1938年12月18日，汪精衛以“赴滇講學”爲名飛往昆明，19日下午，由昆明飛往越南河內，開始了他的“曲線救國”之旅。據汪派人士說，汪精衛已將全部“和平運動”的計劃告訴了龍雲，還得到龍的贊同。汪精衛在發表“豔電”投敵之後，其爪牙們也不斷宣稱，龍雲是可能“響應”的重要人物。
雖然龍雲在汪出走當日就電告了蔣介石，後來又就此事做專門報告，但在外敵緊逼，內部分裂，流言四起的環境下，蔣介石是不可能不懷疑龍雲的真實態度的。
在此期間，蔣介石曾先後派遣李烈鈞、唐生智來雲南考察，實際上是監視龍雲。不過，考察後唐生智給蔣介石的報告認爲，龍雲抗戰態度是堅決的，“擁護鈞座，始終不渝”，與汪精衛叛逃事件並無牽連。唐生智的報告並不足以使蔣消除疑心，何況，削弱龍雲勢力解除雲南半獨立的割據狀態是蔣介石素來的願望。汪精衛經由昆明出逃的事件，不過是加速了蔣介石控制雲南的步伐。
龍雲也在防備着蔣介石。滇軍主力部隊被調往抗戰前線後，滇中軍力空虛，爲了加強雲南防護，龍雲不顧蔣介石“國防歸中央”的規定，又組編了7個步兵旅，但是這並不能阻止中央軍開進雲南。
1939年冬，日本人侵桂南接着侵入越南，中國經越南的交通線被截斷。爲了保衛雲南大後方及緬甸這條國際交通線，1940年9月，蔣介石下令抽調第一集團軍總司令盧漢率原第六十軍的一八二、一八四兩個師及第九集團軍司令關麟徵率領第五十二軍開入滇南，沿滇越邊境佈防。這是蔣介石的中央軍首次進入雲南，熟悉蔣介石爲人的人也知道這是他爲吃掉龍雲而下的第一步棋。蔣介石爲了消除龍雲的顧慮，任命龍云爲軍委會昆明行營主任，並允許龍雲新成立一個軍（第九十三軍）。
1941年，中英達成共保滇緬國際交通線的協議後，蔣介石調集大量部隊到雲南邊境，出於抗戰大局的需要，龍雲再次同意中央軍入滇。當時，駐紮在雲南的蔣介石部隊主要有三個部分：國民政府軍事委員會駐滇參謀團（以林蔚爲參謀團長）的部隊，昆明防守司令（初爲宋希濂，後爲杜聿明）的部隊，準備人緬的遠征軍。1943年4月，蔣介石又成立了以陳誠爲首的遠征軍司令長官部，設在滇兩楚雄，把楚雄以西的軍隊指揮權從昆明行營（原行營主任爲龍雲）劃分出來，削弱了龍雲的實力，並且楚雄在昆明附近，可以就近監視龍雲。
蔣介石利用中央軍人滇來解決龍雲的用心是十分明顯的。他常常向在滇的親信面授機宜，要求他們秘密監視龍雲的動向。他曾對宋希濂說：“你到昆明後，首先要了解雲南的情況，搞清楚昆明附近的地形，對各重要據點要確實控制，隨時提高警惕，並與王叔銘（時任昆明空軍司令兼空軍學校教育長）密切關係。”中央軍進人的同時，許多軍統特務也開進雲南活動。
就是通過這樣一步一步的行動，蔣介石把他的勢力逐步滲透到雲南的各個領域，龍雲的力量不斷受到排擠。但蔣介石想解決龍雲。徹底控制雲南的圖謀一直未能得逞。但抗戰一勝利，蔣介石就利用機會用武力把龍雲請到重慶任軍事委員會參議院院長，從而在表面上了控制了雲南。但滇系的幾十萬大軍和地方勢力依然存在，一番波折後，只好任命滇系第二號人物盧漢繼任雲南省政府主席，雲南政權仍然落在滇系手中。
在龍雲領導下的雲南爲抗日作出了巨大貢獻。滇軍先後在魯南、武漢、湘北、贛北及滇南作戰，“均能忠勇奮發，一往無前，彈雨槍林，傷亡枕藉”。據統計，在抗日戰爭期間，雲南派出滇軍支援前線抗戰約近40萬人，傷亡約10萬人。龍雲自己也曾表示：“滇省原爲貧瘠之區，但國事如此，誓以將政府歷年所蓄，及民間所有公私力量，悉數準備貢獻國家”，而無怨言。
但是，這並沒有贏得蔣介石的信任。相反，蔣介石不斷排擠龍雲的力量，在雲南安插自己的親信，密佈特務，監視龍雲的舉動。雲南“中央化”的過程中，蔣介石並沒有獲取地方實力派的人心。
