不過就在大練兵的同時，京師發生了一件大事。這件大事改變了很多人的命運，當然，也包括朱一刀。
萬曆十七年四月初一，申時行突然上了一封奏疏：“陛下，臣等有一重要之事必須奏請，皇長子今年已經一十六歲，朝廷內外一致認爲應冊立爲太子，還望陛下早做決定！”這奏疏一出，比之前上書大罵萬曆的大臣更加出名，上次那位仁兄說出了大家心中想說的話，這次申時行是說出了大家被堵在喉嚨眼的話。於是他得到了幾乎所有人的支持，奏疏又如雪花一般地飛向內閣，直接就在內閣的桌子上壘成了長城。
萬曆一點也不感覺到驚訝，他早已預感到這一天會到來，而且種種的跡象都表明這上書之人很有可能就是申時行。這個老學究，總是對大內之事指手劃腳，而且他自己發表言論也就罷了，還要拉着衆人一起研究研究，不管怎麼研究，總之都是萬曆的不對。被罵了這麼多年這麼多次，萬曆自己也有些疲沓了，想罵就罵吧，愛咋咋地，反正朕就當沒聽見！
但是朱一刀的點子卻給了深淵之中的萬曆一絲曙光，原來對付這些文人，竟然還有這樣簡單可行還挑不出毛病的*子！而且屢試不爽，所以這次他想當然地還打算用這種辦*。
“這個事情朕已經知道了，只是因爲朕沒有嫡子（皇后的兒子），長幼有序，鄭貴妃也多次勸朕，但現在長子還需要多多鍛鍊，身體也不太好，還是再等兩年吧！”
這話說的不是一般地有水平，皇長子現在還需要很多的鍛鍊，不然難以服衆，這太子能力不需要太出衆可也不能太丟人；長幼有序，自古都是這麼個規矩！朕自有分寸，不需要你們在下面搞小動作；而且皇長子身體太差，似乎不能堪太子重任，所以還是要再研究研究！
不過這糊弄不住老狐狸申時行。老夫和了一輩子稀泥，就靠着這玩意吃飯來着，你雖然貴爲皇帝，但論起和稀泥，還是太嫩了！於是他也並不辯解，而是又上了一封奏疏。
“皇長子已經一十六歲，早就應該出閣讀書了，請陛下早日決定此事。”
萬曆並不傻。按照規矩，皇帝的兒子只有太子纔有資格讀書，其他人就算再怎麼高貴，也沒有讀書的資格——這就是朱元璋爲了防止子孫後代因爲皇位而互相爭奪想出的絕招，在他看來，除了自己，一個大字不識的人是沒有可能沒有希望沒有能力去領導國家的，只有*定的太子，纔有資格去接受教育，學習如何治理國計民生。所以萬曆敷衍說，皇長子天資聰穎，不需要讀書這麼早。申時行鍼鋒相對，天資再聰穎還是需要讀書，還是需要老師教導。
於是兩個人在奏疏上脣槍舌劍，鬥了個不亦樂乎。一時大家都屏氣凝神，看着大明朝最有權勢的兩個人鬥嘴。年輕的萬曆終究是沉不住氣，惱了：“我都知道了！閣老你就先回去吧！”
萬曆一直都是稱呼申時行爲老師的。他知道，不能再逼萬曆了，現在是該適可而止了。話說到了這個份上，已經足夠了。萬曆不是昏庸之輩，只是比較偏心而已，他會做出最明智的選擇的。
但申時行剛剛走出大殿，身後急匆匆地趕來了一個內侍，帶來了萬曆的手諭，讓他先不要走，皇上已經遣皇長子來了，還請老師見一見。
什麼意思？既然不想立皇長子爲太子，爲何又讓自己見一見？申時行怎麼也想不通，難道是剛纔自己說服萬曆了？可是他並沒有這個意思啊！
這個時候朱一刀也接到了萬曆的手諭，讓他把三皇子朱常詢帶到宮裡。老朱也是納悶非常，都這麼晚了，皇上突然把自己兒子喊去是個什麼意思？左思右想總覺得有些不對勁，還是自己陪着三皇子一起去吧！
於是申時行見到了這樣怪異的一幕：皇帝萬曆坐在中間，兩邊是他的兩個兒子，皇長子朱常洛和三皇子朱常詢，三皇子的背後不遠影影綽綽地站了一個人，看不清臉面，似乎是千戶朱一刀。
但是讓他無*相信的，是萬曆的表情。萬曆的臉上沒有任何波動，反而透出一絲祥和，一絲寧靜。
萬曆指着皇長子朱常洛道：“這是皇長子，今年十六歲了。”朱常洛卻有些膽怯地縮了縮脖子，細微地往後退了一步，然後左右看了一看，彷彿是面對着魔鬼一般。
