和鼎。何長水、以及王承恩特意找來的幾名曾跟隨畢懋康研究燧發槍的工匠，以及中都時便跟隨主朱平安的匠戶將成爲這個部門的核心成員。等到研究所不如正軌之後，朱平安還打算將何長水從研究所中抽調出來，成立軍械製作局，將科研和製造分爲兩個獨立的部門。而馬伕王之所以沒有進入研究所，則是因爲朱平安認爲，他醫學上的造詣遠遠高於他在研究某些歪門邪道方面的水平。朱平安打算在實際合適的時候，成立軍隊的戰地醫療部門，馬伕王將是最合適的人選。
之後，研究所還將補充進入一批精兵強將。包括，孫和鼎的兩個弟弟，孫和鬥、孫和京。還有朱平安很感興趣的兩個人，一個是王徵，還有一個是張濤，兩人都是孫元化主政登萊時期的研製鑄造新式火器的骨幹人物。
其中王徵已經年逾六旬，身體情況不佳，雖然婉拒了孫和鼎和朱平安的邀請，但卻推薦了自己的兩個學生前來登州。而《西洋火攻圖說》的作者張濤則在廣東一帶遊歷，孫和鼎專門請自己的弟弟孫和京趕赴廣東尋找，相信不久之後便會有消息傳來。
而第三個，則是貨真價實的情報部門。斬決決定很大意義上是被情報工作所左右的。朱平安從後世的經驗來看，成王敗寇除了天時地利人和的因素，最關鍵的原因便是消息的掌控程度。大戰未始，情報先行，這是毫無疑問的。
軍情處應運而生。第一任主官，自然是陰世綱。情報網絡是現成的，只要將朱平安原本建立起來的情報網絡雛形與沈名先掌握的機構合二爲一，便可以組建起一套完整的覆蓋於整個山東的情報網絡。接下來要做的，便是要按照朱平安所編撰的關於情報工作的指導意見和工作紀律等一系列教材對情報工作進行改良完善。其中包括、聯絡、暗語、刺殺、人員的招募、情報的傳遞，力爭在一年之內，實現整個情報系統的專業化、科學化和細緻化。
陰世綱、孫和鼎、郭追三名新鮮出爐的登州都司衙門新貴一時間成爲衆人矚目的焦點，雖然所在的部門還屬於臨時性機構，但這卻預示着三人將成爲朱平安身邊的核心決策層成員。
對於三人的官位，朱平安是煞費苦心，三人都有朝廷頒佈的官身，但在內部如何稱呼卻是一個令人頭痛的問題。最終，朱平安還是決定統一起來，一致稱呼爲“主任”。
督查室主任郭追、研究所主任孫和鼎、軍情處主任陰世綱。
“主任？”衆人面面相覷，不知道這究竟是個什麼稱呼，陰世綱帶着疑惑問道：“敢問大人，這‘主任’一名卻是什麼含義呢？”
一句話就難住了朱平安，想了好久，只好搪塞着回答道：“主任，便是主要任事之人，這才稱爲‘主任’！”
衆人恍然大悟，都覺得這個稱呼新鮮無比，卻又言簡意賅，“主要任事者”這是多大的肯定啊，一時間登州府體系內，都以能被稱呼爲主任而驕傲不已。陰世綱、郭追、孫和鼎更是被稱爲“登州三主任”。
產生這些影響，朱平安顯然是沒有想到的。他的設想還有很多，除了計劃中的戰地醫療系統之外，還有參謀制度。冷兵器時代，戰爭的勝利仰仗的都是主帥一人的智慧和應變，這無疑是擔負着巨大的風險的，一旦主帥出現錯誤或者出現意外，整支軍隊豆漿陷入被動狀態。而參謀制度便是將衆人的智慧集中起來，決策權雖然還在主帥手中，但卻可以從參謀制度上開始，使主帥不得不聽取更多的意見，做出更爲正確的決定。
當然，參謀的培養還是需要一個平臺的。朱平安已經私下裡和楊廷麟商議過一次，爭取到他的支持，打算在衛所的衛學中增設一個武職班，將家貧的軍戶字第招募進來，統一教授武學和軍事知識，培養出合格的基層軍官，通過層層鍛鍊和選拔，進入到各衛所指揮系統中。(未完待續……)