蔣介石排斥異己的做法促使龍雲政治思想發生轉變，在抗戰中，龍雲暗中支持抗日民主運動，促進了昆明民主堡壘的形成。蔣介石把龍雲趕出了雲南，不僅沒有解決雲南問題，反而是促使雲南及其他省份的地方實力派背蔣而去，加劇了蔣介石政權的離心力。
3．爲退向西北做準備
西北有着遼闊的地域和十分重要的戰略地位。不過，多年以來，中央政府在這裡的統治卻又是最薄弱的。同時，在這片土地上，民族、宗教問題錯綜複雜。蔣介石非常重視西北，抗戰以前就派遣胡宗南率中央軍主力鎮守兩北。全面抗戰爆發以後，西北有着雙重的意義，即作爲一條重要的國際通道和西南地區的門戶。正因爲如此，自1940年以後，蔣介石不斷加強西北的軍事力量。
蔣介石將胡宗南的第十七軍團擴編爲第三十四集團軍，他給胡宗南制定了“東御日寇、北制共匪、西防蘇俄、內懾回馬”的16字戰略方針。爲了加強空中防禦，蔣介石同時下令在河西之玉門、張掖，青海之居延海等地修建重型轟炸機機場。另外，蔣介石還親自兼任“戰時工作幹部訓練四團”、“西北幹部訓練團”團長和“西北遊擊幹部訓練班”班主任，以培養國民黨在西北的政治、軍事骨幹。
太平洋戰爭的爆發使中國東部和南部的國際通道被完全截斷，緬甸的失守又使西南面臨被日軍攻擊的危險，這樣，蔣介石更感西北戰略地位的重要。他認爲“今後我國局勢，西北重於西南，對內重於對外，整軍重於作戰”，因而計劃“從事於西北之建設，並將新疆與青海之全部鐵路一氣呵成。蓋戰後二十年內，如有外患，則我必取守勢，仍欲引敵至隴內地決戰”。他甚至有遷都西安的打算。他認爲“南京與北平皆近海，最初三十年必不能建立強大之海軍爲之掩護。故首都地點不能不在西安。以其地位適中，介於東北與西北之間，足以控制全國”。
於是，蔣介石進一步增兵西北，使這一地區中央軍多達13個軍。1942年3月，他將胡宗南任命爲第八戰區副司令長官，並將其所率部隊擴充成3個集團軍。其中，陝南、豫西、隴東、關中一帶的第三十四、第三十七集團軍駐用於防共和御日；在蘭州、平涼及河西走廊一帶的第三十八集團軍防範盛世才，牽懾回馬。
蔣介石對此還不是很放心，決定親自到西北去巡視。爲什麼選擇這個時間去巡視西北呢？其的目主要有三：
首先是爲解決新疆問題。蘇德戰爭爆發以後，善於見風使舵的盛世才以爲蘇聯和不可靠了，便積極投向蔣介石。恰在此時，原駐哈密的蘇聯紅軍第八團主力被調回參加衛國戰爭，盛世才見時機到來，便派人向第八戰區司令長官朱紹良輸誠。蔣介石也認爲這是行載難逢的機會，從而確定瞭解決新疆問題的幾項原則：向新疆派兵；將新疆劃歸第八戰區，以盛世才爲副司令長官；新疆與蘇聯問的政治、經濟問題，其交涉權由中央行使。但盛世才又爲中央軍入新後其地位無保障而顧慮重重。朱紹良爲穩住盛世才向蔣介石提議，由蔣派親信大員攜其親筆信函前往迪化，承諾不危及盛世纔在新疆的權力和地位，以解除其反蘇的後顧之憂。
其次，處理西藏問題。西藏此時也出現了比嚴重的危機，國民政府同西藏的關係此時存在危機，關係惡化的主要根源是西藏地方政府阻止中央政府修築中印公路。雖然，蔣介石採取了軟硬兼施的政策，但西藏地方當局以英、印爲靠山，堅決拒絕康印公路經過西藏，尤爲嚴重的是在1942年7月6日成立專理漢藏間一切事情的“外交局”，儼然以獨立國自居。因此，蔣介石計劃乘巡視西北之際，決定對西藏問題的解決方針。
最後就是督促胡宗南加強封鎖陝甘寧
邊區的目的。
1942年8月15日，蔣介石乘飛機從重慶飛往蘭州，這是抗戰全面爆發後，蔣介石對西北地區進行的首次巡視。一個月左右的西北之行，他先視察了甘肅，後又視察了青海、寧夏、陝西等地，並對上述各個問題進行了安排。