又指着三皇子朱常詢道：“這是三皇子，今年十一歲，就好調皮。”朱常詢卻兩眼放光地看着眼前這個白鬍子老頭申時行，他就是大明首輔？自己從來沒有出過宮，所以沒見過他，只是光顧着在京師右所玩了，你要是問他右所有哪些牛人，他閉着眼睛都能說出來。
看着眼前猥瑣膽怯的大皇子，和孔武有力精氣十足，渾身散發着一種怪異氣息的三皇子，申時行只覺得有些恍惚。皇長子啊皇長子，也難爲我們這些老臣爲你爭取你該得的，好歹你也爭一口氣不行？這哪有一絲未來皇帝的氣勢？反倒是三皇子更加顯得英氣勃勃一些，但是當看到三皇子身後如影隨形的朱一刀，申時行的眼睛又冒出了一絲厲色：這個朱一刀，皇家之事國之大計豈是你一個小小的錦衣衛千戶能插手的？！不知死活！
在那一瞬間，原本有些動搖的申時行打定了主意！
“皇長子年紀已經大了，應該出閣讀書了。”他拱手向萬曆說道。
“朕已經指派內侍教他了，老師不必太過擔心。”萬曆的臉上還是古井無波，彷彿什麼都沒有發生過一樣。
但申時行卻不能當什麼也沒有發生！這是最好的機會，一旦錯過恐怕就再也沒有機會了！成敗就在此一舉！
“陛下您在東宮的時候，才八歲就已經讀書了，皇長子此刻讀書，已經晚了！”
萬曆卻道：“朕六歲就會讀書了！”
申時行的背上在冒着冷汗。這輩子恐怕最艱難的選擇和最好的機會就在眼前了！絕對不能放棄，哪怕是被萬曆削官去職貶爲庶民也要做！
他上前幾步，未經許可就走到皇長子朱常洛的面前，端詳了片刻，轉身拱手一躬到底：“皇長子儀表非凡，必成大器，這是皇上的福分，也是天下萬民的福分吶！還望陛下能早定大計，朝廷幸甚，大明幸甚！”
話還沒有說完，朱常洛就緊張地又後退了一大步，彷彿是要證明申時行說的話一般，頭低的更狠了，兩隻手在胸前緊緊地握成一團，好像誰要謀殺他一般。
申時行此時的心裡滿是失望。皇長子，未來的陛下，該爭的老臣已經豁出去幫你爭了，剩下的就全看你自己的了！師父領進門修行在個人，該做的事情老臣已經做完，死而無憂了……
萬曆的瞥了皇長子一眼，又扭過頭去看了看三皇子朱常詢。
朱常詢突然開口說了話：“您就是首輔申時行？太好了！首輔大人，我已經在右所學習瞭如何帶兵如何領兵，還沒學到作戰；您的知識一定很豐富了吧？朱千戶讓我拜您爲師，他說大明只有您才堪爲我的老師！”
申時行一時不知道自己是什麼感覺。朱一刀有沒有對三皇子說過這話他不知道，但是這話從三皇子的嘴裡說出來，卻讓他感到無比驕傲，也感到無比地尷尬。他費盡心機，幫助大皇子能繼承大統，可大皇子的表現卻讓他感到失望無比；他不想幫甚至是厭惡的三皇子，卻如此地敬重他尊重他，表現出了一個皇帝應該有的品質。究竟該何去何從？申時行的腦子也亂了起來。
朱常詢興奮異常地看着眼前心目中的偶像，正想進一步地開口詢問，卻被身後一聲輕咳止住了嘴，惡作劇地吐了吐舌頭，乖乖地站回了原地。申時行看到他身後那個影影綽綽的身影，突然腦海中再次冒出了張居正的面容。
當年萬曆登基之後，他身後的張居正也像現在一樣，影影綽綽地站在他的身邊，幾乎是篡位一般地輔佐着萬曆處理各種政務，可萬曆卻沒有任何表示，一直到後來，他突然轉變態度，使得張居正死後身敗名裂。
朱一刀，就憑你，也想效仿張大人？！
申時行再度上前一步跪在地上，把頭重重地磕在了青石板鋪成的地面上：“還望陛下早做決定，此乃國之大計，不可馬虎啊！”
萬曆的臉上終於露出了笑容，誰也不知道他在心裡想的是什麼：“這個朕自然知道，其實鄭貴妃也勸朕早立太子，以免外人猜疑，朕沒有嫡子，冊立長子是早晚的事情嘛！”
申時行的心這才放到了肚子裡。皇帝是天子，一言九鼎，絕不可輕易地改變，不然將威信掃地再無顏面面對所有官員和千萬百姓。點到即止見好就收，一點點地來，這種事情決不能操之過急。於是他再也不發一言，慢慢地退了出去。