在新疆問題上，他於8月29日派宋美齡、吳忠信、朱紹良等攜帶他的親筆信飛往迪化，撫慰盛世才。這封信的主要內容是：中央軍由蘭州開進安西、玉門，控制哈密的蘇軍；委派新疆外交特派員，收回外交權，歸中央政府，使蘇聯在新疆的外交步入正軌；肅清在新疆的；下令蘇聯軍隊撤離新疆；收回迪化的飛機制造廠。與此同時，對新疆省黨務特派員、教育廳長與省政府秘書長等人選作出規定，要求均由重慶任命。
在迪化，盛世才盛情款待宋美齡一行。經過一夜洽談，盛世纔在宋美齡一再保證其在新疆地位不變的條件下，同意了蔣介石的要求，並當即覆函表示按蔣的要求去做。9月5日，在蔣介石返回西安不久，盛世才便命令蘇聯撤走所有駐新疆專家、顧問以及駐甘新邊界星星峽的蘇軍。9月17日，盛世纔在新疆掀起清共浪潮，駐新疆領導人陳潭秋、毛澤民、林基路等被逮捕。蔣介石在新疆反蘇的陰謀得以實現。
爲解決西藏問題，蔣介石於26日由蘭州飛抵西寧。爲了解除馬氏兄弟的戒備心理，他在青海省政府下榻，除了錢大鈞、朱紹良、顧祝同、胡宗南、戴笠等心腹大員外，只帶貼身保鏢4人。在召見馬步芳、馬步青時，蔣介石大加讚賞馬家軍，鼓勵他們“精忠報國”，並犒賞他們10萬元。蔣介石青海之行有着十分明顯的目的，即要借馬家軍的力量對西藏造成壓力。馬步芳對西藏早存非分之想，在1932年同西藏軍隊在玉樹進行過青藏戰爭。
這次，蔣介石設想在青海與西康之間單獨設立一個單獨的省，把玉樹作爲省會，以加強對青藏康邊的控制。他乘飛機巡視了青藏邊地區後，決定“對藏暫時隱忍，以冀其自覺”，解決西藏問題以政治手段爲主，軍事手段爲輔，只要西藏承認中央政府只有一個，即重慶政府就夠了。蔣介石認爲，只要西康和青海控制在手中，川康和青藏公路打通，“藏事自然解決”。
因此，他在青海對馬步芳百般籠絡，要其在軍事上給西藏加強壓力，並修築西寧至玉樹長達1400餘公里的青藏公路，修建飛機場，儼然使青海成爲解決西藏問題的前沿陣地。蔣介石還部署馬步芳派軍隊兩個團進駐青藏邊境，配合西康劉文輝的軍事行動，該支部隊不久便進入西藏境內。蔣介石在青海期間巡視並佈施於塔爾寺和東關清真大寺，並於27日召見藏教活佛、回教阿訇、藏滿蒙回漢各王公、千戶、百戶、士紳等於西寧，大談民族團結。他稱漢、藏、蒙、回、滿是五大宗族，均是中華民族的一部分。
在軍事問題上，他先後巡視r河西走廊的肅州（酒泉）、嘉峪關、甘川（張掖）、涼州（武威）等地，視察了第二十九集團軍各部隊和寧夏馬鳴逵部隊，爲中央軍進入新疆做準備。同時，先後在蘭州興隆山、寧夏射家寨召集西北高級將領召開軍事會議，並對西北的軍事問題進行部署。坊範，是他強調的重點，他要求加強對陝甘寧邊區的封鎖。
在西北的巡視中，蔣介石發現西北軍隊軍心渙散，戰鬥力低下。各將領也普遍反映後勤補給困難，士兵經常吃不飽肚子，部隊藥品缺乏，疾病流行，從而怨聲載道，要求中央給予解決。蔣介石對此十分惱怒，他訓斥各級長官事事依賴中央，並要西北駐軍體諒中央的困難，力行“勤勞儉約”，凡事“自動自理，來解決一切補給困難”。他指示西北駐軍除了軍事訓練以外，更重要的是開展建設西北的活動，即屯墾、畜牧、興辦水利、植樹造林、發展交通運輸5大任務。他告誡胡宗南等人，“必須認清西北目前的形勢與其在國際上的重要性”，“一致努力來建設西北，鞏固西北”，“不可視爲邊疆而言辛苦”。
9月3日，蔣介石從寧夏飛抵西安，於6日在西安召集長江以北各戰區（第一、二、五、八戰區）高級將領會議，參加會議的有李宗仁、蔣鼎文、孫蔚如、湯恩伯、胡宗南等。會議持續了5天，蔣介石聽取了各軍、師長的彙報，並針對逃兵、兵役、軍糧、軍隊編制、軍隊的教育與訓練、軍紀、對敵戰略與戰術等問題，作了兩天的講評。
9月14日，蔣介石離陝返回重慶。事實上，蔣介石此行並不像他在公開場合所說的那樣，是例行視察，而是緬甸戰役失敗後，爲國民黨政權從西南退往西北做準備。